ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54134

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 8, 2, 2, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C4 B 0, 0.099, 0.189, 0.279, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.189 std_dev=0.090
N1 B 0, 0.112, 0.209, 0.305, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.209 std_dev=0.097
C2 B 0, 0.088, 0.187, 0.286, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.187 std_dev=0.099
N9 B 0, 0.116, 0.220, 0.323, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.103
C5 B 0, 0.098, 0.204, 0.309, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.204 std_dev=0.106
N3 B 0, 0.075, 0.183, 0.291, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.183 std_dev=0.108
C6 B 0, 0.109, 0.224, 0.339, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.224 std_dev=0.115
C8 B 0, 0.119, 0.240, 0.361, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.240 std_dev=0.121
N2 B 0, 0.090, 0.211, 0.333, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.211 std_dev=0.121
O4' B 0, 0.134, 0.257, 0.380, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.257 std_dev=0.123
C4' A 0, -0.019, 0.111, 0.241, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.111 std_dev=0.130
C1' B 0, 0.132, 0.263, 0.393, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.263 std_dev=0.130
N7 B 0, 0.103, 0.237, 0.371, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.237 std_dev=0.134
C3' A 0, 0.040, 0.182, 0.324, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.182 std_dev=0.142
O5' B 0, 0.152, 0.299, 0.446, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.299 std_dev=0.147
O6 B 0, 0.125, 0.277, 0.430, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.277 std_dev=0.152
O4' A 0, -0.015, 0.145, 0.305, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.145 std_dev=0.160
C4' B 0, 0.160, 0.324, 0.488, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.324 std_dev=0.164
OP2 B 0, 0.198, 0.368, 0.537, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.368 std_dev=0.170
C2' B 0, 0.173, 0.343, 0.513, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.343 std_dev=0.170
C5' B 0, 0.162, 0.336, 0.511, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.336 std_dev=0.174
C3' B 0, 0.176, 0.351, 0.525, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.351 std_dev=0.174
O3' A 0, 0.073, 0.249, 0.426, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.249 std_dev=0.176
P A 0, 0.072, 0.254, 0.435, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.254 std_dev=0.181
P B 0, 0.183, 0.366, 0.548, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.366 std_dev=0.182
OP1 A 0, 0.176, 0.371, 0.565, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.371 std_dev=0.195
C2' A 0, -0.040, 0.169, 0.378, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.169 std_dev=0.209
OP2 A 0, 0.109, 0.330, 0.550, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.330 std_dev=0.221
O2' B 0, 0.198, 0.419, 0.641, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.419 std_dev=0.222
OP1 B 0, 0.206, 0.428, 0.650, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.428 std_dev=0.222
O3' B 0, 0.198, 0.421, 0.644, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.421 std_dev=0.223
O5' A 0, 0.049, 0.294, 0.540, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.294 std_dev=0.246
C5' A 0, -0.027, 0.236, 0.499, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.236 std_dev=0.263
O2' A 0, -0.015, 0.337, 0.690, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.337 std_dev=0.353

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.00 0.04 0.23 0.08 0.08
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.06 0.08 0.24 0.10 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.09 0.08 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.03 0.02 0.04 0.19 0.15 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.15 0.08
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.02 0.09 0.23 0.12 0.10
C4' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.11 0.02 0.00 0.01 0.15 0.11 0.08
C5 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.07 0.05 0.08 0.21 0.12 0.09
C5' 0.04 0.12 0.09 0.01 0.15 0.00 0.14 0.00 0.12 0.10 0.14 0.16 0.11 0.07 0.08 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01
C6 0.00 0.01 0.08 0.06 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.07 0.06 0.07 0.21 0.11 0.08
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.23 0.09 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.04 0.10 0.24 0.11 0.10
N4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.02 0.11 0.23 0.13 0.10
O2 0.02 0.00 0.07 0.02 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.10 0.11 0.10 0.24 0.10 0.10
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.10 0.11 0.18 0.07 0.19 0.06 0.04 0.11 0.15 0.00 0.04 0.05 0.12 0.27 0.11 0.13
O3' 0.09 0.08 0.03 0.00 0.06 0.02 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.10 0.04 0.00 0.06 0.05 0.20 0.14 0.12
O4' 0.00 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.11 0.05 0.06 0.00 0.04 0.18 0.05 0.07
O5' 0.04 0.08 0.04 0.01 0.09 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.10 0.11 0.10 0.12 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.24 0.19 0.15 0.23 0.15 0.21 0.05 0.21 0.23 0.24 0.23 0.24 0.27 0.20 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.10 0.15 0.15 0.12 0.11 0.12 0.03 0.11 0.09 0.11 0.13 0.10 0.11 0.14 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.01 0.08 0.08 0.10 0.10 0.10 0.13 0.12 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.11 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.12 0.09 0.07 0.10 0.13 0.09 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.14 0.09 0.15 0.17 0.16
C2 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.12 0.10 0.11 0.12 0.10 0.13 0.08 0.13 0.10 0.08 0.09 0.08 0.13 0.12 0.14 0.16 0.14
C2' 0.09 0.15 0.10 0.15 0.08 0.19 0.08 0.22 0.10 0.08 0.13 0.19 0.12 0.07 0.07 0.11 0.16 0.16 0.20 0.10 0.21 0.19 0.21
C3' 0.09 0.12 0.08 0.08 0.11 0.09 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.13 0.12 0.10 0.10 0.07 0.07 0.08 0.14 0.11 0.14 0.14 0.14
C4 0.11 0.10 0.12 0.13 0.10 0.12 0.12 0.13 0.10 0.15 0.09 0.13 0.09 0.16 0.12 0.11 0.13 0.11 0.14 0.12 0.15 0.16 0.14
C4' 0.07 0.11 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.15 0.09 0.08 0.10 0.14 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.17 0.09 0.18 0.19 0.19
C5 0.12 0.11 0.13 0.13 0.09 0.13 0.09 0.12 0.08 0.13 0.09 0.13 0.10 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.09 0.14 0.15 0.13
C5' 0.07 0.11 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.15 0.10 0.08 0.12 0.14 0.09 0.09 0.07 0.08 0.10 0.07 0.16 0.12 0.18 0.20 0.19
C6 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.13 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.13 0.08 0.13 0.16 0.14
N1 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.13 0.09 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.13 0.09 0.14 0.16 0.15
N3 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.13 0.11 0.13 0.14 0.10 0.13 0.08 0.16 0.11 0.09 0.11 0.09 0.13 0.14 0.14 0.16 0.14
N4 0.12 0.09 0.14 0.16 0.10 0.14 0.13 0.15 0.11 0.17 0.09 0.12 0.08 0.18 0.13 0.13 0.16 0.12 0.16 0.14 0.17 0.18 0.16
O2 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.12 0.10 0.13 0.12 0.12 0.13 0.08 0.13 0.10 0.08 0.08 0.08 0.13 0.14 0.14 0.16 0.14
O2' 0.40 0.12 0.42 0.43 0.22 0.43 0.19 0.40 0.11 0.31 0.10 0.23 0.15 0.25 0.32 0.42 0.44 0.41 0.37 0.10 0.39 0.34 0.37
O3' 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.07 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11
O4' 0.10 0.11 0.11 0.15 0.07 0.17 0.08 0.23 0.08 0.11 0.10 0.16 0.08 0.10 0.09 0.09 0.16 0.14 0.26 0.09 0.27 0.26 0.27
O5' 0.08 0.13 0.09 0.11 0.08 0.12 0.08 0.16 0.09 0.08 0.12 0.17 0.10 0.08 0.07 0.09 0.13 0.08 0.18 0.10 0.21 0.20 0.20
OP1 0.17 0.17 0.16 0.17 0.17 0.17 0.18 0.20 0.17 0.18 0.17 0.18 0.17 0.18 0.18 0.15 0.16 0.17 0.24 0.17 0.23 0.28 0.25
OP2 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.12 0.12 0.12
P 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.08 0.07 0.11 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.13 0.07 0.14 0.16 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.07 0.08 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.07 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.11 0.07 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.06 0.05
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.07 0.06
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.08 0.08 0.06
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.08 0.01 0.11 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.07 0.07 0.05
N2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.01 0.08 0.09 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.08 0.07 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.11 0.09 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.06 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.12 0.07 0.06
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.13 0.09 0.08
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.04 0.03
O5' 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.08 0.04 0.07 0.05 0.08 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.10 0.09 0.07
OP1 0.08 0.07 0.11 0.11 0.07 0.07 0.08 0.04 0.08 0.11 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.12 0.13 0.06 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.03 0.07 0.01 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.07 0.09 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.08 0.06 0.09 0.05 0.06 0.08 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00