ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54158

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.000, 0.050, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.050 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C2' A 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C4' A 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
O2' A 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C3' A 0, 0.000, 0.358, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C5' A 0, 0.000, 0.503, 1.006, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.503 std_dev=0.503
O2' B 0, 0.000, 0.529, 1.057, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.529 std_dev=0.529
O3' A 0, 0.000, 0.576, 1.151, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.576 std_dev=0.576
O5' B 0, 0.000, 0.691, 1.381, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.691 std_dev=0.691
OP2 B 0, 0.000, 0.697, 1.394, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.697 std_dev=0.697
O5' A 0, 0.000, 0.754, 1.508, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.754 std_dev=0.754
C2' B 0, 0.000, 0.755, 1.510, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.755 std_dev=0.755
O3' B 0, 0.000, 0.768, 1.535, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.768 std_dev=0.768
C3' B 0, 0.000, 0.910, 1.820, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.910 std_dev=0.910
P A 0, 0.000, 0.931, 1.862, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.931 std_dev=0.931
C1' B 0, 0.000, 1.029, 2.058, 2.058 max_d=2.058 avg_d=1.029 std_dev=1.029
P B 0, 0.000, 1.043, 2.086, 2.086 max_d=2.086 avg_d=1.043 std_dev=1.043
OP2 A 0, 0.000, 1.080, 2.160, 2.160 max_d=2.160 avg_d=1.080 std_dev=1.080
C4' B 0, 0.000, 1.163, 2.326, 2.326 max_d=2.326 avg_d=1.163 std_dev=1.163
O4' B 0, 0.000, 1.180, 2.359, 2.359 max_d=2.359 avg_d=1.180 std_dev=1.180
N9 B 0, 0.000, 1.216, 2.432, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.216 std_dev=1.216
C4 B 0, 0.000, 1.310, 2.620, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.310 std_dev=1.310
OP1 A 0, 0.000, 1.312, 2.624, 2.624 max_d=2.624 avg_d=1.312 std_dev=1.312
C5' B 0, 0.000, 1.424, 2.848, 2.848 max_d=2.848 avg_d=1.424 std_dev=1.424
C5 B 0, 0.000, 1.434, 2.868, 2.868 max_d=2.868 avg_d=1.434 std_dev=1.434
OP1 B 0, 0.000, 1.695, 3.389, 3.389 max_d=3.389 avg_d=1.695 std_dev=1.695
C6 B 0, 0.000, 1.710, 3.421, 3.421 max_d=3.421 avg_d=1.710 std_dev=1.710
O6 B 0, 0.000, 1.870, 3.740, 3.740 max_d=3.740 avg_d=1.870 std_dev=1.870
C8 B 0, 0.000, 2.073, 4.146, 4.146 max_d=4.146 avg_d=2.073 std_dev=2.073
N7 B 0, 0.000, 2.094, 4.187, 4.187 max_d=4.187 avg_d=2.094 std_dev=2.094
N3 B 0, 0.000, 2.144, 4.289, 4.289 max_d=4.289 avg_d=2.144 std_dev=2.144
N1 B 0, 0.000, 2.447, 4.895, 4.895 max_d=4.895 avg_d=2.447 std_dev=2.447
C2 B 0, 0.000, 2.803, 5.607, 5.607 max_d=5.607 avg_d=2.803 std_dev=2.803
N2 B 0, 0.000, 4.012, 8.023, 8.023 max_d=8.023 avg_d=4.012 std_dev=4.012

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.29 0.10
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.37 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.29 0.12
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.13 0.04 0.02 0.09 0.08 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.20 0.10
C4 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.27 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.03 0.03 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.04
C5 0.00 0.00 0.06 0.13 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.15 0.00 0.23 0.07 0.18 0.04
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.11 0.04 0.04 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.06 0.13 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.19 0.08 0.22 0.00
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.03 0.31 0.08
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.35 0.08
N4 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.18 0.02 0.23 0.01
O2 0.02 0.01 0.09 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.13 0.03 0.03 0.03 0.41 0.14
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.11 0.00 0.04 0.05 0.03 0.07 0.24 0.08
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.14 0.03 0.01 0.10 0.13 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.12 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.09 0.23 0.08
O5' 0.00 0.03 0.04 0.05 0.16 0.01 0.23 0.00 0.19 0.07 0.08 0.18 0.03 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.07 0.13 0.08 0.03 0.01 0.02 0.03 0.07 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.29 0.37 0.29 0.20 0.27 0.13 0.18 0.02 0.22 0.31 0.35 0.23 0.41 0.24 0.12 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.10 0.12 0.10 0.01 0.04 0.04 0.00 0.00 0.08 0.08 0.01 0.14 0.08 0.07 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.57 0.15 0.14 0.26 0.13 0.11 0.13 0.19 0.15 0.41 0.78 0.52 0.13 0.10 0.15 0.14 0.14 0.19 0.09 0.23 0.04 0.24
C2 0.13 0.94 0.14 0.11 0.37 0.07 0.12 0.08 0.31 0.36 0.70 1.32 0.82 0.29 0.05 0.13 0.03 0.11 0.26 0.16 0.28 0.05 0.30
C2' 0.14 0.40 0.11 0.14 0.19 0.14 0.07 0.17 0.13 0.09 0.28 0.56 0.38 0.09 0.08 0.10 0.15 0.13 0.23 0.05 0.18 0.03 0.23
C3' 0.11 0.20 0.06 0.12 0.11 0.13 0.04 0.17 0.05 0.03 0.13 0.27 0.20 0.03 0.06 0.04 0.14 0.11 0.26 0.01 0.16 0.02 0.23
C4 0.13 1.26 0.17 0.10 0.51 0.02 0.24 0.04 0.49 0.41 0.98 1.73 1.08 0.29 0.08 0.13 0.09 0.09 0.28 0.34 0.24 0.09 0.28
C4' 0.10 0.08 0.05 0.09 0.06 0.11 0.01 0.13 0.00 0.01 0.03 0.12 0.10 0.01 0.06 0.05 0.16 0.10 0.21 0.04 0.20 0.04 0.23
C5 0.17 1.17 0.20 0.14 0.52 0.05 0.27 0.07 0.50 0.31 0.91 1.56 1.02 0.19 0.13 0.15 0.09 0.12 0.24 0.37 0.19 0.02 0.22
C5' 0.06 0.12 0.02 0.05 0.04 0.09 0.04 0.12 0.08 0.06 0.12 0.15 0.08 0.02 0.03 0.04 0.14 0.07 0.21 0.09 0.18 0.05 0.21
C6 0.18 0.92 0.20 0.16 0.43 0.09 0.22 0.11 0.39 0.22 0.71 1.23 0.82 0.14 0.14 0.16 0.01 0.14 0.21 0.27 0.19 0.06 0.21
N1 0.16 0.82 0.16 0.14 0.36 0.10 0.15 0.11 0.30 0.25 0.61 1.12 0.73 0.19 0.09 0.15 0.07 0.13 0.22 0.18 0.24 0.02 0.26
N3 0.13 1.15 0.15 0.10 0.45 0.04 0.17 0.05 0.41 0.42 0.88 1.61 0.98 0.33 0.06 0.13 0.03 0.10 0.27 0.25 0.27 0.09 0.31
N4 0.11 1.44 0.16 0.08 0.57 0.02 0.26 0.01 0.57 0.48 1.12 1.98 1.20 0.34 0.07 0.11 0.14 0.07 0.29 0.40 0.23 0.18 0.28
O2 0.11 0.84 0.11 0.09 0.30 0.07 0.06 0.08 0.22 0.38 0.60 1.21 0.73 0.34 0.01 0.11 0.05 0.09 0.27 0.07 0.30 0.06 0.32
O2' 0.09 0.23 0.06 0.09 0.10 0.10 0.00 0.13 0.02 0.10 0.13 0.35 0.23 0.11 0.03 0.04 0.13 0.09 0.23 0.05 0.21 0.03 0.25
O3' 0.06 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.02 0.17 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.12 0.07 0.29 0.07 0.14 0.00 0.23
O4' 0.16 0.38 0.13 0.13 0.19 0.13 0.07 0.13 0.11 0.08 0.26 0.51 0.37 0.08 0.09 0.15 0.18 0.14 0.15 0.04 0.22 0.08 0.21
O5' 0.02 0.05 0.10 0.02 0.06 0.03 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.03 0.04 0.09 0.05 0.13 0.00 0.01 0.34 0.11 0.19 0.02 0.27
OP1 0.20 0.51 0.37 0.11 0.34 0.10 0.28 0.23 0.35 0.09 0.45 0.59 0.47 0.14 0.22 0.53 0.03 0.04 0.08 0.31 0.05 0.23 0.01
OP2 0.13 0.12 0.10 0.06 0.04 0.01 0.09 0.24 0.04 0.23 0.06 0.21 0.08 0.20 0.13 0.20 0.00 0.10 0.16 0.06 0.15 0.34 0.08
P 0.09 0.04 0.15 0.02 0.08 0.05 0.11 0.16 0.10 0.14 0.07 0.00 0.04 0.14 0.11 0.22 0.01 0.04 0.21 0.11 0.05 0.16 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.26 0.01 0.04 0.30 0.13
C2 0.02 0.00 0.18 0.45 0.00 0.44 0.00 0.76 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.35 0.31 1.50 0.00 1.42 1.65 1.61
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.11 0.24 0.19 0.10 0.02 0.00 0.06 0.01 0.19 0.00 0.10 0.31 0.08
C3' 0.00 0.45 0.00 0.00 0.15 0.00 0.02 0.01 0.09 0.35 0.29 0.62 0.44 0.27 0.07 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.17 0.24 0.04
C4 0.01 0.00 0.08 0.15 0.00 0.17 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.15 0.78 0.00 0.45 0.77 0.68
C4' 0.02 0.44 0.00 0.00 0.17 0.00 0.02 0.00 0.12 0.30 0.31 0.58 0.42 0.21 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.11 0.18 0.02
C5 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.52 0.00 0.10 0.45 0.35
C5' 0.01 0.76 0.01 0.01 0.24 0.00 0.00 0.00 0.18 0.55 0.52 1.04 0.70 0.43 0.11 0.02 0.07 0.00 0.00 0.06 0.13 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.12 0.79 0.00 0.45 0.76 0.69
C8 0.00 0.00 0.14 0.35 0.00 0.30 0.00 0.55 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.19 0.19 0.22 0.00 0.77 0.34 0.51
N1 0.01 0.00 0.11 0.29 0.00 0.31 0.00 0.52 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.24 0.23 1.23 0.00 1.07 1.32 1.27
N2 0.02 0.00 0.24 0.62 0.00 0.58 0.00 1.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.48 0.37 1.87 0.00 1.98 2.18 2.15
N3 0.02 0.00 0.19 0.44 0.00 0.42 0.00 0.70 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.34 0.31 1.36 0.00 1.17 1.44 1.38
N7 0.00 0.00 0.10 0.27 0.00 0.21 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.14 0.11 0.02 0.00 0.60 0.18 0.32
N9 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.28 0.01 0.12 0.25 0.10
O2' 0.04 0.19 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.16 0.14 0.24 0.17 0.11 0.05 0.00 0.12 0.02 0.09 0.04 0.11 0.26 0.01
O3' 0.06 0.35 0.06 0.00 0.15 0.04 0.03 0.07 0.10 0.19 0.24 0.48 0.34 0.14 0.01 0.12 0.00 0.01 0.32 0.04 0.33 0.02 0.31
O4' 0.00 0.31 0.01 0.00 0.15 0.00 0.05 0.00 0.12 0.19 0.23 0.37 0.31 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.26 0.08 0.00 0.28 0.15
O5' 0.26 1.50 0.19 0.02 0.78 0.01 0.52 0.00 0.79 0.22 1.23 1.87 1.36 0.02 0.28 0.09 0.32 0.26 0.00 0.65 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.08 0.65 0.00 0.27 0.59 0.51
OP1 0.04 1.42 0.10 0.17 0.45 0.11 0.10 0.13 0.45 0.77 1.07 1.98 1.17 0.60 0.12 0.11 0.33 0.00 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 1.65 0.31 0.24 0.77 0.18 0.45 0.19 0.76 0.34 1.32 2.18 1.44 0.18 0.25 0.26 0.02 0.28 0.01 0.59 0.01 0.00 0.00
P 0.13 1.61 0.08 0.04 0.68 0.02 0.35 0.01 0.69 0.51 1.27 2.15 1.38 0.32 0.10 0.01 0.31 0.15 0.00 0.51 0.00 0.00 0.00