ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54149

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C1' A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
O2 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N4 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
O4' A 0, 0.024, 0.108, 0.191, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.108 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.028, 0.116, 0.203, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.116 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.042, 0.153, 0.264, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.153 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.040, 0.164, 0.288, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.164 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.044, 0.181, 0.319, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.181 std_dev=0.137
O3' A 0, 0.074, 0.281, 0.487, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.281 std_dev=0.207
C5' A 0, 0.070, 0.282, 0.494, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.282 std_dev=0.212
O5' A 0, 0.077, 0.310, 0.542, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.310 std_dev=0.232
N2 B 0, 0.146, 0.500, 0.855, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.500 std_dev=0.354
P A 0, 0.156, 0.539, 0.923, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.539 std_dev=0.383
N3 B 0, 0.171, 0.584, 0.997, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.584 std_dev=0.413
O2' B 0, 0.158, 0.574, 0.990, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.574 std_dev=0.416
OP2 A 0, 0.150, 0.577, 1.003, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.577 std_dev=0.426
C2 B 0, 0.178, 0.607, 1.036, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.607 std_dev=0.429
O3' B 0, 0.184, 0.635, 1.085, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.635 std_dev=0.450
C2' B 0, 0.188, 0.655, 1.123, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.655 std_dev=0.468
C3' B 0, 0.196, 0.679, 1.161, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.679 std_dev=0.483
OP1 A 0, 0.186, 0.670, 1.154, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.670 std_dev=0.484
C1' B 0, 0.205, 0.703, 1.201, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.703 std_dev=0.498
C4 B 0, 0.214, 0.730, 1.247, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.730 std_dev=0.516
N1 B 0, 0.222, 0.759, 1.296, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.759 std_dev=0.537
C4' B 0, 0.227, 0.774, 1.322, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.774 std_dev=0.547
N9 B 0, 0.227, 0.778, 1.329, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.778 std_dev=0.551
O4' B 0, 0.232, 0.794, 1.355, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.794 std_dev=0.561
C5' B 0, 0.247, 0.843, 1.440, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.843 std_dev=0.596
O5' B 0, 0.247, 0.845, 1.443, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.845 std_dev=0.598
C5 B 0, 0.257, 0.878, 1.500, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.878 std_dev=0.622
P B 0, 0.260, 0.889, 1.518, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.889 std_dev=0.629
OP2 B 0, 0.260, 0.891, 1.521, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.891 std_dev=0.630
C6 B 0, 0.263, 0.901, 1.539, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.901 std_dev=0.638
OP1 B 0, 0.267, 0.921, 1.575, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.921 std_dev=0.654
C8 B 0, 0.273, 0.938, 1.603, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.938 std_dev=0.665
N7 B 0, 0.292, 1.002, 1.712, 1.563 max_d=1.563 avg_d=1.002 std_dev=0.710
O6 B 0, 0.303, 1.038, 1.773, 1.600 max_d=1.600 avg_d=1.038 std_dev=0.735

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.11 0.06
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.03 0.16 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.05 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.10 0.20 0.14
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.12 0.21 0.15
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.08 0.18 0.12
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.15 0.09
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.06 0.18 0.12
N4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.13 0.20 0.14
O2 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.15 0.08
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.15 0.03 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.05
O5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.03 0.08 0.11 0.10 0.07 0.12 0.04 0.08 0.03 0.06 0.13 0.01 0.10 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.16 0.05 0.02 0.20 0.04 0.21 0.01 0.18 0.15 0.18 0.20 0.15 0.05 0.03 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.01 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.12 0.09 0.12 0.14 0.08 0.01 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.01 0.08 0.10 0.05 0.12 0.05 0.12 0.03 0.09 0.01 0.04 0.03 0.08 0.08 0.06 0.12 0.11 0.14 0.03 0.16 0.19 0.15
C2 0.10 0.05 0.09 0.12 0.06 0.13 0.07 0.12 0.06 0.10 0.06 0.08 0.04 0.09 0.09 0.08 0.14 0.11 0.15 0.07 0.19 0.21 0.17
C2' 0.07 0.02 0.05 0.06 0.04 0.09 0.04 0.09 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.06 0.06 0.04 0.08 0.09 0.12 0.03 0.13 0.17 0.12
C3' 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.05 0.09 0.01 0.10 0.13 0.09
C4 0.09 0.09 0.09 0.12 0.05 0.12 0.06 0.12 0.07 0.09 0.09 0.12 0.06 0.08 0.07 0.09 0.16 0.10 0.16 0.08 0.22 0.22 0.19
C4' 0.05 0.04 0.04 0.06 0.02 0.09 0.02 0.09 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.06 0.07 0.08 0.10 0.02 0.11 0.14 0.10
C5 0.08 0.10 0.07 0.12 0.04 0.12 0.04 0.12 0.06 0.06 0.09 0.13 0.07 0.04 0.04 0.07 0.16 0.09 0.16 0.06 0.21 0.21 0.18
C5' 0.03 0.09 0.05 0.03 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.03 0.09 0.11 0.08 0.04 0.04 0.10 0.04 0.03 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08
C6 0.08 0.07 0.07 0.12 0.01 0.12 0.01 0.12 0.04 0.06 0.07 0.11 0.04 0.03 0.04 0.06 0.16 0.10 0.15 0.03 0.19 0.21 0.17
N1 0.09 0.04 0.08 0.11 0.03 0.12 0.04 0.12 0.02 0.08 0.03 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.14 0.11 0.15 0.02 0.18 0.20 0.17
N3 0.10 0.07 0.09 0.12 0.06 0.12 0.08 0.12 0.08 0.11 0.08 0.10 0.05 0.10 0.09 0.09 0.15 0.11 0.16 0.08 0.21 0.21 0.18
N4 0.09 0.11 0.09 0.12 0.07 0.12 0.08 0.11 0.09 0.10 0.11 0.14 0.08 0.09 0.08 0.09 0.16 0.10 0.16 0.10 0.23 0.22 0.19
O2 0.11 0.05 0.09 0.12 0.08 0.13 0.09 0.12 0.08 0.12 0.06 0.06 0.05 0.11 0.10 0.08 0.14 0.12 0.15 0.09 0.19 0.20 0.17
O2' 0.10 0.07 0.07 0.08 0.09 0.11 0.09 0.11 0.08 0.10 0.07 0.06 0.08 0.10 0.09 0.06 0.08 0.12 0.13 0.08 0.14 0.18 0.13
O3' 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.08 0.02 0.04 0.08 0.02 0.08 0.11 0.07
O4' 0.09 0.03 0.08 0.11 0.03 0.13 0.03 0.12 0.01 0.07 0.02 0.06 0.01 0.05 0.06 0.06 0.12 0.11 0.13 0.01 0.15 0.18 0.14
O5' 0.07 0.14 0.08 0.02 0.11 0.01 0.11 0.02 0.12 0.08 0.13 0.14 0.13 0.09 0.09 0.13 0.01 0.03 0.05 0.12 0.07 0.09 0.06
OP1 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.12 0.02 0.03 0.05 0.08 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.18 0.01 0.22 0.20 0.18
OP2 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.01 0.12 0.16 0.12
P 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.05 0.07 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.11 0.03 0.13 0.14 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.00 0.06 0.08 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.13 0.09
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.11 0.08
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.08 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.10 0.09
C5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.11 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.00 0.08 0.10 0.10
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.00 0.08 0.10 0.08
N2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.07 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.09 0.00 0.11 0.12 0.11
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.06
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.16 0.11
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.10 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04
O5' 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.07 0.05 0.04 0.09 0.05 0.08 0.07 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.13 0.11
OP1 0.02 0.06 0.08 0.07 0.06 0.01 0.09 0.03 0.10 0.08 0.08 0.05 0.04 0.11 0.05 0.10 0.06 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.08 0.13 0.11 0.08 0.03 0.10 0.02 0.11 0.10 0.10 0.07 0.07 0.12 0.07 0.16 0.10 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.09 0.08 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.08 0.06 0.05 0.11 0.06 0.11 0.07 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00