ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54137

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 5, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.025, 0.049, 0.074, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.049 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.012, 0.047, 0.082, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.047 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.049, 0.098, 0.147, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.098 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.030, 0.099, 0.169, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.099 std_dev=0.070
C3' A 0, 0.080, 0.207, 0.333, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.207 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.026, 0.205, 0.384, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.205 std_dev=0.179
C4' A 0, 0.082, 0.262, 0.442, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.262 std_dev=0.180
O3' A 0, 0.132, 0.341, 0.549, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.341 std_dev=0.209
C3' B 0, 0.235, 0.475, 0.716, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.475 std_dev=0.240
O2' B 0, 0.347, 0.592, 0.838, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.592 std_dev=0.246
C2' B 0, 0.245, 0.503, 0.761, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.503 std_dev=0.258
C5' A 0, 0.099, 0.466, 0.833, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.466 std_dev=0.367
OP1 A 0, 0.260, 0.661, 1.063, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.661 std_dev=0.402
P A 0, 0.199, 0.628, 1.057, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.628 std_dev=0.429
O3' B 0, 0.277, 0.711, 1.145, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.711 std_dev=0.434
OP2 A 0, 0.216, 0.681, 1.146, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.681 std_dev=0.465
O5' A 0, 0.110, 0.658, 1.206, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.658 std_dev=0.548
C1' B 0, 0.272, 0.892, 1.512, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.892 std_dev=0.620
C4' B 0, 0.259, 0.888, 1.517, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.888 std_dev=0.629
O4' B 0, 0.285, 1.036, 1.787, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.036 std_dev=0.751
N9 B 0, 0.155, 1.259, 2.363, 2.661 max_d=2.661 avg_d=1.259 std_dev=1.104
C5' B 0, 0.134, 1.284, 2.433, 3.206 max_d=3.206 avg_d=1.284 std_dev=1.150
N3 B 0, 0.121, 1.496, 2.872, 3.264 max_d=3.264 avg_d=1.496 std_dev=1.375
C4 B 0, 0.103, 1.487, 2.871, 3.199 max_d=3.199 avg_d=1.487 std_dev=1.384
C8 B 0, 0.098, 1.565, 3.031, 3.448 max_d=3.448 avg_d=1.565 std_dev=1.467
O5' B 0, -0.001, 1.648, 3.297, 4.446 max_d=4.446 avg_d=1.648 std_dev=1.649
C5 B 0, 0.041, 1.842, 3.644, 4.097 max_d=4.097 avg_d=1.842 std_dev=1.801
C2 B 0, 0.046, 1.867, 3.688, 4.237 max_d=4.237 avg_d=1.867 std_dev=1.821
N7 B 0, 0.048, 1.888, 3.728, 4.215 max_d=4.215 avg_d=1.888 std_dev=1.840
OP2 B 0, 0.047, 1.978, 3.909, 5.409 max_d=5.409 avg_d=1.978 std_dev=1.931
P B 0, -0.037, 1.915, 3.868, 5.345 max_d=5.345 avg_d=1.915 std_dev=1.953
N2 B 0, 0.035, 2.049, 4.063, 4.747 max_d=4.747 avg_d=2.049 std_dev=2.014
OP1 B 0, -0.079, 1.963, 4.005, 5.598 max_d=5.598 avg_d=1.963 std_dev=2.042
N1 B 0, -0.003, 2.167, 4.336, 4.932 max_d=4.932 avg_d=2.167 std_dev=2.169
C6 B 0, 0.000, 2.192, 4.384, 4.921 max_d=4.921 avg_d=2.192 std_dev=2.192
O6 B 0, -0.029, 2.551, 5.132, 5.779 max_d=5.779 avg_d=2.551 std_dev=2.580

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.17 0.09 0.23 0.08
C2 0.03 0.00 0.07 0.09 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.03 0.37 0.20 0.13 0.11
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.07 0.07 0.10 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.29 0.14
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.14 0.00 0.15 0.01 0.14 0.09 0.12 0.15 0.10 0.01 0.01 0.02 0.10 0.11 0.29 0.16
C4 0.01 0.01 0.06 0.14 0.00 0.13 0.00 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.17 0.03 0.56 0.31 0.24 0.30
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.15 0.08 0.09 0.14 0.07 0.05 0.01 0.00 0.02 0.13 0.21 0.10
C5 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.16 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.18 0.04 0.61 0.31 0.23 0.32
C5' 0.04 0.17 0.01 0.01 0.30 0.01 0.34 0.00 0.30 0.18 0.23 0.33 0.11 0.05 0.04 0.01 0.01 0.17 0.07 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.14 0.01 0.15 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.15 0.03 0.54 0.23 0.10 0.18
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.02 0.37 0.16 0.13 0.07
N3 0.02 0.00 0.07 0.12 0.00 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.14 0.03 0.46 0.26 0.16 0.21
N4 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.14 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.19 0.04 0.59 0.36 0.33 0.37
O2 0.05 0.01 0.10 0.10 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.11 0.05 0.27 0.16 0.15 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.11 0.09 0.16 0.00 0.05 0.07 0.05 0.11 0.28 0.13
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.17 0.01 0.18 0.04 0.15 0.09 0.14 0.19 0.11 0.05 0.00 0.02 0.23 0.14 0.30 0.18
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.02 0.00 0.12 0.09 0.28 0.15
O5' 0.17 0.37 0.05 0.10 0.56 0.02 0.61 0.01 0.54 0.37 0.46 0.59 0.27 0.05 0.23 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.09 0.20 0.10 0.11 0.31 0.13 0.31 0.17 0.23 0.16 0.26 0.36 0.16 0.11 0.14 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.13 0.29 0.29 0.24 0.21 0.23 0.07 0.10 0.13 0.16 0.33 0.15 0.28 0.30 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.14 0.16 0.30 0.10 0.32 0.02 0.18 0.07 0.21 0.37 0.07 0.13 0.18 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.51 0.60 0.27 0.08 0.87 0.12 1.18 0.14 1.23 1.08 0.95 0.32 0.53 1.27 0.83 0.28 0.35 0.40 0.76 1.35 0.70 0.73 0.70
C2 0.47 0.29 0.24 0.14 0.57 0.30 1.03 0.41 0.91 1.19 0.28 0.84 0.20 1.39 0.74 0.29 0.16 0.53 1.15 1.15 1.09 1.19 1.14
C2' 0.46 0.63 0.28 0.08 0.80 0.06 1.10 0.11 1.19 0.99 0.96 0.40 0.52 1.19 0.75 0.26 0.36 0.32 0.68 1.35 0.63 0.66 0.61
C3' 0.39 0.55 0.29 0.09 0.66 0.11 0.88 0.22 0.94 0.82 0.78 0.42 0.46 0.96 0.62 0.25 0.36 0.19 0.53 1.07 0.54 0.48 0.46
C4 0.35 1.12 0.26 0.25 0.32 0.43 0.24 0.63 0.39 0.88 0.98 1.44 0.78 0.86 0.40 0.29 0.13 0.51 1.36 0.21 1.36 1.40 1.39
C4' 0.46 0.71 0.36 0.09 0.76 0.08 0.94 0.16 0.99 0.84 0.89 0.59 0.62 0.97 0.69 0.27 0.34 0.25 0.46 1.08 0.49 0.41 0.39
C5 0.30 1.00 0.27 0.23 0.37 0.35 0.19 0.51 0.41 0.69 0.85 1.22 0.78 0.57 0.32 0.29 0.13 0.40 1.19 0.27 1.15 1.04 1.12
C5' 0.41 0.60 0.42 0.14 0.63 0.09 0.76 0.20 0.79 0.71 0.71 0.53 0.53 0.79 0.59 0.31 0.22 0.18 0.35 0.84 0.45 0.31 0.29
C6 0.34 0.50 0.26 0.13 0.22 0.21 0.44 0.29 0.23 0.81 0.26 0.81 0.38 0.81 0.47 0.29 0.10 0.35 0.94 0.34 0.88 0.78 0.84
N1 0.45 0.18 0.24 0.10 0.58 0.20 0.94 0.27 0.82 1.06 0.37 0.59 0.15 1.20 0.71 0.29 0.21 0.43 0.95 0.96 0.89 0.91 0.90
N3 0.42 0.78 0.24 0.20 0.31 0.40 0.67 0.56 0.36 1.11 0.48 1.27 0.49 1.24 0.60 0.29 0.08 0.56 1.32 0.60 1.30 1.41 1.35
N4 0.32 1.40 0.26 0.30 0.55 0.52 0.44 0.78 0.96 0.70 1.45 1.66 0.98 0.55 0.31 0.29 0.22 0.54 1.50 0.87 1.59 1.68 1.63
O2 0.53 0.21 0.23 0.12 0.76 0.28 1.27 0.38 1.31 1.27 0.70 0.55 0.25 1.54 0.84 0.28 0.22 0.55 1.12 1.64 1.06 1.21 1.13
O2' 0.57 0.99 0.34 0.09 1.01 0.10 1.31 0.11 1.48 1.10 1.33 0.77 0.80 1.33 0.88 0.27 0.35 0.40 0.68 1.65 0.62 0.68 0.62
O3' 0.39 0.67 0.31 0.10 0.68 0.15 0.89 0.31 0.99 0.78 0.88 0.57 0.54 0.94 0.61 0.27 0.34 0.16 0.46 1.12 0.50 0.41 0.38
O4' 0.49 0.69 0.31 0.11 0.83 0.11 1.02 0.13 1.05 0.93 0.90 0.49 0.62 1.06 0.76 0.27 0.41 0.32 0.56 1.12 0.53 0.48 0.47
O5' 0.49 0.53 0.50 0.27 0.63 0.09 0.75 0.13 0.74 0.79 0.64 0.47 0.50 0.84 0.65 0.35 0.03 0.29 0.47 0.79 0.51 0.45 0.41
OP1 0.15 0.24 0.09 0.15 0.09 0.51 0.08 0.76 0.12 0.16 0.20 0.32 0.19 0.13 0.09 0.15 0.01 0.41 0.56 0.13 0.64 0.49 0.55
OP2 0.17 0.56 0.11 0.12 0.35 0.24 0.29 0.36 0.39 0.19 0.51 0.65 0.49 0.20 0.21 0.07 0.02 0.21 0.43 0.36 0.55 0.25 0.34
P 0.03 0.26 0.13 0.02 0.10 0.22 0.13 0.35 0.16 0.23 0.22 0.36 0.21 0.22 0.10 0.12 0.01 0.12 0.28 0.17 0.42 0.19 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.02 0.13 0.37 0.23
C2 0.06 0.00 0.17 0.34 0.01 0.23 0.02 0.37 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.38 0.08 0.39 0.01 0.43 0.65 0.49
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.09 0.13 0.21 0.17 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.23 0.06 0.21 0.23 0.15
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.17 0.00 0.11 0.02 0.18 0.16 0.28 0.40 0.31 0.10 0.04 0.01 0.01 0.01 0.32 0.16 0.35 0.15 0.18
C4 0.03 0.01 0.07 0.17 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.16 0.04 0.37 0.01 0.38 0.56 0.43
C4' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.14 0.00 0.13 0.01 0.18 0.08 0.22 0.27 0.20 0.08 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.18 0.14 0.32 0.10
C5 0.01 0.02 0.04 0.11 0.00 0.13 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.04 0.46 0.01 0.49 0.62 0.51
C5' 0.04 0.37 0.02 0.02 0.25 0.01 0.26 0.00 0.34 0.14 0.39 0.41 0.31 0.19 0.13 0.03 0.03 0.02 0.01 0.35 0.21 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.18 0.01 0.18 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.18 0.05 0.48 0.00 0.57 0.69 0.57
C8 0.02 0.02 0.09 0.16 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.17 0.04 0.43 0.03 0.36 0.40 0.38
N1 0.05 0.00 0.13 0.28 0.01 0.22 0.01 0.39 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.31 0.07 0.45 0.01 0.53 0.69 0.55
N2 0.09 0.00 0.21 0.40 0.01 0.27 0.02 0.41 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.48 0.10 0.37 0.03 0.42 0.65 0.49
N3 0.06 0.01 0.17 0.31 0.00 0.20 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.33 0.07 0.33 0.01 0.35 0.58 0.43
N7 0.01 0.02 0.07 0.10 0.00 0.08 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.04 0.49 0.03 0.49 0.55 0.49
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.32 0.01 0.28 0.44 0.34
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.08 0.05 0.11 0.16 0.10 0.06 0.03 0.00 0.03 0.04 0.07 0.07 0.17 0.26 0.12
O3' 0.02 0.38 0.02 0.01 0.16 0.03 0.10 0.03 0.18 0.17 0.31 0.48 0.33 0.11 0.04 0.03 0.00 0.02 0.27 0.16 0.47 0.15 0.21
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.10 0.07 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.06 0.14 0.41 0.25
O5' 0.13 0.39 0.23 0.32 0.37 0.02 0.46 0.01 0.48 0.43 0.45 0.37 0.33 0.49 0.32 0.07 0.27 0.11 0.00 0.52 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.18 0.01 0.35 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.16 0.06 0.52 0.00 0.65 0.72 0.61
OP1 0.13 0.43 0.21 0.35 0.38 0.14 0.49 0.21 0.57 0.36 0.53 0.42 0.35 0.49 0.28 0.17 0.47 0.14 0.02 0.65 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.65 0.23 0.15 0.56 0.32 0.62 0.34 0.69 0.40 0.69 0.65 0.58 0.55 0.44 0.26 0.15 0.41 0.02 0.72 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.49 0.15 0.18 0.43 0.10 0.51 0.02 0.57 0.38 0.55 0.49 0.43 0.49 0.34 0.12 0.21 0.25 0.01 0.61 0.00 0.01 0.00