ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54135

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 3, 4, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.009, 0.035, 0.062, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.035 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.038, 0.068, 0.098, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.068 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.024, 0.055, 0.087, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.031
N1 A 0, 0.002, 0.037, 0.072, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.037 std_dev=0.035
C2' B 0, 0.182, 0.350, 0.518, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.350 std_dev=0.168
O2' A 0, 0.183, 0.388, 0.593, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.388 std_dev=0.205
C2' A 0, 0.079, 0.286, 0.492, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.286 std_dev=0.207
C3' B 0, 0.335, 0.616, 0.898, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.616 std_dev=0.282
O4' A 0, 0.047, 0.334, 0.621, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.334 std_dev=0.287
O2' B 0, 0.437, 0.725, 1.013, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.725 std_dev=0.288
C3' A 0, 0.231, 0.650, 1.068, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.650 std_dev=0.419
C1' B 0, 0.502, 0.933, 1.363, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.933 std_dev=0.431
C4' A 0, 0.253, 0.691, 1.128, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.691 std_dev=0.438
P A 0, 0.467, 0.964, 1.460, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.964 std_dev=0.497
O3' B 0, 0.624, 1.125, 1.626, 1.663 max_d=1.663 avg_d=1.125 std_dev=0.501
C4' B 0, 0.787, 1.292, 1.797, 1.879 max_d=1.879 avg_d=1.292 std_dev=0.505
O5' A 0, 0.593, 1.099, 1.605, 1.691 max_d=1.691 avg_d=1.099 std_dev=0.506
OP2 A 0, 0.490, 1.011, 1.532, 1.661 max_d=1.661 avg_d=1.011 std_dev=0.521
O4' B 0, 0.788, 1.315, 1.841, 1.797 max_d=1.797 avg_d=1.315 std_dev=0.526
OP1 A 0, 0.507, 1.044, 1.582, 1.790 max_d=1.790 avg_d=1.044 std_dev=0.538
C5' A 0, 0.481, 1.107, 1.732, 2.046 max_d=2.046 avg_d=1.107 std_dev=0.625
O3' A 0, 0.363, 1.008, 1.654, 2.182 max_d=2.182 avg_d=1.008 std_dev=0.646
N9 B 0, 0.890, 1.617, 2.345, 2.471 max_d=2.471 avg_d=1.617 std_dev=0.727
C5' B 0, 1.284, 2.122, 2.960, 2.944 max_d=2.944 avg_d=2.122 std_dev=0.838
C4 B 0, 1.141, 2.064, 2.988, 3.175 max_d=3.175 avg_d=2.064 std_dev=0.923
C8 B 0, 1.217, 2.166, 3.116, 3.269 max_d=3.269 avg_d=2.166 std_dev=0.949
N3 B 0, 1.159, 2.114, 3.068, 3.284 max_d=3.284 avg_d=2.114 std_dev=0.954
C5 B 0, 1.504, 2.694, 3.885, 4.094 max_d=4.094 avg_d=2.694 std_dev=1.191
N7 B 0, 1.544, 2.747, 3.950, 4.142 max_d=4.142 avg_d=2.747 std_dev=1.203
C2 B 0, 1.539, 2.799, 4.060, 4.319 max_d=4.319 avg_d=2.799 std_dev=1.261
O5' B 0, 1.533, 2.929, 4.325, 4.414 max_d=4.414 avg_d=2.929 std_dev=1.396
N2 B 0, 1.710, 3.139, 4.567, 4.871 max_d=4.871 avg_d=3.139 std_dev=1.428
C6 B 0, 1.860, 3.329, 4.799, 5.036 max_d=5.036 avg_d=3.329 std_dev=1.470
N1 B 0, 1.840, 3.315, 4.790, 5.054 max_d=5.054 avg_d=3.315 std_dev=1.475
P B 0, 2.067, 3.778, 5.490, 5.566 max_d=5.566 avg_d=3.778 std_dev=1.712
O6 B 0, 2.210, 3.947, 5.683, 5.915 max_d=5.915 avg_d=3.947 std_dev=1.737
OP2 B 0, 2.250, 4.041, 5.833, 5.926 max_d=5.926 avg_d=4.041 std_dev=1.792
OP1 B 0, 2.238, 4.082, 5.925, 6.063 max_d=6.063 avg_d=4.082 std_dev=1.843

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.19 0.09 0.22 0.07
C2 0.04 0.00 0.09 0.35 0.01 0.21 0.02 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.37 0.03 0.30 0.17 0.27 0.15
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.03 0.08 0.05 0.15 0.00 0.08 0.04 0.29 0.28 0.27 0.19
C3' 0.03 0.35 0.01 0.00 0.35 0.00 0.27 0.02 0.21 0.21 0.40 0.38 0.35 0.03 0.03 0.02 0.39 0.45 0.28 0.30
C4 0.05 0.01 0.04 0.35 0.00 0.29 0.01 0.63 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.11 0.42 0.05 0.43 0.29 0.35 0.29
C4' 0.02 0.21 0.03 0.00 0.29 0.00 0.27 0.00 0.22 0.16 0.27 0.32 0.15 0.11 0.05 0.01 0.02 0.17 0.26 0.07
C5 0.04 0.02 0.06 0.27 0.01 0.27 0.00 0.60 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.32 0.06 0.46 0.30 0.33 0.30
C5' 0.08 0.44 0.03 0.02 0.63 0.00 0.60 0.00 0.47 0.35 0.56 0.69 0.34 0.10 0.07 0.02 0.01 0.31 0.40 0.02
C6 0.03 0.02 0.07 0.21 0.02 0.22 0.01 0.47 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.23 0.05 0.41 0.20 0.25 0.18
N1 0.02 0.01 0.03 0.21 0.04 0.16 0.02 0.35 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.20 0.02 0.30 0.14 0.24 0.11
N3 0.04 0.00 0.08 0.40 0.01 0.27 0.02 0.56 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.14 0.45 0.04 0.37 0.24 0.31 0.22
N4 0.05 0.01 0.05 0.38 0.01 0.32 0.02 0.69 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.12 0.48 0.05 0.46 0.36 0.40 0.35
O2 0.06 0.01 0.15 0.35 0.02 0.15 0.03 0.34 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.21 0.37 0.05 0.25 0.13 0.26 0.11
O2' 0.01 0.14 0.00 0.03 0.11 0.11 0.07 0.10 0.06 0.06 0.14 0.12 0.21 0.00 0.13 0.15 0.10 0.13 0.24 0.12
O3' 0.07 0.37 0.08 0.03 0.42 0.05 0.32 0.07 0.23 0.20 0.45 0.48 0.37 0.13 0.00 0.06 0.39 0.54 0.30 0.34
O4' 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.15 0.06 0.00 0.09 0.10 0.25 0.15
O5' 0.19 0.30 0.29 0.39 0.43 0.02 0.46 0.01 0.41 0.30 0.37 0.46 0.25 0.10 0.39 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.17 0.28 0.45 0.29 0.17 0.30 0.31 0.20 0.14 0.24 0.36 0.13 0.13 0.54 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.27 0.27 0.28 0.35 0.26 0.33 0.40 0.25 0.24 0.31 0.40 0.26 0.24 0.30 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.15 0.19 0.30 0.29 0.07 0.30 0.02 0.18 0.11 0.22 0.35 0.11 0.12 0.34 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 0.44 0.16 0.13 0.52 0.12 0.70 0.13 0.75 0.61 0.62 0.35 0.37 0.74 0.47 0.23 0.29 0.23 0.60 0.83 0.49 0.53 0.52
C2 0.25 0.28 0.13 0.13 0.34 0.21 0.62 0.27 0.57 0.69 0.28 0.54 0.20 0.83 0.42 0.20 0.17 0.32 0.91 0.71 0.85 0.89 0.88
C2' 0.28 0.43 0.19 0.11 0.47 0.11 0.64 0.15 0.71 0.57 0.59 0.37 0.35 0.69 0.43 0.23 0.23 0.21 0.54 0.80 0.44 0.52 0.47
C3' 0.32 0.41 0.29 0.19 0.44 0.19 0.58 0.18 0.63 0.54 0.54 0.36 0.35 0.62 0.42 0.36 0.26 0.24 0.50 0.71 0.41 0.37 0.41
C4 0.20 0.66 0.13 0.22 0.22 0.33 0.20 0.44 0.30 0.52 0.60 0.83 0.47 0.50 0.24 0.15 0.18 0.36 1.09 0.23 1.08 1.08 1.08
C4' 0.36 0.53 0.33 0.12 0.51 0.13 0.59 0.13 0.63 0.52 0.59 0.51 0.48 0.60 0.45 0.43 0.23 0.23 0.47 0.68 0.40 0.26 0.37
C5 0.17 0.56 0.13 0.20 0.23 0.27 0.14 0.34 0.27 0.35 0.49 0.67 0.44 0.28 0.17 0.15 0.18 0.28 0.95 0.21 0.89 0.77 0.86
C5' 0.39 0.46 0.43 0.15 0.47 0.14 0.58 0.15 0.61 0.54 0.53 0.43 0.43 0.62 0.45 0.61 0.21 0.24 0.51 0.67 0.47 0.28 0.44
C6 0.16 0.30 0.12 0.12 0.14 0.16 0.25 0.20 0.17 0.42 0.19 0.44 0.25 0.42 0.24 0.15 0.14 0.20 0.75 0.22 0.65 0.56 0.64
N1 0.24 0.23 0.14 0.12 0.34 0.15 0.55 0.18 0.50 0.59 0.29 0.38 0.19 0.69 0.39 0.20 0.20 0.25 0.76 0.59 0.66 0.66 0.68
N3 0.24 0.50 0.12 0.18 0.20 0.29 0.43 0.39 0.30 0.66 0.37 0.77 0.32 0.75 0.35 0.17 0.14 0.36 1.05 0.42 1.03 1.08 1.05
N4 0.22 0.83 0.15 0.27 0.36 0.41 0.34 0.56 0.63 0.44 0.89 0.97 0.59 0.37 0.23 0.16 0.25 0.41 1.22 0.61 1.29 1.32 1.29
O2 0.29 0.27 0.13 0.12 0.46 0.19 0.77 0.25 0.82 0.75 0.49 0.44 0.22 0.92 0.49 0.22 0.19 0.33 0.89 1.03 0.82 0.91 0.87
O2' 0.35 0.61 0.24 0.15 0.58 0.16 0.76 0.11 0.87 0.62 0.80 0.55 0.49 0.76 0.51 0.29 0.30 0.26 0.58 0.98 0.47 0.50 0.49
O3' 0.35 0.47 0.35 0.22 0.47 0.23 0.60 0.21 0.67 0.54 0.60 0.45 0.40 0.63 0.43 0.45 0.29 0.26 0.48 0.76 0.41 0.33 0.39
O4' 0.35 0.58 0.24 0.15 0.58 0.13 0.67 0.15 0.70 0.56 0.65 0.51 0.53 0.65 0.50 0.28 0.34 0.24 0.44 0.73 0.35 0.35 0.35
O5' 0.37 0.44 0.39 0.20 0.47 0.09 0.53 0.12 0.53 0.53 0.47 0.41 0.42 0.56 0.46 0.34 0.02 0.23 0.42 0.55 0.35 0.33 0.32
OP1 0.12 0.19 0.12 0.11 0.15 0.34 0.20 0.54 0.21 0.26 0.20 0.25 0.16 0.27 0.16 0.16 0.02 0.27 0.40 0.24 0.56 0.40 0.45
OP2 0.14 0.32 0.07 0.10 0.24 0.26 0.26 0.39 0.29 0.23 0.32 0.37 0.30 0.27 0.19 0.04 0.02 0.21 0.42 0.30 0.38 0.19 0.29
P 0.05 0.16 0.12 0.01 0.11 0.15 0.17 0.27 0.16 0.22 0.15 0.21 0.14 0.24 0.12 0.14 0.01 0.08 0.30 0.20 0.32 0.17 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.20 0.03 0.21 0.18 0.17
C2 0.04 0.00 0.12 0.17 0.01 0.09 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.21 0.02 0.43 0.03 0.30 0.19 0.30
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.08 0.09 0.16 0.13 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.27 0.04 0.28 0.17 0.20
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.02 0.06 0.16 0.13 0.23 0.17 0.12 0.05 0.02 0.01 0.02 0.35 0.05 0.34 0.21 0.26
C4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.42 0.02 0.31 0.20 0.31
C4' 0.01 0.09 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.08 0.11 0.08 0.06 0.02 0.10 0.03 0.00 0.04 0.06 0.15 0.28 0.04
C5 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.03 0.50 0.01 0.37 0.27 0.37
C5' 0.02 0.15 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.14 0.11 0.16 0.17 0.13 0.12 0.07 0.10 0.04 0.01 0.01 0.15 0.17 0.39 0.01
C6 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.10 0.02 0.51 0.01 0.37 0.29 0.38
C8 0.02 0.02 0.08 0.16 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.17 0.04 0.48 0.03 0.38 0.28 0.38
N1 0.03 0.01 0.09 0.13 0.02 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.16 0.02 0.48 0.02 0.34 0.24 0.34
N2 0.05 0.00 0.16 0.23 0.01 0.11 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.29 0.03 0.40 0.04 0.28 0.18 0.28
N3 0.03 0.01 0.13 0.17 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.19 0.02 0.38 0.02 0.28 0.18 0.27
N7 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.15 0.04 0.53 0.02 0.42 0.34 0.42
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.39 0.03 0.30 0.19 0.29
O2' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.05 0.10 0.04 0.10 0.07 0.05 0.10 0.14 0.11 0.04 0.02 0.00 0.06 0.05 0.16 0.07 0.27 0.16 0.15
O3' 0.02 0.21 0.03 0.01 0.09 0.03 0.08 0.04 0.10 0.17 0.16 0.29 0.19 0.15 0.06 0.06 0.00 0.03 0.29 0.10 0.38 0.24 0.27
O4' 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.08 0.03 0.17 0.24 0.12
O5' 0.20 0.43 0.27 0.35 0.42 0.04 0.50 0.01 0.51 0.48 0.48 0.40 0.38 0.53 0.39 0.16 0.29 0.08 0.00 0.54 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.15 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.07 0.10 0.03 0.54 0.00 0.40 0.34 0.41
OP1 0.21 0.30 0.28 0.34 0.31 0.15 0.37 0.17 0.37 0.38 0.34 0.28 0.28 0.42 0.30 0.27 0.38 0.17 0.01 0.40 0.00 0.02 0.00
OP2 0.18 0.19 0.17 0.21 0.20 0.28 0.27 0.39 0.29 0.28 0.24 0.18 0.18 0.34 0.19 0.16 0.24 0.24 0.02 0.34 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.30 0.20 0.26 0.31 0.04 0.37 0.01 0.38 0.38 0.34 0.28 0.27 0.42 0.29 0.15 0.27 0.12 0.01 0.41 0.00 0.01 0.00