ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54132

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 5, 5, 3, 4, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.023, 0.036, 0.048, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.029, 0.051, 0.073, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.051 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.032, 0.067, 0.103, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.067 std_dev=0.035
C2' B 0, 0.566, 0.803, 1.040, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.803 std_dev=0.237
O2' B 0, 0.659, 1.065, 1.472, 1.642 max_d=1.642 avg_d=1.065 std_dev=0.407
C1' B 0, 0.911, 1.355, 1.799, 2.157 max_d=2.157 avg_d=1.355 std_dev=0.444
O4' A 0, 0.077, 0.539, 1.000, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.539 std_dev=0.462
C2' A 0, 0.106, 0.583, 1.060, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.583 std_dev=0.477
O3' B 0, 1.553, 2.167, 2.780, 2.977 max_d=2.977 avg_d=2.167 std_dev=0.614
O2' A 0, -0.012, 0.658, 1.329, 2.658 max_d=2.658 avg_d=0.658 std_dev=0.671
C3' A 0, 0.210, 0.892, 1.574, 2.538 max_d=2.538 avg_d=0.892 std_dev=0.682
C4' A 0, 0.138, 0.860, 1.583, 2.691 max_d=2.691 avg_d=0.860 std_dev=0.722
C3' B 0, 0.974, 1.706, 2.438, 2.861 max_d=2.861 avg_d=1.706 std_dev=0.732
O3' A 0, 0.386, 1.203, 2.021, 2.886 max_d=2.886 avg_d=1.203 std_dev=0.818
N9 B 0, 1.001, 1.823, 2.645, 3.073 max_d=3.073 avg_d=1.823 std_dev=0.822
O4' B 0, 0.959, 1.916, 2.873, 3.560 max_d=3.560 avg_d=1.916 std_dev=0.957
C5' A 0, 0.338, 1.458, 2.578, 4.023 max_d=4.023 avg_d=1.458 std_dev=1.120
O5' A 0, 0.914, 2.058, 3.202, 4.025 max_d=4.025 avg_d=2.058 std_dev=1.144
C4' B 0, 1.080, 2.226, 3.372, 4.128 max_d=4.128 avg_d=2.226 std_dev=1.146
C4 B 0, 1.129, 2.317, 3.505, 4.638 max_d=4.638 avg_d=2.317 std_dev=1.188
C8 B 0, 2.310, 3.514, 4.717, 5.334 max_d=5.334 avg_d=3.514 std_dev=1.204
O5' B 0, 1.089, 2.359, 3.630, 4.655 max_d=4.655 avg_d=2.359 std_dev=1.270
OP2 B 0, 1.820, 3.245, 4.670, 5.068 max_d=5.068 avg_d=3.245 std_dev=1.425
OP2 A 0, 0.704, 2.176, 3.648, 5.924 max_d=5.924 avg_d=2.176 std_dev=1.472
P A 0, 1.229, 2.739, 4.249, 5.356 max_d=5.356 avg_d=2.739 std_dev=1.510
N7 B 0, 2.393, 3.996, 5.600, 6.435 max_d=6.435 avg_d=3.996 std_dev=1.604
C5' B 0, 1.215, 2.834, 4.453, 5.518 max_d=5.518 avg_d=2.834 std_dev=1.619
P B 0, 1.462, 3.137, 4.812, 5.921 max_d=5.921 avg_d=3.137 std_dev=1.675
N3 B 0, 1.766, 3.566, 5.366, 5.858 max_d=5.858 avg_d=3.566 std_dev=1.800
C5 B 0, 0.956, 2.784, 4.612, 5.995 max_d=5.995 avg_d=2.784 std_dev=1.828
OP1 A 0, 2.925, 4.832, 6.740, 7.562 max_d=7.562 avg_d=4.832 std_dev=1.907
OP1 B 0, 1.470, 3.739, 6.008, 7.785 max_d=7.785 avg_d=3.739 std_dev=2.269
C2 B 0, 2.219, 4.671, 7.124, 7.979 max_d=7.979 avg_d=4.671 std_dev=2.452
C6 B 0, 0.962, 3.427, 5.892, 7.837 max_d=7.837 avg_d=3.427 std_dev=2.465
N1 B 0, 1.915, 4.383, 6.851, 8.812 max_d=8.812 avg_d=4.383 std_dev=2.468
N2 B 0, 3.815, 6.736, 9.656, 9.896 max_d=9.896 avg_d=6.736 std_dev=2.921
O6 B 0, 0.972, 4.039, 7.106, 9.273 max_d=9.273 avg_d=4.039 std_dev=3.067

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.08 0.02 0.18 0.01 0.40 0.41 0.31 0.27
C2 0.04 0.00 0.19 0.27 0.02 0.09 0.02 0.18 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.18 0.10 0.63 0.69 0.55 0.56
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.07 0.02 0.13 0.12 0.17 0.03 0.15 0.08 0.34 0.00 0.02 0.02 0.39 0.43 0.62 0.39
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.29 0.01 0.24 0.02 0.19 0.18 0.30 0.31 0.29 0.03 0.01 0.03 0.22 0.32 0.54 0.21
C4 0.03 0.02 0.07 0.29 0.00 0.16 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.23 0.22 0.04 0.83 1.08 1.03 0.94
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.16 0.00 0.19 0.01 0.18 0.10 0.12 0.18 0.10 0.21 0.03 0.00 0.02 0.21 0.54 0.17
C5 0.02 0.02 0.13 0.24 0.01 0.19 0.00 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.31 0.20 0.10 0.85 1.13 1.06 0.99
C5' 0.06 0.18 0.12 0.02 0.29 0.01 0.32 0.00 0.28 0.17 0.22 0.31 0.16 0.10 0.14 0.02 0.01 0.34 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.19 0.01 0.18 0.00 0.28 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.29 0.15 0.12 0.75 0.90 0.72 0.78
N1 0.02 0.01 0.03 0.18 0.02 0.10 0.02 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.13 0.09 0.03 0.61 0.66 0.45 0.53
N3 0.04 0.00 0.15 0.30 0.01 0.12 0.01 0.22 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.22 0.07 0.75 0.89 0.81 0.76
N4 0.04 0.02 0.08 0.31 0.01 0.18 0.01 0.31 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.25 0.26 0.04 0.87 1.20 1.22 1.05
O2 0.08 0.01 0.34 0.29 0.02 0.10 0.03 0.16 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.21 0.26 0.17 0.50 0.55 0.47 0.40
O2' 0.02 0.09 0.00 0.03 0.23 0.21 0.31 0.10 0.29 0.13 0.14 0.25 0.21 0.00 0.06 0.17 0.20 0.44 0.89 0.45
O3' 0.18 0.18 0.02 0.01 0.22 0.03 0.20 0.14 0.15 0.09 0.22 0.26 0.26 0.06 0.00 0.12 0.28 0.52 0.88 0.50
O4' 0.01 0.10 0.02 0.03 0.04 0.00 0.10 0.02 0.12 0.03 0.07 0.04 0.17 0.17 0.12 0.00 0.28 0.40 0.32 0.22
O5' 0.40 0.63 0.39 0.22 0.83 0.02 0.85 0.01 0.75 0.61 0.75 0.87 0.50 0.20 0.28 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.69 0.43 0.32 1.08 0.21 1.13 0.34 0.90 0.66 0.89 1.20 0.55 0.44 0.52 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.55 0.62 0.54 1.03 0.54 1.06 0.37 0.72 0.45 0.81 1.22 0.47 0.89 0.88 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.56 0.39 0.21 0.94 0.17 0.99 0.02 0.78 0.53 0.76 1.05 0.40 0.45 0.50 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.77 2.26 0.24 0.53 1.59 0.41 1.63 0.58 1.94 1.03 2.23 2.53 1.91 1.30 1.11 0.32 0.53 0.58 0.89 1.95 1.34 1.37 1.20
C2 0.77 2.86 0.19 0.66 1.97 0.46 2.20 0.92 2.72 1.35 3.03 3.12 2.28 1.79 1.32 0.31 0.58 0.49 1.25 2.81 1.95 1.96 1.73
C2' 0.84 2.20 0.51 0.69 1.57 0.57 1.66 0.73 1.99 1.08 2.24 2.46 1.84 1.35 1.14 0.66 0.75 0.62 0.96 2.04 1.45 1.43 1.28
C3' 0.67 1.75 0.45 0.71 1.26 0.66 1.34 0.80 1.61 0.87 1.80 1.95 1.47 1.10 0.91 0.56 0.84 0.51 0.84 1.66 1.31 1.17 1.08
C4 0.60 2.60 0.21 0.81 1.88 0.72 2.25 1.27 2.73 1.43 2.85 2.81 2.09 1.94 1.25 0.31 0.72 0.39 1.54 2.89 2.28 2.29 2.07
C4' 0.64 1.54 0.29 0.52 1.10 0.54 1.10 0.57 1.30 0.71 1.50 1.75 1.35 0.87 0.80 0.30 0.63 0.55 0.64 1.30 0.95 0.91 0.81
C5 0.53 2.14 0.23 0.84 1.63 0.73 1.87 1.17 2.16 1.27 2.26 2.27 1.79 1.65 1.12 0.34 0.75 0.34 1.40 2.23 1.91 1.90 1.76
C5' 0.58 1.13 0.32 0.56 0.83 0.67 0.81 0.67 0.94 0.55 1.08 1.27 1.02 0.65 0.63 0.31 0.77 0.60 0.57 0.94 0.76 0.71 0.64
C6 0.60 2.01 0.21 0.72 1.54 0.53 1.67 0.87 1.92 1.12 2.07 2.11 1.72 1.42 1.09 0.35 0.66 0.31 1.12 1.94 1.56 1.54 1.42
N1 0.74 2.43 0.21 0.63 1.75 0.43 1.87 0.78 2.23 1.19 2.49 2.63 2.04 1.53 1.21 0.33 0.58 0.46 1.08 2.25 1.62 1.63 1.45
N3 0.70 2.88 0.20 0.75 2.01 0.59 2.35 1.14 2.95 1.45 3.17 3.12 2.27 1.97 1.33 0.30 0.65 0.44 1.45 3.12 2.24 2.25 2.00
N4 0.56 2.66 0.23 0.84 1.85 0.85 2.31 1.46 2.86 1.48 2.94 2.97 2.09 2.07 1.21 0.30 0.75 0.47 1.71 3.14 2.58 2.61 2.34
O2 0.84 3.03 0.19 0.60 2.02 0.41 2.23 0.85 2.81 1.35 3.20 3.41 2.39 1.79 1.35 0.30 0.52 0.59 1.20 2.92 1.94 1.96 1.71
O2' 0.83 2.21 0.46 0.58 1.54 0.50 1.61 0.61 1.95 1.04 2.24 2.53 1.84 1.30 1.11 0.58 0.61 0.65 0.90 2.00 1.34 1.42 1.22
O3' 0.63 1.68 0.48 0.74 1.18 0.73 1.26 0.88 1.55 0.81 1.74 1.90 1.38 1.03 0.84 0.57 0.88 0.52 0.84 1.62 1.34 1.11 1.05
O4' 0.72 1.81 0.30 0.52 1.30 0.48 1.27 0.51 1.48 0.83 1.73 2.05 1.60 1.00 0.94 0.29 0.53 0.61 0.73 1.46 1.05 1.06 0.93
O5' 0.88 1.01 0.88 1.13 0.87 1.20 0.84 1.27 0.90 0.76 0.99 1.09 0.96 0.77 0.80 0.74 1.23 1.00 1.26 0.90 1.39 1.46 1.39
OP1 1.34 1.04 1.32 1.68 1.12 1.96 1.12 2.06 1.07 1.25 1.02 1.04 1.09 1.20 1.21 0.97 1.83 1.70 1.89 1.09 2.05 2.08 2.02
OP2 1.33 0.95 1.49 2.00 1.09 2.20 1.18 2.44 1.13 1.39 1.03 0.95 0.95 1.34 1.24 1.08 1.91 1.76 2.31 1.20 2.54 2.52 2.50
P 1.28 0.79 1.32 1.80 0.95 1.96 0.95 2.04 0.87 1.15 0.79 0.77 0.86 1.07 1.11 0.89 1.96 1.64 1.92 0.88 1.99 2.04 2.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.24 0.01 0.26 0.04 0.31 0.21 0.21
C2 0.05 0.00 0.34 0.38 0.01 0.37 0.01 0.64 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.36 0.25 0.30 0.96 0.02 1.17 1.50 1.17
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.16 0.03 0.08 0.17 0.14 0.23 0.25 0.43 0.34 0.16 0.05 0.01 0.03 0.03 0.46 0.11 0.48 0.51 0.51
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.21 0.01 0.23 0.03 0.25 0.31 0.31 0.48 0.35 0.30 0.16 0.04 0.01 0.02 0.27 0.27 0.30 0.49 0.30
C4 0.02 0.01 0.16 0.21 0.00 0.15 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.15 0.15 0.45 0.02 0.60 0.70 0.44
C4' 0.01 0.37 0.03 0.01 0.15 0.00 0.10 0.01 0.13 0.28 0.26 0.49 0.35 0.22 0.07 0.24 0.04 0.01 0.03 0.13 0.15 0.33 0.06
C5 0.02 0.01 0.08 0.23 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.13 0.08 0.41 0.02 0.69 0.79 0.38
C5' 0.08 0.64 0.17 0.03 0.23 0.01 0.17 0.00 0.22 0.50 0.45 0.89 0.59 0.41 0.15 0.10 0.17 0.02 0.01 0.22 0.24 0.38 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.25 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.30 0.14 0.13 0.46 0.01 0.75 0.97 0.49
C8 0.02 0.02 0.23 0.31 0.01 0.28 0.01 0.50 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.17 0.18 0.74 0.04 0.99 0.96 0.80
N1 0.04 0.01 0.25 0.31 0.02 0.26 0.02 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.32 0.18 0.23 0.72 0.02 0.95 1.27 0.87
N2 0.06 0.00 0.43 0.48 0.01 0.49 0.01 0.89 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.45 0.33 0.37 1.27 0.03 1.62 2.03 1.63
N3 0.05 0.01 0.34 0.35 0.01 0.35 0.01 0.59 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.34 0.26 0.30 0.88 0.02 0.99 1.22 0.99
N7 0.02 0.02 0.16 0.30 0.01 0.22 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.18 0.11 0.65 0.04 1.01 1.04 0.72
N9 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.07 0.02 0.15 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.12 0.02 0.37 0.03 0.52 0.45 0.31
O2' 0.03 0.36 0.01 0.04 0.22 0.24 0.28 0.10 0.30 0.34 0.32 0.45 0.34 0.35 0.17 0.00 0.07 0.17 0.39 0.33 0.46 0.63 0.53
O3' 0.24 0.25 0.03 0.01 0.15 0.04 0.13 0.17 0.14 0.17 0.18 0.33 0.26 0.18 0.12 0.07 0.00 0.18 0.24 0.16 0.39 0.52 0.27
O4' 0.01 0.30 0.03 0.02 0.15 0.01 0.08 0.02 0.13 0.18 0.23 0.37 0.30 0.11 0.02 0.17 0.18 0.00 0.20 0.10 0.23 0.23 0.18
O5' 0.26 0.96 0.46 0.27 0.45 0.03 0.41 0.01 0.46 0.74 0.72 1.27 0.88 0.65 0.37 0.39 0.24 0.20 0.00 0.45 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.02 0.11 0.27 0.02 0.13 0.02 0.22 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.33 0.16 0.10 0.45 0.00 0.81 1.03 0.48
OP1 0.31 1.17 0.48 0.30 0.60 0.15 0.69 0.24 0.75 0.99 0.95 1.62 0.99 1.01 0.52 0.46 0.39 0.23 0.02 0.81 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 1.50 0.51 0.49 0.70 0.33 0.79 0.38 0.97 0.96 1.27 2.03 1.22 1.04 0.45 0.63 0.52 0.23 0.03 1.03 0.01 0.00 0.01
P 0.21 1.17 0.51 0.30 0.44 0.06 0.38 0.02 0.49 0.80 0.87 1.63 0.99 0.72 0.31 0.53 0.27 0.18 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00