ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54170

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 3, 3, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.027, 0.042, 0.058, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.042 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.031, 0.050, 0.069, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.050 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.032, 0.051, 0.070, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.051 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.033, 0.053, 0.072, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.053 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.034, 0.053, 0.073, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.053 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.067, 0.111, 0.156, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.111 std_dev=0.044
N4 A 0, 0.108, 0.173, 0.238, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.173 std_dev=0.065
C2' B 0, 0.303, 0.532, 0.761, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.532 std_dev=0.229
O4' A 0, 0.006, 0.394, 0.782, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.394 std_dev=0.388
C2' A 0, 0.131, 0.545, 0.959, 2.038 max_d=2.038 avg_d=0.545 std_dev=0.414
O2' B 0, 0.433, 0.905, 1.377, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.905 std_dev=0.472
O2' A 0, 0.291, 0.843, 1.395, 2.803 max_d=2.803 avg_d=0.843 std_dev=0.552
C1' B 0, 0.431, 0.984, 1.537, 2.677 max_d=2.677 avg_d=0.984 std_dev=0.553
C4' A 0, 0.028, 0.626, 1.224, 2.828 max_d=2.828 avg_d=0.626 std_dev=0.598
C3' A 0, 0.340, 0.984, 1.628, 2.771 max_d=2.771 avg_d=0.984 std_dev=0.644
C3' B 0, 0.023, 0.791, 1.560, 3.778 max_d=3.778 avg_d=0.791 std_dev=0.768
N1 B 0, 0.743, 1.526, 2.310, 3.227 max_d=3.227 avg_d=1.526 std_dev=0.784
O5' A 0, 0.307, 1.155, 2.003, 4.070 max_d=4.070 avg_d=1.155 std_dev=0.848
C5' A 0, 0.070, 0.965, 1.860, 4.117 max_d=4.117 avg_d=0.965 std_dev=0.895
C6 B 0, 0.142, 1.041, 1.940, 4.343 max_d=4.343 avg_d=1.041 std_dev=0.899
O4' B 0, 0.341, 1.270, 2.199, 4.641 max_d=4.641 avg_d=1.270 std_dev=0.929
O3' B 0, -0.008, 0.970, 1.948, 4.755 max_d=4.755 avg_d=0.970 std_dev=0.978
O3' A 0, 0.537, 1.533, 2.529, 3.354 max_d=3.354 avg_d=1.533 std_dev=0.996
C4' B 0, 0.084, 1.140, 2.196, 5.222 max_d=5.222 avg_d=1.140 std_dev=1.056
P A 0, 0.465, 1.534, 2.604, 5.196 max_d=5.196 avg_d=1.534 std_dev=1.069
C5 B 0, 0.383, 1.481, 2.579, 5.156 max_d=5.156 avg_d=1.481 std_dev=1.098
OP2 A 0, 0.962, 2.123, 3.284, 5.642 max_d=5.642 avg_d=2.123 std_dev=1.161
OP1 A 0, 0.938, 2.195, 3.453, 5.748 max_d=5.748 avg_d=2.195 std_dev=1.258
C2 B 0, 1.447, 2.813, 4.179, 4.961 max_d=4.961 avg_d=2.813 std_dev=1.366
O5' B 0, 0.384, 1.783, 3.183, 5.439 max_d=5.439 avg_d=1.783 std_dev=1.400
C4 B 0, 1.275, 2.699, 4.123, 5.318 max_d=5.318 avg_d=2.699 std_dev=1.424
C5' B 0, 0.229, 1.707, 3.186, 6.927 max_d=6.927 avg_d=1.707 std_dev=1.478
N3 B 0, 1.685, 3.336, 4.987, 5.900 max_d=5.900 avg_d=3.336 std_dev=1.651
O2 B 0, 1.812, 3.530, 5.248, 6.253 max_d=6.253 avg_d=3.530 std_dev=1.718
O4 B 0, 1.514, 3.282, 5.051, 6.285 max_d=6.285 avg_d=3.282 std_dev=1.768
P B 0, 0.618, 2.530, 4.442, 6.818 max_d=6.818 avg_d=2.530 std_dev=1.912
OP2 B 0, 0.701, 2.812, 4.924, 6.483 max_d=6.483 avg_d=2.812 std_dev=2.112
OP1 B 0, 0.684, 2.983, 5.281, 9.151 max_d=9.151 avg_d=2.983 std_dev=2.298

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.22 0.00 0.13 0.07 0.34 0.15
C2 0.02 0.00 0.18 0.29 0.01 0.12 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.24 0.17 0.16 0.15 0.40 0.20
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.06 0.03 0.14 0.16 0.18 0.03 0.15 0.07 0.31 0.00 0.09 0.01 0.33 0.32 0.58 0.38
C3' 0.02 0.29 0.00 0.00 0.38 0.01 0.35 0.03 0.29 0.24 0.36 0.41 0.24 0.02 0.01 0.03 0.18 0.12 0.19 0.12
C4 0.02 0.01 0.06 0.38 0.00 0.11 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.38 0.04 0.21 0.22 0.49 0.27
C4' 0.01 0.12 0.03 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.16 0.08 0.12 0.12 0.20 0.32 0.06 0.00 0.02 0.08 0.15 0.03
C5 0.01 0.01 0.14 0.35 0.01 0.15 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.37 0.37 0.11 0.23 0.27 0.46 0.30
C5' 0.06 0.15 0.16 0.03 0.11 0.01 0.16 0.00 0.16 0.06 0.15 0.13 0.25 0.16 0.19 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.18 0.29 0.01 0.16 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.35 0.28 0.15 0.19 0.22 0.37 0.25
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.08 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.19 0.01 0.12 0.10 0.36 0.17
N3 0.02 0.00 0.15 0.36 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.32 0.13 0.19 0.18 0.46 0.24
N4 0.02 0.01 0.07 0.41 0.00 0.12 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.43 0.04 0.24 0.25 0.53 0.29
O2 0.05 0.01 0.31 0.24 0.01 0.20 0.01 0.25 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.35 0.24 0.30 0.20 0.21 0.40 0.23
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.29 0.32 0.37 0.16 0.35 0.18 0.26 0.32 0.35 0.00 0.17 0.22 0.23 0.16 0.61 0.29
O3' 0.22 0.24 0.09 0.01 0.38 0.06 0.37 0.19 0.28 0.19 0.32 0.43 0.24 0.17 0.00 0.16 0.38 0.39 0.44 0.37
O4' 0.00 0.17 0.01 0.03 0.04 0.00 0.11 0.02 0.15 0.01 0.13 0.04 0.30 0.22 0.16 0.00 0.10 0.12 0.21 0.10
O5' 0.13 0.16 0.33 0.18 0.21 0.02 0.23 0.01 0.19 0.12 0.19 0.24 0.20 0.23 0.38 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.15 0.32 0.12 0.22 0.08 0.27 0.08 0.22 0.10 0.18 0.25 0.21 0.16 0.39 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.40 0.58 0.19 0.49 0.15 0.46 0.14 0.37 0.36 0.46 0.53 0.40 0.61 0.44 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.20 0.38 0.12 0.27 0.03 0.30 0.01 0.25 0.17 0.24 0.29 0.23 0.29 0.37 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.71 1.29 0.21 0.33 1.10 0.36 0.77 0.47 0.65 0.87 1.33 1.59 0.23 0.44 1.18 0.63 0.47 0.86 0.59 0.60
C2 0.77 1.68 0.20 0.14 1.46 0.21 0.98 0.26 0.79 1.07 1.79 2.09 0.21 0.13 1.60 0.64 0.19 0.46 0.24 0.22
C2' 0.41 0.87 0.23 0.22 0.71 0.21 0.42 0.51 0.32 0.52 0.91 1.13 0.41 0.36 0.78 0.34 0.50 0.93 0.68 0.67
C3' 0.66 0.93 0.38 0.54 0.85 0.47 0.68 0.71 0.62 0.73 0.96 1.08 0.46 0.74 0.89 0.51 0.75 1.26 0.99 0.95
C4 0.72 1.73 0.19 0.28 1.52 0.34 1.04 0.43 0.83 1.08 1.85 2.11 0.21 0.40 1.64 0.57 0.36 0.47 0.47 0.38
C4' 0.73 0.87 0.45 0.77 0.79 0.81 0.70 1.04 0.67 0.74 0.87 0.98 0.34 0.93 0.81 0.74 1.05 1.52 1.22 1.23
C5 0.72 1.47 0.20 0.18 1.25 0.24 0.90 0.27 0.75 0.98 1.51 1.79 0.21 0.23 1.32 0.55 0.27 0.31 0.39 0.27
C5' 0.74 0.65 0.57 0.96 0.64 1.03 0.67 1.28 0.69 0.68 0.63 0.66 0.44 1.12 0.61 0.86 1.30 1.74 1.47 1.48
C6 0.72 1.32 0.21 0.19 1.10 0.21 0.80 0.22 0.68 0.90 1.34 1.62 0.23 0.22 1.16 0.58 0.24 0.42 0.34 0.27
N1 0.74 1.45 0.21 0.20 1.23 0.23 0.86 0.28 0.71 0.96 1.50 1.80 0.22 0.23 1.32 0.62 0.27 0.55 0.34 0.33
N3 0.76 1.79 0.19 0.21 1.59 0.28 1.06 0.37 0.84 1.11 1.94 2.22 0.21 0.28 1.75 0.61 0.28 0.46 0.34 0.29
N4 0.65 1.78 0.19 0.46 1.64 0.52 1.10 0.67 0.85 1.07 1.98 2.14 0.20 0.67 1.80 0.54 0.59 0.77 0.72 0.65
O2 0.78 1.72 0.20 0.15 1.51 0.22 1.00 0.28 0.79 1.08 1.85 2.14 0.22 0.13 1.67 0.66 0.21 0.55 0.25 0.27
O2' 0.60 0.95 0.46 0.22 0.76 0.35 0.53 0.43 0.50 0.65 0.98 1.22 0.67 0.15 0.83 0.62 0.42 0.78 0.58 0.56
O3' 0.67 0.89 0.49 0.61 0.84 0.45 0.71 0.72 0.65 0.73 0.92 1.01 0.61 0.78 0.87 0.48 0.80 1.38 1.12 1.05
O4' 0.89 1.20 0.49 0.70 1.07 0.77 0.89 0.88 0.83 0.96 1.22 1.41 0.36 0.81 1.11 0.87 0.88 1.23 0.97 0.99
O5' 0.68 0.56 0.48 0.84 0.56 0.85 0.61 1.01 0.63 0.61 0.54 0.55 0.41 1.02 0.53 0.74 1.03 1.36 1.18 1.16
OP1 0.82 0.77 0.76 1.26 0.65 1.34 0.69 1.58 0.77 0.71 0.75 0.97 0.62 1.31 0.63 1.08 1.65 2.02 1.86 1.83
OP2 0.49 0.36 0.52 0.72 0.45 0.65 0.56 0.76 0.60 0.44 0.39 0.40 0.71 0.80 0.44 0.50 0.87 1.14 1.10 1.00
P 0.74 0.52 0.67 1.07 0.53 1.06 0.65 1.20 0.72 0.62 0.49 0.54 0.61 1.19 0.48 0.88 1.25 1.51 1.38 1.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.03 0.08 0.03 0.26 0.02 0.00 0.19 0.17 0.30 0.22
C2 0.04 0.00 0.22 0.49 0.02 0.33 0.02 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.20 0.03 0.22 0.75 0.81 1.04 0.89
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.05 0.02 0.20 0.20 0.25 0.03 0.14 0.40 0.00 0.02 0.05 0.03 0.40 0.45 0.55 0.45
C3' 0.02 0.49 0.01 0.00 0.25 0.01 0.15 0.02 0.20 0.16 0.45 0.75 0.02 0.01 0.29 0.02 0.11 0.28 0.21 0.18
C4 0.02 0.02 0.05 0.25 0.00 0.16 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.04 0.31 0.18 0.00 0.04 0.58 0.78 1.07 0.81
C4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.27 0.10 0.28 0.57 0.24 0.03 0.18 0.01 0.02 0.13 0.05 0.03
C5 0.02 0.02 0.20 0.15 0.01 0.23 0.00 0.59 0.00 0.01 0.01 0.03 0.31 0.22 0.02 0.16 0.83 0.96 1.28 1.04
C5' 0.10 0.48 0.20 0.02 0.37 0.01 0.59 0.00 0.62 0.23 0.45 0.89 0.08 0.21 0.40 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.25 0.20 0.01 0.27 0.00 0.62 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.26 0.01 0.21 0.87 0.91 1.20 1.00
N1 0.01 0.00 0.03 0.16 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.17 0.01 0.02 0.37 0.39 0.56 0.45
N3 0.03 0.01 0.14 0.45 0.01 0.28 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00 0.03 0.31 0.22 0.03 0.15 0.73 0.88 1.17 0.94
O2 0.08 0.01 0.40 0.75 0.04 0.57 0.03 0.89 0.01 0.01 0.03 0.00 0.36 0.32 0.06 0.39 1.30 1.34 1.67 1.48
O2' 0.03 0.28 0.00 0.02 0.31 0.24 0.31 0.08 0.27 0.17 0.31 0.36 0.00 0.04 0.33 0.18 0.32 0.39 0.67 0.43
O3' 0.26 0.20 0.02 0.01 0.18 0.03 0.22 0.21 0.26 0.17 0.22 0.32 0.04 0.00 0.21 0.19 0.21 0.35 0.28 0.25
O4 0.02 0.03 0.05 0.29 0.00 0.18 0.02 0.40 0.01 0.01 0.03 0.06 0.33 0.21 0.00 0.05 0.61 0.89 1.20 0.89
O4' 0.00 0.22 0.03 0.02 0.04 0.01 0.16 0.01 0.21 0.02 0.15 0.39 0.18 0.19 0.05 0.00 0.16 0.12 0.25 0.20
O5' 0.19 0.75 0.40 0.11 0.58 0.02 0.83 0.01 0.87 0.37 0.73 1.30 0.32 0.21 0.61 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.81 0.45 0.28 0.78 0.13 0.96 0.10 0.91 0.39 0.88 1.34 0.39 0.35 0.89 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 1.04 0.55 0.21 1.07 0.05 1.28 0.02 1.20 0.56 1.17 1.67 0.67 0.28 1.20 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.89 0.45 0.18 0.81 0.03 1.04 0.01 1.00 0.45 0.94 1.48 0.43 0.25 0.89 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00