Doublet Group distance statistics: 54187

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3	A	0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1	A	0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.009
O2	A	0, 0.004, 0.026, 0.049, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.023
N4	A	0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.027 std_dev=0.026
O3'	A	0, 0.054, 0.164, 0.275, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.164 std_dev=0.111
C3'	A	0, -0.017, 0.101, 0.219, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.101 std_dev=0.118
O4'	A	0, -0.018, 0.136, 0.290, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.136 std_dev=0.154
C2'	A	0, -0.015, 0.148, 0.311, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.148 std_dev=0.163
C4'	A	0, 0.015, 0.204, 0.392, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.204 std_dev=0.189
C6	B	0, 0.050, 0.278, 0.507, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.278 std_dev=0.229
O2'	A	0, 0.016, 0.273, 0.531, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.273 std_dev=0.258
C4	B	0, 0.077, 0.342, 0.606, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.342 std_dev=0.265
C5	B	0, 0.029, 0.323, 0.617, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.323 std_dev=0.294
N3	B	0, 0.085, 0.394, 0.703, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.394 std_dev=0.309
O4	B	0, 0.085, 0.407, 0.730, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.407 std_dev=0.323
N1	B	0, 0.040, 0.364, 0.689, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.364 std_dev=0.325
O5'	A	0, 0.026, 0.360, 0.695, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.360 std_dev=0.335
C5'	A	0, 0.102, 0.464, 0.825, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.464 std_dev=0.361
C2	B	0, 0.049, 0.470, 0.891, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.470 std_dev=0.421
C1'	B	0, -0.002, 0.432, 0.866, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.432 std_dev=0.434
OP2	B	0, -0.077, 0.402, 0.880, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.402 std_dev=0.479
O2'	B	0, 0.051, 0.562, 1.073, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.562 std_dev=0.511
C2'	B	0, 0.026, 0.568, 1.109, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.568 std_dev=0.542
P	B	0, 0.028, 0.597, 1.167, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.597 std_dev=0.569
O4'	B	0, 0.104, 0.684, 1.265, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.684 std_dev=0.580
OP1	B	0, 0.182, 0.763, 1.343, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.763 std_dev=0.581
O2	B	0, 0.027, 0.656, 1.286, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.656 std_dev=0.629
P	A	0, 0.015, 0.650, 1.284, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.650 std_dev=0.635
C3'	B	0, 0.044, 0.738, 1.432, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.738 std_dev=0.694
OP1	A	0, 0.019, 0.733, 1.448, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.733 std_dev=0.715
OP2	A	0, -0.022, 0.697, 1.416, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.697 std_dev=0.719
C4'	B	0, 0.041, 0.769, 1.497, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.769 std_dev=0.728
O3'	B	0, 0.112, 0.928, 1.745, 2.244 max_d=2.244 avg_d=0.928 std_dev=0.817
O5'	B	0, 0.172, 1.003, 1.833, 2.309 max_d=2.309 avg_d=1.003 std_dev=0.830
C5'	B	0, 0.110, 0.947, 1.784, 2.297 max_d=2.297 avg_d=0.947 std_dev=0.837

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.06	0.00	0.09	0.04	0.01	0.04
C2	0.01	0.00	0.04	0.01	0.00	0.03	0.01	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.04	0.06	0.04	0.11	0.07	0.04	0.07
C2'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.04	0.03	0.09	0.09	0.10	0.02	0.01	0.05	0.09	0.00	0.02	0.00	0.14	0.07	0.04	0.06
C3'	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.04	0.16	0.06
C4	0.01	0.00	0.04	0.03	0.00	0.01	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.09	0.07	0.03	0.13	0.16	0.21	0.15
C4'	0.01	0.03	0.03	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.05	0.02	0.02	0.00	0.01	0.03	0.09	0.04
C5	0.01	0.01	0.09	0.04	0.00	0.02	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.07	0.07	0.14	0.20	0.28	0.19
C5'	0.05	0.08	0.09	0.01	0.08	0.00	0.08	0.00	0.08	0.07	0.08	0.09	0.09	0.09	0.02	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01
C6	0.00	0.00	0.10	0.04	0.00	0.02	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.15	0.06	0.08	0.14	0.17	0.23	0.16
N1	0.00	0.00	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.06	0.02	0.11	0.09	0.08	0.09
N3	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.06	0.02	0.12	0.10	0.11	0.10
N4	0.01	0.01	0.05	0.03	0.01	0.02	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.10	0.07	0.03	0.14	0.19	0.24	0.17
O2	0.01	0.00	0.09	0.01	0.01	0.05	0.01	0.09	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.15	0.06	0.09	0.09	0.02	0.04	0.02
O2'	0.02	0.04	0.00	0.01	0.09	0.02	0.15	0.09	0.15	0.05	0.02	0.10	0.15	0.00	0.03	0.01	0.15	0.09	0.07	0.08
O3'	0.06	0.06	0.02	0.01	0.07	0.02	0.07	0.02	0.06	0.06	0.06	0.07	0.06	0.03	0.00	0.05	0.03	0.10	0.18	0.09
O4'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.03	0.00	0.07	0.01	0.08	0.02	0.02	0.03	0.09	0.01	0.05	0.00	0.03	0.03	0.06	0.04
O5'	0.09	0.11	0.14	0.05	0.13	0.01	0.14	0.00	0.14	0.11	0.12	0.14	0.09	0.15	0.03	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.04	0.07	0.07	0.04	0.16	0.03	0.20	0.02	0.17	0.09	0.10	0.19	0.02	0.09	0.10	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.01	0.04	0.04	0.16	0.21	0.09	0.28	0.03	0.23	0.08	0.11	0.24	0.04	0.07	0.18	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.04	0.07	0.06	0.06	0.15	0.04	0.19	0.01	0.16	0.09	0.10	0.17	0.02	0.08	0.09	0.04	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.08	0.14	0.18	0.17	0.12	0.11	0.21	0.05	0.13	0.02	0.07	0.27	0.19	0.14	0.15	0.06	0.11	0.07	0.22	0.07
C2	0.05	0.10	0.13	0.15	0.15	0.10	0.27	0.03	0.17	0.01	0.05	0.21	0.12	0.12	0.18	0.06	0.11	0.08	0.20	0.06
C2'	0.02	0.07	0.14	0.14	0.16	0.07	0.25	0.00	0.19	0.05	0.03	0.20	0.14	0.09	0.18	0.02	0.11	0.03	0.21	0.05
C3'	0.05	0.08	0.17	0.16	0.16	0.08	0.23	0.03	0.16	0.03	0.02	0.22	0.20	0.13	0.19	0.02	0.11	0.04	0.21	0.05
C4	0.11	0.18	0.15	0.19	0.04	0.18	0.18	0.09	0.12	0.07	0.13	0.27	0.08	0.13	0.05	0.16	0.04	0.11	0.27	0.13
C4'	0.05	0.07	0.18	0.15	0.17	0.07	0.22	0.03	0.15	0.03	0.02	0.21	0.23	0.13	0.22	0.02	0.13	0.05	0.20	0.04
C5	0.17	0.26	0.23	0.23	0.03	0.21	0.14	0.14	0.08	0.13	0.18	0.37	0.16	0.16	0.02	0.19	0.02	0.11	0.30	0.15
C5'	0.04	0.05	0.15	0.11	0.25	0.04	0.30	0.04	0.23	0.11	0.12	0.14	0.21	0.07	0.29	0.06	0.17	0.08	0.16	0.03
C6	0.14	0.23	0.22	0.21	0.06	0.17	0.16	0.10	0.10	0.09	0.16	0.37	0.19	0.16	0.07	0.14	0.04	0.09	0.28	0.12
N1	0.08	0.15	0.17	0.18	0.12	0.13	0.22	0.05	0.14	0.03	0.09	0.28	0.16	0.14	0.14	0.08	0.09	0.07	0.23	0.08
N3	0.06	0.11	0.11	0.15	0.11	0.12	0.26	0.03	0.17	0.01	0.07	0.20	0.07	0.11	0.13	0.09	0.10	0.09	0.20	0.07
N4	0.12	0.17	0.12	0.19	0.01	0.21	0.12	0.13	0.08	0.10	0.13	0.24	0.04	0.13	0.02	0.21	0.01	0.15	0.30	0.17
O2	0.03	0.06	0.11	0.14	0.19	0.07	0.29	0.04	0.19	0.04	0.03	0.16	0.11	0.11	0.24	0.02	0.15	0.07	0.16	0.03
O2'	0.03	0.08	0.12	0.12	0.13	0.07	0.25	0.03	0.20	0.06	0.04	0.20	0.10	0.06	0.13	0.04	0.12	0.04	0.20	0.05
O3'	0.05	0.10	0.16	0.15	0.14	0.08	0.23	0.00	0.16	0.04	0.05	0.24	0.18	0.11	0.17	0.03	0.13	0.01	0.19	0.03
O4'	0.11	0.14	0.21	0.19	0.14	0.12	0.20	0.07	0.11	0.03	0.05	0.28	0.25	0.18	0.21	0.07	0.13	0.08	0.22	0.07
O5'	0.08	0.07	0.09	0.05	0.27	0.04	0.33	0.08	0.27	0.15	0.14	0.10	0.14	0.03	0.29	0.11	0.20	0.14	0.11	0.07
OP1	0.20	0.17	0.07	0.07	0.32	0.16	0.39	0.18	0.36	0.25	0.21	0.04	0.08	0.12	0.32	0.23	0.27	0.25	0.04	0.15
OP2	0.27	0.20	0.13	0.13	0.36	0.21	0.45	0.24	0.43	0.32	0.24	0.06	0.11	0.18	0.34	0.27	0.33	0.28	0.03	0.20
P	0.19	0.16	0.06	0.05	0.33	0.14	0.40	0.16	0.36	0.25	0.22	0.03	0.08	0.09	0.33	0.21	0.26	0.23	0.05	0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.00	0.17	0.13	0.19	0.03
C2	0.01	0.00	0.08	0.02	0.00	0.05	0.00	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00	0.11	0.06	0.00	0.08	0.23	0.12	0.19	0.05
C2'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.10	0.11	0.01	0.06	0.14	0.00	0.02	0.01	0.01	0.22	0.24	0.09	0.11
C3'	0.02	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.03	0.05	0.04	0.00	0.02	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.22	0.12	0.05
C4	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.07	0.00	0.01	0.22	0.07	0.21	0.06
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.00	0.00	0.04	0.01	0.05	0.01	0.03	0.09	0.01	0.02	0.00	0.00	0.03	0.14	0.20	0.04
C5	0.00	0.00	0.08	0.03	0.00	0.04	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.15	0.08	0.01	0.07	0.20	0.10	0.23	0.09
C5'	0.05	0.12	0.10	0.05	0.08	0.01	0.05	0.00	0.05	0.07	0.11	0.15	0.08	0.04	0.09	0.03	0.01	0.17	0.07	0.03
C6	0.01	0.00	0.11	0.04	0.00	0.05	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.01	0.18	0.09	0.01	0.10	0.19	0.08	0.25	0.10
N1	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.07	0.01	0.01	0.20	0.09	0.22	0.05
N3	0.01	0.00	0.06	0.02	0.00	0.03	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.06	0.00	0.06	0.24	0.08	0.19	0.05
O2	0.01	0.00	0.14	0.04	0.00	0.09	0.00	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00	0.24	0.06	0.00	0.15	0.23	0.17	0.17	0.07
O2'	0.03	0.11	0.00	0.01	0.04	0.01	0.15	0.08	0.18	0.04	0.07	0.24	0.00	0.02	0.03	0.02	0.21	0.26	0.08	0.13
O3'	0.08	0.06	0.02	0.01	0.07	0.02	0.08	0.04	0.09	0.07	0.06	0.06	0.02	0.00	0.07	0.06	0.06	0.20	0.13	0.03
O4	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.07	0.00	0.01	0.23	0.07	0.19	0.05
O4'	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.07	0.03	0.10	0.01	0.06	0.15	0.02	0.06	0.01	0.00	0.10	0.06	0.27	0.08
O5'	0.17	0.23	0.22	0.10	0.22	0.03	0.20	0.01	0.19	0.20	0.24	0.23	0.21	0.06	0.23	0.10	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.13	0.12	0.24	0.22	0.07	0.14	0.10	0.17	0.08	0.09	0.08	0.17	0.26	0.20	0.07	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.19	0.19	0.09	0.12	0.21	0.20	0.23	0.07	0.25	0.22	0.19	0.17	0.08	0.13	0.19	0.27	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.03	0.05	0.11	0.05	0.06	0.04	0.09	0.03	0.10	0.05	0.05	0.07	0.13	0.03	0.05	0.08	0.01	0.00	0.00	0.00