Doublet Group distance statistics: 54186

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C5	A	0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C6	A	0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.001, 0.017, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N1	A	0, 0.002, 0.017, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.015
O2	A	0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.022
N4	A	0, 0.002, 0.029, 0.057, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.027
C1'	B	0, 0.050, 0.201, 0.352, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.201 std_dev=0.151
N1	B	0, 0.041, 0.197, 0.352, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.197 std_dev=0.155
C2'	A	0, 0.009, 0.171, 0.334, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.171 std_dev=0.163
O4'	A	0, -0.020, 0.161, 0.341, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.161 std_dev=0.180
O3'	B	0, 0.067, 0.258, 0.449, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.258 std_dev=0.191
C4	B	0, 0.074, 0.267, 0.460, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.267 std_dev=0.193
C4'	A	0, -0.003, 0.248, 0.500, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.248 std_dev=0.252
O2'	A	0, 0.004, 0.269, 0.533, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.269 std_dev=0.264
O4	B	0, 0.083, 0.357, 0.630, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.357 std_dev=0.273
C3'	A	0, 0.015, 0.293, 0.570, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.293 std_dev=0.277
C2'	B	0, 0.074, 0.361, 0.649, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.361 std_dev=0.288
C3'	B	0, 0.071, 0.388, 0.705, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.388 std_dev=0.317
O5'	A	0, 0.041, 0.377, 0.712, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.377 std_dev=0.336
O3'	A	0, 0.041, 0.401, 0.760, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.401 std_dev=0.360
O4'	B	0, 0.041, 0.407, 0.774, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.407 std_dev=0.367
P	A	0, 0.064, 0.456, 0.848, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.456 std_dev=0.392
O2'	B	0, 0.040, 0.442, 0.844, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.442 std_dev=0.402
C5'	A	0, -0.010, 0.421, 0.852, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.421 std_dev=0.431
C4'	B	0, 0.056, 0.577, 1.097, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.577 std_dev=0.520
C5	B	0, 0.103, 0.653, 1.202, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.653 std_dev=0.549
C2	B	0, 0.038, 0.596, 1.154, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.596 std_dev=0.558
C6	B	0, 0.094, 0.662, 1.230, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.662 std_dev=0.568
OP1	A	0, 0.053, 0.628, 1.203, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.628 std_dev=0.575
N3	B	0, 0.050, 0.630, 1.210, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.630 std_dev=0.580
OP2	A	0, 0.073, 0.653, 1.233, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.653 std_dev=0.580
C5'	B	0, 0.063, 0.883, 1.703, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.883 std_dev=0.820
O2	B	0, 0.013, 1.054, 2.096, 2.296 max_d=2.296 avg_d=1.054 std_dev=1.042
O5'	B	0, 0.075, 1.898, 3.722, 4.080 max_d=4.080 avg_d=1.898 std_dev=1.823
P	B	0, 0.118, 2.718, 5.318, 5.489 max_d=5.489 avg_d=2.718 std_dev=2.600
OP1	B	0, 0.114, 3.179, 6.244, 6.371 max_d=6.371 avg_d=3.179 std_dev=3.065
OP2	B	0, 0.133, 3.614, 7.096, 7.142 max_d=7.142 avg_d=3.614 std_dev=3.481

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.03	0.01	0.03	0.10	0.07	0.06
C2	0.02	0.00	0.06	0.07	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.10	0.07	0.02	0.08	0.13	0.12	0.10
C2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.02	0.03	0.04	0.01	0.05	0.02	0.05	0.02	0.11	0.01	0.04	0.02	0.03	0.03	0.16	0.05
C3'	0.01	0.07	0.01	0.00	0.10	0.00	0.13	0.01	0.13	0.06	0.08	0.11	0.09	0.01	0.01	0.01	0.05	0.05	0.18	0.08
C4	0.02	0.00	0.02	0.10	0.00	0.08	0.01	0.10	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.05	0.12	0.05	0.12	0.22	0.16	0.15
C4'	0.01	0.03	0.03	0.00	0.08	0.00	0.10	0.01	0.09	0.04	0.06	0.09	0.03	0.08	0.02	0.01	0.01	0.06	0.07	0.02
C5	0.02	0.01	0.04	0.13	0.01	0.10	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.15	0.07	0.13	0.22	0.13	0.15
C5'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.10	0.01	0.11	0.00	0.08	0.04	0.08	0.12	0.04	0.08	0.01	0.01	0.01	0.05	0.07	0.02
C6	0.02	0.01	0.05	0.13	0.01	0.09	0.01	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.14	0.06	0.08	0.16	0.05	0.09
N1	0.01	0.00	0.02	0.06	0.02	0.04	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.06	0.02	0.05	0.12	0.08	0.07
N3	0.01	0.00	0.05	0.08	0.00	0.06	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.09	0.09	0.03	0.11	0.18	0.15	0.13
N4	0.02	0.01	0.02	0.11	0.00	0.09	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.13	0.06	0.15	0.25	0.21	0.19
O2	0.04	0.00	0.11	0.09	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.16	0.10	0.04	0.07	0.10	0.14	0.10
O2'	0.01	0.10	0.01	0.01	0.05	0.08	0.01	0.08	0.03	0.03	0.09	0.05	0.16	0.00	0.05	0.04	0.05	0.05	0.17	0.05
O3'	0.03	0.07	0.04	0.01	0.12	0.02	0.15	0.01	0.14	0.06	0.09	0.13	0.10	0.05	0.00	0.02	0.07	0.10	0.23	0.12
O4'	0.01	0.02	0.02	0.01	0.05	0.01	0.07	0.01	0.06	0.02	0.03	0.06	0.04	0.04	0.02	0.00	0.05	0.13	0.01	0.09
O5'	0.03	0.08	0.03	0.05	0.12	0.01	0.13	0.01	0.08	0.05	0.11	0.15	0.07	0.05	0.07	0.05	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.10	0.13	0.03	0.05	0.22	0.06	0.22	0.05	0.16	0.12	0.18	0.25	0.10	0.05	0.10	0.13	0.01	0.00	0.02	0.02
OP2	0.07	0.12	0.16	0.18	0.16	0.07	0.13	0.07	0.05	0.08	0.15	0.21	0.14	0.17	0.23	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01
P	0.06	0.10	0.05	0.08	0.15	0.02	0.15	0.02	0.09	0.07	0.13	0.19	0.10	0.05	0.12	0.09	0.01	0.02	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.08	0.21	0.09	0.23	0.12	0.41	0.20	0.57	0.22	0.09	0.21	0.39	0.16	0.09	0.12	0.24	0.93	1.52	1.42	1.21
C2	0.07	0.24	0.06	0.24	0.11	0.44	0.21	0.58	0.23	0.05	0.25	0.50	0.18	0.14	0.13	0.31	0.66	1.31	0.86	0.86
C2'	0.08	0.20	0.08	0.10	0.14	0.29	0.14	0.42	0.14	0.11	0.20	0.30	0.31	0.04	0.14	0.15	0.75	1.27	1.28	1.03
C3'	0.13	0.20	0.15	0.03	0.16	0.13	0.12	0.23	0.11	0.15	0.20	0.24	0.35	0.11	0.16	0.02	0.60	0.95	1.19	0.86
C4	0.08	0.28	0.08	0.23	0.11	0.42	0.18	0.51	0.20	0.01	0.27	0.60	0.17	0.18	0.13	0.34	0.30	0.91	0.26	0.43
C4'	0.04	0.14	0.03	0.13	0.07	0.23	0.08	0.36	0.09	0.06	0.14	0.23	0.13	0.02	0.08	0.08	0.87	1.23	1.59	1.17
C5	0.05	0.24	0.06	0.23	0.13	0.41	0.20	0.49	0.22	0.07	0.22	0.50	0.15	0.16	0.13	0.31	0.37	0.88	0.41	0.49
C5'	0.04	0.08	0.04	0.10	0.05	0.12	0.05	0.22	0.05	0.05	0.08	0.12	0.04	0.02	0.05	0.04	0.76	0.91	1.55	1.03
C6	0.08	0.22	0.07	0.23	0.14	0.42	0.21	0.53	0.23	0.11	0.21	0.42	0.16	0.11	0.14	0.26	0.64	1.12	0.86	0.80
N1	0.08	0.23	0.07	0.23	0.13	0.43	0.21	0.56	0.23	0.09	0.23	0.45	0.18	0.11	0.14	0.27	0.75	1.33	1.05	0.97
N3	0.08	0.27	0.07	0.23	0.11	0.44	0.19	0.55	0.21	0.02	0.27	0.57	0.18	0.17	0.14	0.34	0.46	1.12	0.50	0.62
N4	0.14	0.32	0.13	0.25	0.09	0.41	0.16	0.48	0.18	0.06	0.30	0.67	0.16	0.21	0.13	0.37	0.09	0.74	0.12	0.24
O2	0.07	0.24	0.06	0.23	0.11	0.44	0.21	0.59	0.24	0.05	0.25	0.49	0.20	0.13	0.13	0.30	0.74	1.45	1.00	0.97
O2'	0.07	0.20	0.06	0.10	0.14	0.29	0.16	0.45	0.15	0.10	0.21	0.32	0.29	0.04	0.15	0.16	0.88	1.46	1.50	1.21
O3'	0.17	0.19	0.21	0.10	0.17	0.06	0.16	0.15	0.16	0.18	0.18	0.19	0.41	0.17	0.17	0.05	0.54	0.85	1.22	0.83
O4'	0.07	0.17	0.13	0.27	0.07	0.38	0.18	0.54	0.21	0.06	0.16	0.34	0.05	0.13	0.07	0.19	1.03	1.52	1.62	1.32
O5'	0.04	0.05	0.01	0.06	0.03	0.07	0.03	0.14	0.03	0.04	0.05	0.06	0.06	0.01	0.04	0.03	0.52	0.59	1.13	0.70
OP1	0.12	0.11	0.11	0.08	0.15	0.22	0.17	0.16	0.17	0.13	0.12	0.08	0.19	0.05	0.16	0.26	0.48	0.23	1.26	0.59
OP2	0.09	0.28	0.08	0.08	0.19	0.13	0.14	0.17	0.14	0.12	0.28	0.43	0.15	0.02	0.21	0.08	0.29	0.34	0.64	0.19
P	0.03	0.07	0.05	0.02	0.06	0.10	0.08	0.08	0.09	0.03	0.07	0.14	0.08	0.01	0.06	0.11	0.32	0.20	0.87	0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.03	0.00	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.06	0.01	0.03	0.03	0.00	0.51	0.47	0.64	0.49
C2	0.03	0.00	0.14	0.07	0.01	0.08	0.01	0.16	0.02	0.02	0.00	0.00	0.29	0.12	0.02	0.14	0.77	0.69	1.18	0.87
C2'	0.00	0.14	0.00	0.01	0.04	0.01	0.11	0.03	0.15	0.01	0.11	0.24	0.00	0.02	0.05	0.00	0.61	0.72	0.56	0.54
C3'	0.01	0.07	0.01	0.00	0.04	0.01	0.09	0.01	0.10	0.02	0.05	0.13	0.01	0.01	0.04	0.01	0.32	0.47	0.19	0.16
C4	0.03	0.01	0.04	0.04	0.00	0.07	0.01	0.17	0.02	0.02	0.01	0.00	0.12	0.07	0.01	0.04	0.98	0.96	1.81	1.24
C4'	0.00	0.08	0.01	0.01	0.07	0.00	0.04	0.00	0.01	0.04	0.09	0.10	0.01	0.03	0.09	0.00	0.01	0.27	0.32	0.04
C5	0.01	0.01	0.11	0.09	0.01	0.04	0.00	0.12	0.01	0.01	0.02	0.01	0.12	0.06	0.02	0.06	0.99	0.98	1.88	1.26
C5'	0.03	0.16	0.03	0.01	0.17	0.00	0.12	0.00	0.08	0.10	0.18	0.16	0.03	0.01	0.19	0.00	0.00	0.36	0.34	0.00
C6	0.01	0.02	0.15	0.10	0.02	0.01	0.01	0.08	0.00	0.01	0.03	0.03	0.17	0.07	0.03	0.11	0.91	0.85	1.55	1.07
N1	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.04	0.01	0.10	0.01	0.00	0.02	0.02	0.04	0.04	0.03	0.02	0.76	0.68	1.14	0.83
N3	0.03	0.00	0.11	0.05	0.01	0.09	0.02	0.18	0.03	0.02	0.00	0.01	0.26	0.11	0.01	0.12	0.89	0.83	1.50	1.07
O2	0.06	0.00	0.24	0.13	0.00	0.10	0.01	0.16	0.03	0.02	0.01	0.00	0.46	0.20	0.01	0.22	0.65	0.59	0.91	0.70
O2'	0.01	0.29	0.00	0.01	0.12	0.01	0.12	0.03	0.17	0.04	0.26	0.46	0.00	0.03	0.14	0.01	0.60	0.77	0.57	0.55
O3'	0.03	0.12	0.02	0.01	0.07	0.03	0.06	0.01	0.07	0.04	0.11	0.20	0.03	0.00	0.08	0.05	0.21	0.30	0.39	0.13
O4	0.03	0.02	0.05	0.04	0.01	0.09	0.02	0.19	0.03	0.03	0.01	0.01	0.14	0.08	0.00	0.06	1.02	1.03	1.96	1.34
O4'	0.00	0.14	0.00	0.01	0.04	0.00	0.06	0.00	0.11	0.02	0.12	0.22	0.01	0.05	0.06	0.00	0.31	0.24	0.40	0.25
O5'	0.51	0.77	0.61	0.32	0.98	0.01	0.99	0.00	0.91	0.76	0.89	0.65	0.60	0.21	1.02	0.31	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.47	0.69	0.72	0.47	0.96	0.27	0.98	0.36	0.85	0.68	0.83	0.59	0.77	0.30	1.03	0.24	0.01	0.00	0.02	0.01
OP2	0.64	1.18	0.56	0.19	1.81	0.32	1.88	0.34	1.55	1.14	1.50	0.91	0.57	0.39	1.96	0.40	0.01	0.02	0.00	0.01
P	0.49	0.87	0.54	0.16	1.24	0.04	1.26	0.00	1.07	0.83	1.07	0.70	0.55	0.13	1.34	0.25	0.00	0.01	0.01	0.00