ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54185

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.004, 0.030, 0.055, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.030 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.007, 0.033, 0.060, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.033 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.019, 0.047, 0.075, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.047 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.011, 0.044, 0.076, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.044 std_dev=0.033
O2' B 0, 0.235, 0.578, 0.920, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.578 std_dev=0.342
C2' B 0, 0.198, 0.569, 0.941, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.569 std_dev=0.372
C2' A 0, -0.155, 0.659, 1.473, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.659 std_dev=0.814
O4' A 0, -0.129, 0.695, 1.520, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.695 std_dev=0.824
O2' A 0, -0.171, 0.709, 1.588, 2.216 max_d=2.216 avg_d=0.709 std_dev=0.880
C1' B 0, 0.725, 1.726, 2.728, 2.416 max_d=2.416 avg_d=1.726 std_dev=1.001
C4' A 0, -0.245, 1.029, 2.303, 3.212 max_d=3.212 avg_d=1.029 std_dev=1.274
O5' B 0, 0.556, 1.890, 3.224, 3.167 max_d=3.167 avg_d=1.890 std_dev=1.334
C3' A 0, -0.256, 1.078, 2.413, 3.365 max_d=3.365 avg_d=1.078 std_dev=1.334
P B 0, 0.986, 2.337, 3.689, 3.193 max_d=3.193 avg_d=2.337 std_dev=1.352
C3' B 0, 0.927, 2.391, 3.855, 3.588 max_d=3.588 avg_d=2.391 std_dev=1.464
O4' B 0, 1.039, 2.576, 4.113, 3.806 max_d=3.806 avg_d=2.576 std_dev=1.537
N1 B 0, 1.202, 2.860, 4.518, 4.062 max_d=4.062 avg_d=2.860 std_dev=1.658
OP1 B 0, 1.230, 2.941, 4.651, 4.124 max_d=4.124 avg_d=2.941 std_dev=1.710
OP2 B 0, 0.345, 2.094, 3.844, 4.856 max_d=4.856 avg_d=2.094 std_dev=1.750
C4' B 0, 0.977, 2.851, 4.726, 4.572 max_d=4.572 avg_d=2.851 std_dev=1.874
O5' A 0, 0.398, 2.295, 4.193, 5.278 max_d=5.278 avg_d=2.295 std_dev=1.898
O3' A 0, -0.376, 1.554, 3.485, 4.864 max_d=4.864 avg_d=1.554 std_dev=1.931
C5' A 0, -0.344, 1.713, 3.771, 5.230 max_d=5.230 avg_d=1.713 std_dev=2.057
C6 B 0, 1.323, 3.390, 5.457, 5.607 max_d=5.607 avg_d=3.390 std_dev=2.067
OP1 A 0, -0.035, 2.094, 4.223, 5.653 max_d=5.653 avg_d=2.094 std_dev=2.129
O2 B 0, 1.389, 3.525, 5.662, 5.251 max_d=5.251 avg_d=3.525 std_dev=2.136
P A 0, 0.595, 2.767, 4.939, 6.092 max_d=6.092 avg_d=2.767 std_dev=2.172
O3' B 0, 1.609, 3.818, 6.026, 5.205 max_d=5.205 avg_d=3.818 std_dev=2.208
C2 B 0, 1.627, 3.885, 6.143, 5.396 max_d=5.396 avg_d=3.885 std_dev=2.258
C5' B 0, 0.759, 3.062, 5.364, 5.325 max_d=5.325 avg_d=3.062 std_dev=2.302
OP2 A 0, 1.132, 3.581, 6.029, 6.914 max_d=6.914 avg_d=3.581 std_dev=2.448
C5 B 0, 2.039, 5.039, 8.039, 7.917 max_d=7.917 avg_d=5.039 std_dev=3.000
N3 B 0, 2.327, 5.521, 8.714, 7.531 max_d=7.531 avg_d=5.521 std_dev=3.193
C4 B 0, 2.631, 6.249, 9.867, 8.771 max_d=8.771 avg_d=6.249 std_dev=3.618
O4 B 0, 3.325, 7.882, 12.439, 10.913 max_d=10.913 avg_d=7.882 std_dev=4.557

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.31 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.24 0.05 0.01 0.26 0.01 0.58 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.27 0.13 0.29 0.42 0.50 0.26 0.34
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.05 0.02 0.12 0.03 0.20 0.01 0.20 0.06 0.40 0.00 0.03 0.02 0.14 0.67 0.36 0.35
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.20 0.06 0.03 0.09 0.14 0.01 0.01 0.02 0.22 0.76 0.45 0.48
C4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.23 0.00 0.54 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.04 0.06 0.46 0.44 0.32 0.36
C4' 0.01 0.26 0.02 0.00 0.23 0.00 0.11 0.00 0.04 0.13 0.29 0.25 0.30 0.04 0.01 0.00 0.02 0.31 0.06 0.11
C5 0.02 0.01 0.12 0.17 0.00 0.11 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.19 0.15 0.27 0.32 0.26 0.19
C5' 0.09 0.58 0.03 0.01 0.54 0.00 0.31 0.00 0.15 0.31 0.65 0.60 0.63 0.04 0.07 0.01 0.01 0.09 0.05 0.02
C6 0.03 0.00 0.20 0.20 0.01 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.22 0.25 0.12 0.29 0.20 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.21 0.39 0.17 0.17
N3 0.01 0.01 0.20 0.03 0.00 0.29 0.00 0.65 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.10 0.24 0.52 0.52 0.33 0.41
N4 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.25 0.01 0.60 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.05 0.07 0.52 0.46 0.38 0.41
O2 0.04 0.00 0.40 0.14 0.01 0.30 0.01 0.63 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.46 0.26 0.48 0.44 0.54 0.27 0.38
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.09 0.04 0.09 0.04 0.15 0.03 0.24 0.10 0.46 0.00 0.03 0.07 0.07 0.67 0.32 0.31
O3' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.04 0.01 0.19 0.07 0.22 0.03 0.10 0.05 0.26 0.03 0.00 0.02 0.27 1.04 0.65 0.67
O4' 0.01 0.29 0.02 0.02 0.06 0.00 0.15 0.01 0.25 0.02 0.24 0.07 0.48 0.07 0.02 0.00 0.30 0.04 0.34 0.27
O5' 0.04 0.42 0.14 0.22 0.46 0.02 0.27 0.01 0.12 0.21 0.52 0.52 0.44 0.07 0.27 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.31 0.50 0.67 0.76 0.44 0.31 0.32 0.09 0.29 0.39 0.52 0.46 0.54 0.67 1.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.26 0.36 0.45 0.32 0.06 0.26 0.05 0.20 0.17 0.33 0.38 0.27 0.32 0.65 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.34 0.35 0.48 0.36 0.11 0.19 0.02 0.08 0.17 0.41 0.41 0.38 0.31 0.67 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.71 0.23 0.34 1.51 0.25 1.44 0.41 1.05 0.66 1.13 0.61 0.16 0.75 1.78 0.11 0.65 0.75 1.37 1.06
C2 0.22 0.72 0.15 0.30 1.39 0.26 1.23 0.04 0.89 0.62 1.16 0.41 0.14 0.75 1.63 0.21 0.30 0.23 0.93 0.62
C2' 0.47 0.88 0.55 0.43 1.73 0.39 1.82 0.78 1.43 0.92 1.25 0.87 0.32 0.50 1.96 0.44 1.16 1.42 2.06 1.68
C3' 0.33 0.98 0.41 0.48 1.24 0.31 1.24 0.65 0.98 0.68 1.19 1.25 0.26 0.65 1.41 0.19 0.97 1.25 1.82 1.44
C4 0.15 0.67 0.08 0.44 1.00 0.45 0.83 0.33 0.59 0.47 0.96 0.54 0.15 0.87 1.15 0.28 0.15 0.27 0.46 0.24
C4' 0.34 0.93 0.20 0.54 1.11 0.48 0.93 0.54 0.64 0.57 1.13 1.13 0.17 0.93 1.30 0.25 0.54 0.68 1.17 0.87
C5 0.14 0.57 0.14 0.27 0.89 0.23 0.81 0.08 0.62 0.48 0.80 0.34 0.14 0.66 0.97 0.13 0.20 0.08 0.61 0.39
C5' 0.53 1.16 0.28 0.68 1.34 0.68 0.98 0.68 0.72 0.78 1.42 1.23 0.20 1.05 1.52 0.52 0.39 0.39 0.59 0.46
C6 0.19 0.61 0.22 0.22 1.13 0.15 1.09 0.22 0.86 0.59 0.91 0.35 0.14 0.60 1.23 0.10 0.46 0.38 0.98 0.73
N1 0.22 0.70 0.21 0.25 1.39 0.16 1.30 0.21 0.97 0.65 1.11 0.44 0.14 0.67 1.59 0.13 0.48 0.47 1.11 0.82
N3 0.19 0.71 0.10 0.41 1.22 0.43 1.02 0.27 0.72 0.53 1.10 0.47 0.15 0.85 1.42 0.29 0.15 0.14 0.64 0.35
N4 0.11 0.72 0.08 0.61 0.91 0.66 0.66 0.60 0.42 0.39 0.96 0.77 0.18 1.05 1.06 0.38 0.34 0.62 0.20 0.26
O2 0.24 0.74 0.16 0.30 1.51 0.26 1.33 0.03 0.95 0.64 1.22 0.44 0.14 0.77 1.81 0.23 0.34 0.31 1.03 0.69
O2' 0.52 0.95 0.60 0.49 1.97 0.51 2.07 0.95 1.60 1.02 1.39 0.84 0.31 0.53 2.30 0.55 1.34 1.70 2.34 1.95
O3' 0.41 1.15 0.55 0.61 1.38 0.43 1.34 0.87 1.08 0.78 1.43 1.45 0.37 0.63 1.59 0.30 1.26 1.70 2.27 1.82
O4' 0.41 0.65 0.36 0.66 0.99 0.61 0.87 0.51 0.54 0.42 0.84 0.83 0.48 1.10 1.23 0.38 0.30 0.32 0.84 0.57
O5' 0.49 1.02 0.26 0.65 1.14 0.62 0.86 0.63 0.66 0.71 1.21 1.05 0.17 0.99 1.25 0.47 0.38 0.35 0.52 0.41
OP1 0.51 1.20 0.27 0.84 1.66 0.88 1.28 0.98 0.88 0.84 1.58 1.12 0.18 1.20 1.92 0.59 0.64 0.63 0.64 0.65
OP2 0.64 1.11 0.30 0.48 1.37 0.49 1.24 0.54 1.06 0.98 1.30 0.96 0.44 0.68 1.42 0.54 0.32 0.35 0.14 0.22
P 0.60 1.09 0.37 0.83 1.36 0.83 1.10 0.86 0.85 0.84 1.34 1.03 0.27 1.16 1.49 0.64 0.55 0.47 0.35 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.14 0.03 0.00 0.05 0.13 0.11 0.10
C2 0.02 0.00 0.10 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.05 0.06 0.35 0.12 0.19
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.12 0.09 0.14 0.02 0.06 0.22 0.00 0.01 0.06 0.01 0.18 0.25 0.21 0.20
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.06 0.05 0.10 0.12 0.00 0.00 0.10 0.01 0.04 0.28 0.01 0.05
C4 0.03 0.02 0.05 0.09 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.17 0.08 0.00 0.02 0.10 0.55 0.10 0.23
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.12 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.19 0.03
C5 0.03 0.01 0.12 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.08 0.01 0.04 0.10 0.55 0.09 0.24
C5' 0.02 0.02 0.09 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.09 0.02 0.01 0.00 0.17 0.18 0.01
C6 0.03 0.00 0.14 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.08 0.02 0.06 0.08 0.43 0.09 0.22
N1 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.01 0.06 0.31 0.11 0.18
N3 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.01 0.04 0.08 0.46 0.11 0.22
O2 0.04 0.01 0.22 0.12 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.19 0.08 0.04 0.07 0.04 0.29 0.14 0.18
O2' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.17 0.12 0.24 0.03 0.22 0.09 0.06 0.19 0.00 0.03 0.18 0.08 0.15 0.33 0.19 0.18
O3' 0.14 0.08 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.03 0.00 0.08 0.09 0.07 0.28 0.08 0.05
O4 0.03 0.02 0.06 0.10 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.18 0.08 0.00 0.02 0.11 0.60 0.10 0.24
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04 0.07 0.08 0.09 0.02 0.00 0.09 0.16 0.30 0.16
O5' 0.05 0.06 0.18 0.04 0.10 0.01 0.10 0.00 0.08 0.06 0.08 0.04 0.15 0.07 0.11 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.35 0.25 0.28 0.55 0.11 0.55 0.17 0.43 0.31 0.46 0.29 0.33 0.28 0.60 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.12 0.21 0.01 0.10 0.19 0.09 0.18 0.09 0.11 0.11 0.14 0.19 0.08 0.10 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.19 0.20 0.05 0.23 0.03 0.24 0.01 0.22 0.18 0.22 0.18 0.18 0.05 0.24 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00