ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54143

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.013, 0.031, 0.050, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.031 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.030, 0.066, 0.103, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.066 std_dev=0.036
N4 A 0, 0.033, 0.070, 0.107, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.070 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.189, 0.438, 0.687, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.438 std_dev=0.249
C2' A 0, 0.313, 0.573, 0.832, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.573 std_dev=0.260
OP2 A 0, 0.423, 0.734, 1.045, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.734 std_dev=0.311
C4' A 0, 0.421, 0.768, 1.115, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.768 std_dev=0.347
C5' A 0, 0.470, 0.839, 1.208, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.839 std_dev=0.369
C3' A 0, 0.558, 0.951, 1.343, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.951 std_dev=0.393
O5' A 0, 0.489, 0.895, 1.301, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.895 std_dev=0.406
C4' B 0, 0.535, 0.971, 1.406, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.971 std_dev=0.436
P A 0, 0.577, 1.099, 1.621, 1.837 max_d=1.837 avg_d=1.099 std_dev=0.522
C2' B 0, 0.520, 1.057, 1.593, 1.680 max_d=1.680 avg_d=1.057 std_dev=0.537
O2' B 0, 0.488, 1.052, 1.615, 1.989 max_d=1.989 avg_d=1.052 std_dev=0.564
O2' A 0, 0.681, 1.279, 1.876, 1.779 max_d=1.779 avg_d=1.279 std_dev=0.597
C5' B 0, 0.727, 1.354, 1.982, 1.909 max_d=1.909 avg_d=1.354 std_dev=0.628
C3' B 0, 0.784, 1.417, 2.050, 2.142 max_d=2.142 avg_d=1.417 std_dev=0.633
O3' A 0, 1.071, 1.826, 2.581, 2.270 max_d=2.270 avg_d=1.826 std_dev=0.755
O3' B 0, 1.218, 2.115, 3.012, 2.924 max_d=2.924 avg_d=2.115 std_dev=0.897
OP1 A 0, 1.270, 2.259, 3.249, 3.083 max_d=3.083 avg_d=2.259 std_dev=0.989
O5' B 0, 1.302, 2.416, 3.530, 3.468 max_d=3.468 avg_d=2.416 std_dev=1.114
P B 0, 1.415, 2.575, 3.734, 3.674 max_d=3.674 avg_d=2.575 std_dev=1.159
C1' B 0, 1.763, 3.011, 4.258, 3.889 max_d=3.889 avg_d=3.011 std_dev=1.248
OP2 B 0, 1.576, 2.840, 4.104, 4.160 max_d=4.160 avg_d=2.840 std_dev=1.264
O4' B 0, 1.829, 3.114, 4.400, 4.045 max_d=4.045 avg_d=3.114 std_dev=1.285
C8 B 0, 1.986, 3.362, 4.738, 4.055 max_d=4.055 avg_d=3.362 std_dev=1.376
N9 B 0, 2.380, 4.035, 5.691, 4.895 max_d=4.895 avg_d=4.035 std_dev=1.656
OP1 B 0, 2.446, 4.207, 5.968, 5.547 max_d=5.547 avg_d=4.207 std_dev=1.761
N7 B 0, 2.847, 4.819, 6.791, 5.794 max_d=5.794 avg_d=4.819 std_dev=1.972
C4 B 0, 3.549, 6.012, 8.475, 7.261 max_d=7.261 avg_d=6.012 std_dev=2.463
C5 B 0, 3.849, 6.512, 9.174, 7.840 max_d=7.840 avg_d=6.512 std_dev=2.662
N3 B 0, 4.297, 7.287, 10.277, 8.758 max_d=8.758 avg_d=7.287 std_dev=2.990
C6 B 0, 5.087, 8.603, 12.119, 10.312 max_d=10.312 avg_d=8.603 std_dev=3.516
C2 B 0, 5.428, 9.195, 12.962, 11.011 max_d=11.011 avg_d=9.195 std_dev=3.767
O6 B 0, 5.573, 9.426, 13.279, 11.277 max_d=11.277 avg_d=9.426 std_dev=3.853
N1 B 0, 5.820, 9.847, 13.874, 11.786 max_d=11.786 avg_d=9.847 std_dev=4.027
N2 B 0, 6.289, 10.661, 15.034, 12.765 max_d=12.765 avg_d=10.661 std_dev=4.373

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.04 0.21 0.01 0.09 0.11 0.20 0.15
C2 0.03 0.00 0.07 0.05 0.02 0.03 0.03 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.23 0.06 0.13 0.12 0.28 0.17
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.09 0.01 0.17 0.13 0.18 0.05 0.04 0.09 0.18 0.00 0.03 0.02 0.28 0.23 0.24 0.25
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03 0.07 0.04 0.06 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.11 0.08 0.09 0.09
C4 0.01 0.02 0.09 0.06 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.24 0.19 0.03 0.19 0.20 0.37 0.23
C4' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.07 0.20 0.02 0.01 0.02 0.06 0.14 0.10
C5 0.01 0.03 0.17 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.30 0.16 0.08 0.20 0.21 0.38 0.24
C5' 0.04 0.09 0.13 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.07 0.09 0.10 0.11 0.09 0.12 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02
C6 0.02 0.02 0.18 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.26 0.14 0.09 0.18 0.17 0.34 0.21
N1 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.18 0.01 0.13 0.13 0.27 0.17
N3 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.22 0.04 0.15 0.16 0.33 0.20
N4 0.02 0.02 0.09 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.27 0.19 0.04 0.20 0.22 0.39 0.25
O2 0.07 0.01 0.18 0.08 0.03 0.07 0.03 0.11 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.17 0.28 0.13 0.12 0.10 0.25 0.15
O2' 0.04 0.08 0.00 0.04 0.24 0.20 0.30 0.09 0.26 0.12 0.15 0.27 0.17 0.00 0.10 0.12 0.19 0.14 0.31 0.20
O3' 0.21 0.23 0.03 0.02 0.19 0.02 0.16 0.12 0.14 0.18 0.22 0.19 0.28 0.10 0.00 0.13 0.12 0.18 0.14 0.13
O4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.04 0.04 0.13 0.12 0.13 0.00 0.12 0.21 0.34 0.26
O5' 0.09 0.13 0.28 0.11 0.19 0.02 0.20 0.01 0.18 0.13 0.15 0.20 0.12 0.19 0.12 0.12 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.11 0.12 0.23 0.08 0.20 0.06 0.21 0.07 0.17 0.13 0.16 0.22 0.10 0.14 0.18 0.21 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.28 0.24 0.09 0.37 0.14 0.38 0.05 0.34 0.27 0.33 0.39 0.25 0.31 0.14 0.34 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.17 0.25 0.09 0.23 0.10 0.24 0.02 0.21 0.17 0.20 0.25 0.15 0.20 0.13 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.50 1.11 0.24 0.22 0.83 0.21 0.81 0.22 0.95 0.48 1.09 1.20 0.99 0.61 0.61 0.25 0.30 0.51 0.22 0.94 0.35 0.18 0.12
C2 0.45 1.24 0.16 0.18 0.89 0.16 0.94 0.19 1.16 0.51 1.31 1.34 1.03 0.70 0.61 0.22 0.31 0.46 0.28 1.19 0.46 0.12 0.17
C2' 0.42 0.95 0.15 0.21 0.68 0.22 0.69 0.18 0.83 0.43 0.95 1.05 0.81 0.54 0.50 0.21 0.31 0.47 0.16 0.84 0.41 0.16 0.18
C3' 0.43 0.80 0.18 0.15 0.61 0.20 0.60 0.22 0.70 0.40 0.79 0.87 0.71 0.48 0.48 0.22 0.18 0.50 0.15 0.71 0.24 0.24 0.11
C4 0.37 1.06 0.13 0.19 0.80 0.14 0.91 0.20 1.12 0.50 1.18 1.10 0.87 0.72 0.55 0.18 0.32 0.40 0.34 1.21 0.50 0.16 0.22
C4' 0.44 0.76 0.23 0.18 0.59 0.22 0.55 0.24 0.63 0.36 0.72 0.83 0.71 0.42 0.47 0.26 0.18 0.49 0.17 0.61 0.23 0.20 0.10
C5 0.35 0.91 0.14 0.18 0.73 0.13 0.82 0.17 0.98 0.50 1.01 0.93 0.77 0.68 0.52 0.15 0.30 0.39 0.26 1.04 0.44 0.17 0.14
C5' 0.35 0.49 0.16 0.11 0.39 0.17 0.37 0.22 0.41 0.29 0.46 0.55 0.46 0.31 0.34 0.23 0.07 0.41 0.15 0.40 0.22 0.21 0.15
C6 0.41 0.94 0.16 0.19 0.75 0.15 0.81 0.17 0.94 0.50 0.99 0.96 0.82 0.65 0.56 0.17 0.31 0.45 0.19 0.96 0.40 0.16 0.08
N1 0.46 1.11 0.18 0.19 0.84 0.17 0.86 0.18 1.03 0.50 1.14 1.18 0.96 0.66 0.60 0.21 0.31 0.48 0.22 1.04 0.40 0.12 0.10
N3 0.41 1.21 0.14 0.18 0.87 0.16 0.96 0.20 1.21 0.51 1.32 1.28 0.99 0.73 0.59 0.20 0.32 0.43 0.34 1.28 0.50 0.15 0.22
N4 0.33 1.02 0.13 0.19 0.76 0.15 0.89 0.22 1.12 0.48 1.16 1.06 0.82 0.72 0.52 0.17 0.32 0.36 0.39 1.24 0.55 0.22 0.29
O2 0.47 1.33 0.17 0.18 0.91 0.17 0.94 0.19 1.19 0.51 1.37 1.47 1.09 0.69 0.62 0.24 0.30 0.47 0.28 1.21 0.46 0.12 0.18
O2' 0.47 1.17 0.30 0.21 0.81 0.16 0.81 0.12 0.99 0.46 1.15 1.33 1.00 0.60 0.58 0.33 0.27 0.45 0.12 0.99 0.42 0.12 0.11
O3' 0.45 0.85 0.27 0.18 0.62 0.22 0.59 0.26 0.69 0.37 0.82 0.97 0.76 0.44 0.47 0.33 0.13 0.51 0.20 0.68 0.22 0.23 0.12
O4' 0.53 0.93 0.27 0.26 0.74 0.31 0.69 0.31 0.78 0.44 0.89 0.99 0.88 0.53 0.58 0.27 0.34 0.55 0.25 0.76 0.31 0.19 0.15
O5' 0.24 0.36 0.09 0.05 0.29 0.11 0.29 0.26 0.33 0.24 0.36 0.40 0.33 0.26 0.25 0.25 0.05 0.34 0.25 0.34 0.14 0.27 0.20
OP1 0.30 0.30 0.24 0.11 0.29 0.19 0.26 0.14 0.25 0.24 0.27 0.31 0.31 0.23 0.28 0.49 0.03 0.21 0.11 0.24 0.10 0.12 0.09
OP2 0.19 0.21 0.07 0.07 0.24 0.13 0.30 0.36 0.32 0.28 0.27 0.18 0.19 0.31 0.23 0.16 0.02 0.28 0.40 0.35 0.24 0.46 0.36
P 0.11 0.08 0.06 0.02 0.09 0.05 0.12 0.23 0.13 0.13 0.10 0.10 0.07 0.14 0.10 0.27 0.01 0.17 0.25 0.15 0.10 0.26 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.06 0.04 0.03 0.07 0.10 0.08 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.22 0.03 0.25 0.08 0.12
C2 0.08 0.00 0.14 0.12 0.01 0.10 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.08 0.07 0.29 0.02 0.24 0.18 0.19
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.10 0.04 0.16 0.08 0.20 0.14 0.14 0.04 0.00 0.03 0.02 0.22 0.08 0.39 0.21 0.24
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.08 0.08 0.16 0.12 0.08 0.04 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.26 0.04 0.08
C4 0.04 0.01 0.04 0.05 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.32 0.02 0.27 0.18 0.21
C4' 0.03 0.10 0.02 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.13 0.15 0.11 0.13 0.10 0.16 0.08 0.13 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.18 0.07
C5 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.06 0.05 0.37 0.02 0.32 0.26 0.29
C5' 0.06 0.08 0.10 0.02 0.12 0.01 0.19 0.00 0.20 0.22 0.14 0.05 0.05 0.24 0.13 0.05 0.10 0.03 0.01 0.24 0.14 0.15 0.03
C6 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.13 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.05 0.06 0.38 0.01 0.33 0.30 0.30
C8 0.03 0.01 0.16 0.08 0.00 0.15 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.11 0.04 0.39 0.03 0.35 0.24 0.30
N1 0.07 0.00 0.08 0.08 0.02 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.06 0.07 0.33 0.02 0.28 0.25 0.25
N2 0.10 0.01 0.20 0.16 0.02 0.13 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.26 0.13 0.08 0.26 0.03 0.21 0.16 0.16
N3 0.08 0.01 0.14 0.12 0.00 0.10 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.16 0.07 0.06 0.26 0.02 0.23 0.14 0.16
N7 0.02 0.02 0.14 0.08 0.01 0.16 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.10 0.05 0.41 0.03 0.38 0.31 0.34
N9 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.11 0.06 0.02 0.31 0.02 0.28 0.15 0.20
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.05 0.13 0.12 0.05 0.09 0.25 0.09 0.26 0.16 0.23 0.11 0.00 0.15 0.05 0.14 0.14 0.35 0.27 0.25
O3' 0.06 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.10 0.05 0.11 0.06 0.13 0.07 0.10 0.06 0.15 0.00 0.11 0.16 0.07 0.15 0.12 0.08
O4' 0.01 0.07 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.05 0.02 0.05 0.11 0.00 0.15 0.07 0.15 0.15 0.10
O5' 0.22 0.29 0.22 0.06 0.32 0.01 0.37 0.01 0.38 0.39 0.33 0.26 0.26 0.41 0.31 0.14 0.16 0.15 0.00 0.40 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.04 0.02 0.15 0.02 0.24 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.14 0.07 0.07 0.40 0.00 0.37 0.36 0.35
OP1 0.25 0.24 0.39 0.26 0.27 0.17 0.32 0.14 0.33 0.35 0.28 0.21 0.23 0.38 0.28 0.35 0.15 0.15 0.02 0.37 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.18 0.21 0.04 0.18 0.18 0.26 0.15 0.30 0.24 0.25 0.16 0.14 0.31 0.15 0.27 0.12 0.15 0.03 0.36 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.19 0.24 0.08 0.21 0.07 0.29 0.03 0.30 0.30 0.25 0.16 0.16 0.34 0.20 0.25 0.08 0.10 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00