ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54150

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N4 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
O3' A 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C4' A 0, 0.000, 0.125, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C3' A 0, 0.000, 0.126, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.126 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.000, 0.169, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.169 std_dev=0.169
OP2 A 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
C5' A 0, 0.000, 0.285, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C4 B 0, 0.000, 0.286, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.286 std_dev=0.286
N3 B 0, 0.000, 0.293, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.293 std_dev=0.293
N1 B 0, 0.000, 0.298, 0.597, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.298 std_dev=0.298
P A 0, 0.000, 0.339, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.339 std_dev=0.339
N9 B 0, 0.000, 0.339, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.339 std_dev=0.339
N2 B 0, 0.000, 0.344, 0.689, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.344 std_dev=0.344
C3' B 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
O3' B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C5 B 0, 0.000, 0.407, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.407 std_dev=0.407
C2' B 0, 0.000, 0.425, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.425 std_dev=0.425
OP1 A 0, 0.000, 0.425, 0.851, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.425 std_dev=0.425
C1' B 0, 0.000, 0.431, 0.862, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.431 std_dev=0.431
C8 B 0, 0.000, 0.445, 0.890, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.445 std_dev=0.445
C6 B 0, 0.000, 0.462, 0.924, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.462 std_dev=0.462
O5' A 0, 0.000, 0.463, 0.927, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.463 std_dev=0.463
O4' B 0, 0.000, 0.515, 1.029, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.515 std_dev=0.515
N7 B 0, 0.000, 0.535, 1.069, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.535 std_dev=0.535
C4' B 0, 0.000, 0.552, 1.104, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.552 std_dev=0.552
OP1 B 0, 0.000, 0.607, 1.215, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.607 std_dev=0.607
O6 B 0, 0.000, 0.668, 1.336, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.668 std_dev=0.668
O2' B 0, 0.000, 0.709, 1.418, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.709 std_dev=0.709
P B 0, 0.000, 0.826, 1.652, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.826 std_dev=0.826
C5' B 0, 0.000, 0.888, 1.775, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.888 std_dev=0.888
O5' B 0, 0.000, 0.895, 1.790, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.895 std_dev=0.895
OP2 B 0, 0.000, 0.958, 1.915, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.958 std_dev=0.958

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.16 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.20 0.01 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.11 0.08 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.10 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.26 0.03 0.10
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.12 0.27 0.03 0.11
C5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.04 0.07 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.11 0.24 0.01 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.20 0.01 0.05
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.23 0.01 0.07
N4 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.10 0.27 0.04 0.11
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.17 0.03 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.03 0.06 0.12 0.07 0.00
O3' 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.09 0.05 0.09 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.14 0.00 0.01
O5' 0.03 0.04 0.06 0.08 0.09 0.01 0.12 0.00 0.11 0.06 0.06 0.10 0.01 0.06 0.09 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.16 0.20 0.11 0.07 0.26 0.08 0.27 0.05 0.24 0.20 0.23 0.27 0.17 0.12 0.05 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.01 0.08 0.10 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.01 0.02 0.10 0.01 0.11 0.01 0.08 0.05 0.07 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.14 0.26 0.06 0.06 0.05 0.07 0.13 0.10 0.05 0.00 0.25 0.18 0.13 0.07 0.48 0.10 0.12 0.18 0.20 0.01 0.04 0.08
C2 0.22 0.11 0.22 0.06 0.07 0.13 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.20 0.17 0.09 0.09 0.50 0.08 0.18 0.03 0.18 0.07 0.17 0.04
C2' 0.21 0.17 0.29 0.07 0.08 0.05 0.06 0.17 0.10 0.04 0.02 0.28 0.21 0.13 0.09 0.51 0.10 0.13 0.16 0.20 0.03 0.07 0.06
C3' 0.14 0.09 0.25 0.04 0.02 0.02 0.12 0.24 0.15 0.10 0.03 0.18 0.13 0.18 0.02 0.41 0.09 0.06 0.23 0.24 0.01 0.01 0.11
C4 0.26 0.13 0.19 0.07 0.11 0.21 0.02 0.12 0.02 0.07 0.03 0.19 0.18 0.00 0.14 0.45 0.04 0.25 0.11 0.08 0.14 0.30 0.15
C4' 0.09 0.06 0.20 0.02 0.02 0.07 0.15 0.27 0.17 0.15 0.05 0.16 0.09 0.23 0.03 0.34 0.08 0.00 0.34 0.25 0.10 0.13 0.22
C5 0.27 0.14 0.22 0.08 0.12 0.20 0.03 0.11 0.00 0.07 0.05 0.19 0.19 0.01 0.15 0.48 0.04 0.24 0.08 0.06 0.13 0.29 0.13
C5' 0.02 0.03 0.10 0.05 0.11 0.16 0.21 0.33 0.21 0.22 0.12 0.05 0.02 0.28 0.12 0.18 0.02 0.09 0.43 0.28 0.16 0.20 0.29
C6 0.24 0.14 0.26 0.09 0.10 0.14 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.21 0.19 0.04 0.12 0.49 0.07 0.20 0.03 0.10 0.08 0.20 0.05
N1 0.22 0.13 0.25 0.07 0.08 0.11 0.04 0.04 0.08 0.01 0.01 0.22 0.18 0.09 0.09 0.50 0.08 0.17 0.08 0.16 0.05 0.14 0.01
N3 0.24 0.12 0.20 0.06 0.09 0.18 0.02 0.06 0.06 0.03 0.00 0.19 0.17 0.05 0.12 0.47 0.06 0.22 0.05 0.14 0.11 0.24 0.10
N4 0.27 0.13 0.15 0.07 0.13 0.24 0.06 0.18 0.02 0.10 0.05 0.17 0.19 0.05 0.17 0.38 0.01 0.27 0.19 0.03 0.18 0.37 0.21
O2 0.21 0.09 0.22 0.06 0.04 0.12 0.09 0.04 0.14 0.04 0.05 0.19 0.15 0.13 0.07 0.49 0.09 0.16 0.06 0.24 0.05 0.13 0.01
O2' 0.21 0.22 0.30 0.06 0.10 0.02 0.04 0.22 0.07 0.05 0.07 0.35 0.24 0.13 0.09 0.52 0.10 0.11 0.22 0.19 0.02 0.00 0.11
O3' 0.07 0.07 0.20 0.01 0.03 0.10 0.17 0.35 0.19 0.17 0.06 0.18 0.09 0.26 0.04 0.35 0.05 0.02 0.32 0.29 0.08 0.10 0.20
O4' 0.14 0.10 0.22 0.05 0.01 0.00 0.11 0.18 0.14 0.10 0.03 0.19 0.13 0.18 0.02 0.40 0.09 0.06 0.27 0.22 0.07 0.06 0.16
O5' 0.08 0.15 0.00 0.10 0.20 0.14 0.28 0.23 0.30 0.26 0.23 0.09 0.13 0.32 0.18 0.08 0.00 0.11 0.34 0.34 0.08 0.10 0.21
OP1 0.01 0.08 0.01 0.03 0.06 0.03 0.09 0.12 0.11 0.04 0.11 0.07 0.06 0.08 0.03 0.08 0.00 0.03 0.13 0.14 0.12 0.13 0.02
OP2 0.03 0.08 0.10 0.04 0.04 0.16 0.00 0.28 0.02 0.03 0.06 0.11 0.08 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.45 0.00 0.12 0.08 0.24
P 0.01 0.05 0.03 0.00 0.07 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.08 0.01 0.03 0.13 0.06 0.01 0.00 0.04 0.28 0.14 0.01 0.03 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.02 0.08 0.36 0.10
C2 0.02 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.05 0.02 0.06 0.00 0.12 0.34 0.11
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.33 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.02 0.11 0.08 0.09 0.05 0.06 0.10 0.07 0.03 0.00 0.01 0.03 0.12 0.11 0.26 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.00 0.04 0.01 0.12 0.34 0.10
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.09 0.11 0.06 0.00 0.02 0.13 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.11 0.02 0.18 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.10 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.01 0.00 0.01 0.13 0.30 0.09
C5' 0.05 0.17 0.03 0.02 0.19 0.00 0.26 0.00 0.27 0.26 0.22 0.13 0.14 0.30 0.18 0.06 0.00 0.02 0.00 0.30 0.13 0.01 0.00
C6 0.02 0.00 0.02 0.11 0.01 0.09 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.10 0.00 0.01 0.00 0.14 0.28 0.09
C8 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.13 0.32 0.09
N1 0.02 0.00 0.02 0.09 0.01 0.06 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.08 0.01 0.02 0.00 0.13 0.31 0.10
N2 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.03 0.02 0.07 0.00 0.12 0.35 0.12
N3 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.04 0.02 0.07 0.00 0.11 0.35 0.11
N7 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.04 0.01 0.14 0.27 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.35 0.10
O2' 0.00 0.18 0.00 0.03 0.11 0.06 0.09 0.06 0.13 0.02 0.16 0.21 0.16 0.05 0.04 0.00 0.04 0.08 0.07 0.12 0.11 0.23 0.06
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.02 0.10 0.00 0.10 0.08 0.08 0.03 0.04 0.11 0.06 0.04 0.00 0.02 0.12 0.12 0.03 0.16 0.02
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.00 0.13 0.00 0.06 0.33 0.09
O5' 0.10 0.06 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.07 0.04 0.05 0.07 0.12 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.02 0.12 0.01 0.11 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.12 0.00 0.03 0.00 0.15 0.24 0.08
OP1 0.08 0.12 0.07 0.11 0.12 0.02 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.14 0.11 0.11 0.03 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.34 0.33 0.26 0.34 0.18 0.30 0.01 0.28 0.32 0.31 0.35 0.35 0.27 0.35 0.23 0.16 0.33 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.11 0.07 0.06 0.10 0.00 0.09 0.00 0.09 0.09 0.10 0.12 0.11 0.07 0.10 0.06 0.02 0.09 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00