ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54171

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 4, 1, 1, 0, 6, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.029, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.035, 0.060, 0.086, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.060 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.023, 0.049, 0.075, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.049 std_dev=0.026
O2' B 0, 0.293, 0.599, 0.905, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.599 std_dev=0.306
C2' B 0, 0.284, 0.610, 0.936, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.610 std_dev=0.326
C2' A 0, 0.165, 0.548, 0.932, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.548 std_dev=0.383
O4' A 0, 0.177, 0.578, 0.978, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.578 std_dev=0.400
C4' A 0, 0.317, 0.838, 1.360, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.838 std_dev=0.522
C3' A 0, 0.412, 1.085, 1.758, 2.159 max_d=2.159 avg_d=1.085 std_dev=0.673
O2' A 0, 0.274, 0.962, 1.650, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.962 std_dev=0.688
O3' A 0, 0.765, 1.777, 2.789, 3.197 max_d=3.197 avg_d=1.777 std_dev=1.012
C5' A 0, 0.330, 1.413, 2.496, 3.471 max_d=3.471 avg_d=1.413 std_dev=1.083
C1' B 0, 0.619, 1.859, 3.100, 4.106 max_d=4.106 avg_d=1.859 std_dev=1.241
C3' B 0, -0.161, 1.100, 2.360, 3.784 max_d=3.784 avg_d=1.100 std_dev=1.261
O5' A 0, -0.203, 1.354, 2.910, 4.611 max_d=4.611 avg_d=1.354 std_dev=1.557
O3' B 0, -0.331, 1.264, 2.859, 4.600 max_d=4.600 avg_d=1.264 std_dev=1.595
N1 B 0, 1.010, 2.684, 4.358, 5.287 max_d=5.287 avg_d=2.684 std_dev=1.674
O4' B 0, 0.267, 2.112, 3.958, 5.864 max_d=5.864 avg_d=2.112 std_dev=1.845
C6 B 0, 0.515, 2.442, 4.368, 6.260 max_d=6.260 avg_d=2.442 std_dev=1.926
OP2 B 0, 1.516, 3.513, 5.511, 6.573 max_d=6.573 avg_d=3.513 std_dev=1.997
O5' B 0, 0.299, 2.304, 4.310, 6.455 max_d=6.455 avg_d=2.304 std_dev=2.005
C4' B 0, -0.405, 1.619, 3.642, 5.816 max_d=5.816 avg_d=1.619 std_dev=2.024
P A 0, -0.483, 1.659, 3.800, 6.115 max_d=6.115 avg_d=1.659 std_dev=2.142
OP2 A 0, -0.123, 2.291, 4.705, 7.315 max_d=7.315 avg_d=2.291 std_dev=2.414
C2 B 0, 1.851, 4.293, 6.734, 6.581 max_d=6.581 avg_d=4.293 std_dev=2.441
C5' B 0, -0.010, 2.444, 4.897, 7.587 max_d=7.587 avg_d=2.444 std_dev=2.454
C5 B 0, 0.818, 3.277, 5.735, 8.127 max_d=8.127 avg_d=3.277 std_dev=2.459
P B 0, 0.791, 3.265, 5.739, 8.217 max_d=8.217 avg_d=3.265 std_dev=2.474
OP1 A 0, -0.386, 2.301, 4.987, 7.812 max_d=7.812 avg_d=2.301 std_dev=2.687
O2 B 0, 2.289, 5.122, 7.954, 7.268 max_d=7.268 avg_d=5.122 std_dev=2.833
C4 B 0, 1.789, 4.691, 7.594, 9.134 max_d=9.134 avg_d=4.691 std_dev=2.903
N3 B 0, 2.187, 5.188, 8.190, 8.332 max_d=8.332 avg_d=5.188 std_dev=3.002
OP1 B 0, 1.069, 4.202, 7.335, 10.308 max_d=10.308 avg_d=4.202 std_dev=3.133
O4 B 0, 2.234, 5.735, 9.237, 11.037 max_d=11.037 avg_d=5.735 std_dev=3.502

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.03 0.36 0.00 0.09 0.16 0.85 0.38
C2 0.04 0.00 0.22 0.23 0.01 0.15 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.47 0.40 0.22 0.29 0.27 0.85 0.26
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.06 0.03 0.16 0.21 0.21 0.04 0.17 0.07 0.37 0.00 0.08 0.03 0.25 0.35 0.99 0.49
C3' 0.03 0.23 0.00 0.00 0.36 0.01 0.44 0.02 0.42 0.22 0.29 0.39 0.26 0.02 0.01 0.02 0.36 0.26 0.38 0.11
C4 0.03 0.01 0.06 0.36 0.00 0.17 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.38 0.26 0.08 0.37 0.20 0.86 0.29
C4' 0.01 0.15 0.03 0.01 0.17 0.00 0.17 0.01 0.16 0.11 0.17 0.18 0.16 0.32 0.05 0.00 0.02 0.15 0.49 0.11
C5 0.03 0.01 0.16 0.44 0.00 0.17 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.31 0.11 0.34 0.23 0.86 0.40
C5' 0.05 0.18 0.21 0.02 0.24 0.01 0.27 0.00 0.25 0.12 0.22 0.26 0.23 0.14 0.22 0.03 0.01 0.22 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.42 0.01 0.16 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.29 0.16 0.28 0.26 0.81 0.43
N1 0.02 0.01 0.04 0.22 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.23 0.05 0.22 0.14 0.84 0.33
N3 0.04 0.00 0.17 0.29 0.00 0.17 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.49 0.34 0.19 0.36 0.30 0.84 0.24
N4 0.04 0.01 0.07 0.39 0.00 0.18 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.41 0.28 0.08 0.40 0.22 0.88 0.28
O2 0.06 0.00 0.37 0.26 0.01 0.16 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.61 0.60 0.34 0.29 0.38 0.85 0.25
O2' 0.03 0.47 0.00 0.02 0.38 0.32 0.26 0.14 0.20 0.22 0.49 0.41 0.61 0.00 0.08 0.22 0.22 0.20 1.00 0.38
O3' 0.36 0.40 0.08 0.01 0.26 0.05 0.31 0.22 0.29 0.23 0.34 0.28 0.60 0.08 0.00 0.24 0.47 0.54 0.48 0.35
O4' 0.00 0.22 0.03 0.02 0.08 0.00 0.11 0.03 0.16 0.05 0.19 0.08 0.34 0.22 0.24 0.00 0.12 0.12 0.71 0.34
O5' 0.09 0.29 0.25 0.36 0.37 0.02 0.34 0.01 0.28 0.22 0.36 0.40 0.29 0.22 0.47 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.16 0.27 0.35 0.26 0.20 0.15 0.23 0.22 0.26 0.14 0.30 0.22 0.38 0.20 0.54 0.12 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.85 0.85 0.99 0.38 0.86 0.49 0.86 0.39 0.81 0.84 0.84 0.88 0.85 1.00 0.48 0.71 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.26 0.49 0.11 0.29 0.11 0.40 0.02 0.43 0.33 0.24 0.28 0.25 0.38 0.35 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.60 1.42 0.21 0.53 1.38 0.65 0.93 0.74 0.68 0.88 1.61 1.69 0.25 0.77 1.56 0.55 0.41 1.00 0.37 0.52
C2 0.61 1.47 0.20 0.16 1.21 0.11 0.73 0.21 0.54 0.87 1.55 1.88 0.19 0.25 1.32 0.46 0.10 0.51 0.22 0.17
C2' 0.80 1.90 0.44 0.32 2.09 0.40 1.63 0.57 1.28 1.34 2.24 2.05 0.57 0.66 2.32 0.49 0.40 0.85 0.70 0.53
C3' 0.79 1.84 0.59 0.30 2.17 0.41 1.75 0.62 1.37 1.35 2.22 1.84 0.95 0.71 2.42 0.38 0.40 1.14 0.83 0.65
C4 0.57 1.44 0.22 0.40 1.21 0.45 0.79 0.42 0.60 0.84 1.53 1.82 0.22 0.63 1.33 0.56 0.39 0.40 0.42 0.38
C4' 0.49 1.00 0.31 0.97 1.27 1.26 0.87 1.43 0.56 0.59 1.33 1.05 0.40 1.31 1.53 0.87 0.99 1.72 0.92 1.17
C5 0.55 1.26 0.21 0.25 1.00 0.25 0.65 0.23 0.51 0.78 1.28 1.60 0.20 0.41 1.05 0.45 0.27 0.34 0.35 0.27
C5' 0.64 0.46 0.65 1.38 0.80 1.70 0.44 1.90 0.24 0.23 0.81 0.47 0.51 1.72 1.06 1.21 1.49 2.20 1.42 1.68
C6 0.57 1.25 0.20 0.22 1.02 0.24 0.66 0.29 0.51 0.79 1.28 1.57 0.20 0.33 1.09 0.41 0.13 0.52 0.21 0.19
N1 0.59 1.39 0.20 0.27 1.18 0.30 0.75 0.38 0.56 0.85 1.47 1.74 0.21 0.41 1.29 0.45 0.16 0.65 0.22 0.25
N3 0.60 1.49 0.21 0.28 1.24 0.30 0.76 0.29 0.56 0.87 1.59 1.92 0.20 0.44 1.36 0.53 0.28 0.38 0.33 0.27
N4 0.55 1.51 0.24 0.66 1.46 0.78 1.03 0.75 0.76 0.88 1.71 1.83 0.28 1.02 1.63 0.70 0.61 0.62 0.59 0.60
O2 0.62 1.53 0.20 0.18 1.29 0.15 0.77 0.27 0.57 0.90 1.64 1.94 0.19 0.27 1.43 0.47 0.10 0.62 0.22 0.21
O2' 0.84 2.04 0.41 0.31 2.33 0.31 1.80 0.42 1.38 1.43 2.46 2.17 0.49 0.69 2.63 0.54 0.29 0.80 0.70 0.44
O3' 0.99 2.13 0.74 0.23 2.70 0.34 2.23 0.54 1.76 1.65 2.66 2.02 1.07 0.68 3.03 0.59 0.45 1.19 1.02 0.72
O4' 0.76 0.98 0.55 1.06 0.96 1.32 0.61 1.41 0.50 0.67 1.13 1.17 0.30 1.28 1.13 1.07 1.04 1.59 0.87 1.14
O5' 0.72 0.35 0.61 1.28 0.58 1.63 0.40 1.74 0.40 0.36 0.59 0.33 0.48 1.57 0.76 1.26 1.33 1.82 1.21 1.44
OP1 1.37 0.80 1.37 2.11 0.48 2.40 0.71 2.70 1.00 0.99 0.63 1.01 0.75 2.13 0.40 1.95 2.47 3.04 2.50 2.69
OP2 1.11 0.61 1.25 1.67 0.70 1.69 0.70 1.69 0.79 0.78 0.65 0.63 1.11 1.94 0.83 1.38 1.52 1.88 1.65 1.65
P 1.14 0.42 1.15 1.81 0.18 1.98 0.38 2.06 0.68 0.70 0.27 0.53 0.73 2.08 0.26 1.60 1.78 2.20 1.74 1.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.20 0.03 0.00 0.18 0.20 0.30 0.22
C2 0.03 0.00 0.20 0.39 0.01 0.32 0.02 0.43 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.15 0.02 0.25 0.60 0.57 0.71 0.65
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.12 0.02 0.14 0.16 0.16 0.07 0.17 0.31 0.00 0.04 0.14 0.03 0.31 0.39 0.40 0.35
C3' 0.02 0.39 0.00 0.00 0.15 0.00 0.13 0.01 0.19 0.08 0.34 0.65 0.02 0.01 0.18 0.02 0.13 0.39 0.32 0.24
C4 0.03 0.01 0.12 0.15 0.00 0.04 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.13 0.00 0.04 0.36 0.54 0.86 0.60
C4' 0.02 0.32 0.02 0.00 0.04 0.00 0.22 0.01 0.27 0.03 0.24 0.61 0.14 0.03 0.05 0.01 0.02 0.20 0.09 0.05
C5 0.03 0.02 0.14 0.13 0.01 0.22 0.00 0.55 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.18 0.01 0.15 0.82 1.05 1.44 1.12
C5' 0.08 0.43 0.16 0.01 0.20 0.01 0.55 0.00 0.61 0.15 0.31 0.92 0.06 0.18 0.20 0.02 0.01 0.14 0.04 0.03
C6 0.02 0.01 0.16 0.19 0.01 0.27 0.01 0.61 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.21 0.01 0.20 0.89 1.01 1.34 1.10
N1 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.03 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.02 0.03 0.27 0.30 0.52 0.37
N3 0.03 0.01 0.17 0.34 0.01 0.24 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.15 0.01 0.18 0.48 0.49 0.72 0.59
O2 0.05 0.01 0.31 0.65 0.02 0.61 0.02 0.92 0.02 0.01 0.01 0.00 0.33 0.24 0.02 0.44 1.26 1.25 1.43 1.35
O2' 0.04 0.28 0.00 0.02 0.24 0.14 0.14 0.06 0.09 0.13 0.30 0.33 0.00 0.06 0.26 0.08 0.28 0.39 0.47 0.35
O3' 0.20 0.15 0.04 0.01 0.13 0.03 0.18 0.18 0.21 0.14 0.15 0.24 0.06 0.00 0.14 0.13 0.23 0.60 0.49 0.39
O4 0.03 0.02 0.14 0.18 0.00 0.05 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.14 0.00 0.05 0.36 0.59 0.92 0.63
O4' 0.00 0.25 0.03 0.02 0.04 0.01 0.15 0.02 0.20 0.03 0.18 0.44 0.08 0.13 0.05 0.00 0.17 0.14 0.28 0.21
O5' 0.18 0.60 0.31 0.13 0.36 0.02 0.82 0.01 0.89 0.27 0.48 1.26 0.28 0.23 0.36 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.57 0.39 0.39 0.54 0.20 1.05 0.14 1.01 0.30 0.49 1.25 0.39 0.60 0.59 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.71 0.40 0.32 0.86 0.09 1.44 0.04 1.34 0.52 0.72 1.43 0.47 0.49 0.92 0.28 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.65 0.35 0.24 0.60 0.05 1.12 0.03 1.10 0.37 0.59 1.35 0.35 0.39 0.63 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00