ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54191

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.014, 0.049, 0.084, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.049 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.016, 0.057, 0.097, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.057 std_dev=0.040
C2' B 0, 0.075, 0.257, 0.439, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.257 std_dev=0.182
O5' B 0, 0.091, 0.312, 0.533, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.312 std_dev=0.221
C3' B 0, 0.130, 0.444, 0.759, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.444 std_dev=0.314
O4' B 0, 0.139, 0.477, 0.815, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.477 std_dev=0.338
O2' B 0, 0.140, 0.479, 0.818, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.479 std_dev=0.339
C5' B 0, 0.153, 0.523, 0.893, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.523 std_dev=0.370
C4' B 0, 0.158, 0.540, 0.921, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.540 std_dev=0.382
P B 0, 0.161, 0.554, 0.947, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.554 std_dev=0.393
C1' B 0, 0.185, 0.632, 1.079, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.632 std_dev=0.447
O3' B 0, 0.229, 0.782, 1.335, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.782 std_dev=0.553
N1 B 0, 0.271, 0.926, 1.580, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.926 std_dev=0.654
C6 B 0, 0.314, 1.071, 1.829, 1.613 max_d=1.613 avg_d=1.071 std_dev=0.757
C2' A 0, 0.384, 1.311, 2.239, 1.973 max_d=1.973 avg_d=1.311 std_dev=0.927
OP2 B 0, 0.385, 1.317, 2.249, 2.017 max_d=2.017 avg_d=1.317 std_dev=0.932
O4' A 0, 0.388, 1.324, 2.260, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.324 std_dev=0.936
C2 B 0, 0.396, 1.351, 2.306, 2.027 max_d=2.027 avg_d=1.351 std_dev=0.955
O2 B 0, 0.448, 1.529, 2.610, 2.294 max_d=2.294 avg_d=1.529 std_dev=1.081
C5 B 0, 0.449, 1.532, 2.616, 2.312 max_d=2.312 avg_d=1.532 std_dev=1.084
N3 B 0, 0.503, 1.719, 2.934, 2.587 max_d=2.587 avg_d=1.719 std_dev=1.215
C3' A 0, 0.524, 1.789, 3.054, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.789 std_dev=1.265
O2' A 0, 0.532, 1.818, 3.103, 2.735 max_d=2.735 avg_d=1.818 std_dev=1.285
C4 B 0, 0.536, 1.831, 3.126, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.831 std_dev=1.295
C4' A 0, 0.561, 1.916, 3.272, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.916 std_dev=1.355
O3' A 0, 0.571, 1.948, 3.326, 2.932 max_d=2.932 avg_d=1.948 std_dev=1.378
OP1 A 0, 0.631, 2.153, 3.676, 3.234 max_d=3.234 avg_d=2.153 std_dev=1.523
O4 B 0, 0.661, 2.256, 3.851, 3.408 max_d=3.408 avg_d=2.256 std_dev=1.595
OP1 B 0, 0.680, 2.322, 3.964, 3.531 max_d=3.531 avg_d=2.322 std_dev=1.642
C5' A 0, 0.846, 2.889, 4.932, 4.346 max_d=4.346 avg_d=2.889 std_dev=2.043
O5' A 0, 0.855, 2.919, 4.983, 4.391 max_d=4.391 avg_d=2.919 std_dev=2.064
P A 0, 0.994, 3.394, 5.794, 5.093 max_d=5.093 avg_d=3.394 std_dev=2.400
OP2 A 0, 1.485, 5.070, 8.655, 7.610 max_d=7.610 avg_d=5.070 std_dev=3.585

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.20 0.00 0.13 0.02 0.15 0.10
C2 0.01 0.00 0.18 0.20 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.14 0.03 0.03 0.01 0.08
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.02 0.01 0.13 0.14 0.18 0.00 0.14 0.02 0.31 0.00 0.02 0.01 0.28 0.39 0.31 0.38
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.22 0.00 0.17 0.01 0.11 0.13 0.24 0.24 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.09 0.13
C4 0.00 0.01 0.02 0.22 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.07 0.01 0.05 0.09 0.15 0.23
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.13 0.04 0.02 0.07 0.08 0.17 0.02 0.00 0.00 0.16 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.13 0.17 0.00 0.12 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.05 0.12 0.04 0.09 0.14 0.22
C5' 0.06 0.07 0.14 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.05 0.03 0.13 0.03 0.13 0.01 0.00 0.23 0.14 0.01
C6 0.01 0.00 0.18 0.11 0.00 0.13 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.31 0.01 0.16 0.02 0.05 0.04 0.11
N1 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03
N3 0.01 0.00 0.14 0.24 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.11 0.02 0.06 0.09 0.17
N4 0.00 0.01 0.02 0.24 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.11 0.01 0.08 0.11 0.21 0.29
O2 0.02 0.00 0.31 0.19 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.22 0.06 0.24 0.05 0.02 0.04 0.03
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.18 0.17 0.31 0.03 0.31 0.12 0.04 0.19 0.22 0.00 0.03 0.11 0.22 0.40 0.26 0.38
O3' 0.20 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.05 0.13 0.01 0.06 0.04 0.11 0.06 0.03 0.00 0.15 0.19 0.09 0.16 0.06
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.01 0.16 0.01 0.11 0.01 0.24 0.11 0.15 0.00 0.02 0.26 0.08 0.06
O5' 0.13 0.03 0.28 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.02 0.08 0.05 0.22 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.02 0.03 0.39 0.06 0.09 0.16 0.09 0.23 0.05 0.02 0.06 0.11 0.02 0.40 0.09 0.26 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.01 0.31 0.09 0.15 0.13 0.14 0.14 0.04 0.03 0.09 0.21 0.04 0.26 0.16 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.08 0.38 0.13 0.23 0.03 0.22 0.01 0.11 0.03 0.17 0.29 0.03 0.38 0.06 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.50 0.10 0.08 0.48 0.10 0.36 0.17 0.29 0.36 0.54 0.57 0.20 0.06 0.51 0.02 0.11 0.16 0.05 0.13
C2 0.19 0.53 0.07 0.14 0.58 0.17 0.46 0.21 0.36 0.38 0.61 0.55 0.17 0.20 0.64 0.06 0.12 0.04 0.05 0.10
C2' 0.06 0.42 0.10 0.34 0.34 0.41 0.14 0.53 0.06 0.19 0.46 0.57 0.08 0.26 0.39 0.23 0.46 0.63 0.33 0.52
C3' 0.58 0.86 0.49 0.28 0.74 0.14 0.57 0.02 0.52 0.66 0.87 1.00 0.69 0.41 0.77 0.27 0.07 0.23 0.21 0.03
C4 0.16 0.49 0.07 0.14 0.58 0.19 0.49 0.21 0.40 0.38 0.58 0.46 0.16 0.22 0.62 0.09 0.10 0.21 0.09 0.06
C4' 0.65 0.79 0.61 0.49 0.69 0.34 0.58 0.22 0.57 0.67 0.77 0.88 0.77 0.61 0.69 0.38 0.29 0.03 0.50 0.20
C5 0.20 0.44 0.07 0.12 0.47 0.18 0.40 0.21 0.34 0.35 0.48 0.43 0.16 0.17 0.49 0.05 0.11 0.11 0.05 0.09
C5' 0.79 0.83 0.83 0.76 0.69 0.52 0.62 0.38 0.64 0.75 0.78 0.92 1.00 0.93 0.67 0.51 0.46 0.11 0.68 0.33
C6 0.23 0.45 0.08 0.11 0.44 0.15 0.35 0.20 0.30 0.34 0.48 0.48 0.17 0.12 0.46 0.01 0.13 0.04 0.00 0.12
N1 0.22 0.50 0.08 0.11 0.50 0.15 0.39 0.20 0.32 0.36 0.55 0.55 0.18 0.13 0.54 0.02 0.13 0.05 0.00 0.12
N3 0.16 0.52 0.07 0.15 0.63 0.19 0.51 0.21 0.40 0.38 0.63 0.51 0.16 0.23 0.69 0.09 0.11 0.16 0.09 0.07
N4 0.11 0.46 0.06 0.14 0.64 0.19 0.56 0.20 0.44 0.37 0.60 0.34 0.14 0.23 0.68 0.12 0.08 0.35 0.13 0.03
O2 0.18 0.54 0.07 0.14 0.61 0.17 0.48 0.20 0.36 0.38 0.64 0.57 0.17 0.20 0.68 0.06 0.12 0.02 0.05 0.11
O2' 0.33 0.05 0.54 0.74 0.02 0.70 0.21 0.79 0.30 0.19 0.10 0.19 0.42 0.69 0.05 0.53 0.78 0.94 0.63 0.82
O3' 0.54 0.81 0.49 0.31 0.72 0.16 0.55 0.04 0.50 0.63 0.83 0.95 0.69 0.40 0.75 0.25 0.12 0.20 0.28 0.03
O4' 0.55 0.67 0.48 0.37 0.63 0.30 0.56 0.22 0.54 0.60 0.68 0.72 0.58 0.43 0.64 0.34 0.27 0.17 0.48 0.23
O5' 0.80 0.87 0.85 0.75 0.70 0.43 0.59 0.23 0.61 0.76 0.81 0.99 1.08 0.99 0.68 0.46 0.35 0.05 0.51 0.19
OP1 0.72 0.66 0.75 0.78 0.49 0.58 0.43 0.35 0.49 0.62 0.59 0.75 0.86 0.94 0.45 0.53 0.39 0.11 0.61 0.20
OP2 1.17 1.17 1.40 1.34 0.97 0.87 0.89 0.67 0.94 1.09 1.09 1.27 1.65 1.52 0.93 0.82 0.84 0.21 1.01 0.62
P 1.08 1.07 1.17 1.14 0.89 0.79 0.80 0.54 0.85 1.00 1.01 1.17 1.35 1.37 0.86 0.77 0.65 0.11 0.80 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.09 0.17 0.28 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.08 0.01 0.07 0.17 0.23 0.59 0.19
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.01 0.05 0.08 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03 0.27 0.09
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.00 0.00 0.22 0.30 0.85 0.27
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.11 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.23 0.30 0.85 0.27
C5' 0.05 0.14 0.05 0.01 0.18 0.00 0.17 0.00 0.15 0.13 0.16 0.11 0.05 0.01 0.19 0.01 0.01 0.05 0.23 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.22 0.27 0.69 0.23
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01 0.17 0.22 0.54 0.17
N3 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.07 0.00 0.05 0.20 0.27 0.73 0.23
O2 0.02 0.00 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.11 0.01 0.11 0.14 0.20 0.50 0.16
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.03 0.06 0.14 0.20 0.00 0.02 0.10 0.02 0.10 0.09 0.35 0.12
O3' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.11 0.02 0.00 0.05 0.03 0.02 0.12 0.05 0.03
O4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.00 0.00 0.22 0.31 0.91 0.28
O4' 0.00 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.11 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.31 0.03 0.06
O5' 0.09 0.17 0.09 0.02 0.22 0.01 0.23 0.01 0.22 0.17 0.20 0.14 0.10 0.02 0.22 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.17 0.23 0.03 0.13 0.30 0.04 0.30 0.05 0.27 0.22 0.27 0.20 0.09 0.12 0.31 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.59 0.27 0.00 0.85 0.11 0.85 0.23 0.69 0.54 0.73 0.50 0.35 0.05 0.91 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.19 0.09 0.04 0.27 0.01 0.27 0.01 0.23 0.17 0.23 0.16 0.12 0.03 0.28 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00