ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54169

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 10, 4, 3, 3, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C2 A 0, -0.001, 0.012, 0.025, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C4 A 0, -0.001, 0.012, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C1' A 0, -0.002, 0.014, 0.030, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.014 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.003, 0.025, 0.048, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N4 A 0, -0.004, 0.038, 0.079, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.038 std_dev=0.042
O4' A 0, -0.026, 0.159, 0.344, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.159 std_dev=0.185
O2' B 0, 0.256, 0.454, 0.651, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.454 std_dev=0.197
C2' B 0, 0.253, 0.472, 0.691, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.472 std_dev=0.219
C2' A 0, -0.041, 0.193, 0.428, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.193 std_dev=0.235
C3' B 0, 0.250, 0.518, 0.786, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.518 std_dev=0.268
C4' A 0, -0.025, 0.255, 0.534, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.255 std_dev=0.280
O2' A 0, -0.024, 0.264, 0.552, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.264 std_dev=0.288
C3' A 0, -0.013, 0.310, 0.634, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.310 std_dev=0.324
O3' B 0, 0.156, 0.506, 0.855, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.506 std_dev=0.349
C1' B 0, 0.143, 0.549, 0.955, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.549 std_dev=0.406
C6 B 0, 0.203, 0.618, 1.033, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.618 std_dev=0.415
O3' A 0, 0.043, 0.467, 0.890, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.467 std_dev=0.424
C4' B 0, 0.185, 0.651, 1.116, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.651 std_dev=0.465
O4' B 0, 0.110, 0.644, 1.177, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.644 std_dev=0.534
C5' A 0, -0.061, 0.491, 1.044, 2.648 max_d=2.648 avg_d=0.491 std_dev=0.552
O5' A 0, 0.006, 0.561, 1.115, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.561 std_dev=0.554
N1 B 0, 0.098, 0.657, 1.216, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.657 std_dev=0.559
C5' B 0, 0.218, 0.782, 1.346, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.782 std_dev=0.564
C5 B 0, 0.179, 0.743, 1.307, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.743 std_dev=0.564
O5' B 0, 0.213, 0.880, 1.547, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.880 std_dev=0.667
P A 0, 0.035, 0.739, 1.444, 2.413 max_d=2.413 avg_d=0.739 std_dev=0.705
OP2 B 0, 0.252, 1.067, 1.882, 2.789 max_d=2.789 avg_d=1.067 std_dev=0.815
P B 0, 0.187, 1.072, 1.958, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.072 std_dev=0.885
C2 B 0, -0.061, 0.865, 1.791, 2.685 max_d=2.685 avg_d=0.865 std_dev=0.926
C4 B 0, 0.024, 0.966, 1.908, 2.871 max_d=2.871 avg_d=0.966 std_dev=0.942
OP1 B 0, 0.233, 1.224, 2.215, 3.129 max_d=3.129 avg_d=1.224 std_dev=0.991
OP2 A 0, 0.030, 1.044, 2.059, 3.319 max_d=3.319 avg_d=1.044 std_dev=1.014
O2 B 0, -0.157, 0.945, 2.048, 3.101 max_d=3.101 avg_d=0.945 std_dev=1.103
N3 B 0, -0.086, 1.017, 2.120, 3.196 max_d=3.196 avg_d=1.017 std_dev=1.103
O4 B 0, 0.006, 1.164, 2.321, 3.531 max_d=3.531 avg_d=1.164 std_dev=1.157
OP1 A 0, -0.147, 1.143, 2.432, 3.939 max_d=3.939 avg_d=1.143 std_dev=1.290

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.09 0.27 0.26 0.11
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.13 0.26 0.54 0.17
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.01 0.11 0.03 0.11 0.04 0.03 0.08 0.13 0.00 0.02 0.01 0.13 0.18 0.16 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.01 0.15 0.03 0.16 0.05 0.07 0.11 0.15 0.02 0.01 0.01 0.14 0.16 0.13 0.10
C4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.14 0.03 0.15 0.24 0.66 0.15
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.13 0.11 0.04
C5 0.02 0.01 0.11 0.15 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.21 0.03 0.18 0.26 0.57 0.12
C5' 0.05 0.17 0.03 0.03 0.20 0.00 0.17 0.00 0.13 0.13 0.20 0.21 0.16 0.03 0.03 0.01 0.01 0.13 0.21 0.03
C6 0.01 0.00 0.11 0.16 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.19 0.03 0.18 0.29 0.44 0.11
N1 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.13 0.27 0.43 0.13
N3 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.14 0.24 0.64 0.18
N4 0.02 0.02 0.08 0.11 0.00 0.07 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.17 0.03 0.15 0.23 0.71 0.16
O2 0.03 0.01 0.13 0.15 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.17 0.04 0.14 0.25 0.52 0.18
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.07 0.03 0.08 0.03 0.07 0.04 0.06 0.08 0.10 0.00 0.06 0.04 0.07 0.16 0.10 0.06
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.14 0.03 0.21 0.03 0.19 0.06 0.07 0.17 0.17 0.06 0.00 0.03 0.10 0.17 0.29 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.00 0.05 0.30 0.18 0.11
O5' 0.09 0.13 0.13 0.14 0.15 0.01 0.18 0.01 0.18 0.13 0.14 0.15 0.14 0.07 0.10 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.27 0.26 0.18 0.16 0.24 0.13 0.26 0.13 0.29 0.27 0.24 0.23 0.25 0.16 0.17 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.54 0.16 0.13 0.66 0.11 0.57 0.21 0.44 0.43 0.64 0.71 0.52 0.10 0.29 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.17 0.09 0.10 0.15 0.04 0.12 0.03 0.11 0.13 0.18 0.16 0.18 0.06 0.11 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 0.44 0.30 0.28 0.47 0.40 0.45 0.42 0.42 0.42 0.46 0.43 0.29 0.22 0.48 0.43 0.40 0.53 0.36 0.43
C2 0.22 0.26 0.21 0.17 0.35 0.25 0.36 0.27 0.32 0.27 0.31 0.19 0.26 0.10 0.38 0.28 0.22 0.31 0.15 0.23
C2' 0.20 0.20 0.12 0.12 0.25 0.26 0.25 0.28 0.24 0.21 0.23 0.17 0.16 0.12 0.26 0.29 0.25 0.41 0.21 0.30
C3' 0.11 0.09 0.09 0.07 0.12 0.15 0.13 0.16 0.13 0.10 0.11 0.10 0.17 0.08 0.13 0.19 0.18 0.36 0.19 0.24
C4 0.12 0.08 0.13 0.10 0.25 0.19 0.29 0.20 0.25 0.15 0.16 0.15 0.23 0.13 0.28 0.23 0.15 0.17 0.12 0.14
C4' 0.32 0.33 0.26 0.25 0.35 0.35 0.34 0.37 0.33 0.33 0.34 0.33 0.24 0.26 0.36 0.37 0.42 0.58 0.44 0.49
C5 0.16 0.18 0.17 0.11 0.32 0.19 0.35 0.20 0.31 0.23 0.25 0.07 0.27 0.12 0.34 0.23 0.15 0.19 0.10 0.15
C5' 0.30 0.32 0.29 0.26 0.34 0.29 0.34 0.30 0.33 0.32 0.33 0.31 0.31 0.29 0.35 0.31 0.43 0.59 0.50 0.50
C6 0.28 0.33 0.25 0.18 0.39 0.26 0.40 0.28 0.37 0.34 0.36 0.26 0.29 0.08 0.41 0.30 0.25 0.32 0.21 0.26
N1 0.30 0.35 0.25 0.21 0.41 0.30 0.40 0.32 0.37 0.34 0.38 0.30 0.28 0.13 0.42 0.33 0.28 0.38 0.23 0.30
N3 0.15 0.14 0.15 0.11 0.28 0.20 0.30 0.22 0.26 0.18 0.20 0.08 0.24 0.08 0.31 0.23 0.15 0.21 0.10 0.15
N4 0.16 0.17 0.09 0.12 0.15 0.22 0.21 0.22 0.16 0.09 0.07 0.45 0.19 0.19 0.18 0.28 0.21 0.18 0.23 0.21
O2 0.24 0.28 0.22 0.19 0.37 0.28 0.36 0.30 0.33 0.29 0.33 0.23 0.26 0.13 0.39 0.30 0.24 0.36 0.17 0.26
O2' 0.29 0.32 0.18 0.20 0.35 0.37 0.34 0.40 0.32 0.31 0.34 0.31 0.17 0.19 0.36 0.40 0.37 0.53 0.31 0.42
O3' 0.09 0.14 0.17 0.11 0.11 0.10 0.08 0.11 0.08 0.10 0.13 0.17 0.28 0.07 0.11 0.14 0.10 0.30 0.14 0.18
O4' 0.46 0.51 0.39 0.36 0.52 0.47 0.49 0.49 0.47 0.48 0.52 0.52 0.36 0.32 0.52 0.50 0.50 0.64 0.49 0.55
O5' 0.07 0.10 0.08 0.02 0.10 0.07 0.11 0.13 0.10 0.08 0.10 0.13 0.17 0.01 0.10 0.09 0.18 0.32 0.28 0.25
OP1 0.14 0.14 0.15 0.07 0.13 0.31 0.12 0.30 0.12 0.13 0.13 0.17 0.30 0.02 0.13 0.31 0.29 0.47 0.58 0.42
OP2 0.30 0.39 0.34 0.04 0.46 0.14 0.46 0.23 0.43 0.38 0.43 0.34 0.62 0.02 0.48 0.10 0.12 0.21 0.26 0.15
P 0.07 0.08 0.16 0.02 0.13 0.15 0.15 0.17 0.14 0.10 0.10 0.06 0.31 0.01 0.14 0.10 0.18 0.26 0.34 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.15 0.13 0.24 0.16
C2 0.01 0.00 0.10 0.03 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.07 0.01 0.11 0.25 0.27 0.52 0.33
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.09 0.02 0.08 0.15 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.11 0.10 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.12 0.14 0.12 0.13
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.41 0.51 0.76 0.56
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.12 0.03 0.05 0.15 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.11 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.04 0.01 0.11 0.45 0.57 0.74 0.61
C5' 0.05 0.12 0.06 0.01 0.19 0.00 0.26 0.00 0.25 0.13 0.14 0.15 0.05 0.05 0.20 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.04 0.00 0.12 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.04 0.01 0.13 0.42 0.47 0.59 0.51
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.29 0.30 0.46 0.34
N3 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.01 0.07 0.33 0.38 0.66 0.45
O2 0.02 0.01 0.15 0.05 0.01 0.15 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.32 0.09 0.01 0.20 0.17 0.15 0.44 0.23
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.04 0.01 0.13 0.05 0.16 0.02 0.13 0.32 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.12 0.09 0.08
O3' 0.05 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.07 0.09 0.03 0.00 0.05 0.07 0.14 0.24 0.17 0.18
O4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.42 0.56 0.82 0.61
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.01 0.13 0.01 0.07 0.20 0.01 0.07 0.02 0.00 0.17 0.10 0.23 0.17
O5' 0.15 0.25 0.07 0.12 0.41 0.01 0.45 0.01 0.42 0.29 0.33 0.17 0.07 0.14 0.42 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.27 0.11 0.14 0.51 0.05 0.57 0.07 0.47 0.30 0.38 0.15 0.12 0.24 0.56 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.52 0.10 0.12 0.76 0.03 0.74 0.01 0.59 0.46 0.66 0.44 0.09 0.17 0.82 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.33 0.07 0.13 0.56 0.02 0.61 0.01 0.51 0.34 0.45 0.23 0.08 0.18 0.61 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00