ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54147

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
O2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N4 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2' A 0, 0.003, 0.042, 0.081, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.001, 0.047, 0.094, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.047 std_dev=0.046
O2' A 0, 0.004, 0.121, 0.237, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.121 std_dev=0.116
C4' A 0, 0.004, 0.181, 0.358, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.177
C3' A 0, 0.003, 0.182, 0.360, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.182 std_dev=0.178
O3' A 0, 0.008, 0.287, 0.566, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.287 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.005, 0.288, 0.571, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.288 std_dev=0.283
O2' B 0, 0.009, 0.351, 0.692, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.351 std_dev=0.341
O5' A 0, 0.009, 0.357, 0.704, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.357 std_dev=0.348
N2 B 0, 0.019, 0.372, 0.725, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.372 std_dev=0.353
C2' B 0, 0.010, 0.364, 0.718, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.364 std_dev=0.354
O5' B 0, 0.005, 0.376, 0.746, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.376 std_dev=0.370
N3 B 0, 0.012, 0.384, 0.756, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.384 std_dev=0.372
C2 B 0, 0.014, 0.386, 0.758, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.386 std_dev=0.372
C1' B 0, 0.011, 0.392, 0.774, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.392 std_dev=0.381
N1 B 0, 0.010, 0.407, 0.803, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.407 std_dev=0.396
C4 B 0, 0.008, 0.405, 0.801, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.405 std_dev=0.397
C3' B 0, 0.007, 0.408, 0.809, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.408 std_dev=0.401
N9 B 0, 0.010, 0.413, 0.816, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.413 std_dev=0.403
C6 B 0, 0.006, 0.428, 0.850, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.428 std_dev=0.422
C5 B 0, 0.005, 0.428, 0.851, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.428 std_dev=0.423
O3' B 0, 0.007, 0.430, 0.854, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.430 std_dev=0.423
P A 0, 0.011, 0.439, 0.866, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.439 std_dev=0.427
O4' B 0, 0.011, 0.439, 0.868, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.439 std_dev=0.429
C8 B 0, 0.002, 0.439, 0.877, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.439 std_dev=0.437
O6 B 0, 0.007, 0.444, 0.881, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.444 std_dev=0.437
N7 B 0, 0.001, 0.450, 0.899, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.450 std_dev=0.449
C4' B 0, 0.007, 0.459, 0.911, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.459 std_dev=0.452
OP2 A 0, 0.013, 0.483, 0.953, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.483 std_dev=0.470
C5' B 0, 0.006, 0.491, 0.977, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.491 std_dev=0.485
OP1 A 0, 0.014, 0.558, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.558 std_dev=0.545
P B 0, 0.006, 0.619, 1.231, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.619 std_dev=0.612
OP2 B 0, 0.008, 0.772, 1.536, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.772 std_dev=0.764
OP1 B 0, 0.011, 0.790, 1.569, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.790 std_dev=0.779

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.18 0.07 0.11
C2 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.11 0.13 0.05 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.14 0.02 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.00 0.08 0.07 0.10 0.11 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.18 0.01 0.03 0.02
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.13 0.01 0.07
C5 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.20 0.05 0.02 0.05
C5' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.12 0.00 0.13 0.00 0.11 0.07 0.10 0.13 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.18 0.02 0.03 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.12 0.11 0.05 0.05
N3 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.14 0.08 0.04 0.02
N4 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.01 0.19 0.03 0.02 0.04
O2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.07 0.18 0.06 0.09
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.05 0.07 0.00 0.01 0.05 0.06 0.14 0.04 0.05
O3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.11 0.00 0.11 0.00 0.08 0.06 0.09 0.12 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.19 0.08 0.14
O5' 0.05 0.11 0.03 0.02 0.18 0.00 0.20 0.00 0.18 0.12 0.14 0.19 0.07 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.18 0.13 0.14 0.08 0.01 0.13 0.05 0.02 0.02 0.11 0.08 0.03 0.18 0.14 0.08 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.05 0.04 0.02 0.06 0.04 0.09 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.06 0.08 0.03 0.02 0.07 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.09 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.27 0.25 0.23 0.26 0.23 0.23 0.22 0.23 0.22 0.25 0.28 0.28 0.21 0.25 0.22 0.21 0.25 0.17 0.21 0.18 0.05 0.10
C2 0.19 0.19 0.18 0.16 0.18 0.17 0.15 0.15 0.14 0.14 0.17 0.21 0.20 0.13 0.17 0.18 0.14 0.19 0.11 0.13 0.16 0.13 0.04
C2' 0.23 0.29 0.21 0.20 0.26 0.20 0.24 0.20 0.24 0.20 0.27 0.29 0.29 0.20 0.24 0.17 0.16 0.22 0.18 0.22 0.12 0.08 0.07
C3' 0.13 0.19 0.09 0.11 0.18 0.11 0.19 0.14 0.19 0.15 0.19 0.17 0.18 0.17 0.16 0.03 0.07 0.12 0.15 0.18 0.08 0.10 0.04
C4 0.16 0.14 0.14 0.10 0.13 0.13 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.16 0.16 0.10 0.14 0.15 0.05 0.17 0.06 0.09 0.16 0.17 0.01
C4' 0.14 0.17 0.12 0.14 0.17 0.14 0.16 0.15 0.16 0.15 0.17 0.17 0.17 0.15 0.16 0.07 0.12 0.14 0.13 0.15 0.11 0.06 0.06
C5 0.20 0.18 0.17 0.12 0.17 0.16 0.15 0.12 0.14 0.14 0.16 0.19 0.19 0.13 0.17 0.21 0.05 0.21 0.07 0.12 0.17 0.15 0.02
C5' 0.06 0.11 0.01 0.05 0.11 0.08 0.14 0.12 0.14 0.13 0.12 0.09 0.10 0.15 0.11 0.04 0.02 0.07 0.11 0.14 0.13 0.02 0.07
C6 0.24 0.23 0.23 0.18 0.22 0.20 0.19 0.17 0.18 0.18 0.20 0.23 0.24 0.17 0.22 0.25 0.12 0.24 0.11 0.16 0.18 0.11 0.05
N1 0.23 0.24 0.23 0.19 0.22 0.20 0.19 0.18 0.19 0.18 0.21 0.25 0.25 0.17 0.22 0.22 0.16 0.23 0.13 0.17 0.17 0.10 0.06
N3 0.16 0.15 0.15 0.12 0.14 0.14 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.17 0.16 0.10 0.14 0.15 0.09 0.17 0.09 0.09 0.16 0.17 0.02
N4 0.13 0.10 0.10 0.06 0.10 0.10 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.11 0.07 0.10 0.11 0.02 0.14 0.04 0.06 0.15 0.20 0.02
O2 0.19 0.19 0.18 0.17 0.17 0.17 0.15 0.16 0.14 0.14 0.17 0.21 0.20 0.13 0.17 0.17 0.16 0.18 0.13 0.12 0.15 0.13 0.04
O2' 0.20 0.30 0.18 0.15 0.23 0.16 0.20 0.15 0.22 0.15 0.27 0.33 0.28 0.15 0.20 0.16 0.14 0.17 0.11 0.20 0.03 0.14 0.01
O3' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.08 0.02 0.09 0.07 0.05 0.05 0.03 0.07 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.17 0.05
O4' 0.26 0.26 0.26 0.26 0.26 0.26 0.24 0.24 0.23 0.23 0.24 0.26 0.27 0.22 0.26 0.23 0.25 0.26 0.18 0.20 0.21 0.02 0.13
O5' 0.03 0.08 0.01 0.03 0.09 0.06 0.12 0.11 0.12 0.12 0.10 0.06 0.07 0.14 0.09 0.06 0.01 0.05 0.08 0.13 0.23 0.07 0.13
OP1 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07 0.07 0.03 0.08 0.07 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.13 0.08 0.14 0.07 0.03
OP2 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.15 0.04 0.15 0.09 0.02
P 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.07 0.05 0.16 0.06 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.31 0.12
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.07 0.30 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.30 0.12
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.23 0.09
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.14 0.00 0.07 0.31 0.10
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.20 0.07
C5 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.16 0.01 0.11 0.28 0.09
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.12 0.07 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.17 0.00 0.12 0.26 0.09
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.17 0.01 0.09 0.31 0.10
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.15 0.01 0.10 0.28 0.09
N2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.06 0.30 0.10
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.05 0.31 0.10
N7 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.18 0.01 0.12 0.27 0.08
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.13 0.00 0.06 0.32 0.11
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.28 0.09
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.11 0.16 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.28 0.12
O5' 0.06 0.14 0.02 0.01 0.14 0.01 0.16 0.00 0.17 0.17 0.15 0.13 0.13 0.18 0.13 0.01 0.05 0.04 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.17 0.00 0.15 0.24 0.09
OP1 0.03 0.07 0.01 0.04 0.07 0.08 0.11 0.12 0.12 0.09 0.10 0.06 0.05 0.12 0.06 0.06 0.11 0.01 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.30 0.30 0.23 0.31 0.20 0.28 0.07 0.26 0.31 0.28 0.30 0.31 0.27 0.32 0.28 0.16 0.28 0.01 0.24 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.10 0.12 0.09 0.10 0.07 0.09 0.00 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.11 0.09 0.05 0.12 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00