ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54179

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.012, 0.040, 0.067, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.018, 0.057, 0.096, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.057 std_dev=0.039
N4 A 0, 0.011, 0.060, 0.109, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.060 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.088, 0.298, 0.508, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.298 std_dev=0.210
O2' A 0, 0.143, 0.353, 0.563, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.353 std_dev=0.210
C2' A 0, 0.071, 0.309, 0.548, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.309 std_dev=0.238
C4' A 0, 0.102, 0.454, 0.806, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.454 std_dev=0.352
C2' B 0, 0.276, 0.656, 1.035, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.656 std_dev=0.380
C3' A 0, 0.057, 0.458, 0.859, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.458 std_dev=0.401
O2' B 0, 0.164, 0.608, 1.052, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.608 std_dev=0.444
C5' A 0, 0.208, 0.784, 1.361, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.784 std_dev=0.576
O3' A 0, 0.069, 0.668, 1.268, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.668 std_dev=0.600
O5' A 0, 0.108, 0.835, 1.562, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.835 std_dev=0.727
OP1 A 0, 0.229, 1.001, 1.774, 2.121 max_d=2.121 avg_d=1.001 std_dev=0.772
C1' B 0, 0.310, 1.287, 2.265, 2.351 max_d=2.351 avg_d=1.287 std_dev=0.977
P A 0, 0.092, 1.114, 2.136, 3.172 max_d=3.172 avg_d=1.114 std_dev=1.022
C3' B 0, 0.178, 1.326, 2.474, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.326 std_dev=1.148
C5' B 0, 0.768, 2.076, 3.385, 3.786 max_d=3.786 avg_d=2.076 std_dev=1.309
C4' B 0, 0.430, 1.743, 3.056, 3.572 max_d=3.572 avg_d=1.743 std_dev=1.313
O5' B 0, 0.714, 2.055, 3.396, 4.216 max_d=4.216 avg_d=2.055 std_dev=1.341
O4' B 0, 0.239, 1.639, 3.039, 3.320 max_d=3.320 avg_d=1.639 std_dev=1.400
N1 B 0, 0.526, 2.026, 3.527, 3.852 max_d=3.852 avg_d=2.026 std_dev=1.501
OP2 A 0, -0.343, 1.367, 3.076, 5.395 max_d=5.395 avg_d=1.367 std_dev=1.709
C6 B 0, 0.664, 2.448, 4.232, 5.332 max_d=5.332 avg_d=2.448 std_dev=1.784
O3' B 0, 0.141, 1.977, 3.814, 4.479 max_d=4.479 avg_d=1.977 std_dev=1.837
OP1 B 0, 0.921, 3.058, 5.195, 7.593 max_d=7.593 avg_d=3.058 std_dev=2.137
C2 B 0, 0.648, 2.794, 4.940, 5.019 max_d=5.019 avg_d=2.794 std_dev=2.146
P B 0, 0.362, 2.531, 4.699, 6.287 max_d=6.287 avg_d=2.531 std_dev=2.168
O2 B 0, 0.620, 2.816, 5.012, 5.744 max_d=5.744 avg_d=2.816 std_dev=2.196
C5 B 0, 0.964, 3.573, 6.183, 7.175 max_d=7.175 avg_d=3.573 std_dev=2.609
OP2 B 0, 0.101, 2.968, 5.834, 7.593 max_d=7.593 avg_d=2.968 std_dev=2.867
N3 B 0, 0.909, 3.814, 6.719, 6.603 max_d=6.603 avg_d=3.814 std_dev=2.905
C4 B 0, 1.073, 4.265, 7.458, 7.617 max_d=7.617 avg_d=4.265 std_dev=3.193
O4 B 0, 1.316, 5.320, 9.324, 9.257 max_d=9.257 avg_d=5.320 std_dev=4.004

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.08 0.02 0.01 0.00 0.28 0.09 0.25 0.27
C2 0.05 0.00 0.17 0.17 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.21 0.04 0.38 0.14 0.71 0.47
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.15 0.09 0.27 0.00 0.01 0.01 0.13 0.11 0.11 0.12
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.11 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.16 0.12 0.25 0.02 0.01 0.01 0.07 0.14 0.06 0.07
C4 0.04 0.01 0.08 0.11 0.00 0.10 0.01 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.14 0.08 0.50 0.17 1.17 0.67
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.08 0.12 0.10 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.24 0.05
C5 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.10 0.57 0.19 1.24 0.73
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.16 0.01 0.16 0.00 0.12 0.07 0.11 0.20 0.10 0.04 0.03 0.01 0.00 0.07 0.18 0.02
C6 0.04 0.00 0.06 0.05 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.10 0.55 0.18 0.98 0.64
N1 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.03 0.43 0.15 0.68 0.48
N3 0.04 0.01 0.15 0.16 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.22 0.05 0.44 0.15 0.95 0.57
N4 0.05 0.01 0.09 0.12 0.01 0.12 0.04 0.20 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.09 0.16 0.10 0.49 0.15 1.30 0.70
O2 0.08 0.01 0.27 0.25 0.02 0.10 0.01 0.10 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.23 0.31 0.05 0.28 0.10 0.49 0.34
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.08 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.14 0.09 0.23 0.00 0.02 0.05 0.09 0.07 0.36 0.15
O3' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.14 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.22 0.16 0.31 0.02 0.00 0.01 0.24 0.12 0.32 0.22
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.03 0.05 0.10 0.05 0.05 0.01 0.00 0.27 0.04 0.11 0.22
O5' 0.28 0.38 0.13 0.07 0.50 0.01 0.57 0.00 0.55 0.43 0.44 0.49 0.28 0.09 0.24 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.14 0.11 0.14 0.17 0.06 0.19 0.07 0.18 0.15 0.15 0.15 0.10 0.07 0.12 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.25 0.71 0.11 0.06 1.17 0.24 1.24 0.18 0.98 0.68 0.95 1.30 0.49 0.36 0.32 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.47 0.12 0.07 0.67 0.05 0.73 0.02 0.64 0.48 0.57 0.70 0.34 0.15 0.22 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.65 1.18 0.25 0.20 1.44 0.38 1.24 0.20 0.97 0.91 1.41 1.26 0.18 0.20 1.64 0.64 0.68 0.67 0.88 0.61
C2 0.56 1.16 0.34 0.43 1.55 0.59 1.23 0.47 0.89 0.83 1.51 1.18 0.24 0.68 1.82 0.60 0.65 0.72 0.62 0.53
C2' 0.83 1.41 0.32 0.31 1.70 0.56 1.50 0.46 1.20 1.11 1.65 1.52 0.15 0.33 1.93 0.90 0.89 0.80 1.17 0.87
C3' 0.89 1.63 0.30 0.25 1.94 0.47 1.70 0.47 1.37 1.26 1.93 1.75 0.13 0.26 2.17 0.91 0.96 0.87 1.37 1.00
C4 0.49 1.34 0.42 0.61 1.69 0.71 1.27 0.62 0.89 0.87 1.75 1.34 0.32 0.97 1.95 0.52 0.65 0.77 0.55 0.54
C4' 0.70 1.44 0.18 0.24 1.79 0.29 1.53 0.23 1.20 1.08 1.77 1.50 0.20 0.34 2.03 0.65 0.74 0.73 1.18 0.78
C5 0.52 1.07 0.35 0.42 1.32 0.54 1.07 0.43 0.81 0.77 1.33 1.05 0.24 0.63 1.49 0.52 0.64 0.70 0.60 0.52
C5' 0.65 1.52 0.14 0.37 1.96 0.33 1.65 0.36 1.26 1.12 1.92 1.52 0.26 0.61 2.23 0.57 0.71 0.77 1.26 0.81
C6 0.58 1.03 0.27 0.25 1.26 0.40 1.09 0.28 0.86 0.81 1.22 1.07 0.18 0.33 1.41 0.56 0.64 0.67 0.73 0.55
N1 0.59 1.08 0.28 0.28 1.37 0.45 1.16 0.32 0.88 0.82 1.32 1.14 0.18 0.40 1.56 0.60 0.65 0.68 0.72 0.55
N3 0.51 1.32 0.39 0.58 1.74 0.71 1.32 0.61 0.91 0.86 1.75 1.31 0.30 0.94 2.05 0.56 0.66 0.78 0.55 0.54
N4 0.43 1.67 0.49 0.80 2.02 0.84 1.47 0.78 1.00 1.01 2.16 1.72 0.39 1.29 2.31 0.46 0.67 0.85 0.60 0.59
O2 0.57 1.18 0.34 0.43 1.60 0.60 1.27 0.47 0.91 0.84 1.54 1.20 0.23 0.68 1.90 0.62 0.66 0.72 0.63 0.53
O2' 0.81 1.40 0.28 0.26 1.74 0.52 1.51 0.39 1.18 1.09 1.68 1.51 0.15 0.29 2.00 0.88 0.87 0.79 1.18 0.85
O3' 0.97 1.81 0.32 0.25 2.22 0.51 1.94 0.58 1.54 1.40 2.19 1.91 0.13 0.31 2.52 1.02 1.07 0.97 1.60 1.17
O4' 0.61 1.18 0.21 0.21 1.44 0.32 1.24 0.14 0.97 0.90 1.42 1.24 0.22 0.20 1.64 0.56 0.61 0.65 0.90 0.57
O5' 1.07 1.97 0.77 0.60 2.40 0.46 2.16 0.73 1.81 1.63 2.34 1.86 0.58 0.29 2.59 0.88 1.08 0.98 1.70 1.22
OP1 0.72 1.93 0.45 0.53 2.74 0.26 2.33 0.69 1.77 1.48 2.54 1.82 0.26 0.79 3.10 0.43 0.85 0.92 1.78 1.14
OP2 2.00 2.61 1.98 1.72 3.13 1.50 3.09 1.73 2.82 2.54 2.91 2.29 1.70 1.20 3.21 1.74 2.03 1.85 2.68 2.18
P 1.26 2.15 1.13 0.95 2.76 0.73 2.54 1.03 2.15 1.89 2.59 1.93 0.90 0.60 2.96 1.00 1.30 1.18 2.05 1.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.28 0.02 0.01 0.34 0.34 0.41 0.30
C2 0.03 0.00 0.11 0.17 0.02 0.04 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.27 0.02 0.10 0.51 0.46 0.90 0.53
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.03 0.14 0.19 0.17 0.04 0.08 0.22 0.01 0.02 0.07 0.02 0.43 0.58 0.37 0.37
C3' 0.03 0.17 0.00 0.00 0.25 0.01 0.23 0.02 0.19 0.15 0.21 0.16 0.03 0.01 0.27 0.02 0.34 0.58 0.09 0.28
C4 0.02 0.02 0.07 0.25 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.38 0.21 0.01 0.05 0.67 0.65 1.31 0.73
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.10 0.05 0.06 0.05 0.26 0.02 0.11 0.01 0.03 0.21 0.20 0.03
C5 0.02 0.02 0.14 0.23 0.01 0.12 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.03 0.39 0.17 0.03 0.10 0.71 0.72 1.30 0.76
C5' 0.07 0.12 0.19 0.02 0.13 0.01 0.12 0.00 0.09 0.09 0.13 0.12 0.13 0.20 0.14 0.02 0.01 0.34 0.40 0.02
C6 0.01 0.02 0.17 0.19 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.11 0.02 0.12 0.67 0.64 1.01 0.64
N1 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.21 0.17 0.01 0.03 0.52 0.48 0.79 0.50
N3 0.03 0.01 0.08 0.21 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.32 0.24 0.02 0.08 0.59 0.54 1.13 0.64
O2 0.04 0.01 0.22 0.16 0.03 0.05 0.03 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.16 0.36 0.04 0.15 0.43 0.37 0.77 0.45
O2' 0.02 0.22 0.01 0.03 0.38 0.26 0.39 0.13 0.33 0.21 0.32 0.16 0.00 0.07 0.41 0.17 0.42 0.60 0.36 0.34
O3' 0.28 0.27 0.02 0.01 0.21 0.02 0.17 0.20 0.11 0.17 0.24 0.36 0.07 0.00 0.23 0.19 0.34 0.64 0.26 0.36
O4 0.02 0.02 0.07 0.27 0.01 0.11 0.03 0.14 0.02 0.01 0.02 0.04 0.41 0.23 0.00 0.05 0.69 0.69 1.44 0.78
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.05 0.01 0.10 0.02 0.12 0.03 0.08 0.15 0.17 0.19 0.05 0.00 0.14 0.11 0.17 0.10
O5' 0.34 0.51 0.43 0.34 0.67 0.03 0.71 0.01 0.67 0.52 0.59 0.43 0.42 0.34 0.69 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.34 0.46 0.58 0.58 0.65 0.21 0.72 0.34 0.64 0.48 0.54 0.37 0.60 0.64 0.69 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.90 0.37 0.09 1.31 0.20 1.30 0.40 1.01 0.79 1.13 0.77 0.36 0.26 1.44 0.17 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.53 0.37 0.28 0.73 0.03 0.76 0.02 0.64 0.50 0.64 0.45 0.34 0.36 0.78 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00