ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54183

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.001, 0.018, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N3 A 0, -0.006, 0.012, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.012 std_dev=0.018
C1' A 0, -0.006, 0.023, 0.052, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.023 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.004, 0.037, 0.071, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.037 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.001, 0.042, 0.082, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.042 std_dev=0.040
O4' A 0, -0.055, 0.208, 0.471, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.208 std_dev=0.263
C2' A 0, -0.003, 0.263, 0.529, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.263 std_dev=0.266
C4' A 0, -0.064, 0.275, 0.614, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.275 std_dev=0.339
C2' B 0, 0.373, 0.774, 1.176, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.774 std_dev=0.402
O2' A 0, -0.117, 0.508, 1.134, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.508 std_dev=0.626
O2' B 0, 0.472, 1.205, 1.937, 1.844 max_d=1.844 avg_d=1.205 std_dev=0.733
C5' A 0, -0.186, 0.660, 1.506, 2.333 max_d=2.333 avg_d=0.660 std_dev=0.846
O5' A 0, 0.161, 1.009, 1.857, 2.578 max_d=2.578 avg_d=1.009 std_dev=0.848
C3' A 0, -0.232, 0.627, 1.485, 2.329 max_d=2.329 avg_d=0.627 std_dev=0.858
C3' B 0, 0.540, 1.586, 2.631, 2.499 max_d=2.499 avg_d=1.586 std_dev=1.046
C1' B 0, 0.953, 2.167, 3.381, 3.768 max_d=3.768 avg_d=2.167 std_dev=1.214
O3' B 0, 1.282, 2.576, 3.870, 3.450 max_d=3.450 avg_d=2.576 std_dev=1.294
P A 0, 0.354, 1.785, 3.216, 4.393 max_d=4.393 avg_d=1.785 std_dev=1.431
O3' A 0, -0.370, 1.131, 2.632, 4.104 max_d=4.104 avg_d=1.131 std_dev=1.501
OP2 A 0, 0.983, 2.777, 4.572, 5.667 max_d=5.667 avg_d=2.777 std_dev=1.795
N1 B 0, 1.315, 3.131, 4.947, 5.691 max_d=5.691 avg_d=3.131 std_dev=1.816
OP1 A 0, -0.531, 1.367, 3.266, 5.133 max_d=5.133 avg_d=1.367 std_dev=1.899
O4' B 0, 1.981, 3.967, 5.952, 5.056 max_d=5.056 avg_d=3.967 std_dev=1.985
C4' B 0, 1.584, 3.659, 5.734, 5.258 max_d=5.258 avg_d=3.659 std_dev=2.075
C2 B 0, 0.451, 2.631, 4.811, 6.647 max_d=6.647 avg_d=2.631 std_dev=2.180
O2 B 0, -0.655, 1.763, 4.182, 6.562 max_d=6.562 avg_d=1.763 std_dev=2.418
C6 B 0, 2.476, 5.039, 7.601, 7.199 max_d=7.199 avg_d=5.039 std_dev=2.563
N3 B 0, 1.484, 4.171, 6.859, 8.481 max_d=8.481 avg_d=4.171 std_dev=2.687
C5' B 0, 2.055, 5.081, 8.107, 7.491 max_d=7.491 avg_d=5.081 std_dev=3.026
O5' B 0, 2.703, 5.790, 8.876, 7.992 max_d=7.992 avg_d=5.790 std_dev=3.086
C4 B 0, 2.760, 6.030, 9.300, 9.966 max_d=9.966 avg_d=6.030 std_dev=3.270
C5 B 0, 3.150, 6.454, 9.759, 9.425 max_d=9.425 avg_d=6.454 std_dev=3.304
O4 B 0, 3.381, 7.311, 11.241, 11.894 max_d=11.894 avg_d=7.311 std_dev=3.930
P B 0, 3.912, 8.194, 12.476, 11.092 max_d=11.092 avg_d=8.194 std_dev=4.282
OP2 B 0, 4.371, 9.077, 13.784, 12.218 max_d=12.218 avg_d=9.077 std_dev=4.707
OP1 B 0, 4.342, 9.135, 13.928, 12.499 max_d=12.499 avg_d=9.135 std_dev=4.793

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.08 0.02 0.32 0.01 0.05 0.12 0.90 0.41
C2 0.05 0.00 0.01 0.12 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.35 0.23 0.07 0.24 0.21 0.91 0.37
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.12 0.17 0.12 0.05 0.03 0.09 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.29 1.04 0.53
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.37 0.00 0.47 0.01 0.44 0.22 0.23 0.40 0.06 0.01 0.00 0.01 0.30 0.22 0.33 0.04
C4 0.04 0.01 0.08 0.37 0.00 0.20 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.06 0.05 0.43 0.16 0.53 0.17
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.20 0.00 0.24 0.01 0.23 0.13 0.14 0.21 0.05 0.26 0.01 0.01 0.03 0.21 0.44 0.13
C5 0.02 0.01 0.12 0.47 0.00 0.24 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.19 0.03 0.50 0.13 0.33 0.11
C5' 0.02 0.10 0.17 0.01 0.28 0.01 0.37 0.00 0.34 0.16 0.17 0.31 0.01 0.06 0.18 0.03 0.00 0.30 0.24 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.44 0.01 0.23 0.00 0.34 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.14 0.02 0.44 0.11 0.44 0.12
N1 0.03 0.01 0.05 0.22 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.12 0.05 0.25 0.12 0.79 0.31
N3 0.05 0.00 0.03 0.23 0.00 0.14 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.36 0.12 0.07 0.33 0.22 0.78 0.30
N4 0.04 0.01 0.09 0.40 0.00 0.21 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.10 0.05 0.47 0.17 0.43 0.14
O2 0.08 0.00 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.45 0.42 0.11 0.15 0.26 1.06 0.46
O2' 0.02 0.35 0.00 0.01 0.27 0.26 0.14 0.06 0.06 0.16 0.36 0.29 0.45 0.00 0.04 0.18 0.11 0.15 1.05 0.44
O3' 0.32 0.23 0.01 0.00 0.06 0.01 0.19 0.18 0.14 0.12 0.12 0.10 0.42 0.04 0.00 0.21 0.40 0.55 0.17 0.27
O4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.11 0.18 0.21 0.00 0.07 0.04 0.75 0.35
O5' 0.05 0.24 0.03 0.30 0.43 0.03 0.50 0.00 0.44 0.25 0.33 0.47 0.15 0.11 0.40 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.12 0.21 0.29 0.22 0.16 0.21 0.13 0.30 0.11 0.12 0.22 0.17 0.26 0.15 0.55 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.90 0.91 1.04 0.33 0.53 0.44 0.33 0.24 0.44 0.79 0.78 0.43 1.06 1.05 0.17 0.75 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.41 0.37 0.53 0.04 0.17 0.13 0.11 0.01 0.12 0.31 0.30 0.14 0.46 0.44 0.27 0.35 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.44 0.17 0.28 0.88 0.14 1.00 0.29 0.79 0.47 0.62 0.41 0.41 0.65 0.99 0.22 0.71 1.01 0.93 0.98
C2 0.20 0.36 0.18 0.09 0.99 0.43 1.07 0.50 0.79 0.43 0.65 0.12 0.25 0.56 1.14 0.44 0.61 0.94 0.67 0.83
C2' 0.21 0.38 0.30 0.29 0.95 0.27 1.14 0.59 0.94 0.52 0.61 0.20 0.64 0.62 1.05 0.30 1.00 1.41 1.26 1.34
C3' 0.44 0.55 0.76 0.30 0.92 0.33 1.09 0.71 0.97 0.65 0.69 0.47 1.23 0.19 0.98 0.38 1.12 1.38 1.38 1.43
C4 0.47 0.39 0.18 0.20 0.84 0.87 0.84 0.93 0.66 0.46 0.61 0.17 0.13 0.38 0.94 0.94 0.73 0.88 0.63 0.87
C4' 0.27 0.35 0.28 0.19 0.68 0.38 0.82 0.58 0.70 0.42 0.47 0.31 0.77 0.42 0.75 0.50 0.89 1.03 1.15 1.15
C5 0.31 0.27 0.16 0.21 0.62 0.78 0.64 0.79 0.49 0.28 0.46 0.20 0.15 0.36 0.69 0.74 0.59 0.72 0.46 0.69
C5' 0.14 0.18 0.37 0.08 0.46 0.37 0.58 0.54 0.49 0.26 0.28 0.15 0.88 0.37 0.52 0.43 0.73 0.76 0.96 0.93
C6 0.10 0.37 0.16 0.08 0.70 0.40 0.75 0.42 0.58 0.33 0.53 0.38 0.28 0.47 0.78 0.27 0.46 0.67 0.46 0.61
N1 0.08 0.35 0.16 0.13 0.86 0.25 0.95 0.33 0.73 0.39 0.58 0.28 0.32 0.57 0.97 0.17 0.57 0.86 0.66 0.78
N3 0.39 0.43 0.18 0.11 1.01 0.69 1.02 0.76 0.77 0.49 0.70 0.19 0.14 0.48 1.16 0.76 0.67 0.92 0.64 0.86
N4 0.68 0.52 0.20 0.32 0.84 1.09 0.82 1.20 0.72 0.61 0.68 0.35 0.21 0.30 0.94 1.26 0.95 1.03 0.87 1.10
O2 0.19 0.38 0.18 0.13 1.07 0.33 1.16 0.44 0.85 0.46 0.69 0.13 0.29 0.61 1.26 0.37 0.65 1.06 0.79 0.93
O2' 0.22 0.36 0.26 0.31 0.97 0.28 1.17 0.65 0.95 0.52 0.60 0.12 0.52 0.60 1.09 0.33 1.07 1.55 1.45 1.48
O3' 0.44 0.46 0.81 0.43 0.88 0.53 1.09 0.98 1.00 0.64 0.60 0.31 1.25 0.08 0.93 0.56 1.36 1.71 1.77 1.80
O4' 0.53 0.69 0.21 0.39 0.88 0.40 0.92 0.35 0.77 0.63 0.76 0.73 0.37 0.67 0.96 0.56 0.69 0.81 0.90 0.89
O5' 0.07 0.12 0.39 0.09 0.34 0.42 0.42 0.50 0.35 0.16 0.21 0.17 0.94 0.41 0.39 0.39 0.55 0.58 0.63 0.67
OP1 0.29 0.13 0.07 0.35 0.16 0.58 0.22 0.67 0.23 0.19 0.11 0.13 0.26 0.38 0.17 0.50 0.54 0.61 0.57 0.61
OP2 0.47 0.73 0.82 0.34 0.84 0.12 0.80 0.16 0.73 0.67 0.80 0.68 0.89 0.13 0.86 0.22 0.42 0.28 0.58 0.42
P 0.14 0.18 0.35 0.17 0.23 0.30 0.23 0.23 0.17 0.14 0.20 0.23 0.60 0.48 0.25 0.25 0.15 0.18 0.26 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.23 0.03 0.01 0.05 0.18 0.13 0.04
C2 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.22 0.01 0.03 0.05 0.26 0.31 0.06
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.14 0.15 0.16 0.03 0.05 0.22 0.00 0.04 0.07 0.02 0.25 0.31 0.29 0.27
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.01 0.14 0.09 0.11 0.09 0.02 0.01 0.14 0.01 0.06 0.12 0.08 0.07
C4 0.03 0.01 0.06 0.14 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.10 0.00 0.06 0.12 0.30 0.50 0.14
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.06 0.04 0.02 0.16 0.04 0.09 0.01 0.03 0.06 0.09 0.04
C5 0.02 0.02 0.14 0.16 0.01 0.12 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.07 0.01 0.11 0.14 0.29 0.50 0.15
C5' 0.02 0.03 0.15 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.11 0.05 0.05 0.02 0.03 0.18 0.10 0.04 0.00 0.08 0.17 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.14 0.01 0.12 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.05 0.01 0.12 0.11 0.26 0.38 0.11
N1 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.14 0.02 0.03 0.06 0.24 0.27 0.06
N3 0.03 0.00 0.05 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.17 0.01 0.02 0.08 0.28 0.41 0.09
O2 0.04 0.00 0.22 0.09 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.30 0.01 0.08 0.04 0.25 0.25 0.04
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.27 0.16 0.34 0.03 0.31 0.14 0.15 0.22 0.00 0.07 0.29 0.12 0.22 0.31 0.37 0.26
O3' 0.23 0.22 0.04 0.01 0.10 0.04 0.07 0.18 0.05 0.14 0.17 0.30 0.07 0.00 0.10 0.14 0.18 0.33 0.18 0.22
O4 0.03 0.01 0.07 0.14 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.10 0.00 0.07 0.13 0.31 0.55 0.16
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.11 0.04 0.12 0.03 0.02 0.08 0.12 0.14 0.07 0.00 0.06 0.19 0.11 0.10
O5' 0.05 0.05 0.25 0.06 0.12 0.03 0.14 0.00 0.11 0.06 0.08 0.04 0.22 0.18 0.13 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.18 0.26 0.31 0.12 0.30 0.06 0.29 0.08 0.26 0.24 0.28 0.25 0.31 0.33 0.31 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.31 0.29 0.08 0.50 0.09 0.50 0.17 0.38 0.27 0.41 0.25 0.37 0.18 0.55 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.27 0.07 0.14 0.04 0.15 0.02 0.11 0.06 0.09 0.04 0.26 0.22 0.16 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00