ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54176

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 5, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.021, 0.033, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.033 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.022, 0.036, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.036 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.015, 0.031, 0.046, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.023, 0.040, 0.058, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.040 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.025, 0.043, 0.060, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.043 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.056, 0.091, 0.125, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.091 std_dev=0.035
N4 A 0, 0.077, 0.115, 0.154, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.115 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.137, 0.288, 0.438, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.288 std_dev=0.150
O2' A 0, 0.194, 0.359, 0.523, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.359 std_dev=0.164
O4' A 0, 0.120, 0.320, 0.521, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.320 std_dev=0.200
C4' A 0, 0.159, 0.425, 0.690, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.425 std_dev=0.266
C3' A 0, 0.203, 0.483, 0.764, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.483 std_dev=0.281
C1' B 0, 0.632, 0.987, 1.341, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.987 std_dev=0.355
O5' A 0, 0.414, 0.780, 1.146, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.780 std_dev=0.366
C2' B 0, 0.671, 1.060, 1.449, 1.499 max_d=1.499 avg_d=1.060 std_dev=0.389
O3' A 0, 0.290, 0.711, 1.132, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.711 std_dev=0.421
C5' A 0, 0.322, 0.756, 1.190, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.756 std_dev=0.434
O2' B 0, 0.615, 1.049, 1.483, 1.530 max_d=1.530 avg_d=1.049 std_dev=0.434
O4' B 0, 1.021, 1.532, 2.043, 1.955 max_d=1.955 avg_d=1.532 std_dev=0.511
P A 0, 0.777, 1.445, 2.113, 2.234 max_d=2.234 avg_d=1.445 std_dev=0.668
N1 B 0, 1.294, 1.973, 2.653, 2.589 max_d=2.589 avg_d=1.973 std_dev=0.679
C4' B 0, 1.615, 2.493, 3.370, 3.090 max_d=3.090 avg_d=2.493 std_dev=0.878
C2 B 0, 1.731, 2.612, 3.493, 3.252 max_d=3.252 avg_d=2.612 std_dev=0.881
O2 B 0, 1.825, 2.713, 3.601, 3.242 max_d=3.242 avg_d=2.713 std_dev=0.888
C3' B 0, 1.982, 2.955, 3.927, 3.579 max_d=3.579 avg_d=2.955 std_dev=0.973
C6 B 0, 1.846, 2.848, 3.850, 3.697 max_d=3.697 avg_d=2.848 std_dev=1.002
OP2 A 0, 2.049, 3.150, 4.251, 4.042 max_d=4.042 avg_d=3.150 std_dev=1.101
OP1 A 0, -0.311, 0.855, 2.020, 3.379 max_d=3.379 avg_d=0.855 std_dev=1.165
N3 B 0, 2.393, 3.669, 4.944, 4.582 max_d=4.582 avg_d=3.669 std_dev=1.276
C5' B 0, 2.336, 3.620, 4.904, 4.521 max_d=4.521 avg_d=3.620 std_dev=1.284
O3' B 0, 2.773, 4.097, 5.420, 4.891 max_d=4.891 avg_d=4.097 std_dev=1.324
C5 B 0, 2.459, 3.811, 5.162, 4.854 max_d=4.854 avg_d=3.811 std_dev=1.352
C4 B 0, 2.701, 4.191, 5.680, 5.281 max_d=5.281 avg_d=4.191 std_dev=1.489
O4 B 0, 3.347, 5.206, 7.066, 6.541 max_d=6.541 avg_d=5.206 std_dev=1.859
O5' B 0, 3.402, 5.395, 7.387, 6.744 max_d=6.744 avg_d=5.395 std_dev=1.992
P B 0, 4.831, 7.529, 10.228, 9.181 max_d=9.181 avg_d=7.529 std_dev=2.698
OP1 B 0, 5.469, 8.252, 11.034, 9.860 max_d=9.860 avg_d=8.252 std_dev=2.782
OP2 B 0, 5.827, 9.292, 12.757, 11.377 max_d=11.377 avg_d=9.292 std_dev=3.465

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.43 0.13 0.13
C2 0.04 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.04 0.09 0.52 0.21 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.03 0.05 0.07 0.12 0.00 0.01 0.01 0.08 0.30 0.25 0.11
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.01 0.13 0.02 0.14 0.04 0.07 0.09 0.14 0.03 0.01 0.01 0.15 0.22 0.28 0.12
C4 0.03 0.01 0.06 0.08 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.04 0.11 0.57 0.19 0.19
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.07 0.06 0.01 0.00 0.02 0.19 0.14 0.04
C5 0.02 0.02 0.09 0.13 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.16 0.06 0.10 0.59 0.22 0.26
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.12 0.05 0.06 0.12 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01
C6 0.03 0.02 0.09 0.14 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.16 0.06 0.08 0.58 0.18 0.27
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.06 0.53 0.14 0.17
N3 0.03 0.00 0.05 0.07 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03 0.11 0.55 0.22 0.13
N4 0.04 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.11 0.05 0.13 0.57 0.22 0.20
O2 0.07 0.01 0.12 0.14 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.17 0.08 0.08 0.50 0.25 0.10
O2' 0.02 0.05 0.00 0.03 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.02 0.05 0.07 0.09 0.00 0.02 0.04 0.06 0.24 0.25 0.06
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.10 0.01 0.16 0.03 0.16 0.05 0.09 0.11 0.17 0.02 0.00 0.01 0.21 0.17 0.35 0.14
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.05 0.08 0.04 0.01 0.00 0.11 0.40 0.10 0.14
O5' 0.04 0.09 0.08 0.15 0.11 0.02 0.10 0.01 0.08 0.06 0.11 0.13 0.08 0.06 0.21 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.43 0.52 0.30 0.22 0.57 0.19 0.59 0.08 0.58 0.53 0.55 0.57 0.50 0.24 0.17 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.21 0.25 0.28 0.19 0.14 0.22 0.10 0.18 0.14 0.22 0.22 0.25 0.25 0.35 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.12 0.11 0.12 0.19 0.04 0.26 0.01 0.27 0.17 0.13 0.20 0.10 0.06 0.14 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.17 0.12 0.20 0.06 0.35 0.07 0.53 0.08 0.06 0.14 0.30 0.33 0.34 0.07 0.23 0.60 0.99 0.79 0.71
C2 0.13 0.22 0.15 0.13 0.14 0.19 0.11 0.31 0.10 0.13 0.20 0.32 0.31 0.29 0.15 0.15 0.32 0.61 0.48 0.36
C2' 0.19 0.33 0.25 0.21 0.25 0.28 0.16 0.42 0.13 0.21 0.33 0.44 0.50 0.38 0.27 0.15 0.50 0.83 0.66 0.58
C3' 0.19 0.31 0.26 0.22 0.26 0.26 0.18 0.37 0.16 0.21 0.32 0.39 0.51 0.39 0.28 0.14 0.53 0.76 0.72 0.59
C4 0.18 0.22 0.19 0.15 0.14 0.08 0.13 0.15 0.14 0.17 0.19 0.32 0.29 0.28 0.14 0.12 0.39 0.31 0.74 0.39
C4' 0.05 0.09 0.09 0.25 0.04 0.41 0.10 0.57 0.12 0.04 0.09 0.20 0.28 0.34 0.05 0.27 0.82 1.03 1.14 0.91
C5 0.17 0.18 0.19 0.17 0.08 0.12 0.09 0.22 0.09 0.13 0.14 0.28 0.32 0.34 0.08 0.14 0.26 0.36 0.47 0.23
C5' 0.12 0.06 0.10 0.29 0.11 0.43 0.18 0.56 0.19 0.12 0.08 0.11 0.18 0.32 0.11 0.31 0.91 0.96 1.26 0.96
C6 0.13 0.16 0.17 0.18 0.07 0.24 0.09 0.38 0.09 0.10 0.12 0.28 0.35 0.38 0.06 0.20 0.33 0.63 0.37 0.36
N1 0.12 0.19 0.16 0.17 0.09 0.26 0.07 0.40 0.07 0.11 0.16 0.31 0.34 0.34 0.09 0.19 0.38 0.73 0.48 0.44
N3 0.16 0.23 0.17 0.12 0.17 0.11 0.15 0.20 0.14 0.16 0.22 0.33 0.29 0.26 0.18 0.12 0.35 0.43 0.65 0.36
N4 0.20 0.25 0.21 0.18 0.18 0.13 0.18 0.16 0.20 0.20 0.22 0.32 0.26 0.25 0.17 0.15 0.59 0.31 1.10 0.63
O2 0.13 0.23 0.15 0.14 0.17 0.21 0.12 0.33 0.10 0.14 0.23 0.33 0.31 0.30 0.19 0.14 0.34 0.68 0.51 0.40
O2' 0.15 0.33 0.20 0.20 0.24 0.33 0.11 0.52 0.08 0.18 0.33 0.46 0.48 0.36 0.26 0.18 0.64 1.04 0.91 0.78
O3' 0.26 0.41 0.34 0.25 0.38 0.23 0.29 0.33 0.26 0.31 0.43 0.49 0.61 0.40 0.41 0.11 0.55 0.79 0.79 0.63
O4' 0.11 0.06 0.12 0.27 0.11 0.45 0.20 0.64 0.21 0.11 0.05 0.16 0.22 0.33 0.12 0.32 0.80 1.12 1.07 0.92
O5' 0.13 0.07 0.09 0.28 0.11 0.44 0.16 0.52 0.17 0.12 0.08 0.08 0.20 0.32 0.10 0.33 0.79 0.75 0.92 0.75
OP1 0.11 0.15 0.15 0.29 0.12 0.27 0.14 0.31 0.14 0.11 0.15 0.22 0.20 0.27 0.12 0.26 0.71 0.52 1.08 0.66
OP2 0.19 0.22 0.24 0.25 0.21 0.22 0.24 0.32 0.24 0.20 0.21 0.27 0.27 0.12 0.21 0.20 0.12 0.95 0.38 0.44
P 0.04 0.04 0.07 0.22 0.03 0.15 0.05 0.17 0.06 0.03 0.04 0.09 0.10 0.29 0.02 0.10 0.46 0.56 0.61 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.30 0.50 0.74 0.42
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.49 0.53 1.24 0.65
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.29 0.76 0.59 0.49
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.27 0.63 0.22 0.33
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.00 0.04 0.65 0.67 1.64 0.85
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.05 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.23 0.16 0.09
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.04 0.02 0.05 0.64 0.70 1.60 0.83
C5' 0.02 0.05 0.05 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.10 0.05 0.07 0.05 0.03 0.05 0.10 0.02 0.01 0.05 0.17 0.02
C6 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.04 0.01 0.05 0.58 0.64 1.36 0.73
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02 0.02 0.47 0.55 1.15 0.61
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.04 0.58 0.59 1.48 0.77
O2 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.11 0.02 0.07 0.43 0.48 1.09 0.57
O2' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.05 0.11 0.03 0.10 0.05 0.07 0.10 0.00 0.03 0.11 0.03 0.30 0.92 0.63 0.55
O3' 0.07 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.11 0.03 0.00 0.02 0.06 0.25 0.58 0.22 0.27
O4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.02 0.00 0.05 0.69 0.72 1.76 0.91
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.07 0.03 0.06 0.05 0.00 0.31 0.23 0.63 0.32
O5' 0.30 0.49 0.29 0.27 0.65 0.01 0.64 0.01 0.58 0.47 0.58 0.43 0.30 0.25 0.69 0.31 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.50 0.53 0.76 0.63 0.67 0.23 0.70 0.05 0.64 0.55 0.59 0.48 0.92 0.58 0.72 0.23 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.74 1.24 0.59 0.22 1.64 0.16 1.60 0.17 1.36 1.15 1.48 1.09 0.63 0.22 1.76 0.63 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.42 0.65 0.49 0.33 0.85 0.09 0.83 0.02 0.73 0.61 0.77 0.57 0.55 0.27 0.91 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00