ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54145

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.031 std_dev=0.018
O4' A 0, -0.001, 0.083, 0.167, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.083 std_dev=0.084
C2' A 0, -0.011, 0.093, 0.196, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.093 std_dev=0.103
O3' A 0, -0.006, 0.194, 0.394, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.194 std_dev=0.200
O2' A 0, -0.053, 0.168, 0.389, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.168 std_dev=0.221
C3' A 0, -0.026, 0.210, 0.446, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.210 std_dev=0.236
C4' A 0, -0.046, 0.301, 0.648, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.301 std_dev=0.347
O2' B 0, 0.115, 0.617, 1.119, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.617 std_dev=0.502
C2' B 0, 0.102, 0.614, 1.125, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.614 std_dev=0.511
C3' B 0, -0.002, 0.632, 1.266, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.632 std_dev=0.634
C5' A 0, -0.118, 0.651, 1.420, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.651 std_dev=0.769
O5' A 0, -0.212, 0.558, 1.328, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.558 std_dev=0.770
O3' B 0, -0.198, 0.657, 1.513, 2.294 max_d=2.294 avg_d=0.657 std_dev=0.855
C4' B 0, -0.236, 0.867, 1.969, 3.006 max_d=3.006 avg_d=0.867 std_dev=1.103
P A 0, -0.473, 0.706, 1.884, 3.047 max_d=3.047 avg_d=0.706 std_dev=1.178
C1' B 0, -0.149, 1.046, 2.241, 3.244 max_d=3.244 avg_d=1.046 std_dev=1.195
O4' B 0, -0.271, 1.029, 2.329, 3.538 max_d=3.538 avg_d=1.029 std_dev=1.300
C5' B 0, -0.253, 1.114, 2.481, 3.750 max_d=3.750 avg_d=1.114 std_dev=1.367
OP1 A 0, -0.418, 0.979, 2.377, 3.693 max_d=3.693 avg_d=0.979 std_dev=1.397
N9 B 0, -0.282, 1.528, 3.338, 4.825 max_d=4.825 avg_d=1.528 std_dev=1.810
O5' B 0, -0.554, 1.401, 3.356, 5.252 max_d=5.252 avg_d=1.401 std_dev=1.955
OP2 A 0, -0.837, 1.163, 3.163, 5.154 max_d=5.154 avg_d=1.163 std_dev=2.000
C8 B 0, -0.247, 1.796, 3.838, 5.481 max_d=5.481 avg_d=1.796 std_dev=2.043
OP2 B 0, -0.199, 1.918, 4.035, 5.388 max_d=5.388 avg_d=1.918 std_dev=2.117
C4 B 0, -0.522, 2.013, 4.549, 6.656 max_d=6.656 avg_d=2.013 std_dev=2.536
P B 0, -0.739, 1.803, 4.345, 6.782 max_d=6.782 avg_d=1.803 std_dev=2.542
N7 B 0, -0.434, 2.311, 5.055, 7.294 max_d=7.294 avg_d=2.311 std_dev=2.744
N3 B 0, -0.594, 2.234, 5.062, 7.432 max_d=7.432 avg_d=2.234 std_dev=2.828
C5 B 0, -0.617, 2.421, 5.458, 7.968 max_d=7.968 avg_d=2.421 std_dev=3.037
OP1 B 0, -1.277, 2.126, 5.530, 8.901 max_d=8.901 avg_d=2.126 std_dev=3.404
C2 B 0, -0.781, 2.831, 6.443, 9.456 max_d=9.456 avg_d=2.831 std_dev=3.612
C6 B 0, -0.868, 2.999, 6.865, 10.062 max_d=10.062 avg_d=2.999 std_dev=3.867
N1 B 0, -0.935, 3.143, 7.221, 10.605 max_d=10.605 avg_d=3.143 std_dev=4.078
N2 B 0, -0.828, 3.261, 7.350, 10.762 max_d=10.762 avg_d=3.261 std_dev=4.089
O6 B 0, -0.975, 3.454, 7.883, 11.525 max_d=11.525 avg_d=3.454 std_dev=4.429

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.13 0.24 0.15
C2 0.02 0.00 0.04 0.12 0.00 0.06 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.08 0.02 0.34 0.26 0.78 0.48
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.03 0.07 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.01 0.02 0.03 0.19 0.17 0.20 0.19
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.12 0.01 0.10 0.05 0.07 0.08 0.13 0.13 0.12 0.01 0.02 0.04 0.31 0.34 0.17 0.25
C4 0.02 0.00 0.06 0.12 0.00 0.14 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.10 0.02 0.50 0.45 1.21 0.73
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.15 0.08 0.10 0.16 0.02 0.09 0.06 0.00 0.05 0.09 0.15 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.17 0.00 0.43 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.03 0.49 0.45 1.16 0.72
C5' 0.05 0.22 0.04 0.05 0.39 0.01 0.43 0.00 0.37 0.23 0.30 0.43 0.12 0.09 0.07 0.01 0.01 0.26 0.25 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.15 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.39 0.33 0.86 0.55
N1 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.08 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.29 0.23 0.65 0.41
N3 0.02 0.00 0.05 0.13 0.00 0.10 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.09 0.02 0.44 0.37 1.04 0.63
N4 0.02 0.00 0.06 0.13 0.00 0.16 0.00 0.43 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.11 0.03 0.54 0.52 1.38 0.82
O2 0.01 0.00 0.05 0.12 0.01 0.02 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.07 0.01 0.27 0.19 0.63 0.38
O2' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.11 0.09 0.07 0.09 0.04 0.06 0.13 0.11 0.13 0.00 0.04 0.11 0.14 0.12 0.12 0.13
O3' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.10 0.06 0.09 0.07 0.07 0.06 0.09 0.11 0.07 0.04 0.00 0.04 0.22 0.36 0.12 0.13
O4' 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.11 0.04 0.00 0.10 0.22 0.02 0.02
O5' 0.09 0.34 0.19 0.31 0.50 0.05 0.49 0.01 0.39 0.29 0.44 0.54 0.27 0.14 0.22 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.13 0.26 0.17 0.34 0.45 0.09 0.45 0.26 0.33 0.23 0.37 0.52 0.19 0.12 0.36 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.78 0.20 0.17 1.21 0.15 1.16 0.25 0.86 0.65 1.04 1.38 0.63 0.12 0.12 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.48 0.19 0.25 0.73 0.05 0.72 0.01 0.55 0.41 0.63 0.82 0.38 0.13 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.11 1.58 0.25 0.11 1.46 0.69 1.53 0.32 1.63 1.32 1.64 1.57 1.48 1.45 1.31 0.04 0.40 1.32 0.91 1.66 0.27 0.98 0.82
C2 1.10 1.82 0.27 0.21 1.70 0.35 1.94 0.13 2.11 1.66 2.03 1.74 1.62 1.90 1.49 0.08 0.61 1.15 0.45 2.24 0.54 0.87 0.30
C2' 1.18 2.04 0.32 0.07 1.70 0.61 1.76 0.19 1.95 1.37 2.07 2.16 1.86 1.56 1.43 0.12 0.26 1.30 0.66 1.98 0.16 0.83 0.53
C3' 1.10 1.89 0.28 0.12 1.54 0.58 1.53 0.21 1.70 1.15 1.85 2.04 1.75 1.31 1.27 0.12 0.16 1.21 0.56 1.69 0.26 0.63 0.37
C4 0.97 1.71 0.27 0.41 1.70 0.06 2.08 0.56 2.24 1.83 2.03 1.58 1.49 2.14 1.51 0.14 0.78 0.87 0.13 2.43 1.23 0.83 0.50
C4' 0.86 1.23 0.14 0.21 1.04 0.69 0.99 0.39 1.08 0.78 1.18 1.32 1.18 0.85 0.90 0.32 0.34 1.13 0.84 1.05 0.42 0.75 0.77
C5 0.99 1.51 0.26 0.39 1.61 0.08 1.90 0.47 1.96 1.74 1.75 1.34 1.39 1.97 1.47 0.11 0.79 0.96 0.16 2.08 0.92 0.64 0.29
C5' 0.62 0.74 0.37 0.31 0.63 0.57 0.55 0.33 0.57 0.43 0.66 0.81 0.74 0.44 0.56 0.64 0.46 0.86 0.66 0.53 0.46 0.55 0.62
C6 1.08 1.45 0.26 0.24 1.52 0.36 1.69 0.11 1.73 1.55 1.61 1.30 1.39 1.71 1.41 0.05 0.68 1.19 0.52 1.80 0.37 0.63 0.29
N1 1.11 1.64 0.26 0.16 1.58 0.48 1.74 0.04 1.84 1.52 1.78 1.55 1.52 1.70 1.42 0.04 0.57 1.24 0.64 1.91 0.23 0.83 0.47
N3 1.04 1.83 0.28 0.32 1.75 0.15 2.09 0.38 2.28 1.79 2.14 1.73 1.59 2.09 1.53 0.12 0.71 0.99 0.17 2.47 0.99 0.85 0.29
N4 0.86 1.70 0.26 0.50 1.68 0.23 2.18 0.80 2.38 1.91 2.10 1.63 1.41 2.29 1.48 0.18 0.83 0.65 0.43 2.66 1.70 1.09 0.95
O2 1.12 1.90 0.27 0.16 1.72 0.43 1.94 0.03 2.13 1.62 2.10 1.88 1.68 1.87 1.49 0.06 0.54 1.19 0.55 2.27 0.40 0.97 0.42
O2' 1.13 1.99 0.25 0.23 1.61 0.71 1.64 0.36 1.85 1.24 2.01 2.16 1.79 1.43 1.33 0.09 0.28 1.31 0.82 1.88 0.23 1.04 0.81
O3' 1.02 2.05 0.22 0.15 1.54 0.53 1.50 0.17 1.73 1.01 1.98 2.32 1.85 1.19 1.19 0.14 0.07 1.11 0.46 1.71 0.30 0.64 0.34
O4' 1.02 1.19 0.21 0.18 1.16 0.84 1.17 0.55 1.20 1.07 1.20 1.16 1.18 1.12 1.09 0.13 0.36 1.33 1.13 1.20 0.67 0.95 1.06
O5' 0.75 0.96 0.17 0.23 0.85 0.59 0.80 0.33 0.85 0.65 0.92 1.01 0.95 0.69 0.75 0.24 0.03 0.91 0.53 0.82 0.21 0.27 0.36
OP1 0.28 0.41 0.46 0.18 0.34 0.45 0.34 0.60 0.35 0.35 0.39 0.46 0.39 0.36 0.32 1.04 0.04 0.35 0.65 0.35 0.82 0.47 0.65
OP2 0.27 0.48 0.39 0.23 0.30 0.58 0.26 0.80 0.30 0.26 0.42 0.60 0.43 0.24 0.25 0.53 0.03 0.40 1.00 0.27 1.17 1.05 0.99
P 0.19 0.43 0.25 0.03 0.27 0.20 0.22 0.17 0.27 0.09 0.37 0.52 0.40 0.12 0.18 0.53 0.02 0.28 0.30 0.23 0.32 0.26 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.32 0.00 0.07 0.02 0.10 0.15 0.09
C2 0.05 0.00 0.23 0.57 0.01 0.50 0.01 0.87 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.25 0.37 0.74 0.01 0.82 1.18 0.90
C2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.09 0.01 0.02 0.17 0.06 0.16 0.16 0.28 0.22 0.10 0.02 0.01 0.06 0.02 0.13 0.04 0.20 0.30 0.17
C3' 0.02 0.57 0.00 0.00 0.30 0.01 0.20 0.02 0.31 0.13 0.47 0.68 0.52 0.05 0.07 0.04 0.01 0.03 0.03 0.27 0.09 0.24 0.09
C4 0.01 0.01 0.09 0.30 0.00 0.22 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.16 0.18 0.33 0.01 0.33 0.27 0.27
C4' 0.02 0.50 0.01 0.01 0.22 0.00 0.11 0.01 0.20 0.24 0.37 0.63 0.48 0.16 0.04 0.16 0.03 0.01 0.02 0.17 0.09 0.13 0.12
C5 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.11 0.00 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.14 0.08 0.40 0.02 0.46 0.24 0.29
C5' 0.06 0.87 0.17 0.02 0.32 0.01 0.23 0.00 0.34 0.55 0.63 1.18 0.79 0.45 0.17 0.01 0.22 0.03 0.01 0.31 0.13 0.30 0.03
C6 0.01 0.00 0.06 0.31 0.00 0.20 0.01 0.34 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.29 0.12 0.15 0.43 0.01 0.50 0.25 0.30
C8 0.02 0.00 0.16 0.13 0.01 0.24 0.02 0.55 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.27 0.19 0.63 0.06 0.74 0.94 0.72
N1 0.03 0.00 0.16 0.47 0.01 0.37 0.00 0.63 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.34 0.20 0.27 0.56 0.02 0.64 0.78 0.61
N2 0.06 0.00 0.28 0.68 0.01 0.63 0.01 1.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.39 0.33 0.44 1.02 0.02 1.20 1.77 1.33
N3 0.04 0.01 0.22 0.52 0.01 0.48 0.01 0.79 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.32 0.22 0.39 0.66 0.01 0.68 0.98 0.77
N7 0.02 0.01 0.10 0.05 0.01 0.16 0.01 0.45 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.20 0.13 0.61 0.06 0.74 0.85 0.67
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.15 0.23 0.04 0.28 0.03 0.31 0.30 0.25
O2' 0.03 0.35 0.01 0.04 0.25 0.16 0.24 0.01 0.29 0.13 0.34 0.39 0.32 0.18 0.15 0.00 0.12 0.05 0.13 0.28 0.12 0.26 0.08
O3' 0.32 0.25 0.06 0.01 0.16 0.03 0.14 0.22 0.12 0.27 0.20 0.33 0.22 0.20 0.23 0.12 0.00 0.21 0.19 0.09 0.29 0.46 0.28
O4' 0.00 0.37 0.02 0.03 0.18 0.01 0.08 0.03 0.15 0.19 0.27 0.44 0.39 0.13 0.04 0.05 0.21 0.00 0.05 0.12 0.09 0.12 0.09
O5' 0.07 0.74 0.13 0.03 0.33 0.02 0.40 0.01 0.43 0.63 0.56 1.02 0.66 0.61 0.28 0.13 0.19 0.05 0.00 0.47 0.02 0.03 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.27 0.01 0.17 0.02 0.31 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.28 0.09 0.12 0.47 0.00 0.58 0.22 0.32
OP1 0.10 0.82 0.20 0.09 0.33 0.09 0.46 0.13 0.50 0.74 0.64 1.20 0.68 0.74 0.31 0.12 0.29 0.09 0.02 0.58 0.00 0.02 0.02
OP2 0.15 1.18 0.30 0.24 0.27 0.13 0.24 0.30 0.25 0.94 0.78 1.77 0.98 0.85 0.30 0.26 0.46 0.12 0.03 0.22 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.90 0.17 0.09 0.27 0.12 0.29 0.03 0.30 0.72 0.61 1.33 0.77 0.67 0.25 0.08 0.28 0.09 0.00 0.32 0.02 0.01 0.00