ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54168

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 3, 5, 31, 11, 8, 7, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.008, 0.013, 0.019, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.011, 0.017, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.012, 0.018, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.020, 0.038, 0.056, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.038 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.035, 0.054, 0.073, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.054 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.036, 0.133, 0.229, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.133 std_dev=0.096
O4' A 0, -0.010, 0.089, 0.187, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.089 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.119, 0.228, 0.337, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.228 std_dev=0.109
C3' A 0, -0.007, 0.164, 0.334, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.164 std_dev=0.170
C4' A 0, -0.024, 0.152, 0.328, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.152 std_dev=0.176
C1' B 0, 0.667, 0.872, 1.076, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.872 std_dev=0.204
O2' B 0, 0.494, 0.722, 0.950, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.722 std_dev=0.228
O3' A 0, 0.041, 0.273, 0.504, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.273 std_dev=0.232
O4' B 0, 1.020, 1.271, 1.523, 1.835 max_d=1.835 avg_d=1.271 std_dev=0.251
C2' B 0, 0.911, 1.171, 1.431, 1.649 max_d=1.649 avg_d=1.171 std_dev=0.260
C5' A 0, -0.096, 0.246, 0.588, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.246 std_dev=0.342
C3' B 0, 1.546, 2.024, 2.501, 2.749 max_d=2.749 avg_d=2.024 std_dev=0.477
C4' B 0, 1.667, 2.165, 2.663, 2.966 max_d=2.966 avg_d=2.165 std_dev=0.498
N1 B 0, 1.436, 1.953, 2.470, 2.347 max_d=2.347 avg_d=1.953 std_dev=0.517
OP2 A 0, 1.532, 2.063, 2.595, 3.186 max_d=3.186 avg_d=2.063 std_dev=0.531
O3' B 0, 1.760, 2.329, 2.897, 3.078 max_d=3.078 avg_d=2.329 std_dev=0.568
O5' A 0, 1.545, 2.207, 2.869, 3.103 max_d=3.103 avg_d=2.207 std_dev=0.662
P A 0, 1.870, 2.612, 3.353, 3.703 max_d=3.703 avg_d=2.612 std_dev=0.741
C2 B 0, 1.927, 2.681, 3.436, 3.112 max_d=3.112 avg_d=2.681 std_dev=0.755
O2 B 0, 2.050, 2.821, 3.592, 3.361 max_d=3.361 avg_d=2.821 std_dev=0.771
C5' B 0, 2.305, 3.098, 3.892, 3.982 max_d=3.982 avg_d=3.098 std_dev=0.794
O5' B 0, 2.373, 3.254, 4.136, 4.071 max_d=4.071 avg_d=3.254 std_dev=0.882
C6 B 0, 2.092, 2.990, 3.888, 3.577 max_d=3.577 avg_d=2.990 std_dev=0.898
OP1 A 0, 2.613, 3.541, 4.470, 4.369 max_d=4.369 avg_d=3.541 std_dev=0.928
OP2 B 0, 2.976, 3.914, 4.853, 5.196 max_d=5.196 avg_d=3.914 std_dev=0.938
N3 B 0, 2.712, 3.896, 5.080, 4.537 max_d=4.537 avg_d=3.896 std_dev=1.184
P B 0, 3.164, 4.421, 5.677, 5.456 max_d=5.456 avg_d=4.421 std_dev=1.257
C5 B 0, 2.807, 4.109, 5.410, 4.816 max_d=4.816 avg_d=4.109 std_dev=1.301
C4 B 0, 3.112, 4.532, 5.952, 5.241 max_d=5.241 avg_d=4.532 std_dev=1.420
O4 B 0, 3.906, 5.706, 7.506, 6.691 max_d=6.691 avg_d=5.706 std_dev=1.800
OP1 B 0, 4.943, 6.871, 8.798, 8.147 max_d=8.147 avg_d=6.871 std_dev=1.927

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.11 0.30 0.22 0.15
C2 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.28 0.53 0.28 0.34
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.10 0.00 0.02 0.01 0.18 0.19 0.15 0.17
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.05 0.05 0.09 0.08 0.12 0.02 0.01 0.01 0.26 0.16 0.15 0.20
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.40 0.75 0.33 0.49
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.10 0.12 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.40 0.78 0.34 0.50
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.14 0.09 0.12 0.16 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.33 0.66 0.32 0.40
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.26 0.50 0.28 0.30
N3 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.35 0.64 0.31 0.43
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.44 0.82 0.34 0.55
O2 0.03 0.00 0.10 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.12 0.03 0.23 0.43 0.26 0.27
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.04 0.04 0.05 0.14 0.12 0.06
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.04 0.09 0.08 0.12 0.04 0.00 0.01 0.20 0.20 0.19 0.15
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.08 0.26 0.22 0.08
O5' 0.11 0.28 0.18 0.26 0.40 0.02 0.40 0.01 0.33 0.26 0.35 0.44 0.23 0.05 0.20 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.30 0.53 0.19 0.16 0.75 0.10 0.78 0.09 0.66 0.50 0.64 0.82 0.43 0.14 0.20 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.28 0.15 0.15 0.33 0.12 0.34 0.14 0.32 0.28 0.31 0.34 0.26 0.12 0.19 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.34 0.17 0.20 0.49 0.02 0.50 0.01 0.40 0.30 0.43 0.55 0.27 0.06 0.15 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.63 0.26 0.13 1.27 0.19 1.21 0.31 0.94 0.65 0.99 0.28 0.14 0.35 1.47 0.30 0.49 0.84 0.50 0.60
C2 0.30 0.36 0.32 0.21 1.14 0.31 1.25 0.51 0.98 0.57 0.67 0.20 0.14 0.22 1.30 0.36 0.70 1.21 0.71 0.87
C2' 0.32 0.57 0.29 0.15 1.23 0.21 1.21 0.34 0.94 0.63 0.91 0.25 0.17 0.33 1.44 0.31 0.53 0.91 0.53 0.66
C3' 0.32 0.57 0.26 0.15 1.11 0.20 1.08 0.27 0.85 0.59 0.86 0.31 0.17 0.34 1.29 0.29 0.43 0.73 0.40 0.53
C4 0.24 0.12 0.32 0.28 0.63 0.37 0.94 0.57 0.82 0.38 0.21 0.49 0.15 0.15 0.64 0.34 0.74 1.26 0.69 0.90
C4' 0.32 0.68 0.22 0.16 1.15 0.19 1.06 0.20 0.82 0.62 0.97 0.45 0.16 0.40 1.33 0.27 0.33 0.55 0.31 0.40
C5 0.26 0.21 0.30 0.22 0.66 0.29 0.85 0.43 0.76 0.43 0.35 0.32 0.14 0.19 0.68 0.31 0.58 0.94 0.49 0.68
C5' 0.33 0.66 0.22 0.22 1.01 0.24 0.91 0.21 0.72 0.58 0.90 0.52 0.19 0.42 1.16 0.29 0.25 0.39 0.26 0.28
C6 0.30 0.43 0.28 0.16 0.93 0.23 1.00 0.34 0.83 0.55 0.66 0.18 0.14 0.27 1.00 0.30 0.50 0.82 0.44 0.59
N1 0.31 0.49 0.29 0.15 1.15 0.24 1.18 0.39 0.94 0.61 0.81 0.16 0.14 0.28 1.29 0.32 0.56 0.96 0.55 0.69
N3 0.27 0.16 0.33 0.27 0.89 0.37 1.15 0.60 0.92 0.46 0.37 0.40 0.14 0.17 0.98 0.37 0.78 1.35 0.79 0.97
N4 0.18 0.34 0.32 0.36 0.26 0.43 0.68 0.67 0.65 0.21 0.33 0.70 0.16 0.16 0.25 0.33 0.83 1.43 0.78 1.02
O2 0.31 0.41 0.32 0.20 1.24 0.31 1.32 0.53 1.02 0.60 0.75 0.17 0.14 0.23 1.48 0.37 0.73 1.28 0.78 0.92
O2' 0.31 0.63 0.26 0.12 1.33 0.18 1.27 0.31 0.97 0.65 1.00 0.29 0.14 0.38 1.59 0.29 0.51 0.91 0.55 0.65
O3' 0.32 0.58 0.26 0.16 1.12 0.20 1.09 0.26 0.85 0.59 0.87 0.32 0.18 0.36 1.31 0.29 0.42 0.72 0.40 0.52
O4' 0.31 0.71 0.22 0.15 1.21 0.16 1.11 0.21 0.86 0.64 1.02 0.44 0.15 0.41 1.38 0.27 0.35 0.61 0.35 0.44
O5' 0.42 0.74 0.39 0.21 1.11 0.25 1.05 0.26 0.86 0.69 0.97 0.56 0.43 0.37 1.24 0.33 0.41 0.53 0.40 0.46
OP1 1.12 1.39 1.03 0.74 1.55 0.78 1.48 0.76 1.36 1.31 1.50 1.31 1.13 0.60 1.61 0.97 0.91 0.80 0.73 0.87
OP2 0.42 0.58 0.36 0.50 0.72 0.51 0.64 0.51 0.54 0.50 0.69 0.53 0.36 0.62 0.81 0.44 0.40 0.40 0.59 0.39
P 0.53 0.84 0.49 0.20 1.09 0.25 1.02 0.25 0.87 0.77 1.00 0.71 0.60 0.22 1.19 0.39 0.42 0.40 0.37 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.06 0.10 0.15 0.07
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.01 0.05 0.11 0.21 0.31 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.10 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.12 0.23 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.16 0.13 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.16 0.33 0.45 0.21
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.15 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.06 0.18 0.34 0.45 0.22
C5' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.10 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.01 0.21 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.07 0.16 0.26 0.36 0.18
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.11 0.19 0.28 0.12
N3 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.01 0.03 0.14 0.28 0.39 0.17
O2 0.03 0.01 0.10 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.08 0.02 0.09 0.09 0.17 0.27 0.11
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.08 0.18 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.17 0.31 0.10
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.08 0.03 0.00 0.04 0.04 0.07 0.19 0.14 0.08
O4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.03 0.17 0.36 0.49 0.23
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.03 0.09 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.09 0.11 0.05
O5' 0.06 0.11 0.06 0.07 0.16 0.02 0.18 0.01 0.16 0.11 0.14 0.09 0.07 0.07 0.17 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.21 0.12 0.16 0.33 0.15 0.34 0.21 0.26 0.19 0.28 0.17 0.17 0.19 0.36 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.31 0.23 0.13 0.45 0.13 0.45 0.21 0.36 0.28 0.39 0.27 0.31 0.14 0.49 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.13 0.08 0.08 0.21 0.03 0.22 0.01 0.18 0.12 0.17 0.11 0.10 0.08 0.23 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00