ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54144

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.027, 0.049, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.002, 0.028, 0.053, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.028 std_dev=0.026
C6 A 0, -0.002, 0.025, 0.051, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.025 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.001, 0.029, 0.056, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.029 std_dev=0.027
C4 A 0, -0.005, 0.023, 0.051, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.023 std_dev=0.028
O2 A 0, -0.004, 0.064, 0.132, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.064 std_dev=0.068
N4 A 0, -0.018, 0.065, 0.148, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.065 std_dev=0.083
O2' B 0, 0.257, 0.525, 0.793, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.525 std_dev=0.268
O4' A 0, 0.056, 0.327, 0.598, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.327 std_dev=0.271
C2' B 0, 0.247, 0.519, 0.791, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.519 std_dev=0.272
O3' B 0, 0.133, 0.437, 0.742, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.437 std_dev=0.305
C3' B 0, 0.108, 0.452, 0.796, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.452 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.161, 0.521, 0.881, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.521 std_dev=0.360
P A 0, 0.237, 0.612, 0.988, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.612 std_dev=0.376
C4' A 0, 0.097, 0.494, 0.892, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.494 std_dev=0.397
C3' A 0, 0.119, 0.534, 0.948, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.534 std_dev=0.414
C2' A 0, 0.034, 0.457, 0.881, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.457 std_dev=0.424
C5' B 0, 0.272, 0.708, 1.143, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.708 std_dev=0.436
OP1 A 0, 0.155, 0.596, 1.036, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.596 std_dev=0.441
O4' B 0, 0.235, 0.685, 1.136, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.685 std_dev=0.450
OP1 B 0, 0.266, 0.759, 1.253, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.759 std_dev=0.493
C1' B 0, 0.176, 0.675, 1.173, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.675 std_dev=0.499
O5' B 0, 0.275, 0.781, 1.287, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.781 std_dev=0.506
O5' A 0, 0.268, 0.787, 1.305, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.787 std_dev=0.518
P B 0, 0.207, 0.737, 1.268, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.737 std_dev=0.531
OP2 A 0, 0.305, 0.885, 1.464, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.885 std_dev=0.579
C5' A 0, 0.138, 0.723, 1.308, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.723 std_dev=0.585
OP2 B 0, 0.316, 0.940, 1.564, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.940 std_dev=0.624
O3' A 0, 0.165, 0.800, 1.436, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.800 std_dev=0.636
N9 B 0, 0.122, 0.896, 1.670, 2.501 max_d=2.501 avg_d=0.896 std_dev=0.774
O2' A 0, -0.015, 0.796, 1.608, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.796 std_dev=0.811
C8 B 0, 0.127, 0.964, 1.802, 2.668 max_d=2.668 avg_d=0.964 std_dev=0.838
C4 B 0, 0.054, 1.139, 2.225, 3.435 max_d=3.435 avg_d=1.139 std_dev=1.086
N7 B 0, 0.066, 1.197, 2.328, 3.532 max_d=3.532 avg_d=1.197 std_dev=1.131
N3 B 0, 0.056, 1.257, 2.458, 3.830 max_d=3.830 avg_d=1.257 std_dev=1.201
C5 B 0, 0.012, 1.290, 2.569, 3.977 max_d=3.977 avg_d=1.290 std_dev=1.278
C2 B 0, 0.006, 1.524, 3.043, 4.781 max_d=4.781 avg_d=1.524 std_dev=1.518
C6 B 0, -0.038, 1.564, 3.166, 4.953 max_d=4.953 avg_d=1.564 std_dev=1.602
N2 B 0, 0.020, 1.718, 3.415, 5.369 max_d=5.369 avg_d=1.718 std_dev=1.697
N1 B 0, -0.042, 1.657, 3.355, 5.285 max_d=5.285 avg_d=1.657 std_dev=1.699
O6 B 0, -0.047, 1.751, 3.549, 5.543 max_d=5.543 avg_d=1.751 std_dev=1.798

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.00 0.14 0.19 0.40 0.22
C2 0.02 0.00 0.08 0.21 0.00 0.05 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.09 0.04 0.16 0.21 0.47 0.25
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.12 0.03 0.21 0.18 0.22 0.07 0.05 0.14 0.22 0.00 0.01 0.01 0.30 0.29 0.56 0.36
C3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.22 0.00 0.17 0.03 0.13 0.15 0.24 0.23 0.21 0.01 0.00 0.03 0.09 0.12 0.32 0.17
C4 0.01 0.00 0.12 0.22 0.00 0.07 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 0.15 0.03 0.21 0.24 0.48 0.27
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.07 0.04 0.29 0.02 0.00 0.02 0.12 0.20 0.09
C5 0.01 0.00 0.21 0.17 0.00 0.08 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.40 0.13 0.07 0.20 0.24 0.48 0.27
C5' 0.12 0.19 0.18 0.03 0.25 0.01 0.27 0.00 0.26 0.20 0.22 0.26 0.15 0.13 0.20 0.03 0.00 0.17 0.08 0.02
C6 0.02 0.00 0.22 0.13 0.00 0.07 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.32 0.07 0.08 0.18 0.22 0.46 0.26
N1 0.01 0.00 0.07 0.15 0.00 0.04 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.06 0.01 0.15 0.20 0.45 0.25
N3 0.01 0.00 0.05 0.24 0.00 0.06 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.13 0.02 0.19 0.23 0.49 0.27
N4 0.01 0.00 0.14 0.23 0.00 0.07 0.00 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.44 0.19 0.04 0.22 0.25 0.48 0.28
O2 0.03 0.00 0.22 0.21 0.00 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.11 0.09 0.15 0.20 0.47 0.25
O2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.40 0.29 0.40 0.13 0.32 0.22 0.32 0.44 0.11 0.00 0.04 0.17 0.20 0.21 0.58 0.31
O3' 0.19 0.09 0.01 0.00 0.15 0.02 0.13 0.20 0.07 0.06 0.13 0.19 0.11 0.04 0.00 0.13 0.26 0.25 0.35 0.28
O4' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.07 0.03 0.08 0.01 0.02 0.04 0.09 0.17 0.13 0.00 0.12 0.28 0.35 0.26
O5' 0.14 0.16 0.30 0.09 0.21 0.02 0.20 0.00 0.18 0.15 0.19 0.22 0.15 0.20 0.26 0.12 0.00 0.04 0.01 0.00
OP1 0.19 0.21 0.29 0.12 0.24 0.12 0.24 0.17 0.22 0.20 0.23 0.25 0.20 0.21 0.25 0.28 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.40 0.47 0.56 0.32 0.48 0.20 0.48 0.08 0.46 0.45 0.49 0.48 0.47 0.58 0.35 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.25 0.36 0.17 0.27 0.09 0.27 0.02 0.26 0.25 0.27 0.28 0.25 0.31 0.28 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.70 0.26 0.29 0.62 0.33 0.72 0.50 0.81 0.57 0.79 0.69 0.60 0.70 0.50 0.18 0.24 0.35 0.17 0.88 0.22 0.25 0.13
C2 0.40 0.84 0.26 0.31 0.76 0.40 0.91 0.56 1.01 0.73 0.97 0.82 0.73 0.90 0.63 0.12 0.22 0.47 0.23 1.11 0.20 0.20 0.21
C2' 0.24 0.38 0.17 0.29 0.36 0.43 0.48 0.62 0.54 0.42 0.48 0.36 0.32 0.51 0.32 0.19 0.28 0.38 0.35 0.62 0.50 0.26 0.41
C3' 0.15 0.32 0.14 0.19 0.29 0.23 0.38 0.40 0.41 0.34 0.37 0.32 0.27 0.42 0.25 0.14 0.16 0.21 0.13 0.47 0.27 0.26 0.11
C4 0.51 0.91 0.33 0.34 0.86 0.44 1.01 0.56 1.10 0.85 1.04 0.88 0.81 1.02 0.74 0.21 0.24 0.56 0.28 1.19 0.29 0.19 0.26
C4' 0.13 0.36 0.14 0.17 0.29 0.19 0.33 0.33 0.38 0.25 0.39 0.38 0.30 0.32 0.22 0.20 0.17 0.16 0.16 0.41 0.29 0.27 0.12
C5 0.45 0.77 0.30 0.33 0.73 0.43 0.84 0.56 0.90 0.73 0.86 0.74 0.69 0.85 0.64 0.20 0.24 0.51 0.24 0.96 0.23 0.22 0.19
C5' 0.16 0.24 0.14 0.18 0.14 0.16 0.11 0.27 0.14 0.09 0.21 0.30 0.21 0.07 0.10 0.20 0.17 0.14 0.29 0.13 0.46 0.36 0.31
C6 0.35 0.67 0.24 0.30 0.63 0.39 0.72 0.55 0.78 0.61 0.75 0.66 0.60 0.72 0.54 0.14 0.22 0.42 0.20 0.84 0.20 0.26 0.14
N1 0.35 0.74 0.24 0.30 0.67 0.38 0.78 0.54 0.87 0.63 0.84 0.72 0.64 0.77 0.56 0.13 0.22 0.41 0.20 0.94 0.19 0.23 0.16
N3 0.47 0.93 0.30 0.33 0.85 0.43 1.02 0.57 1.13 0.83 1.07 0.90 0.81 1.02 0.72 0.17 0.22 0.53 0.27 1.24 0.26 0.21 0.26
N4 0.58 1.03 0.38 0.35 0.97 0.45 1.14 0.52 1.24 0.97 1.17 0.99 0.91 1.17 0.84 0.28 0.25 0.61 0.33 1.35 0.41 0.27 0.32
O2 0.38 0.86 0.25 0.30 0.76 0.39 0.91 0.56 1.03 0.71 0.99 0.84 0.73 0.90 0.62 0.11 0.22 0.45 0.23 1.14 0.20 0.21 0.23
O2' 0.21 0.48 0.16 0.28 0.43 0.46 0.57 0.73 0.65 0.50 0.59 0.47 0.38 0.61 0.37 0.18 0.25 0.39 0.56 0.74 0.86 0.53 0.70
O3' 0.23 0.33 0.23 0.25 0.31 0.28 0.37 0.39 0.39 0.36 0.36 0.36 0.31 0.42 0.28 0.27 0.25 0.26 0.20 0.44 0.31 0.26 0.13
O4' 0.38 0.71 0.36 0.39 0.63 0.39 0.68 0.49 0.75 0.55 0.76 0.72 0.64 0.64 0.53 0.29 0.37 0.40 0.27 0.78 0.22 0.37 0.18
O5' 0.14 0.20 0.11 0.03 0.09 0.05 0.05 0.17 0.04 0.14 0.12 0.28 0.20 0.14 0.07 0.18 0.02 0.06 0.12 0.07 0.39 0.16 0.12
OP1 0.30 0.42 0.19 0.09 0.35 0.15 0.31 0.20 0.34 0.25 0.39 0.46 0.41 0.27 0.29 0.17 0.02 0.20 0.16 0.33 0.26 0.39 0.17
OP2 0.07 0.22 0.04 0.07 0.06 0.11 0.10 0.30 0.07 0.25 0.12 0.33 0.21 0.24 0.07 0.10 0.02 0.07 0.26 0.12 0.28 0.39 0.25
P 0.14 0.21 0.08 0.03 0.11 0.07 0.07 0.19 0.07 0.15 0.14 0.28 0.21 0.14 0.08 0.10 0.01 0.07 0.08 0.07 0.30 0.29 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.13 0.01 0.10 0.63 0.25
C2 0.03 0.00 0.22 0.17 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.20 0.14 0.31 0.01 0.21 0.70 0.32
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.10 0.17 0.27 0.22 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.25 0.07 0.19 0.40 0.07
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.14 0.01 0.18 0.02 0.19 0.21 0.18 0.19 0.15 0.22 0.13 0.03 0.01 0.02 0.32 0.21 0.29 0.29 0.08
C4 0.01 0.00 0.12 0.14 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.14 0.08 0.37 0.01 0.30 0.72 0.37
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.08 0.20 0.04 0.12 0.08 0.18 0.08 0.14 0.04 0.00 0.02 0.11 0.15 0.43 0.11
C5 0.01 0.00 0.06 0.18 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.19 0.05 0.51 0.01 0.46 0.80 0.51
C5' 0.04 0.11 0.01 0.02 0.14 0.01 0.24 0.00 0.23 0.34 0.15 0.12 0.09 0.35 0.18 0.12 0.07 0.02 0.01 0.28 0.18 0.29 0.02
C6 0.01 0.00 0.10 0.19 0.00 0.08 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.20 0.07 0.52 0.00 0.47 0.81 0.52
C8 0.01 0.00 0.10 0.21 0.00 0.20 0.00 0.34 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.21 0.08 0.57 0.01 0.51 0.80 0.55
N1 0.02 0.00 0.17 0.18 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.20 0.12 0.42 0.00 0.34 0.76 0.42
N2 0.03 0.00 0.27 0.19 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.24 0.17 0.25 0.01 0.13 0.67 0.26
N3 0.03 0.00 0.22 0.15 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.18 0.14 0.26 0.00 0.17 0.68 0.29
N7 0.01 0.00 0.05 0.22 0.00 0.18 0.00 0.35 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.24 0.04 0.62 0.01 0.60 0.86 0.62
N9 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.36 0.01 0.30 0.71 0.37
O2' 0.03 0.22 0.00 0.03 0.10 0.14 0.10 0.12 0.11 0.14 0.16 0.29 0.21 0.14 0.06 0.00 0.03 0.13 0.11 0.11 0.18 0.42 0.10
O3' 0.02 0.20 0.03 0.01 0.14 0.04 0.19 0.07 0.20 0.21 0.20 0.24 0.18 0.24 0.11 0.03 0.00 0.03 0.33 0.23 0.46 0.19 0.19
O4' 0.00 0.14 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.02 0.07 0.08 0.12 0.17 0.14 0.04 0.01 0.13 0.03 0.00 0.17 0.06 0.13 0.70 0.34
O5' 0.13 0.31 0.25 0.32 0.37 0.02 0.51 0.01 0.52 0.57 0.42 0.25 0.26 0.62 0.36 0.11 0.33 0.17 0.00 0.58 0.03 0.06 0.00
O6 0.01 0.01 0.07 0.21 0.01 0.11 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.23 0.06 0.58 0.00 0.57 0.87 0.60
OP1 0.10 0.21 0.19 0.29 0.30 0.15 0.46 0.18 0.47 0.51 0.34 0.13 0.17 0.60 0.30 0.18 0.46 0.13 0.03 0.57 0.00 0.04 0.01
OP2 0.63 0.70 0.40 0.29 0.72 0.43 0.80 0.29 0.81 0.80 0.76 0.67 0.68 0.86 0.71 0.42 0.19 0.70 0.06 0.87 0.04 0.00 0.01
P 0.25 0.32 0.07 0.08 0.37 0.11 0.51 0.02 0.52 0.55 0.42 0.26 0.29 0.62 0.37 0.10 0.19 0.34 0.00 0.60 0.01 0.01 0.00