ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54174

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 3, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.011, 0.035, 0.059, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.035 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.013, 0.043, 0.074, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.043 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.114, 0.317, 0.520, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.317 std_dev=0.203
O2' B 0, 0.179, 0.428, 0.677, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.428 std_dev=0.249
C2' A 0, 0.149, 0.398, 0.647, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.398 std_dev=0.249
C4' A 0, 0.166, 0.533, 0.899, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.533 std_dev=0.367
C5' A 0, 0.262, 0.656, 1.049, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.656 std_dev=0.394
C2' B 0, 0.340, 0.751, 1.162, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.751 std_dev=0.411
O2' A 0, 0.224, 0.676, 1.128, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.676 std_dev=0.452
C3' A 0, 0.136, 0.603, 1.070, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.603 std_dev=0.467
OP1 A 0, 0.381, 0.890, 1.399, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.890 std_dev=0.509
O5' A 0, 0.427, 1.053, 1.680, 2.011 max_d=2.011 avg_d=1.053 std_dev=0.626
P A 0, 0.517, 1.280, 2.043, 2.769 max_d=2.769 avg_d=1.280 std_dev=0.763
O3' A 0, -0.021, 0.896, 1.813, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.896 std_dev=0.917
OP2 A 0, 0.541, 1.732, 2.923, 3.840 max_d=3.840 avg_d=1.732 std_dev=1.191
C1' B 0, 0.304, 1.820, 3.336, 4.076 max_d=4.076 avg_d=1.820 std_dev=1.516
C3' B 0, 0.463, 1.989, 3.514, 3.977 max_d=3.977 avg_d=1.989 std_dev=1.526
O3' B 0, 0.455, 2.412, 4.369, 4.866 max_d=4.866 avg_d=2.412 std_dev=1.957
N1 B 0, 0.368, 2.410, 4.452, 5.292 max_d=5.292 avg_d=2.410 std_dev=2.042
OP2 B 0, 0.859, 2.977, 5.095, 5.674 max_d=5.674 avg_d=2.977 std_dev=2.118
O4' B 0, 0.415, 2.651, 4.887, 5.838 max_d=5.838 avg_d=2.651 std_dev=2.236
C4' B 0, 0.427, 2.730, 5.033, 5.899 max_d=5.899 avg_d=2.730 std_dev=2.303
C6 B 0, 0.363, 2.729, 5.096, 5.976 max_d=5.976 avg_d=2.729 std_dev=2.366
O5' B 0, 0.297, 2.750, 5.203, 6.050 max_d=6.050 avg_d=2.750 std_dev=2.453
C2 B 0, 0.398, 3.120, 5.842, 6.849 max_d=6.849 avg_d=3.120 std_dev=2.722
P B 0, 0.585, 3.488, 6.391, 7.323 max_d=7.323 avg_d=3.488 std_dev=2.903
C5' B 0, 0.622, 3.529, 6.437, 7.425 max_d=7.425 avg_d=3.529 std_dev=2.908
O2 B 0, 0.386, 3.374, 6.362, 7.435 max_d=7.435 avg_d=3.374 std_dev=2.988
C5 B 0, 0.374, 3.574, 6.773, 7.856 max_d=7.856 avg_d=3.574 std_dev=3.200
N3 B 0, 0.407, 3.842, 7.277, 8.456 max_d=8.456 avg_d=3.842 std_dev=3.435
C4 B 0, 0.395, 4.096, 7.796, 9.026 max_d=9.026 avg_d=4.096 std_dev=3.701
OP1 B 0, 0.470, 4.370, 8.271, 9.376 max_d=9.376 avg_d=4.370 std_dev=3.901
O4 B 0, 0.396, 4.921, 9.445, 10.897 max_d=10.897 avg_d=4.921 std_dev=4.525

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.15 0.00 0.22 0.18 0.45 0.11
C2 0.02 0.00 0.09 0.24 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.09 0.02 0.39 0.25 0.41 0.26
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.13 0.08 0.01 0.07 0.03 0.18 0.00 0.01 0.01 0.62 0.50 0.38 0.52
C3' 0.03 0.24 0.01 0.00 0.29 0.00 0.27 0.01 0.22 0.20 0.28 0.31 0.20 0.02 0.01 0.03 0.46 0.36 0.20 0.32
C4 0.01 0.01 0.02 0.29 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.22 0.04 0.46 0.29 0.47 0.31
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.06 0.08 0.08 0.09 0.28 0.02 0.00 0.01 0.17 0.40 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.27 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.22 0.05 0.41 0.26 0.61 0.25
C5' 0.05 0.04 0.13 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.05 0.05 0.08 0.05 0.14 0.19 0.01 0.01 0.20 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.22 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.16 0.04 0.35 0.22 0.66 0.19
N1 0.01 0.01 0.01 0.20 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.06 0.01 0.33 0.21 0.51 0.19
N3 0.02 0.00 0.07 0.28 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.17 0.03 0.44 0.29 0.41 0.31
N4 0.02 0.01 0.03 0.31 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.30 0.26 0.05 0.49 0.32 0.43 0.35
O2 0.05 0.00 0.18 0.20 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.25 0.09 0.04 0.36 0.25 0.36 0.26
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.28 0.28 0.22 0.14 0.16 0.16 0.29 0.30 0.25 0.00 0.05 0.19 0.28 0.25 0.31 0.26
O3' 0.15 0.09 0.01 0.01 0.22 0.02 0.22 0.19 0.16 0.06 0.17 0.26 0.09 0.05 0.00 0.10 0.20 0.17 0.15 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.19 0.10 0.00 0.16 0.07 0.73 0.26
O5' 0.22 0.39 0.62 0.46 0.46 0.01 0.41 0.01 0.35 0.33 0.44 0.49 0.36 0.28 0.20 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.18 0.25 0.50 0.36 0.29 0.17 0.26 0.20 0.22 0.21 0.29 0.32 0.25 0.25 0.17 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.45 0.41 0.38 0.20 0.47 0.40 0.61 0.35 0.66 0.51 0.41 0.43 0.36 0.31 0.15 0.73 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.26 0.52 0.32 0.31 0.06 0.25 0.02 0.19 0.19 0.31 0.35 0.26 0.26 0.11 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.66 2.14 0.11 0.72 2.31 0.90 1.66 1.27 1.21 1.37 2.54 2.37 0.14 1.08 2.61 0.17 0.70 1.43 0.54 0.89
C2 0.86 2.07 0.20 0.21 1.82 0.27 1.17 0.49 0.89 1.29 2.24 2.55 0.13 0.30 2.00 0.57 0.19 0.54 0.22 0.26
C2' 0.73 2.28 0.20 0.94 2.55 0.90 1.85 1.32 1.35 1.48 2.77 2.50 0.19 1.36 2.90 0.22 0.84 1.71 0.84 1.11
C3' 1.05 2.70 0.21 0.82 3.19 0.81 2.52 1.31 1.94 1.93 3.32 2.74 0.32 1.35 3.59 0.40 0.78 1.87 0.81 1.13
C4 0.82 1.62 0.27 0.41 1.10 0.39 0.57 0.29 0.46 0.98 1.58 2.17 0.16 0.55 1.16 0.76 0.50 0.41 0.54 0.48
C4' 0.60 2.23 0.11 1.13 2.87 1.34 2.24 1.83 1.63 1.53 2.90 2.14 0.20 1.65 3.28 0.25 1.16 2.18 0.95 1.43
C5 0.72 1.55 0.23 0.22 1.17 0.19 0.69 0.22 0.54 0.96 1.54 1.99 0.14 0.26 1.24 0.51 0.31 0.24 0.44 0.31
C5' 0.45 2.01 0.21 1.40 2.88 1.58 2.33 2.05 1.69 1.44 2.76 1.70 0.19 2.00 3.27 0.45 1.34 2.32 1.05 1.58
C6 0.68 1.81 0.16 0.33 1.64 0.50 1.12 0.68 0.85 1.15 1.95 2.15 0.14 0.53 1.79 0.28 0.24 0.56 0.20 0.29
N1 0.76 2.05 0.16 0.40 1.95 0.53 1.34 0.80 1.00 1.30 2.28 2.43 0.13 0.63 2.16 0.34 0.33 0.82 0.25 0.45
N3 0.89 1.88 0.25 0.28 1.44 0.29 0.82 0.23 0.65 1.15 1.92 2.44 0.14 0.32 1.55 0.76 0.35 0.24 0.38 0.30
N4 0.79 1.36 0.32 0.75 0.69 0.76 0.26 0.69 0.24 0.77 1.21 1.95 0.20 1.05 0.69 0.93 0.82 0.89 0.81 0.84
O2 0.88 2.20 0.19 0.27 2.03 0.32 1.32 0.60 0.99 1.38 2.44 2.66 0.13 0.40 2.27 0.57 0.24 0.75 0.26 0.38
O2' 0.71 2.32 0.21 0.93 2.67 0.90 1.92 1.32 1.37 1.49 2.88 2.52 0.20 1.36 3.10 0.21 0.81 1.72 0.80 1.08
O3' 1.25 3.02 0.36 0.71 3.76 0.68 3.01 1.22 2.32 2.23 3.81 2.97 0.42 1.26 4.28 0.60 0.67 1.95 0.72 1.08
O4' 0.49 2.00 0.10 0.93 2.39 1.24 1.78 1.63 1.27 1.30 2.50 2.06 0.17 1.36 2.71 0.31 0.95 1.72 0.65 1.12
O5' 0.10 1.37 0.49 1.68 2.27 1.74 1.87 2.07 1.27 0.96 2.05 1.03 0.19 2.39 2.64 0.70 1.37 2.05 1.00 1.47
OP1 0.30 0.62 0.56 1.96 2.04 2.08 2.00 2.51 1.36 0.65 1.38 0.26 0.19 2.47 2.40 1.11 1.87 2.50 1.38 1.93
OP2 0.77 1.29 0.32 0.83 1.87 0.65 1.87 0.89 1.61 1.30 1.60 0.85 0.90 1.41 1.94 0.17 0.47 0.83 0.38 0.54
P 0.16 0.79 0.54 1.82 1.78 1.79 1.63 2.03 1.13 0.67 1.39 0.30 0.15 2.50 2.04 0.86 1.40 1.81 0.96 1.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.33 0.01 0.00 0.18 0.23 0.27 0.19
C2 0.02 0.00 0.18 0.51 0.01 0.45 0.01 0.59 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.07 0.01 0.32 0.80 0.79 0.91 0.91
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.22 0.15 0.01 0.13 0.30 0.01 0.03 0.04 0.03 0.49 0.66 0.63 0.58
C3' 0.03 0.51 0.01 0.00 0.22 0.00 0.09 0.01 0.18 0.13 0.46 0.81 0.02 0.01 0.25 0.02 0.12 0.32 0.11 0.16
C4 0.01 0.01 0.03 0.22 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.08 0.00 0.03 0.22 0.24 0.34 0.23
C4' 0.01 0.45 0.01 0.00 0.05 0.00 0.29 0.01 0.35 0.03 0.33 0.84 0.25 0.02 0.06 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.11 0.09 0.00 0.29 0.00 0.66 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.20 0.01 0.24 0.88 0.98 1.27 1.02
C5' 0.08 0.59 0.22 0.01 0.13 0.01 0.66 0.00 0.74 0.09 0.42 1.26 0.05 0.21 0.11 0.01 0.01 0.11 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.18 0.01 0.35 0.00 0.74 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.27 0.01 0.29 1.00 1.06 1.31 1.11
N1 0.01 0.01 0.01 0.13 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.18 0.01 0.01 0.19 0.22 0.29 0.19
N3 0.01 0.00 0.13 0.46 0.00 0.33 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00 0.02 0.34 0.09 0.01 0.21 0.62 0.66 0.77 0.76
O2 0.03 0.00 0.30 0.81 0.02 0.84 0.01 1.26 0.01 0.02 0.02 0.00 0.36 0.19 0.02 0.60 1.67 1.66 1.91 1.85
O2' 0.01 0.32 0.01 0.02 0.28 0.25 0.17 0.05 0.10 0.17 0.34 0.36 0.00 0.06 0.30 0.14 0.41 0.62 0.77 0.57
O3' 0.33 0.07 0.03 0.01 0.08 0.02 0.20 0.21 0.27 0.18 0.09 0.19 0.06 0.00 0.08 0.23 0.18 0.11 0.30 0.17
O4 0.01 0.01 0.04 0.25 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.08 0.00 0.04 0.21 0.22 0.31 0.22
O4' 0.00 0.32 0.03 0.02 0.03 0.01 0.24 0.01 0.29 0.01 0.21 0.60 0.14 0.23 0.04 0.00 0.14 0.14 0.13 0.13
O5' 0.18 0.80 0.49 0.12 0.22 0.01 0.88 0.01 1.00 0.19 0.62 1.67 0.41 0.18 0.21 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.23 0.79 0.66 0.32 0.24 0.08 0.98 0.11 1.06 0.22 0.66 1.66 0.62 0.11 0.22 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.91 0.63 0.11 0.34 0.08 1.27 0.07 1.31 0.29 0.77 1.91 0.77 0.30 0.31 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.91 0.58 0.16 0.23 0.03 1.02 0.01 1.11 0.19 0.76 1.85 0.57 0.17 0.22 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00