ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54138

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 1, 1, 0, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, -0.001, 0.006, 0.012, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, -0.005, 0.010, 0.026, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.010 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.015, 0.031, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C1' A 0, -0.002, 0.020, 0.042, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.020 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.010, 0.048, 0.085, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.048 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.065, 0.111, 0.158, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.111 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.017, 0.074, 0.131, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.074 std_dev=0.057
O2' A 0, 0.068, 0.155, 0.241, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.155 std_dev=0.086
C4' A 0, 0.046, 0.153, 0.260, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.153 std_dev=0.107
C5' A 0, 0.061, 0.180, 0.299, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.180 std_dev=0.119
O5' A 0, 0.036, 0.167, 0.299, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.167 std_dev=0.132
C3' A 0, 0.120, 0.253, 0.386, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.253 std_dev=0.133
O3' B 0, 0.078, 0.257, 0.435, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.257 std_dev=0.178
P A 0, 0.041, 0.229, 0.417, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.229 std_dev=0.188
C3' B 0, 0.099, 0.311, 0.524, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.311 std_dev=0.213
C2' B 0, 0.126, 0.357, 0.589, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.357 std_dev=0.232
OP2 A 0, 0.090, 0.339, 0.587, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.339 std_dev=0.249
OP1 A 0, 0.047, 0.308, 0.570, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.308 std_dev=0.261
O2' B 0, 0.159, 0.430, 0.701, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.430 std_dev=0.271
C4' B 0, 0.112, 0.429, 0.746, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.429 std_dev=0.317
O5' B 0, 0.098, 0.450, 0.803, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.450 std_dev=0.353
C5' B 0, 0.097, 0.468, 0.840, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.468 std_dev=0.371
C1' B 0, 0.124, 0.514, 0.903, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.514 std_dev=0.389
O4' B 0, 0.120, 0.532, 0.944, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.532 std_dev=0.412
O3' A 0, 0.475, 0.951, 1.426, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.951 std_dev=0.476
N9 B 0, 0.094, 0.603, 1.113, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.603 std_dev=0.510
P B 0, 0.060, 0.595, 1.129, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.595 std_dev=0.535
OP2 B 0, 0.040, 0.600, 1.159, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.600 std_dev=0.560
OP1 B 0, 0.135, 0.719, 1.303, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.719 std_dev=0.584
C8 B 0, 0.085, 0.697, 1.309, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.697 std_dev=0.612
C4 B 0, 0.087, 0.760, 1.433, 2.169 max_d=2.169 avg_d=0.760 std_dev=0.673
N7 B 0, 0.080, 0.818, 1.556, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.818 std_dev=0.738
C5 B 0, 0.084, 0.856, 1.627, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.856 std_dev=0.771
N3 B 0, 0.139, 0.927, 1.715, 2.453 max_d=2.453 avg_d=0.927 std_dev=0.788
C6 B 0, 0.074, 1.056, 2.038, 3.009 max_d=3.009 avg_d=1.056 std_dev=0.982
C2 B 0, 0.148, 1.162, 2.175, 3.023 max_d=3.023 avg_d=1.162 std_dev=1.014
O6 B 0, 0.082, 1.178, 2.274, 3.320 max_d=3.320 avg_d=1.178 std_dev=1.096
N1 B 0, 0.089, 1.190, 2.291, 3.279 max_d=3.279 avg_d=1.190 std_dev=1.101
N2 B 0, 0.224, 1.432, 2.639, 3.423 max_d=3.423 avg_d=1.432 std_dev=1.208

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.09 0.07 0.04
C2 0.03 0.00 0.05 0.06 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.10 0.03 0.06 0.07 0.16 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.10 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.07 0.07 0.08 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.12 0.08
C4 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.22 0.04 0.09 0.11 0.24 0.14
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05 0.05 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02
C5 0.04 0.02 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.25 0.05 0.09 0.12 0.24 0.15
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01
C6 0.03 0.02 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.21 0.05 0.08 0.09 0.17 0.11
N1 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.12 0.02 0.06 0.08 0.13 0.08
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.16 0.03 0.08 0.10 0.22 0.12
N4 0.04 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.24 0.05 0.09 0.12 0.26 0.14
O2 0.05 0.00 0.09 0.08 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.10 0.07 0.05 0.05 0.08 0.13 0.05
O2' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.05 0.05 0.10 0.00 0.24 0.04 0.05 0.07 0.09 0.06
O3' 0.02 0.10 0.05 0.00 0.22 0.05 0.25 0.06 0.21 0.12 0.16 0.24 0.07 0.24 0.00 0.02 0.25 0.18 0.35 0.26
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.00 0.07 0.11 0.04 0.06
O5' 0.04 0.06 0.03 0.07 0.09 0.02 0.09 0.01 0.08 0.06 0.08 0.09 0.05 0.05 0.25 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.07 0.04 0.04 0.11 0.06 0.12 0.03 0.09 0.08 0.10 0.12 0.08 0.07 0.18 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.16 0.10 0.12 0.24 0.03 0.24 0.04 0.17 0.13 0.22 0.26 0.13 0.09 0.35 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.05 0.08 0.14 0.02 0.15 0.01 0.11 0.08 0.12 0.14 0.05 0.06 0.26 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.17 0.09 0.06 0.15 0.18 0.14 0.19 0.14 0.15 0.14 0.20 0.18 0.15 0.15 0.12 0.09 0.24 0.16 0.14 0.11 0.18 0.11
C2 0.22 0.29 0.10 0.09 0.22 0.19 0.19 0.23 0.21 0.17 0.25 0.34 0.28 0.17 0.20 0.09 0.13 0.26 0.23 0.19 0.20 0.23 0.19
C2' 0.18 0.14 0.10 0.08 0.13 0.19 0.12 0.21 0.12 0.12 0.12 0.17 0.15 0.13 0.13 0.12 0.09 0.23 0.15 0.14 0.11 0.16 0.10
C3' 0.17 0.14 0.12 0.12 0.12 0.21 0.12 0.25 0.15 0.10 0.14 0.16 0.14 0.13 0.12 0.13 0.12 0.23 0.16 0.17 0.18 0.18 0.11
C4 0.27 0.33 0.15 0.15 0.27 0.25 0.24 0.27 0.25 0.20 0.29 0.36 0.32 0.20 0.24 0.13 0.17 0.30 0.27 0.23 0.21 0.27 0.23
C4' 0.17 0.15 0.10 0.10 0.14 0.22 0.15 0.27 0.17 0.13 0.16 0.16 0.15 0.16 0.13 0.11 0.08 0.23 0.15 0.19 0.19 0.18 0.12
C5 0.23 0.22 0.13 0.14 0.19 0.23 0.16 0.24 0.16 0.15 0.19 0.24 0.23 0.14 0.19 0.11 0.16 0.26 0.24 0.15 0.16 0.25 0.19
C5' 0.15 0.20 0.11 0.13 0.16 0.22 0.18 0.29 0.21 0.15 0.21 0.21 0.17 0.18 0.14 0.10 0.08 0.22 0.19 0.24 0.27 0.20 0.15
C6 0.18 0.16 0.09 0.09 0.14 0.19 0.10 0.21 0.10 0.09 0.13 0.19 0.17 0.08 0.13 0.09 0.14 0.23 0.21 0.09 0.12 0.22 0.15
N1 0.18 0.20 0.08 0.07 0.16 0.17 0.13 0.20 0.13 0.11 0.16 0.23 0.20 0.11 0.14 0.09 0.13 0.23 0.20 0.12 0.15 0.21 0.15
N3 0.26 0.35 0.13 0.13 0.28 0.23 0.24 0.26 0.26 0.19 0.31 0.40 0.34 0.19 0.24 0.11 0.16 0.29 0.26 0.24 0.23 0.26 0.23
N4 0.32 0.40 0.19 0.17 0.34 0.28 0.31 0.30 0.33 0.25 0.37 0.44 0.39 0.26 0.30 0.17 0.16 0.34 0.29 0.31 0.23 0.29 0.26
O2 0.23 0.31 0.10 0.08 0.24 0.19 0.21 0.22 0.23 0.20 0.27 0.37 0.29 0.21 0.21 0.10 0.11 0.27 0.22 0.22 0.20 0.23 0.20
O2' 0.18 0.15 0.10 0.09 0.15 0.19 0.16 0.21 0.16 0.18 0.14 0.17 0.16 0.20 0.15 0.12 0.10 0.24 0.15 0.19 0.14 0.13 0.13
O3' 0.25 0.18 0.26 0.23 0.16 0.26 0.15 0.28 0.17 0.15 0.17 0.20 0.19 0.16 0.18 0.30 0.26 0.27 0.17 0.20 0.31 0.15 0.17
O4' 0.19 0.16 0.11 0.08 0.14 0.21 0.14 0.22 0.14 0.14 0.14 0.17 0.16 0.15 0.15 0.15 0.07 0.24 0.15 0.15 0.08 0.19 0.09
O5' 0.09 0.24 0.03 0.06 0.15 0.18 0.17 0.22 0.22 0.08 0.25 0.28 0.21 0.14 0.08 0.07 0.01 0.16 0.11 0.23 0.23 0.14 0.08
OP1 0.05 0.36 0.07 0.02 0.25 0.11 0.27 0.18 0.33 0.19 0.37 0.39 0.30 0.24 0.14 0.06 0.02 0.06 0.13 0.34 0.34 0.16 0.17
OP2 0.10 0.42 0.13 0.04 0.27 0.03 0.28 0.09 0.35 0.24 0.41 0.48 0.35 0.26 0.17 0.14 0.01 0.04 0.12 0.36 0.24 0.14 0.10
P 0.02 0.30 0.05 0.01 0.19 0.08 0.20 0.12 0.26 0.16 0.30 0.34 0.25 0.19 0.10 0.06 0.01 0.05 0.11 0.27 0.23 0.13 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.19 0.15 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.21 0.16 0.04 0.01 0.09 0.09 0.12
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.11 0.15 0.23 0.19 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.02 0.11 0.09 0.14 0.17 0.13 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.11 0.06 0.10 0.06
C4 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.12 0.08 0.08 0.00 0.02 0.10 0.04
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.10 0.03 0.09 0.06 0.09 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.03 0.15 0.00 0.10 0.17 0.08
C5' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.06 0.19 0.04 0.13 0.09 0.17 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.10 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.11 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.15 0.06 0.14 0.00 0.08 0.18 0.06
C8 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.10 0.11 0.23 0.01 0.21 0.19 0.18
N1 0.02 0.00 0.15 0.14 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.19 0.12 0.09 0.01 0.04 0.13 0.06
N2 0.03 0.00 0.23 0.17 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.24 0.20 0.05 0.01 0.16 0.09 0.17
N3 0.02 0.00 0.19 0.13 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.18 0.16 0.03 0.01 0.09 0.08 0.12
N7 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.06 0.23 0.01 0.22 0.25 0.19
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.06 0.09 0.04
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.09 0.09 0.18 0.14 0.07 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.07 0.07 0.04
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.12 0.02 0.11 0.03 0.15 0.10 0.19 0.24 0.18 0.10 0.05 0.04 0.00 0.02 0.13 0.15 0.11 0.13 0.08
O4' 0.00 0.16 0.01 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.06 0.11 0.12 0.20 0.16 0.06 0.00 0.05 0.02 0.00 0.07 0.04 0.07 0.09 0.08
O5' 0.04 0.04 0.04 0.09 0.08 0.01 0.15 0.00 0.14 0.23 0.09 0.05 0.03 0.23 0.10 0.03 0.13 0.07 0.00 0.18 0.02 0.03 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.04 0.18 0.00 0.14 0.24 0.11
OP1 0.04 0.09 0.05 0.06 0.02 0.04 0.10 0.05 0.08 0.21 0.04 0.16 0.09 0.22 0.06 0.07 0.11 0.07 0.02 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.09 0.08 0.10 0.10 0.05 0.17 0.03 0.18 0.19 0.13 0.09 0.08 0.25 0.09 0.07 0.13 0.09 0.03 0.24 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.12 0.05 0.06 0.04 0.03 0.08 0.01 0.06 0.18 0.06 0.17 0.12 0.19 0.04 0.04 0.08 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00