ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54182

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.018, 0.035, 0.053, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.035 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.022, 0.040, 0.059, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.040 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.022, 0.041, 0.060, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.041 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.023, 0.042, 0.062, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.042 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.032, 0.063, 0.095, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.063 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.075, 0.135, 0.196, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.135 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.064, 0.320, 0.577, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.320 std_dev=0.257
O4' A 0, 0.091, 0.349, 0.607, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.349 std_dev=0.258
O2' A 0, -0.078, 0.398, 0.874, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.398 std_dev=0.476
O2' B 0, 0.309, 0.803, 1.296, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.803 std_dev=0.494
C4' A 0, 0.114, 0.651, 1.188, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.651 std_dev=0.537
C5' A 0, 0.207, 0.815, 1.422, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.815 std_dev=0.607
C3' A 0, 0.067, 0.729, 1.391, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.729 std_dev=0.662
C2' B 0, 0.366, 1.062, 1.758, 1.916 max_d=1.916 avg_d=1.062 std_dev=0.696
C1' B 0, 0.609, 1.714, 2.819, 2.939 max_d=2.939 avg_d=1.714 std_dev=1.105
OP2 A 0, 0.567, 1.677, 2.786, 3.124 max_d=3.124 avg_d=1.677 std_dev=1.110
O3' A 0, 0.066, 1.197, 2.327, 3.361 max_d=3.361 avg_d=1.197 std_dev=1.131
O5' A 0, 0.000, 1.289, 2.578, 3.557 max_d=3.557 avg_d=1.289 std_dev=1.289
N1 B 0, 0.608, 2.025, 3.443, 3.808 max_d=3.808 avg_d=2.025 std_dev=1.418
O2 B 0, 0.181, 1.634, 3.086, 3.992 max_d=3.992 avg_d=1.634 std_dev=1.453
C3' B 0, 0.650, 2.158, 3.667, 3.935 max_d=3.935 avg_d=2.158 std_dev=1.509
C2 B 0, 0.396, 1.966, 3.535, 4.007 max_d=4.007 avg_d=1.966 std_dev=1.570
P A 0, -0.276, 1.342, 2.961, 4.837 max_d=4.837 avg_d=1.342 std_dev=1.619
O4' B 0, 0.846, 2.548, 4.250, 4.363 max_d=4.363 avg_d=2.548 std_dev=1.702
O3' B 0, 0.784, 2.506, 4.228, 4.371 max_d=4.371 avg_d=2.506 std_dev=1.722
C6 B 0, 0.812, 2.588, 4.364, 4.967 max_d=4.967 avg_d=2.588 std_dev=1.776
C4' B 0, 0.712, 2.606, 4.501, 4.817 max_d=4.817 avg_d=2.606 std_dev=1.894
N3 B 0, 0.561, 2.561, 4.560, 5.211 max_d=5.211 avg_d=2.561 std_dev=2.000
C5 B 0, 0.935, 3.148, 5.362, 6.195 max_d=6.195 avg_d=3.148 std_dev=2.213
C4 B 0, 0.853, 3.181, 5.510, 6.435 max_d=6.435 avg_d=3.181 std_dev=2.329
C5' B 0, 0.906, 3.246, 5.587, 5.935 max_d=5.935 avg_d=3.246 std_dev=2.340
OP1 A 0, 0.462, 2.827, 5.192, 7.218 max_d=7.218 avg_d=2.827 std_dev=2.365
O5' B 0, 1.065, 3.439, 5.814, 5.902 max_d=5.902 avg_d=3.439 std_dev=2.374
O4 B 0, 1.002, 3.782, 6.562, 7.723 max_d=7.723 avg_d=3.782 std_dev=2.780
P B 0, 1.236, 4.083, 6.930, 7.090 max_d=7.090 avg_d=4.083 std_dev=2.847
OP2 B 0, 1.334, 4.262, 7.191, 7.307 max_d=7.307 avg_d=4.262 std_dev=2.929
OP1 B 0, 1.300, 4.431, 7.563, 8.078 max_d=8.078 avg_d=4.431 std_dev=3.131

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.24 0.00 0.19 0.13 0.78 0.39
C2 0.02 0.00 0.11 0.23 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.18 0.02 0.42 0.62 0.97 0.65
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.16 0.06 0.03 0.10 0.05 0.18 0.00 0.03 0.01 0.28 0.28 0.98 0.50
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.37 0.01 0.39 0.01 0.34 0.23 0.30 0.40 0.15 0.02 0.01 0.02 0.37 0.18 0.42 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.37 0.00 0.16 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.29 0.25 0.03 0.65 1.18 1.19 1.01
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.16 0.00 0.20 0.01 0.18 0.10 0.11 0.18 0.04 0.24 0.04 0.01 0.02 0.33 0.36 0.08
C5 0.02 0.01 0.04 0.39 0.00 0.20 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.27 0.30 0.06 0.71 1.26 1.20 1.08
C5' 0.04 0.10 0.16 0.01 0.22 0.01 0.25 0.00 0.21 0.11 0.15 0.24 0.05 0.10 0.18 0.02 0.00 0.34 0.33 0.02
C6 0.01 0.00 0.06 0.34 0.01 0.18 0.01 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.23 0.07 0.62 0.93 1.05 0.90
N1 0.01 0.00 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.10 0.02 0.42 0.57 0.94 0.65
N3 0.02 0.00 0.10 0.30 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.19 0.02 0.54 0.91 1.09 0.83
N4 0.02 0.01 0.05 0.40 0.01 0.18 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.30 0.04 0.71 1.37 1.28 1.11
O2 0.03 0.01 0.18 0.15 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.31 0.04 0.30 0.40 0.88 0.49
O2' 0.01 0.22 0.00 0.02 0.29 0.24 0.27 0.10 0.22 0.18 0.27 0.32 0.15 0.00 0.09 0.18 0.18 0.29 0.95 0.36
O3' 0.24 0.18 0.03 0.01 0.25 0.04 0.30 0.18 0.23 0.10 0.19 0.30 0.31 0.09 0.00 0.15 0.42 0.59 0.27 0.28
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.04 0.18 0.15 0.00 0.11 0.08 0.58 0.24
O5' 0.19 0.42 0.28 0.37 0.65 0.02 0.71 0.00 0.62 0.42 0.54 0.71 0.30 0.18 0.42 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.13 0.62 0.28 0.18 1.18 0.33 1.26 0.34 0.93 0.57 0.91 1.37 0.40 0.29 0.59 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.78 0.97 0.98 0.42 1.19 0.36 1.20 0.33 1.05 0.94 1.09 1.28 0.88 0.95 0.27 0.58 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.39 0.65 0.50 0.18 1.01 0.08 1.08 0.02 0.90 0.65 0.83 1.11 0.49 0.36 0.28 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.59 1.02 0.26 0.88 1.59 1.03 1.34 1.02 1.01 0.83 1.45 0.81 0.29 1.45 1.84 0.85 0.85 1.02 1.05 0.94
C2 0.48 0.90 0.18 0.55 1.77 0.68 1.59 0.63 1.16 0.80 1.42 0.64 0.22 1.20 2.08 0.65 0.71 0.84 1.25 0.92
C2' 0.55 0.94 0.27 0.91 1.49 1.05 1.25 1.06 0.93 0.75 1.35 0.76 0.38 1.45 1.76 0.82 0.85 1.03 0.99 0.92
C3' 0.53 0.96 0.30 0.80 1.35 0.99 1.09 1.02 0.82 0.73 1.29 0.88 0.51 1.27 1.57 0.74 0.81 0.99 0.90 0.87
C4 0.44 0.82 0.22 0.23 1.60 0.37 1.60 0.44 1.20 0.78 1.20 0.78 0.30 0.86 1.80 0.49 0.81 0.96 1.44 1.08
C4' 0.62 1.01 0.28 1.01 1.29 1.21 1.03 1.28 0.81 0.76 1.30 0.98 0.39 1.43 1.49 0.94 1.06 1.31 1.07 1.14
C5 0.43 0.76 0.20 0.35 1.36 0.43 1.35 0.43 1.07 0.74 1.09 0.60 0.26 0.94 1.48 0.47 0.68 0.78 1.16 0.88
C5' 0.61 0.94 0.30 1.06 1.05 1.25 0.82 1.39 0.69 0.69 1.12 1.01 0.44 1.37 1.18 0.94 1.20 1.47 1.20 1.30
C6 0.48 0.87 0.19 0.62 1.40 0.70 1.28 0.65 1.01 0.77 1.22 0.61 0.25 1.22 1.55 0.61 0.68 0.77 1.02 0.81
N1 0.51 0.94 0.20 0.68 1.61 0.81 1.42 0.75 1.07 0.80 1.39 0.66 0.24 1.30 1.85 0.71 0.72 0.84 1.08 0.86
N3 0.45 0.85 0.19 0.35 1.76 0.48 1.67 0.48 1.22 0.79 1.33 0.72 0.26 1.01 2.08 0.55 0.77 0.93 1.43 1.05
N4 0.48 0.91 0.29 0.13 1.55 0.32 1.64 0.56 1.25 0.80 1.20 1.02 0.40 0.63 1.75 0.49 1.01 1.23 1.72 1.34
O2 0.50 0.92 0.18 0.60 1.84 0.76 1.63 0.71 1.17 0.81 1.48 0.65 0.22 1.26 2.22 0.71 0.73 0.87 1.26 0.94
O2' 0.58 0.98 0.30 0.98 1.59 1.12 1.33 1.14 0.97 0.78 1.42 0.79 0.36 1.50 1.91 0.89 0.91 1.13 1.05 0.99
O3' 0.47 0.89 0.31 0.80 1.29 0.99 1.01 1.03 0.73 0.64 1.22 0.80 0.49 1.20 1.53 0.72 0.83 1.03 0.89 0.88
O4' 0.67 1.10 0.34 0.99 1.46 1.17 1.22 1.20 0.97 0.87 1.43 0.98 0.37 1.50 1.65 0.96 1.01 1.22 1.09 1.09
O5' 0.58 0.66 0.53 1.25 0.66 1.34 0.42 1.44 0.42 0.43 0.80 0.84 0.37 1.56 0.78 0.98 1.25 1.48 1.21 1.32
OP1 1.12 0.55 1.62 2.09 0.60 2.14 0.86 2.46 1.05 0.84 0.58 0.60 1.46 1.98 0.60 1.52 2.28 2.72 2.25 2.41
OP2 0.60 0.34 1.02 1.35 0.48 1.10 0.69 1.33 0.76 0.52 0.41 0.48 1.02 1.29 0.48 0.71 1.48 1.69 1.81 1.63
P 0.85 0.18 1.20 1.79 0.21 1.69 0.55 1.87 0.75 0.54 0.24 0.38 1.01 1.87 0.19 1.18 1.81 2.07 1.87 1.91

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.23 0.02 0.01 0.19 0.15 0.29 0.22
C2 0.03 0.00 0.12 0.14 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.15 0.00 0.12 0.26 0.16 0.38 0.25
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.12 0.17 0.14 0.04 0.10 0.20 0.00 0.03 0.07 0.02 0.34 0.39 0.57 0.45
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.26 0.00 0.28 0.01 0.26 0.17 0.21 0.06 0.01 0.01 0.28 0.02 0.16 0.29 0.34 0.24
C4 0.02 0.01 0.07 0.26 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.08 0.01 0.03 0.34 0.36 0.59 0.39
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.15 0.06 0.05 0.13 0.24 0.01 0.07 0.00 0.03 0.14 0.13 0.08
C5 0.03 0.01 0.12 0.28 0.01 0.13 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.37 0.16 0.01 0.06 0.37 0.42 0.60 0.44
C5' 0.06 0.10 0.17 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.13 0.06 0.09 0.17 0.08 0.16 0.07 0.02 0.01 0.10 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.26 0.01 0.15 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.12 0.02 0.10 0.34 0.33 0.46 0.37
N1 0.02 0.01 0.04 0.17 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.07 0.02 0.02 0.26 0.17 0.35 0.26
N3 0.02 0.00 0.10 0.21 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.06 0.01 0.09 0.30 0.24 0.48 0.31
O2 0.04 0.01 0.20 0.06 0.01 0.13 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.29 0.01 0.20 0.23 0.14 0.32 0.21
O2' 0.03 0.17 0.00 0.01 0.31 0.24 0.37 0.08 0.33 0.18 0.23 0.22 0.00 0.08 0.32 0.17 0.25 0.33 0.65 0.40
O3' 0.23 0.15 0.03 0.01 0.08 0.01 0.16 0.16 0.12 0.07 0.06 0.29 0.08 0.00 0.11 0.16 0.24 0.45 0.38 0.29
O4 0.02 0.00 0.07 0.28 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.32 0.11 0.00 0.04 0.36 0.41 0.65 0.43
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.10 0.02 0.09 0.20 0.17 0.16 0.04 0.00 0.17 0.05 0.21 0.18
O5' 0.19 0.26 0.34 0.16 0.34 0.03 0.37 0.01 0.34 0.26 0.30 0.23 0.25 0.24 0.36 0.17 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.15 0.16 0.39 0.29 0.36 0.14 0.42 0.10 0.33 0.17 0.24 0.14 0.33 0.45 0.41 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.38 0.57 0.34 0.59 0.13 0.60 0.03 0.46 0.35 0.48 0.32 0.65 0.38 0.65 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.25 0.45 0.24 0.39 0.08 0.44 0.02 0.37 0.26 0.31 0.21 0.40 0.29 0.43 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00