ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54155

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O3' B 0, 0.000, 0.081, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C3' B 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C4 B 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112
N9 B 0, 0.000, 0.136, 0.271, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C2' B 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C1' B 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
N3 B 0, 0.000, 0.303, 0.606, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.303 std_dev=0.303
C5 B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
C4' B 0, 0.000, 0.350, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.350 std_dev=0.350
O2' B 0, 0.000, 0.363, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.363 std_dev=0.363
C8 B 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
C2 B 0, 0.000, 0.435, 0.869, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.435 std_dev=0.435
N1 B 0, 0.000, 0.455, 0.910, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.455 std_dev=0.455
C2' A 0, 0.000, 0.458, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.458 std_dev=0.458
C6 B 0, 0.000, 0.467, 0.934, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.467 std_dev=0.467
O4' B 0, 0.000, 0.477, 0.955, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.477 std_dev=0.477
O4' A 0, 0.000, 0.478, 0.955, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.478 std_dev=0.478
N7 B 0, 0.000, 0.504, 1.007, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.504 std_dev=0.504
C5' B 0, 0.000, 0.532, 1.064, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.532 std_dev=0.532
N2 B 0, 0.000, 0.663, 1.325, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.663 std_dev=0.663
O6 B 0, 0.000, 0.684, 1.368, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.684 std_dev=0.684
O5' B 0, 0.000, 0.727, 1.453, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.727 std_dev=0.727
O2' A 0, 0.000, 0.879, 1.759, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.879 std_dev=0.879
C4' A 0, 0.000, 0.893, 1.786, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.893 std_dev=0.893
OP2 B 0, 0.000, 0.932, 1.863, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.932 std_dev=0.932
C3' A 0, 0.000, 0.949, 1.898, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.949 std_dev=0.949
P B 0, 0.000, 0.998, 1.996, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.998 std_dev=0.998
O5' A 0, 0.000, 1.078, 2.157, 2.157 max_d=2.157 avg_d=1.078 std_dev=1.078
C5' A 0, 0.000, 1.153, 2.306, 2.306 max_d=2.306 avg_d=1.153 std_dev=1.153
OP1 B 0, 0.000, 1.164, 2.327, 2.327 max_d=2.327 avg_d=1.164 std_dev=1.164
P A 0, 0.000, 1.167, 2.333, 2.333 max_d=2.333 avg_d=1.167 std_dev=1.167
O3' A 0, 0.000, 1.517, 3.033, 3.033 max_d=3.033 avg_d=1.517 std_dev=1.517
OP1 A 0, 0.000, 1.919, 3.838, 3.838 max_d=3.838 avg_d=1.919 std_dev=1.919
OP2 A 0, 0.000, 1.947, 3.895, 3.895 max_d=3.895 avg_d=1.947 std_dev=1.947

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.01 0.06 0.27 0.14 0.05
C2 0.01 0.00 0.14 0.21 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.19 0.13 0.06 0.14 0.18 0.54 0.13
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.12 0.09 0.02 0.11 0.03 0.22 0.00 0.02 0.02 0.26 0.33 0.19 0.27
C3' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.33 0.01 0.34 0.02 0.29 0.21 0.28 0.35 0.12 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.33 0.00 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.09 0.00 0.30 0.03 0.87 0.31
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.18 0.08 0.07 0.14 0.04 0.25 0.00 0.00 0.02 0.15 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.06 0.34 0.00 0.18 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.33 0.17 0.06 0.32 0.01 0.86 0.32
C5' 0.03 0.06 0.12 0.02 0.19 0.01 0.24 0.00 0.20 0.09 0.12 0.21 0.01 0.13 0.19 0.01 0.01 0.10 0.09 0.01
C6 0.00 0.00 0.09 0.29 0.00 0.18 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.28 0.12 0.09 0.23 0.07 0.61 0.21
N1 0.00 0.00 0.02 0.21 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.20 0.06 0.01 0.11 0.18 0.44 0.10
N3 0.01 0.00 0.11 0.28 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.03 0.04 0.23 0.11 0.73 0.23
N4 0.01 0.01 0.03 0.35 0.00 0.14 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.13 0.00 0.34 0.02 0.99 0.36
O2 0.01 0.00 0.22 0.12 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.29 0.11 0.07 0.24 0.42 0.07
O2' 0.02 0.19 0.00 0.01 0.33 0.25 0.33 0.13 0.28 0.20 0.26 0.35 0.07 0.00 0.03 0.15 0.14 0.14 0.19 0.17
O3' 0.26 0.13 0.02 0.01 0.09 0.00 0.17 0.19 0.12 0.06 0.03 0.13 0.29 0.03 0.00 0.15 0.28 0.26 0.30 0.28
O4' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.04 0.00 0.11 0.15 0.15 0.00 0.01 0.26 0.16 0.02
O5' 0.06 0.14 0.26 0.07 0.30 0.02 0.32 0.01 0.23 0.11 0.23 0.34 0.07 0.14 0.28 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.27 0.18 0.33 0.00 0.03 0.15 0.01 0.10 0.07 0.18 0.11 0.02 0.24 0.14 0.26 0.26 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.54 0.19 0.10 0.87 0.02 0.86 0.09 0.61 0.44 0.73 0.99 0.42 0.19 0.30 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.13 0.27 0.07 0.31 0.02 0.32 0.01 0.21 0.10 0.23 0.36 0.07 0.17 0.28 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.18 0.06 0.02 0.06 0.13 0.11 0.06 0.19 0.02 0.22 0.22 0.09 0.06 0.03 0.17 0.01 0.20 0.11 0.23 0.02 0.27 0.14
C2 0.16 0.19 0.08 0.01 0.07 0.12 0.15 0.06 0.25 0.02 0.26 0.23 0.08 0.11 0.03 0.24 0.02 0.20 0.16 0.30 0.08 0.36 0.24
C2' 0.32 0.09 0.27 0.28 0.08 0.36 0.02 0.30 0.08 0.20 0.13 0.16 0.03 0.10 0.20 0.35 0.31 0.39 0.31 0.13 0.18 0.47 0.34
C3' 0.05 0.38 0.05 0.10 0.24 0.08 0.33 0.03 0.44 0.14 0.46 0.42 0.26 0.26 0.11 0.13 0.10 0.15 0.02 0.50 0.18 0.04 0.02
C4 0.14 0.15 0.09 0.01 0.08 0.07 0.19 0.01 0.28 0.07 0.27 0.13 0.03 0.17 0.00 0.25 0.01 0.13 0.15 0.34 0.13 0.38 0.26
C4' 0.14 0.20 0.01 0.10 0.09 0.10 0.15 0.02 0.24 0.01 0.25 0.23 0.12 0.10 0.01 0.15 0.20 0.22 0.03 0.28 0.19 0.07 0.01
C5 0.13 0.12 0.10 0.01 0.07 0.06 0.17 0.00 0.23 0.07 0.21 0.08 0.02 0.15 0.00 0.26 0.01 0.11 0.12 0.29 0.09 0.35 0.22
C5' 0.13 0.21 0.02 0.12 0.11 0.12 0.17 0.02 0.25 0.02 0.26 0.24 0.13 0.12 0.00 0.16 0.25 0.23 0.03 0.30 0.21 0.00 0.04
C6 0.14 0.14 0.09 0.00 0.06 0.08 0.13 0.02 0.20 0.03 0.20 0.13 0.05 0.11 0.02 0.25 0.01 0.14 0.11 0.24 0.04 0.31 0.18
N1 0.15 0.17 0.08 0.02 0.06 0.11 0.13 0.05 0.21 0.01 0.23 0.20 0.08 0.09 0.03 0.23 0.02 0.18 0.13 0.26 0.04 0.32 0.19
N3 0.15 0.19 0.09 0.00 0.08 0.10 0.18 0.04 0.28 0.05 0.28 0.20 0.06 0.15 0.01 0.25 0.02 0.17 0.17 0.34 0.12 0.39 0.27
N4 0.12 0.13 0.08 0.02 0.09 0.04 0.22 0.01 0.32 0.11 0.29 0.05 0.00 0.22 0.02 0.23 0.01 0.09 0.16 0.40 0.16 0.40 0.29
O2 0.16 0.21 0.08 0.02 0.07 0.13 0.15 0.07 0.25 0.00 0.28 0.26 0.09 0.10 0.03 0.22 0.02 0.22 0.17 0.30 0.08 0.36 0.24
O2' 0.25 0.10 0.24 0.21 0.17 0.21 0.13 0.16 0.08 0.21 0.07 0.07 0.15 0.16 0.21 0.24 0.21 0.27 0.14 0.05 0.00 0.40 0.19
O3' 0.11 0.22 0.02 0.18 0.14 0.01 0.26 0.17 0.35 0.13 0.32 0.20 0.11 0.24 0.06 0.21 0.24 0.15 0.10 0.43 0.40 0.12 0.18
O4' 0.13 0.15 0.01 0.09 0.06 0.07 0.10 0.02 0.17 0.01 0.19 0.18 0.08 0.06 0.02 0.14 0.19 0.19 0.04 0.20 0.13 0.15 0.05
O5' 0.12 0.29 0.03 0.02 0.17 0.20 0.25 0.07 0.35 0.07 0.36 0.31 0.19 0.20 0.05 0.22 0.01 0.23 0.11 0.41 0.08 0.06 0.04
OP1 0.52 0.14 0.35 0.17 0.22 0.53 0.12 0.21 0.04 0.26 0.05 0.13 0.23 0.14 0.33 0.56 0.04 0.63 0.30 0.04 0.11 0.03 0.09
OP2 0.31 0.90 0.37 0.26 0.75 0.07 0.85 0.07 0.99 0.56 1.00 0.90 0.76 0.74 0.56 0.14 0.01 0.09 0.09 1.05 0.09 0.13 0.02
P 0.10 0.29 0.01 0.03 0.19 0.24 0.27 0.10 0.36 0.10 0.36 0.30 0.20 0.22 0.07 0.18 0.01 0.21 0.13 0.41 0.04 0.02 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.15 0.00 0.20 0.34 0.26
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.27 0.00 0.44 0.65 0.51
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.06 0.11 0.33 0.20
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.07 0.04 0.23 0.11
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.29 0.00 0.45 0.61 0.51
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03
C5 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.35 0.00 0.57 0.69 0.61
C5' 0.04 0.07 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.13 0.08 0.06 0.07 0.12 0.09 0.01 0.08 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.35 0.00 0.60 0.72 0.63
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.36 0.00 0.54 0.61 0.58
N1 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.32 0.00 0.54 0.70 0.59
N2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.24 0.00 0.39 0.63 0.48
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.24 0.00 0.38 0.59 0.46
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.39 0.00 0.64 0.70 0.66
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.28 0.00 0.39 0.53 0.45
O2' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.25 0.11
O3' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05 0.08 0.07 0.02 0.06 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.04 0.09 0.08 0.13 0.12 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.10 0.00 0.11 0.15 0.14
O5' 0.15 0.27 0.09 0.04 0.29 0.00 0.35 0.00 0.35 0.36 0.32 0.24 0.24 0.39 0.28 0.02 0.09 0.10 0.00 0.37 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.37 0.00 0.67 0.73 0.67
OP1 0.20 0.44 0.11 0.04 0.45 0.00 0.57 0.01 0.60 0.54 0.54 0.39 0.38 0.64 0.39 0.00 0.13 0.11 0.01 0.67 0.00 0.00 0.00
OP2 0.34 0.65 0.33 0.23 0.61 0.09 0.69 0.00 0.72 0.61 0.70 0.63 0.59 0.70 0.53 0.25 0.12 0.15 0.00 0.73 0.00 0.00 0.00
P 0.26 0.51 0.20 0.11 0.51 0.03 0.61 0.00 0.63 0.58 0.59 0.48 0.46 0.66 0.45 0.11 0.03 0.14 0.00 0.67 0.00 0.00 0.00