ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54157

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.000, 0.196, 0.391, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.196 std_dev=0.196
C2' A 0, 0.000, 0.200, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.200 std_dev=0.200
O2' A 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C4' A 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
C3' A 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
O5' A 0, 0.000, 0.376, 0.751, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.376 std_dev=0.376
C5' A 0, 0.000, 0.445, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.445 std_dev=0.445
O3' A 0, 0.000, 0.456, 0.913, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.456 std_dev=0.456
P A 0, 0.000, 0.545, 1.090, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.545 std_dev=0.545
O3' B 0, 0.000, 0.557, 1.114, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.557 std_dev=0.557
OP2 A 0, 0.000, 0.560, 1.120, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.560 std_dev=0.560
OP1 A 0, 0.000, 0.657, 1.315, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.657 std_dev=0.657
O2' B 0, 0.000, 0.698, 1.397, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.698 std_dev=0.698
C3' B 0, 0.000, 0.730, 1.460, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.730 std_dev=0.730
C4' B 0, 0.000, 0.771, 1.542, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.771 std_dev=0.771
C1' B 0, 0.000, 0.771, 1.543, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.771 std_dev=0.771
C2' B 0, 0.000, 0.791, 1.582, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.791 std_dev=0.791
O4' B 0, 0.000, 0.818, 1.637, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.818 std_dev=0.818
N9 B 0, 0.000, 0.909, 1.818, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.909 std_dev=0.909
P B 0, 0.000, 0.910, 1.821, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.910 std_dev=0.910
O5' B 0, 0.000, 0.918, 1.836, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.918 std_dev=0.918
C5' B 0, 0.000, 0.919, 1.838, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.919 std_dev=0.919
OP1 B 0, 0.000, 0.929, 1.857, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.929 std_dev=0.929
C8 B 0, 0.000, 0.939, 1.878, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.939 std_dev=0.939
OP2 B 0, 0.000, 1.041, 2.082, 2.082 max_d=2.082 avg_d=1.041 std_dev=1.041
C4 B 0, 0.000, 1.054, 2.108, 2.108 max_d=2.108 avg_d=1.054 std_dev=1.054
N7 B 0, 0.000, 1.071, 2.142, 2.142 max_d=2.142 avg_d=1.071 std_dev=1.071
N3 B 0, 0.000, 1.125, 2.249, 2.249 max_d=2.249 avg_d=1.125 std_dev=1.125
C5 B 0, 0.000, 1.132, 2.264, 2.264 max_d=2.264 avg_d=1.132 std_dev=1.132
C2 B 0, 0.000, 1.278, 2.556, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.278 std_dev=1.278
C6 B 0, 0.000, 1.288, 2.576, 2.576 max_d=2.576 avg_d=1.288 std_dev=1.288
N1 B 0, 0.000, 1.344, 2.689, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.344 std_dev=1.344
O6 B 0, 0.000, 1.385, 2.770, 2.770 max_d=2.770 avg_d=1.385 std_dev=1.385
N2 B 0, 0.000, 1.392, 2.785, 2.785 max_d=2.785 avg_d=1.392 std_dev=1.392

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.04 0.07 0.11 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.04 0.03 0.04 0.08 0.05
N1 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01
N4 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.09 0.06
O2 0.01 0.00 0.11 0.10 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.13 0.01 0.07 0.05 0.02 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.05 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.08 0.06 0.07
O5' 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.04 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.11 0.02 0.08 0.02 0.03 0.09 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02
C2 0.07 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.04 0.05 0.08 0.07 0.03 0.04 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09
C2' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.04 0.08 0.07
C3' 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.09 0.08
C4 0.10 0.08 0.08 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.07 0.09 0.11 0.11 0.06 0.08 0.12 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11
C4' 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.06 0.10 0.08
C5 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.03 0.07 0.05 0.06
C5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.01 0.06 0.08 0.08
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04
N3 0.11 0.09 0.08 0.09 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10 0.07 0.09 0.13 0.11 0.05 0.06 0.13 0.12 0.12 0.10 0.13 0.12
N4 0.14 0.11 0.11 0.12 0.14 0.14 0.15 0.14 0.14 0.17 0.13 0.09 0.12 0.16 0.15 0.08 0.10 0.16 0.14 0.14 0.12 0.14 0.14
O2 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.04 0.05 0.09 0.08 0.02 0.02 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09
O2' 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.00 0.02 0.06 0.11 0.05 0.08 0.13 0.11
O3' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02 0.10 0.01 0.10 0.13 0.11
O4' 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.03 0.06 0.08 0.05 0.04 0.06 0.08 0.08 0.05 0.07 0.07 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00
O5' 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.09 0.02 0.07 0.09 0.09
OP1 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.09 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.14 0.01 0.15 0.15 0.15
OP2 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.04
P 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
N1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02
N2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O2' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03
OP1 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01
P 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00