ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54177

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.014, 0.026, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.019, 0.054, 0.089, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.054 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.024, 0.064, 0.103, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.064 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.082, 0.198, 0.315, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.198 std_dev=0.117
O4' A 0, 0.103, 0.224, 0.345, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.224 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.045, 0.226, 0.407, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.226 std_dev=0.181
C4' A 0, 0.166, 0.375, 0.583, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.375 std_dev=0.209
C3' A 0, 0.140, 0.354, 0.568, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.354 std_dev=0.214
O3' A 0, 0.223, 0.543, 0.864, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.543 std_dev=0.320
C3' B 0, 0.315, 0.661, 1.007, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.661 std_dev=0.346
C5' A 0, 0.296, 0.644, 0.992, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.644 std_dev=0.348
C2' B 0, 0.284, 0.638, 0.992, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.638 std_dev=0.354
O3' B 0, 0.382, 0.752, 1.121, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.752 std_dev=0.369
C1' B 0, 0.295, 0.682, 1.069, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.682 std_dev=0.387
O5' A 0, 0.375, 0.784, 1.192, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.784 std_dev=0.409
C4' B 0, 0.358, 0.774, 1.189, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.774 std_dev=0.415
O2' B 0, 0.238, 0.665, 1.092, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.665 std_dev=0.427
OP1 A 0, 0.397, 0.828, 1.259, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.828 std_dev=0.431
P A 0, 0.386, 0.818, 1.250, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.818 std_dev=0.432
O4' B 0, 0.364, 0.800, 1.236, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.800 std_dev=0.436
N1 B 0, 0.335, 0.833, 1.330, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.833 std_dev=0.497
OP2 A 0, 0.629, 1.218, 1.808, 1.955 max_d=1.955 avg_d=1.218 std_dev=0.590
C5' B 0, 0.428, 1.077, 1.727, 1.866 max_d=1.866 avg_d=1.077 std_dev=0.649
N3 B 0, 0.479, 1.200, 1.921, 2.421 max_d=2.421 avg_d=1.200 std_dev=0.721
C2 B 0, 0.252, 0.999, 1.745, 2.616 max_d=2.616 avg_d=0.999 std_dev=0.747
C6 B 0, 0.583, 1.345, 2.107, 2.664 max_d=2.664 avg_d=1.345 std_dev=0.762
C4 B 0, 0.516, 1.311, 2.107, 2.880 max_d=2.880 avg_d=1.311 std_dev=0.796
C5 B 0, 0.665, 1.581, 2.497, 3.258 max_d=3.258 avg_d=1.581 std_dev=0.916
O4 B 0, 0.639, 1.577, 2.514, 3.432 max_d=3.432 avg_d=1.577 std_dev=0.938
O5' B 0, 0.581, 1.702, 2.823, 3.651 max_d=3.651 avg_d=1.702 std_dev=1.121
O2 B 0, -0.191, 1.175, 2.541, 4.684 max_d=4.684 avg_d=1.175 std_dev=1.366
OP1 B 0, 0.538, 2.127, 3.716, 4.294 max_d=4.294 avg_d=2.127 std_dev=1.589
P B 0, 0.453, 2.069, 3.685, 5.223 max_d=5.223 avg_d=2.069 std_dev=1.616
OP2 B 0, 0.395, 2.718, 5.042, 7.314 max_d=7.314 avg_d=2.718 std_dev=2.324

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.02 0.02 0.01 0.10 0.29 0.24 0.08
C2 0.03 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.04 0.10 0.33 0.19 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.03 0.04 0.06 0.09 0.00 0.02 0.01 0.05 0.21 0.35 0.08
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.02 0.09 0.04 0.07 0.10 0.09 0.02 0.01 0.02 0.12 0.18 0.38 0.12
C4 0.03 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.10 0.35 0.15 0.15
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.06 0.08 0.02 0.01 0.02 0.22 0.27 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.13 0.03 0.12 0.35 0.14 0.15
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.08 0.12 0.07 0.08 0.04 0.03 0.01 0.21 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.10 0.02 0.13 0.35 0.15 0.14
N1 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.11 0.33 0.18 0.11
N3 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.09 0.34 0.17 0.13
N4 0.03 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.13 0.04 0.11 0.34 0.17 0.16
O2 0.07 0.01 0.09 0.09 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.11 0.07 0.10 0.32 0.23 0.11
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.07 0.08 0.05 0.08 0.05 0.04 0.08 0.07 0.14 0.00 0.05 0.06 0.06 0.21 0.40 0.10
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.04 0.10 0.04 0.08 0.13 0.11 0.05 0.00 0.01 0.20 0.22 0.49 0.23
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.06 0.01 0.00 0.18 0.29 0.22 0.11
O5' 0.10 0.10 0.05 0.12 0.10 0.02 0.12 0.01 0.13 0.11 0.09 0.11 0.10 0.06 0.20 0.18 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.29 0.33 0.21 0.18 0.35 0.22 0.35 0.21 0.35 0.33 0.34 0.34 0.32 0.21 0.22 0.29 0.03 0.00 0.03 0.00
OP2 0.24 0.19 0.35 0.38 0.15 0.27 0.14 0.20 0.15 0.18 0.17 0.17 0.23 0.40 0.49 0.22 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.08 0.12 0.15 0.04 0.15 0.01 0.14 0.11 0.13 0.16 0.11 0.10 0.23 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.51 0.23 0.11 0.36 0.11 0.52 0.29 0.48 0.25 0.46 0.90 0.37 0.18 0.41 0.18 0.54 0.46 0.70 0.60
C2 0.19 0.58 0.21 0.12 0.45 0.20 0.71 0.28 0.65 0.27 0.52 1.06 0.38 0.19 0.52 0.26 0.52 0.26 0.76 0.57
C2' 0.20 0.59 0.27 0.15 0.27 0.10 0.46 0.23 0.43 0.21 0.50 1.04 0.39 0.18 0.32 0.21 0.36 0.61 0.40 0.41
C3' 0.16 0.46 0.22 0.16 0.19 0.18 0.41 0.28 0.39 0.15 0.37 0.85 0.30 0.17 0.22 0.22 0.31 0.78 0.28 0.39
C4 0.19 0.54 0.20 0.16 0.52 0.28 0.73 0.33 0.67 0.32 0.51 0.97 0.36 0.22 0.57 0.33 0.52 0.20 0.82 0.58
C4' 0.16 0.38 0.16 0.07 0.23 0.15 0.35 0.32 0.34 0.18 0.33 0.67 0.26 0.12 0.26 0.20 0.45 0.67 0.53 0.51
C5 0.20 0.47 0.20 0.15 0.44 0.24 0.57 0.30 0.54 0.31 0.45 0.79 0.35 0.24 0.48 0.26 0.52 0.21 0.74 0.55
C5' 0.12 0.26 0.09 0.03 0.15 0.17 0.23 0.34 0.23 0.13 0.22 0.44 0.19 0.07 0.17 0.21 0.42 0.73 0.49 0.48
C6 0.21 0.47 0.22 0.14 0.39 0.17 0.50 0.28 0.47 0.28 0.43 0.78 0.37 0.25 0.42 0.19 0.53 0.32 0.69 0.56
N1 0.19 0.52 0.22 0.12 0.39 0.16 0.58 0.28 0.53 0.26 0.47 0.93 0.38 0.21 0.44 0.21 0.53 0.34 0.71 0.57
N3 0.20 0.58 0.21 0.14 0.52 0.26 0.79 0.31 0.72 0.31 0.54 1.08 0.38 0.20 0.59 0.32 0.52 0.20 0.82 0.58
N4 0.20 0.52 0.21 0.18 0.61 0.32 0.82 0.38 0.73 0.35 0.54 0.94 0.35 0.22 0.67 0.37 0.51 0.30 0.91 0.61
O2 0.19 0.60 0.22 0.12 0.47 0.19 0.76 0.28 0.68 0.27 0.54 1.11 0.38 0.18 0.54 0.26 0.52 0.29 0.76 0.58
O2' 0.19 0.59 0.25 0.13 0.28 0.14 0.46 0.30 0.43 0.21 0.51 1.03 0.37 0.15 0.34 0.19 0.45 0.66 0.54 0.53
O3' 0.21 0.48 0.28 0.26 0.15 0.28 0.41 0.34 0.39 0.16 0.38 0.87 0.32 0.27 0.18 0.27 0.32 1.00 0.31 0.47
O4' 0.23 0.44 0.23 0.12 0.35 0.12 0.45 0.33 0.42 0.28 0.41 0.71 0.35 0.20 0.39 0.18 0.59 0.52 0.77 0.67
O5' 0.15 0.22 0.04 0.04 0.18 0.23 0.26 0.37 0.25 0.16 0.20 0.36 0.12 0.04 0.19 0.22 0.39 0.74 0.44 0.47
OP1 0.17 0.16 0.07 0.09 0.21 0.28 0.26 0.43 0.25 0.19 0.17 0.15 0.09 0.03 0.21 0.30 0.32 0.76 0.50 0.37
OP2 0.18 0.24 0.23 0.18 0.23 0.17 0.25 0.23 0.24 0.20 0.24 0.31 0.32 0.01 0.26 0.19 0.12 1.12 0.39 0.40
P 0.09 0.14 0.06 0.02 0.08 0.15 0.04 0.24 0.04 0.08 0.13 0.21 0.13 0.01 0.08 0.17 0.13 0.88 0.25 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.09 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.09 0.05 0.01 0.32 0.54 0.55 0.40
C2 0.04 0.00 0.17 0.09 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.15 0.02 0.17 0.28 0.28 0.67 0.23
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.02 0.18 0.13 0.22 0.04 0.12 0.31 0.01 0.02 0.08 0.02 0.54 1.01 0.86 0.74
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.21 0.05 0.06 0.20 0.02 0.01 0.10 0.02 0.32 0.98 0.48 0.54
C4 0.05 0.01 0.08 0.10 0.00 0.15 0.01 0.43 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.06 0.01 0.10 0.67 0.79 1.37 0.87
C4' 0.02 0.10 0.02 0.00 0.15 0.00 0.28 0.01 0.29 0.08 0.05 0.26 0.03 0.02 0.15 0.01 0.01 0.38 0.17 0.10
C5 0.04 0.01 0.18 0.19 0.01 0.28 0.00 0.68 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.08 0.01 0.24 0.99 1.23 1.76 1.29
C5' 0.09 0.15 0.13 0.01 0.43 0.01 0.68 0.00 0.67 0.27 0.19 0.43 0.10 0.06 0.45 0.04 0.01 0.30 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.22 0.21 0.01 0.29 0.01 0.67 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.09 0.01 0.28 0.97 1.15 1.57 1.21
N1 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.08 0.02 0.27 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.07 0.03 0.06 0.50 0.58 0.91 0.60
N3 0.04 0.01 0.12 0.06 0.01 0.05 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.02 0.21 0.12 0.02 0.10 0.35 0.33 0.91 0.40
O2 0.06 0.01 0.31 0.20 0.02 0.26 0.01 0.43 0.01 0.02 0.02 0.00 0.57 0.26 0.03 0.35 0.49 0.64 0.66 0.46
O2' 0.03 0.28 0.01 0.02 0.09 0.03 0.25 0.10 0.30 0.06 0.21 0.57 0.00 0.06 0.10 0.02 0.53 1.17 0.96 0.81
O3' 0.09 0.15 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.06 0.09 0.07 0.12 0.26 0.06 0.00 0.07 0.14 0.15 0.91 0.29 0.39
O4 0.05 0.02 0.08 0.10 0.01 0.15 0.01 0.45 0.01 0.03 0.02 0.03 0.10 0.07 0.00 0.10 0.68 0.84 1.45 0.91
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.10 0.01 0.24 0.04 0.28 0.06 0.10 0.35 0.02 0.14 0.10 0.00 0.12 0.24 0.22 0.13
O5' 0.32 0.28 0.54 0.32 0.67 0.01 0.99 0.01 0.97 0.50 0.35 0.49 0.53 0.15 0.68 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.54 0.28 1.01 0.98 0.79 0.38 1.23 0.30 1.15 0.58 0.33 0.64 1.17 0.91 0.84 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 0.67 0.86 0.48 1.37 0.17 1.76 0.31 1.57 0.91 0.91 0.66 0.96 0.29 1.45 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.40 0.23 0.74 0.54 0.87 0.10 1.29 0.02 1.21 0.60 0.40 0.46 0.81 0.39 0.91 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00