ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54140

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.023, 0.040, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.008, 0.033, 0.057, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.033 std_dev=0.024
N3 A 0, -0.010, 0.018, 0.045, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.018 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.001, 0.039, 0.078, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.039 std_dev=0.038
O2 A 0, 0.022, 0.064, 0.105, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.064 std_dev=0.041
N4 A 0, 0.033, 0.097, 0.161, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.097 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.169, 0.351, 0.534, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.351 std_dev=0.183
O4' A 0, 0.079, 0.271, 0.463, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.271 std_dev=0.192
C2' B 0, 0.145, 0.358, 0.570, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.358 std_dev=0.213
O2' A 0, 0.235, 0.449, 0.663, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.449 std_dev=0.214
C1' B 0, 0.244, 0.490, 0.736, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.490 std_dev=0.246
C4' A 0, 0.129, 0.407, 0.685, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.407 std_dev=0.278
C3' A 0, 0.191, 0.472, 0.753, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.472 std_dev=0.281
N9 B 0, 0.175, 0.473, 0.770, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.473 std_dev=0.297
C4 B 0, 0.305, 0.605, 0.905, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.605 std_dev=0.300
C8 B 0, 0.228, 0.535, 0.841, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.535 std_dev=0.306
N3 B 0, 0.399, 0.728, 1.057, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.728 std_dev=0.329
N7 B 0, 0.316, 0.655, 0.994, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.655 std_dev=0.339
C5 B 0, 0.329, 0.673, 1.016, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.673 std_dev=0.344
C3' B 0, 0.427, 0.809, 1.191, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.809 std_dev=0.382
O3' A 0, 0.258, 0.641, 1.024, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.641 std_dev=0.383
O2' B 0, 0.221, 0.615, 1.008, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.615 std_dev=0.394
P A 0, 0.592, 0.987, 1.383, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.987 std_dev=0.396
C2 B 0, 0.461, 0.862, 1.264, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.862 std_dev=0.402
C6 B 0, 0.435, 0.837, 1.239, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.837 std_dev=0.402
N1 B 0, 0.478, 0.903, 1.327, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.903 std_dev=0.425
O4' B 0, 0.478, 0.941, 1.405, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.941 std_dev=0.463
O5' A 0, 0.489, 0.956, 1.423, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.956 std_dev=0.467
O3' B 0, 0.558, 1.025, 1.493, 1.515 max_d=1.515 avg_d=1.025 std_dev=0.468
O6 B 0, 0.501, 0.976, 1.452, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.976 std_dev=0.475
C5' A 0, 0.257, 0.735, 1.214, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.735 std_dev=0.479
O5' B 0, 0.719, 1.205, 1.690, 1.629 max_d=1.629 avg_d=1.205 std_dev=0.486
N2 B 0, 0.501, 1.019, 1.537, 2.000 max_d=2.000 avg_d=1.019 std_dev=0.518
OP1 A 0, 0.736, 1.260, 1.785, 2.017 max_d=2.017 avg_d=1.260 std_dev=0.525
C4' B 0, 0.627, 1.181, 1.735, 1.663 max_d=1.663 avg_d=1.181 std_dev=0.554
OP2 A 0, 0.567, 1.217, 1.867, 2.583 max_d=2.583 avg_d=1.217 std_dev=0.650
P B 0, 0.810, 1.648, 2.486, 2.550 max_d=2.550 avg_d=1.648 std_dev=0.838
OP2 B 0, 0.651, 1.590, 2.528, 2.712 max_d=2.712 avg_d=1.590 std_dev=0.939
C5' B 0, 0.991, 2.001, 3.012, 2.959 max_d=2.959 avg_d=2.001 std_dev=1.010
OP1 B 0, 1.303, 2.447, 3.592, 3.816 max_d=3.816 avg_d=2.447 std_dev=1.145

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.07 0.06 0.06 0.04 0.03 0.01 0.14 0.12 0.56 0.23
C2 0.06 0.00 0.13 0.13 0.01 0.09 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.15 0.05 0.28 0.17 0.50 0.20
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.14 0.03 0.11 0.02 0.09 0.07 0.14 0.15 0.16 0.00 0.03 0.01 0.06 0.07 0.57 0.20
C3' 0.03 0.13 0.00 0.00 0.14 0.01 0.13 0.03 0.12 0.07 0.14 0.16 0.17 0.02 0.01 0.04 0.07 0.12 0.57 0.22
C4 0.06 0.01 0.14 0.14 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.14 0.16 0.03 0.35 0.26 0.37 0.18
C4' 0.01 0.09 0.03 0.01 0.12 0.00 0.11 0.01 0.11 0.07 0.11 0.12 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.14 0.42 0.13
C5 0.03 0.02 0.11 0.13 0.00 0.11 0.00 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.15 0.01 0.36 0.27 0.36 0.18
C5' 0.03 0.13 0.02 0.03 0.19 0.01 0.20 0.00 0.18 0.13 0.17 0.19 0.12 0.09 0.08 0.03 0.01 0.25 0.18 0.02
C6 0.01 0.02 0.09 0.12 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.13 0.01 0.33 0.19 0.44 0.18
N1 0.03 0.01 0.07 0.07 0.03 0.07 0.01 0.13 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.08 0.03 0.27 0.15 0.51 0.20
N3 0.07 0.01 0.14 0.14 0.00 0.11 0.02 0.17 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.17 0.05 0.32 0.22 0.44 0.19
N4 0.06 0.02 0.15 0.16 0.00 0.12 0.01 0.19 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.16 0.19 0.02 0.35 0.32 0.32 0.19
O2 0.06 0.00 0.16 0.17 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.15 0.20 0.06 0.25 0.15 0.53 0.21
O2' 0.04 0.13 0.00 0.02 0.14 0.07 0.10 0.09 0.07 0.07 0.15 0.16 0.15 0.00 0.03 0.06 0.05 0.10 0.55 0.20
O3' 0.03 0.15 0.03 0.01 0.16 0.03 0.15 0.08 0.13 0.08 0.17 0.19 0.20 0.03 0.00 0.02 0.18 0.21 0.58 0.26
O4' 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.06 0.06 0.02 0.00 0.11 0.18 0.54 0.28
O5' 0.14 0.28 0.06 0.07 0.35 0.02 0.36 0.01 0.33 0.27 0.32 0.35 0.25 0.05 0.18 0.11 0.00 0.05 0.05 0.01
OP1 0.12 0.17 0.07 0.12 0.26 0.14 0.27 0.25 0.19 0.15 0.22 0.32 0.15 0.10 0.21 0.18 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.56 0.50 0.57 0.57 0.37 0.42 0.36 0.18 0.44 0.51 0.44 0.32 0.53 0.55 0.58 0.54 0.05 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.20 0.20 0.22 0.18 0.13 0.18 0.02 0.18 0.20 0.19 0.19 0.21 0.20 0.26 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.57 0.08 0.36 0.40 0.27 0.49 0.49 0.60 0.34 0.63 0.58 0.42 0.44 0.28 0.36 0.40 0.18 0.34 0.63 0.46 0.78 0.42
C2 0.17 0.26 0.14 0.29 0.26 0.27 0.45 0.54 0.54 0.36 0.44 0.30 0.16 0.47 0.24 0.39 0.31 0.21 0.39 0.64 0.54 0.99 0.57
C2' 0.16 0.64 0.10 0.28 0.39 0.22 0.50 0.45 0.65 0.32 0.72 0.73 0.44 0.43 0.26 0.41 0.34 0.14 0.37 0.71 0.49 0.77 0.42
C3' 0.19 0.52 0.21 0.20 0.26 0.19 0.33 0.41 0.48 0.23 0.57 0.63 0.33 0.28 0.17 0.53 0.30 0.11 0.39 0.53 0.52 0.63 0.38
C4 0.15 0.35 0.25 0.22 0.14 0.30 0.16 0.60 0.17 0.25 0.27 0.45 0.29 0.29 0.14 0.39 0.23 0.22 0.42 0.24 0.67 1.09 0.69
C4' 0.22 0.47 0.19 0.20 0.25 0.16 0.30 0.33 0.41 0.23 0.49 0.58 0.32 0.25 0.19 0.53 0.29 0.13 0.33 0.44 0.50 0.54 0.32
C5 0.14 0.27 0.27 0.22 0.12 0.32 0.13 0.63 0.16 0.22 0.23 0.34 0.23 0.23 0.13 0.39 0.23 0.24 0.42 0.19 0.61 1.03 0.64
C5' 0.34 0.31 0.36 0.10 0.13 0.17 0.16 0.22 0.22 0.30 0.31 0.43 0.18 0.22 0.23 0.64 0.17 0.23 0.34 0.25 0.52 0.39 0.29
C6 0.15 0.24 0.22 0.28 0.17 0.32 0.27 0.59 0.29 0.27 0.28 0.29 0.17 0.30 0.17 0.40 0.28 0.23 0.39 0.33 0.51 0.92 0.54
N1 0.16 0.35 0.14 0.31 0.30 0.28 0.42 0.54 0.49 0.33 0.46 0.34 0.23 0.42 0.24 0.40 0.33 0.21 0.37 0.54 0.49 0.91 0.51
N3 0.16 0.26 0.20 0.24 0.15 0.27 0.31 0.57 0.35 0.32 0.23 0.42 0.21 0.41 0.18 0.39 0.27 0.21 0.41 0.49 0.62 1.07 0.65
N4 0.15 0.48 0.27 0.20 0.24 0.30 0.18 0.61 0.28 0.18 0.46 0.57 0.38 0.20 0.14 0.37 0.22 0.22 0.42 0.22 0.76 1.12 0.74
O2 0.18 0.36 0.11 0.30 0.33 0.25 0.53 0.51 0.67 0.40 0.61 0.31 0.22 0.53 0.28 0.37 0.33 0.20 0.38 0.79 0.52 0.98 0.55
O2' 0.20 0.79 0.13 0.34 0.50 0.25 0.59 0.44 0.76 0.37 0.85 0.92 0.57 0.50 0.34 0.31 0.39 0.19 0.32 0.82 0.48 0.74 0.38
O3' 0.21 0.57 0.22 0.19 0.27 0.21 0.34 0.41 0.51 0.23 0.62 0.73 0.37 0.27 0.17 0.53 0.28 0.14 0.42 0.56 0.59 0.57 0.40
O4' 0.17 0.44 0.09 0.36 0.29 0.24 0.35 0.44 0.43 0.24 0.47 0.47 0.33 0.30 0.21 0.44 0.44 0.13 0.32 0.45 0.49 0.63 0.36
O5' 0.34 0.33 0.44 0.13 0.26 0.07 0.29 0.32 0.30 0.39 0.33 0.39 0.26 0.34 0.31 0.59 0.07 0.15 0.39 0.32 0.50 0.56 0.36
OP1 0.19 0.40 0.13 0.14 0.30 0.36 0.35 0.63 0.38 0.38 0.40 0.48 0.34 0.39 0.28 0.25 0.03 0.33 0.41 0.40 0.67 0.38 0.49
OP2 0.05 0.50 0.17 0.09 0.26 0.38 0.23 0.68 0.34 0.17 0.46 0.60 0.40 0.16 0.10 0.19 0.02 0.28 0.55 0.33 0.69 0.90 0.68
P 0.07 0.35 0.20 0.02 0.16 0.19 0.14 0.41 0.21 0.19 0.31 0.45 0.28 0.14 0.08 0.29 0.01 0.10 0.29 0.20 0.42 0.41 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.20 0.02 0.32 0.30 0.17
C2 0.03 0.00 0.25 0.38 0.01 0.17 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.45 0.05 0.32 0.01 0.24 0.48 0.17
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.11 0.01 0.04 0.02 0.09 0.13 0.19 0.32 0.25 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.27 0.07 0.37 0.32 0.18
C3' 0.04 0.38 0.01 0.00 0.21 0.01 0.14 0.03 0.21 0.16 0.32 0.46 0.35 0.10 0.08 0.04 0.01 0.01 0.36 0.18 0.41 0.33 0.24
C4 0.01 0.01 0.11 0.21 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.23 0.03 0.33 0.01 0.21 0.44 0.16
C4' 0.02 0.17 0.01 0.01 0.10 0.00 0.09 0.01 0.12 0.11 0.15 0.21 0.15 0.09 0.06 0.07 0.04 0.01 0.05 0.12 0.36 0.32 0.15
C5 0.01 0.01 0.04 0.14 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.02 0.39 0.01 0.22 0.51 0.23
C5' 0.05 0.26 0.02 0.03 0.18 0.01 0.20 0.00 0.23 0.18 0.26 0.29 0.22 0.19 0.13 0.07 0.07 0.02 0.02 0.24 0.21 0.39 0.03
C6 0.02 0.01 0.09 0.21 0.01 0.12 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.25 0.03 0.39 0.00 0.23 0.55 0.24
C8 0.01 0.01 0.13 0.16 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.17 0.03 0.42 0.02 0.24 0.42 0.22
N1 0.03 0.01 0.19 0.32 0.02 0.15 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.38 0.04 0.36 0.01 0.21 0.53 0.20
N2 0.05 0.00 0.32 0.46 0.02 0.21 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.21 0.56 0.07 0.30 0.03 0.28 0.48 0.17
N3 0.03 0.01 0.25 0.35 0.01 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.40 0.05 0.30 0.01 0.26 0.43 0.16
N7 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.02 0.44 0.02 0.28 0.52 0.29
N9 0.00 0.02 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.32 0.02 0.23 0.37 0.14
O2' 0.03 0.15 0.01 0.04 0.04 0.07 0.02 0.07 0.05 0.08 0.11 0.21 0.13 0.06 0.03 0.00 0.09 0.07 0.08 0.04 0.38 0.28 0.14
O3' 0.05 0.45 0.04 0.01 0.23 0.04 0.16 0.07 0.25 0.17 0.38 0.56 0.40 0.11 0.08 0.09 0.00 0.04 0.31 0.22 0.47 0.28 0.25
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.02 0.07 0.04 0.00 0.21 0.03 0.38 0.35 0.27
O5' 0.20 0.32 0.27 0.36 0.33 0.05 0.39 0.02 0.39 0.42 0.36 0.30 0.30 0.44 0.32 0.08 0.31 0.21 0.00 0.41 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.18 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.22 0.03 0.41 0.00 0.28 0.59 0.29
OP1 0.32 0.24 0.37 0.41 0.21 0.36 0.22 0.21 0.23 0.24 0.21 0.28 0.26 0.28 0.23 0.38 0.47 0.38 0.02 0.28 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.48 0.32 0.33 0.44 0.32 0.51 0.39 0.55 0.42 0.53 0.48 0.43 0.52 0.37 0.28 0.28 0.35 0.01 0.59 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.17 0.18 0.24 0.16 0.15 0.23 0.03 0.24 0.22 0.20 0.17 0.16 0.29 0.14 0.14 0.25 0.27 0.00 0.29 0.01 0.01 0.00