ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54133

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 6, 6, 4, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.018, 0.024, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.024 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.031, 0.041, 0.051, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.041 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.021, 0.037, 0.053, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.037 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.019, 0.036, 0.053, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.036 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.014, 0.032, 0.049, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.029 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.080, 0.129, 0.178, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.129 std_dev=0.049
N4 A 0, 0.026, 0.079, 0.131, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.079 std_dev=0.052
O2 A 0, 0.027, 0.079, 0.132, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.079 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.050, 0.166, 0.282, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.166 std_dev=0.116
C2' B 0, 0.171, 0.302, 0.434, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.302 std_dev=0.131
C4' A 0, -0.001, 0.158, 0.317, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.158 std_dev=0.159
C3' A 0, 0.092, 0.286, 0.481, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.286 std_dev=0.195
C5' A 0, 0.083, 0.287, 0.490, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.287 std_dev=0.203
O2' A 0, 0.080, 0.285, 0.491, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.285 std_dev=0.205
P A 0, 0.461, 0.721, 0.981, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.721 std_dev=0.260
OP1 A 0, 0.305, 0.588, 0.871, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.588 std_dev=0.283
O2' B 0, 0.513, 0.800, 1.086, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.800 std_dev=0.287
O3' A 0, 0.146, 0.449, 0.751, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.449 std_dev=0.302
O3' B 0, 0.693, 1.017, 1.341, 1.448 max_d=1.448 avg_d=1.017 std_dev=0.324
O5' A 0, 0.180, 0.514, 0.849, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.514 std_dev=0.334
C1' B 0, 0.829, 1.174, 1.520, 1.714 max_d=1.714 avg_d=1.174 std_dev=0.345
OP2 A 0, 1.109, 1.473, 1.837, 1.799 max_d=1.799 avg_d=1.473 std_dev=0.364
C3' B 0, 1.179, 1.574, 1.970, 1.891 max_d=1.891 avg_d=1.574 std_dev=0.396
N9 B 0, 1.347, 1.777, 2.207, 2.152 max_d=2.152 avg_d=1.777 std_dev=0.430
O4' B 0, 1.644, 2.222, 2.799, 3.179 max_d=3.179 avg_d=2.222 std_dev=0.578
C8 B 0, 1.687, 2.357, 3.027, 3.038 max_d=3.038 avg_d=2.357 std_dev=0.670
C4' B 0, 2.422, 3.171, 3.920, 3.852 max_d=3.852 avg_d=3.171 std_dev=0.749
C4 B 0, 3.159, 4.090, 5.021, 4.522 max_d=4.522 avg_d=4.090 std_dev=0.931
N7 B 0, 2.946, 3.965, 4.985, 4.732 max_d=4.732 avg_d=3.965 std_dev=1.020
C5 B 0, 3.736, 4.880, 6.024, 5.531 max_d=5.531 avg_d=4.880 std_dev=1.144
C5' B 0, 3.945, 5.115, 6.286, 5.923 max_d=5.923 avg_d=5.115 std_dev=1.170
O5' B 0, 4.127, 5.334, 6.540, 5.867 max_d=5.867 avg_d=5.334 std_dev=1.206
N3 B 0, 4.486, 5.788, 7.090, 6.297 max_d=6.297 avg_d=5.788 std_dev=1.302
C6 B 0, 5.508, 7.158, 8.808, 7.910 max_d=7.910 avg_d=7.158 std_dev=1.650
P B 0, 5.904, 7.622, 9.339, 8.315 max_d=8.315 avg_d=7.622 std_dev=1.718
OP2 B 0, 6.089, 7.858, 9.628, 8.607 max_d=8.607 avg_d=7.858 std_dev=1.770
C2 B 0, 6.128, 7.905, 9.682, 8.549 max_d=8.549 avg_d=7.905 std_dev=1.777
N1 B 0, 6.520, 8.427, 10.334, 9.146 max_d=9.146 avg_d=8.427 std_dev=1.907
O6 B 0, 6.374, 8.317, 10.260, 9.224 max_d=9.224 avg_d=8.317 std_dev=1.943
OP1 B 0, 7.345, 9.478, 11.611, 10.269 max_d=10.269 avg_d=9.478 std_dev=2.133
N2 B 0, 7.698, 9.924, 12.150, 10.653 max_d=10.653 avg_d=9.924 std_dev=2.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.08 0.21 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.11 0.01 0.13 0.10 0.15 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.06 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.09 0.09 0.15 0.03
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.16 0.00 0.16 0.01 0.12 0.08 0.13 0.18 0.09 0.01 0.01 0.00 0.14 0.12 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.19 0.02 0.21 0.17 0.15 0.16
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.09 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.15 0.03
C5 0.01 0.00 0.07 0.16 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.02 0.20 0.15 0.13 0.15
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.14 0.00 0.15 0.00 0.12 0.07 0.10 0.16 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.15 0.10 0.12 0.09
N1 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.11 0.08 0.16 0.07
N3 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.19 0.14 0.13 0.13
N4 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.22 0.02 0.24 0.21 0.20 0.20
O2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.10 0.02 0.10 0.09 0.20 0.09
O2' 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.00 0.04 0.03 0.05 0.10 0.15 0.04
O3' 0.01 0.11 0.03 0.01 0.19 0.02 0.18 0.05 0.13 0.09 0.16 0.22 0.10 0.04 0.00 0.01 0.14 0.16 0.08 0.10
O4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.09 0.10 0.23 0.12
O5' 0.04 0.13 0.09 0.14 0.21 0.01 0.20 0.01 0.15 0.11 0.19 0.24 0.10 0.05 0.14 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.09 0.12 0.17 0.06 0.15 0.06 0.10 0.08 0.14 0.21 0.09 0.10 0.16 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.15 0.15 0.10 0.15 0.15 0.13 0.12 0.12 0.16 0.13 0.20 0.20 0.15 0.08 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.09 0.03 0.07 0.16 0.03 0.15 0.01 0.09 0.07 0.13 0.20 0.09 0.04 0.10 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 0.26 0.09 0.09 0.25 0.20 0.24 0.19 0.23 0.25 0.24 0.28 0.28 0.24 0.26 0.13 0.09 0.31 0.21 0.22 0.27 0.25 0.24
C2 0.23 0.28 0.09 0.10 0.24 0.16 0.22 0.19 0.22 0.23 0.25 0.33 0.27 0.22 0.23 0.13 0.13 0.25 0.24 0.21 0.33 0.31 0.29
C2' 0.22 0.20 0.08 0.06 0.18 0.16 0.15 0.13 0.15 0.18 0.16 0.25 0.22 0.17 0.19 0.14 0.11 0.26 0.15 0.14 0.23 0.20 0.18
C3' 0.15 0.11 0.10 0.09 0.08 0.10 0.11 0.07 0.12 0.13 0.11 0.16 0.11 0.14 0.11 0.15 0.15 0.18 0.11 0.15 0.17 0.17 0.14
C4 0.19 0.30 0.10 0.13 0.23 0.15 0.22 0.21 0.23 0.22 0.28 0.37 0.27 0.22 0.21 0.12 0.17 0.20 0.27 0.22 0.37 0.35 0.33
C4' 0.20 0.15 0.08 0.05 0.14 0.15 0.12 0.11 0.11 0.15 0.12 0.18 0.16 0.13 0.15 0.14 0.11 0.24 0.10 0.11 0.16 0.13 0.12
C5 0.19 0.24 0.10 0.13 0.20 0.14 0.19 0.19 0.19 0.22 0.21 0.30 0.23 0.20 0.20 0.11 0.16 0.19 0.25 0.18 0.32 0.30 0.29
C5' 0.12 0.11 0.13 0.10 0.09 0.08 0.12 0.05 0.13 0.13 0.12 0.14 0.09 0.14 0.10 0.16 0.16 0.14 0.09 0.16 0.10 0.11 0.08
C6 0.22 0.20 0.08 0.10 0.20 0.14 0.19 0.17 0.17 0.22 0.18 0.23 0.22 0.20 0.22 0.12 0.14 0.23 0.21 0.16 0.27 0.26 0.24
N1 0.24 0.24 0.08 0.09 0.23 0.16 0.21 0.18 0.20 0.23 0.21 0.27 0.26 0.22 0.23 0.13 0.12 0.26 0.22 0.19 0.29 0.27 0.25
N3 0.21 0.31 0.09 0.12 0.24 0.15 0.23 0.20 0.24 0.23 0.28 0.37 0.28 0.22 0.22 0.13 0.15 0.22 0.26 0.23 0.37 0.35 0.32
N4 0.17 0.36 0.11 0.15 0.24 0.15 0.24 0.23 0.27 0.22 0.33 0.45 0.29 0.22 0.20 0.11 0.18 0.18 0.29 0.27 0.41 0.40 0.37
O2 0.23 0.29 0.09 0.10 0.24 0.17 0.22 0.19 0.22 0.23 0.26 0.34 0.28 0.22 0.23 0.14 0.12 0.26 0.24 0.21 0.34 0.31 0.29
O2' 0.29 0.34 0.08 0.06 0.29 0.21 0.27 0.18 0.27 0.25 0.31 0.39 0.34 0.25 0.27 0.13 0.10 0.34 0.18 0.26 0.24 0.22 0.21
O3' 0.15 0.11 0.11 0.10 0.08 0.11 0.12 0.07 0.13 0.14 0.11 0.17 0.10 0.16 0.10 0.15 0.15 0.19 0.11 0.18 0.15 0.17 0.13
O4' 0.27 0.23 0.10 0.09 0.24 0.21 0.22 0.19 0.21 0.24 0.21 0.23 0.25 0.23 0.25 0.12 0.10 0.31 0.20 0.20 0.25 0.22 0.21
O5' 0.21 0.14 0.12 0.07 0.09 0.24 0.12 0.18 0.14 0.14 0.15 0.18 0.11 0.14 0.12 0.23 0.01 0.27 0.10 0.18 0.19 0.09 0.12
OP1 0.07 0.21 0.04 0.03 0.14 0.09 0.21 0.11 0.26 0.16 0.24 0.23 0.16 0.23 0.08 0.19 0.02 0.09 0.20 0.31 0.16 0.21 0.17
OP2 0.06 0.33 0.08 0.09 0.29 0.05 0.39 0.14 0.44 0.31 0.40 0.33 0.26 0.40 0.22 0.33 0.03 0.05 0.27 0.49 0.20 0.32 0.26
P 0.07 0.20 0.06 0.02 0.14 0.08 0.21 0.05 0.25 0.16 0.24 0.23 0.15 0.22 0.09 0.22 0.00 0.09 0.12 0.29 0.10 0.15 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.15 0.15 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.19 0.09 0.08 0.01 0.09 0.14 0.09
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.02 0.08 0.05 0.12 0.18 0.14 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.08 0.13 0.10 0.08
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.02 0.14 0.10 0.15 0.17 0.13 0.12 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.14 0.13 0.05 0.05
C4 0.01 0.00 0.09 0.11 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.05 0.07 0.00 0.08 0.13 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.02 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.04 0.08 0.01 0.10 0.16 0.11
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.14 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.17 0.05 0.09 0.00 0.11 0.17 0.11
C8 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.03 0.09 0.01 0.09 0.13 0.10
N1 0.01 0.00 0.12 0.15 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.18 0.07 0.08 0.00 0.10 0.16 0.10
N2 0.02 0.00 0.18 0.17 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.22 0.10 0.09 0.01 0.09 0.14 0.09
N3 0.01 0.00 0.14 0.13 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.16 0.08 0.08 0.00 0.08 0.13 0.08
N7 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.13 0.02 0.10 0.01 0.12 0.17 0.12
N9 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.10 0.07
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.13 0.10 0.05 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.06 0.09 0.08 0.05
O3' 0.03 0.19 0.03 0.01 0.12 0.02 0.14 0.03 0.17 0.11 0.18 0.22 0.16 0.13 0.07 0.03 0.00 0.02 0.05 0.18 0.15 0.07 0.06
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.10 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.05 0.05 0.09 0.07
O5' 0.07 0.08 0.07 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.06 0.04 0.05 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.08 0.14 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.18 0.05 0.10 0.00 0.14 0.19 0.13
OP1 0.07 0.09 0.13 0.13 0.08 0.06 0.10 0.05 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.12 0.06 0.09 0.15 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.14 0.10 0.05 0.13 0.04 0.16 0.01 0.17 0.13 0.16 0.14 0.13 0.17 0.10 0.08 0.07 0.09 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.08 0.05 0.08 0.02 0.11 0.01 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.12 0.07 0.05 0.06 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00