ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54167

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 21, 13, 17, 8, 8, 9, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.017, 0.041, 0.066, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.041 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.009, 0.039, 0.070, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.039 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.011, 0.079, 0.147, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.079 std_dev=0.068
C2' A 0, 0.015, 0.089, 0.163, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.089 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.034, 0.132, 0.231, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.132 std_dev=0.098
C3' A 0, 0.042, 0.155, 0.267, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.155 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.033, 0.150, 0.267, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.150 std_dev=0.117
C2' B 0, 0.148, 0.297, 0.446, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.297 std_dev=0.149
O3' A 0, 0.081, 0.247, 0.414, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.247 std_dev=0.166
C1' B 0, 0.077, 0.254, 0.431, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.254 std_dev=0.177
C3' B 0, 0.127, 0.341, 0.555, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.341 std_dev=0.214
O2' B 0, 0.142, 0.364, 0.586, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.364 std_dev=0.222
C5' A 0, 0.023, 0.253, 0.483, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.253 std_dev=0.230
O3' B 0, 0.117, 0.359, 0.602, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.359 std_dev=0.242
O4' B 0, 0.050, 0.312, 0.574, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.312 std_dev=0.262
O5' A 0, 0.099, 0.361, 0.624, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.361 std_dev=0.262
C4' B 0, 0.069, 0.356, 0.644, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.356 std_dev=0.287
N1 B 0, 0.008, 0.296, 0.584, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.296 std_dev=0.288
P A 0, -0.023, 0.348, 0.719, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.348 std_dev=0.371
C5' B 0, 0.046, 0.451, 0.856, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.451 std_dev=0.405
C2 B 0, -0.133, 0.400, 0.933, 2.542 max_d=2.542 avg_d=0.400 std_dev=0.533
OP2 A 0, 0.074, 0.614, 1.153, 3.077 max_d=3.077 avg_d=0.614 std_dev=0.539
OP1 A 0, 0.059, 0.628, 1.197, 3.552 max_d=3.552 avg_d=0.628 std_dev=0.569
N3 B 0, -0.151, 0.454, 1.058, 2.962 max_d=2.962 avg_d=0.454 std_dev=0.605
C4 B 0, -0.155, 0.454, 1.062, 3.615 max_d=3.615 avg_d=0.454 std_dev=0.609
C6 B 0, -0.157, 0.470, 1.097, 2.686 max_d=2.686 avg_d=0.470 std_dev=0.627
O4 B 0, -0.211, 0.539, 1.290, 4.394 max_d=4.394 avg_d=0.539 std_dev=0.750
C5 B 0, -0.211, 0.543, 1.296, 3.371 max_d=3.371 avg_d=0.543 std_dev=0.754
O5' B 0, -0.224, 0.648, 1.520, 4.341 max_d=4.341 avg_d=0.648 std_dev=0.872
O2 B 0, -0.417, 0.500, 1.418, 4.669 max_d=4.669 avg_d=0.500 std_dev=0.918
OP1 B 0, -0.349, 0.951, 2.250, 5.998 max_d=5.998 avg_d=0.951 std_dev=1.299
P B 0, -0.426, 0.874, 2.174, 5.734 max_d=5.734 avg_d=0.874 std_dev=1.300
OP2 B 0, -0.774, 1.148, 3.071, 8.083 max_d=8.083 avg_d=1.148 std_dev=1.922

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.14 0.41 0.21 0.12
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.06 0.02 0.15 0.42 0.22 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.02 0.01 0.08 0.29 0.32 0.07
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.06 0.07 0.07 0.02 0.01 0.02 0.12 0.21 0.35 0.09
C4 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.03 0.19 0.41 0.20 0.18
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.08 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.26 0.25 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.04 0.22 0.42 0.18 0.21
C5' 0.05 0.13 0.02 0.02 0.19 0.01 0.20 0.00 0.18 0.13 0.16 0.20 0.10 0.06 0.07 0.02 0.01 0.20 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.03 0.22 0.44 0.16 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.17 0.43 0.19 0.15
N3 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.07 0.02 0.17 0.42 0.21 0.15
N4 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.09 0.03 0.20 0.40 0.21 0.19
O2 0.03 0.00 0.08 0.07 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.10 0.10 0.03 0.13 0.42 0.24 0.12
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03 0.02 0.06 0.05 0.10 0.00 0.06 0.04 0.06 0.29 0.35 0.07
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.08 0.02 0.09 0.07 0.08 0.04 0.07 0.09 0.10 0.06 0.00 0.03 0.19 0.19 0.44 0.16
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.18 0.45 0.20 0.18
O5' 0.14 0.15 0.08 0.12 0.19 0.02 0.22 0.01 0.22 0.17 0.17 0.20 0.13 0.06 0.19 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.42 0.29 0.21 0.41 0.26 0.42 0.20 0.44 0.43 0.42 0.40 0.42 0.29 0.19 0.45 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.22 0.32 0.35 0.20 0.25 0.18 0.22 0.16 0.19 0.21 0.21 0.24 0.35 0.44 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.13 0.07 0.09 0.18 0.04 0.21 0.02 0.19 0.15 0.15 0.19 0.12 0.07 0.16 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.25 0.13 0.11 0.17 0.14 0.32 0.18 0.32 0.12 0.21 0.50 0.23 0.15 0.18 0.16 0.43 0.54 0.86 0.60
C2 0.10 0.31 0.14 0.14 0.18 0.13 0.39 0.16 0.38 0.11 0.25 0.63 0.22 0.19 0.20 0.14 0.29 0.45 0.76 0.48
C2' 0.09 0.31 0.12 0.08 0.18 0.14 0.35 0.17 0.35 0.12 0.27 0.59 0.24 0.10 0.20 0.14 0.35 0.49 0.68 0.46
C3' 0.09 0.28 0.12 0.09 0.17 0.16 0.29 0.19 0.30 0.12 0.25 0.51 0.24 0.09 0.18 0.15 0.34 0.49 0.58 0.40
C4 0.11 0.28 0.14 0.18 0.19 0.19 0.37 0.20 0.35 0.10 0.22 0.57 0.20 0.24 0.21 0.16 0.24 0.35 0.66 0.36
C4' 0.10 0.19 0.11 0.12 0.11 0.22 0.24 0.26 0.25 0.10 0.16 0.36 0.21 0.11 0.12 0.22 0.52 0.54 0.83 0.59
C5 0.11 0.22 0.15 0.18 0.19 0.16 0.30 0.17 0.30 0.13 0.19 0.43 0.21 0.26 0.20 0.14 0.25 0.37 0.65 0.38
C5' 0.21 0.19 0.16 0.19 0.19 0.33 0.26 0.36 0.27 0.20 0.18 0.24 0.20 0.17 0.19 0.33 0.59 0.54 0.81 0.60
C6 0.11 0.22 0.14 0.15 0.18 0.13 0.29 0.16 0.29 0.13 0.19 0.42 0.22 0.23 0.19 0.15 0.33 0.44 0.73 0.47
N1 0.10 0.26 0.13 0.13 0.17 0.13 0.34 0.16 0.34 0.12 0.21 0.52 0.23 0.19 0.19 0.14 0.35 0.48 0.78 0.52
N3 0.10 0.32 0.14 0.16 0.19 0.16 0.41 0.18 0.39 0.10 0.25 0.65 0.21 0.21 0.21 0.15 0.25 0.39 0.71 0.41
N4 0.14 0.28 0.15 0.20 0.19 0.24 0.38 0.26 0.35 0.10 0.22 0.58 0.19 0.25 0.22 0.22 0.29 0.29 0.64 0.32
O2 0.09 0.33 0.14 0.13 0.19 0.13 0.42 0.16 0.40 0.11 0.27 0.67 0.23 0.18 0.21 0.14 0.31 0.49 0.80 0.51
O2' 0.08 0.31 0.11 0.07 0.18 0.15 0.35 0.19 0.35 0.12 0.28 0.59 0.24 0.08 0.20 0.15 0.41 0.53 0.79 0.55
O3' 0.13 0.34 0.17 0.13 0.24 0.18 0.32 0.21 0.32 0.17 0.33 0.56 0.29 0.14 0.26 0.15 0.32 0.56 0.52 0.36
O4' 0.12 0.21 0.14 0.13 0.17 0.17 0.27 0.22 0.27 0.14 0.18 0.38 0.25 0.17 0.17 0.19 0.52 0.58 0.94 0.67
O5' 0.12 0.18 0.09 0.05 0.15 0.24 0.17 0.28 0.17 0.13 0.18 0.27 0.26 0.02 0.16 0.21 0.41 0.40 0.55 0.36
OP1 0.14 0.18 0.13 0.14 0.16 0.25 0.19 0.32 0.18 0.14 0.17 0.24 0.16 0.02 0.16 0.23 0.54 0.38 0.67 0.46
OP2 0.17 0.21 0.26 0.19 0.24 0.15 0.24 0.23 0.23 0.20 0.23 0.22 0.35 0.02 0.25 0.11 0.32 1.08 0.57 0.59
P 0.06 0.08 0.08 0.02 0.06 0.12 0.06 0.15 0.05 0.06 0.08 0.12 0.17 0.01 0.07 0.09 0.26 0.59 0.36 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.35 0.50 0.42 0.36
C2 0.02 0.00 0.11 0.11 0.01 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.11 0.39 0.31 0.55 0.34
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.11 0.06 0.13 0.02 0.08 0.22 0.00 0.02 0.06 0.01 0.43 0.81 0.64 0.60
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.12 0.02 0.13 0.02 0.07 0.22 0.02 0.01 0.05 0.01 0.21 0.69 0.31 0.38
C4 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.06 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.07 0.01 0.04 0.61 0.50 0.93 0.64
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.19 0.03 0.09 0.29 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.28 0.19 0.07
C5 0.03 0.01 0.11 0.12 0.01 0.17 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.06 0.02 0.10 0.82 0.79 1.18 0.91
C5' 0.04 0.25 0.06 0.02 0.15 0.01 0.35 0.00 0.37 0.10 0.18 0.52 0.06 0.03 0.15 0.01 0.01 0.11 0.21 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.13 0.02 0.19 0.01 0.37 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.06 0.02 0.13 0.82 0.82 1.07 0.87
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.02 0.50 0.50 0.65 0.49
N3 0.02 0.01 0.08 0.07 0.01 0.09 0.01 0.18 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.08 0.01 0.07 0.45 0.30 0.68 0.41
O2 0.04 0.01 0.22 0.22 0.02 0.29 0.02 0.52 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.11 0.02 0.21 0.48 0.48 0.59 0.46
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.09 0.01 0.10 0.06 0.10 0.04 0.08 0.13 0.00 0.04 0.09 0.01 0.42 0.96 0.76 0.68
O3' 0.06 0.08 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.06 0.06 0.08 0.11 0.04 0.00 0.07 0.06 0.14 0.62 0.23 0.25
O4 0.03 0.02 0.06 0.05 0.01 0.06 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.07 0.00 0.04 0.62 0.49 0.99 0.66
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.07 0.21 0.01 0.06 0.04 0.00 0.23 0.25 0.28 0.14
O5' 0.35 0.39 0.43 0.21 0.61 0.02 0.82 0.01 0.82 0.50 0.45 0.48 0.42 0.14 0.62 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.50 0.31 0.81 0.69 0.50 0.28 0.79 0.11 0.82 0.50 0.30 0.48 0.96 0.62 0.49 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.55 0.64 0.31 0.93 0.19 1.18 0.21 1.07 0.65 0.68 0.59 0.76 0.23 0.99 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.36 0.34 0.60 0.38 0.64 0.07 0.91 0.02 0.87 0.49 0.41 0.46 0.68 0.25 0.66 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00