ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54172

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 6, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.012, 0.021, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.019, 0.029, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.029 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.015, 0.027, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.023, 0.046, 0.069, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.028, 0.058, 0.087, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.058 std_dev=0.030
O2' B 0, 0.470, 0.743, 1.016, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.743 std_dev=0.273
C2' A 0, 0.172, 0.504, 0.836, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.504 std_dev=0.332
O4' A 0, 0.133, 0.466, 0.800, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.466 std_dev=0.333
C2' B 0, 0.451, 0.856, 1.262, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.856 std_dev=0.406
C4' A 0, 0.118, 0.668, 1.217, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.668 std_dev=0.549
O2' A 0, 0.300, 0.868, 1.436, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.868 std_dev=0.568
C5' A 0, 0.324, 0.957, 1.590, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.957 std_dev=0.633
C3' A 0, 0.034, 0.671, 1.309, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.671 std_dev=0.638
O3' B 0, 0.507, 1.164, 1.821, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.164 std_dev=0.657
C3' B 0, 0.817, 1.541, 2.265, 2.560 max_d=2.560 avg_d=1.541 std_dev=0.724
C1' B 0, 0.946, 1.806, 2.666, 3.197 max_d=3.197 avg_d=1.806 std_dev=0.860
O3' A 0, 0.118, 1.157, 2.196, 2.825 max_d=2.825 avg_d=1.157 std_dev=1.039
O5' A 0, 0.048, 1.151, 2.255, 3.926 max_d=3.926 avg_d=1.151 std_dev=1.103
C6 B 0, 1.851, 2.974, 4.097, 4.478 max_d=4.478 avg_d=2.974 std_dev=1.123
O4' B 0, 1.344, 2.500, 3.656, 4.374 max_d=4.374 avg_d=2.500 std_dev=1.156
N1 B 0, 1.188, 2.397, 3.606, 3.860 max_d=3.860 avg_d=2.397 std_dev=1.209
O5' B 0, 1.900, 3.112, 4.324, 4.620 max_d=4.620 avg_d=3.112 std_dev=1.212
C4' B 0, 1.293, 2.519, 3.744, 4.339 max_d=4.339 avg_d=2.519 std_dev=1.225
C5 B 0, 2.159, 3.504, 4.848, 4.979 max_d=4.979 avg_d=3.504 std_dev=1.344
OP2 B 0, 2.064, 3.464, 4.864, 5.205 max_d=5.205 avg_d=3.464 std_dev=1.400
P B 0, 2.747, 4.181, 5.614, 5.869 max_d=5.869 avg_d=4.181 std_dev=1.433
C2 B 0, 2.063, 3.565, 5.068, 5.329 max_d=5.329 avg_d=3.565 std_dev=1.502
O2 B 0, 2.876, 4.453, 6.030, 6.080 max_d=6.080 avg_d=4.453 std_dev=1.577
C5' B 0, 1.768, 3.370, 4.973, 5.535 max_d=5.535 avg_d=3.370 std_dev=1.603
C4 B 0, 2.135, 3.937, 5.739, 6.154 max_d=6.154 avg_d=3.937 std_dev=1.802
N3 B 0, 2.467, 4.283, 6.099, 6.552 max_d=6.552 avg_d=4.283 std_dev=1.816
P A 0, -0.313, 1.514, 3.341, 6.197 max_d=6.197 avg_d=1.514 std_dev=1.827
OP1 B 0, 3.937, 5.902, 7.866, 8.247 max_d=8.247 avg_d=5.902 std_dev=1.964
OP1 A 0, 0.077, 2.124, 4.171, 6.977 max_d=6.977 avg_d=2.124 std_dev=2.047
O4 B 0, 2.635, 4.698, 6.761, 7.419 max_d=7.419 avg_d=4.698 std_dev=2.063
OP2 A 0, -0.677, 1.801, 4.279, 8.127 max_d=8.127 avg_d=1.801 std_dev=2.478

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.38 0.01 0.23 0.14 0.48 0.29
C2 0.02 0.00 0.17 0.24 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.34 0.12 0.29 0.09 0.56 0.34
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.04 0.03 0.14 0.20 0.18 0.03 0.13 0.05 0.30 0.01 0.12 0.02 0.51 0.43 0.71 0.52
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.36 0.01 0.36 0.03 0.30 0.21 0.31 0.39 0.18 0.02 0.02 0.02 0.43 0.47 0.26 0.22
C4 0.02 0.01 0.04 0.36 0.00 0.14 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.30 0.06 0.48 0.34 1.06 0.71
C4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.17 0.09 0.10 0.16 0.08 0.28 0.08 0.01 0.05 0.16 0.55 0.14
C5 0.02 0.01 0.14 0.36 0.00 0.18 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.28 0.08 0.56 0.54 1.21 0.88
C5' 0.07 0.08 0.20 0.03 0.19 0.01 0.24 0.00 0.21 0.10 0.13 0.22 0.08 0.10 0.21 0.03 0.01 0.31 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.30 0.00 0.17 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.23 0.11 0.52 0.48 0.97 0.76
N1 0.02 0.01 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.27 0.04 0.33 0.20 0.62 0.45
N3 0.02 0.01 0.13 0.31 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.30 0.32 0.10 0.37 0.15 0.76 0.48
N4 0.03 0.01 0.05 0.39 0.01 0.16 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.36 0.33 0.06 0.51 0.39 1.22 0.80
O2 0.03 0.01 0.30 0.18 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.33 0.44 0.19 0.21 0.22 0.42 0.17
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.34 0.28 0.37 0.10 0.33 0.20 0.30 0.36 0.33 0.00 0.16 0.19 0.51 0.44 0.78 0.49
O3' 0.38 0.34 0.12 0.02 0.30 0.08 0.28 0.21 0.23 0.27 0.32 0.33 0.44 0.16 0.00 0.28 0.44 0.71 0.44 0.35
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.03 0.11 0.04 0.10 0.06 0.19 0.19 0.28 0.00 0.15 0.15 0.50 0.23
O5' 0.23 0.29 0.51 0.43 0.48 0.05 0.56 0.01 0.52 0.33 0.37 0.51 0.21 0.51 0.44 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.14 0.09 0.43 0.47 0.34 0.16 0.54 0.31 0.48 0.20 0.15 0.39 0.22 0.44 0.71 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 0.56 0.71 0.26 1.06 0.55 1.21 0.37 0.97 0.62 0.76 1.22 0.42 0.78 0.44 0.50 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.34 0.52 0.22 0.71 0.14 0.88 0.02 0.76 0.45 0.48 0.80 0.17 0.49 0.35 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 1.09 0.18 0.45 1.07 0.61 0.73 0.80 0.52 0.66 1.24 1.30 0.23 0.59 1.23 0.41 0.57 0.85 0.41 0.54
C2 0.53 1.41 0.25 0.42 1.45 0.58 1.01 0.61 0.74 0.86 1.65 1.67 0.25 0.60 1.67 0.53 0.37 0.47 0.53 0.22
C2' 0.61 1.06 0.41 0.46 1.09 0.61 0.85 0.78 0.71 0.79 1.18 1.19 0.44 0.54 1.20 0.55 0.71 0.84 0.52 0.63
C3' 0.37 0.80 0.22 0.38 0.82 0.48 0.58 0.79 0.45 0.54 0.92 0.93 0.43 0.42 0.92 0.26 0.72 1.20 0.88 0.87
C4 0.59 1.45 0.30 0.38 1.56 0.52 1.14 0.43 0.86 0.93 1.72 1.68 0.31 0.57 1.77 0.58 0.39 0.38 0.92 0.44
C4' 0.31 0.75 0.21 0.53 0.72 0.66 0.46 0.99 0.33 0.45 0.85 0.91 0.33 0.58 0.83 0.35 0.88 1.34 0.89 1.01
C5 0.54 1.27 0.28 0.39 1.29 0.50 0.96 0.42 0.75 0.83 1.45 1.45 0.28 0.57 1.42 0.51 0.32 0.31 0.78 0.33
C5' 0.36 0.61 0.35 0.59 0.57 0.65 0.43 1.00 0.38 0.42 0.67 0.74 0.41 0.60 0.64 0.36 0.98 1.41 1.08 1.14
C6 0.47 1.14 0.23 0.42 1.12 0.54 0.81 0.55 0.61 0.73 1.28 1.34 0.23 0.61 1.25 0.45 0.32 0.36 0.47 0.16
N1 0.48 1.23 0.22 0.43 1.22 0.58 0.85 0.65 0.63 0.76 1.41 1.47 0.23 0.61 1.39 0.46 0.40 0.54 0.40 0.27
N3 0.58 1.50 0.28 0.40 1.59 0.55 1.14 0.51 0.84 0.93 1.79 1.76 0.29 0.59 1.85 0.58 0.36 0.35 0.77 0.31
N4 0.64 1.49 0.32 0.35 1.70 0.50 1.27 0.40 0.96 0.97 1.82 1.70 0.35 0.53 1.96 0.63 0.52 0.57 1.20 0.68
O2 0.53 1.43 0.24 0.43 1.48 0.60 1.01 0.68 0.73 0.86 1.69 1.71 0.24 0.60 1.73 0.52 0.42 0.60 0.47 0.29
O2' 0.61 1.13 0.45 0.36 1.21 0.43 0.96 0.61 0.78 0.84 1.28 1.23 0.56 0.41 1.35 0.44 0.60 0.78 0.57 0.57
O3' 0.39 0.81 0.25 0.51 0.84 0.57 0.59 0.91 0.45 0.53 0.94 0.93 0.39 0.55 0.97 0.31 0.87 1.53 1.13 1.13
O4' 0.35 0.95 0.27 0.58 0.90 0.71 0.55 0.96 0.37 0.54 1.08 1.18 0.35 0.68 1.03 0.41 0.73 1.10 0.61 0.79
O5' 0.37 0.50 0.59 0.86 0.44 0.74 0.33 0.95 0.35 0.32 0.57 0.70 0.67 0.91 0.51 0.44 0.92 1.24 1.09 1.06
OP1 0.64 0.49 1.22 1.63 0.29 1.40 0.45 1.73 0.63 0.40 0.53 0.87 1.09 1.48 0.35 0.79 1.83 2.23 2.10 2.04
OP2 1.04 0.65 1.68 1.84 0.80 1.45 1.07 1.71 1.17 0.92 0.66 0.61 1.65 1.62 0.77 1.02 1.87 2.25 2.32 2.13
P 0.79 0.30 1.34 1.63 0.35 1.32 0.65 1.53 0.79 0.58 0.28 0.43 1.28 1.57 0.29 0.83 1.62 1.90 1.86 1.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.24 0.03 0.01 0.23 0.30 0.49 0.28
C2 0.03 0.00 0.16 0.37 0.01 0.31 0.02 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.10 0.02 0.23 0.42 0.40 0.38 0.42
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.05 0.02 0.17 0.19 0.21 0.04 0.10 0.31 0.01 0.05 0.05 0.02 0.39 0.59 0.78 0.56
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.10 0.01 0.15 0.02 0.22 0.06 0.31 0.65 0.03 0.01 0.12 0.02 0.11 0.38 0.38 0.23
C4 0.03 0.01 0.05 0.10 0.00 0.05 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.14 0.00 0.06 0.38 0.46 0.71 0.47
C4' 0.02 0.31 0.02 0.01 0.05 0.00 0.24 0.01 0.29 0.03 0.22 0.58 0.16 0.03 0.05 0.01 0.03 0.19 0.18 0.07
C5 0.03 0.02 0.17 0.15 0.01 0.24 0.00 0.58 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.24 0.01 0.16 0.94 1.09 1.48 1.16
C5' 0.07 0.38 0.19 0.02 0.19 0.01 0.58 0.00 0.63 0.13 0.26 0.86 0.04 0.19 0.19 0.02 0.02 0.12 0.05 0.04
C6 0.02 0.01 0.21 0.22 0.01 0.29 0.01 0.63 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.28 0.01 0.22 1.01 1.09 1.46 1.18
N1 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.18 0.02 0.04 0.31 0.35 0.58 0.36
N3 0.03 0.01 0.10 0.31 0.01 0.22 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.10 0.02 0.17 0.26 0.24 0.26 0.25
O2 0.04 0.01 0.31 0.65 0.01 0.58 0.02 0.86 0.02 0.02 0.01 0.00 0.29 0.18 0.02 0.41 1.09 1.09 1.18 1.18
O2' 0.02 0.25 0.01 0.03 0.23 0.16 0.16 0.04 0.12 0.14 0.27 0.29 0.00 0.09 0.25 0.08 0.33 0.59 0.93 0.58
O3' 0.24 0.10 0.05 0.01 0.14 0.03 0.24 0.19 0.28 0.18 0.10 0.18 0.09 0.00 0.13 0.16 0.25 0.42 0.40 0.29
O4 0.03 0.02 0.05 0.12 0.00 0.05 0.01 0.19 0.01 0.02 0.02 0.02 0.25 0.13 0.00 0.06 0.36 0.46 0.69 0.46
O4' 0.01 0.23 0.02 0.02 0.06 0.01 0.16 0.02 0.22 0.04 0.17 0.41 0.08 0.16 0.06 0.00 0.08 0.10 0.22 0.11
O5' 0.23 0.42 0.39 0.11 0.38 0.03 0.94 0.02 1.01 0.31 0.26 1.09 0.33 0.25 0.36 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.30 0.40 0.59 0.38 0.46 0.19 1.09 0.12 1.09 0.35 0.24 1.09 0.59 0.42 0.46 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 0.38 0.78 0.38 0.71 0.18 1.48 0.05 1.46 0.58 0.26 1.18 0.93 0.40 0.69 0.22 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.28 0.42 0.56 0.23 0.47 0.07 1.16 0.04 1.18 0.36 0.25 1.18 0.58 0.29 0.46 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00