ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54192

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.000, 0.081, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.081 std_dev=0.081
O2' A 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.104
C3' A 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C4' A 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C1' B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O4' B 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
O3' A 0, 0.000, 0.179, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C5' B 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C4' B 0, 0.000, 0.217, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.217 std_dev=0.217
C5' A 0, 0.000, 0.260, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.260 std_dev=0.260
N1 B 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C2' B 0, 0.000, 0.305, 0.610, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.305 std_dev=0.305
C3' B 0, 0.000, 0.319, 0.637, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.319 std_dev=0.319
P B 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
O2 B 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C2 B 0, 0.000, 0.367, 0.734, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.367 std_dev=0.367
O5' A 0, 0.000, 0.381, 0.761, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.381 std_dev=0.381
O3' B 0, 0.000, 0.381, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.381 std_dev=0.381
OP1 B 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
O2' B 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
C6 B 0, 0.000, 0.465, 0.930, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.465 std_dev=0.465
O5' B 0, 0.000, 0.548, 1.095, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.548 std_dev=0.548
N3 B 0, 0.000, 0.562, 1.125, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.562 std_dev=0.562
P A 0, 0.000, 0.613, 1.225, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.613 std_dev=0.613
C5 B 0, 0.000, 0.635, 1.270, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.635 std_dev=0.635
C4 B 0, 0.000, 0.685, 1.370, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.685 std_dev=0.685
OP2 B 0, 0.000, 0.712, 1.424, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.712 std_dev=0.712
OP1 A 0, 0.000, 0.807, 1.615, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.807 std_dev=0.807
O4 B 0, 0.000, 0.852, 1.703, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.852 std_dev=0.852
OP2 A 0, 0.000, 0.975, 1.951, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.975 std_dev=0.975

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.15 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.16 0.06 0.26 0.11
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.21 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.24 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.12 0.17 0.17 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.00 0.00 0.06 0.15 0.00
C5 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.25 0.08 0.04
C5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.00 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.19 0.03
C6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.25 0.07 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.15 0.16 0.02
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.16 0.08 0.26 0.10
N4 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.13 0.17 0.17 0.04
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.05 0.20 0.04 0.36 0.18
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.20 0.03
O3' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.07 0.13 0.12 0.00
O5' 0.06 0.16 0.04 0.02 0.12 0.00 0.07 0.01 0.05 0.10 0.16 0.13 0.20 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.13 0.06 0.08 0.03 0.17 0.06 0.25 0.00 0.25 0.15 0.08 0.17 0.04 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.26 0.21 0.24 0.17 0.15 0.08 0.19 0.07 0.16 0.26 0.17 0.36 0.20 0.25 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.11 0.03 0.05 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.10 0.04 0.18 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.10 0.10 0.13 0.16 0.09 0.12 0.03 0.07 0.05 0.16 0.10 0.13 0.17 0.19 0.10 0.26 0.00 0.28 0.09
C2 0.01 0.16 0.07 0.08 0.23 0.05 0.17 0.01 0.12 0.10 0.23 0.15 0.10 0.10 0.26 0.09 0.19 0.04 0.36 0.12
C2' 0.03 0.10 0.09 0.13 0.17 0.10 0.13 0.06 0.08 0.05 0.17 0.10 0.12 0.15 0.21 0.11 0.26 0.01 0.25 0.07
C3' 0.02 0.11 0.09 0.11 0.17 0.07 0.12 0.01 0.07 0.06 0.17 0.11 0.13 0.14 0.20 0.10 0.27 0.01 0.29 0.10
C4 0.02 0.18 0.01 0.01 0.24 0.00 0.20 0.01 0.15 0.12 0.24 0.16 0.04 0.01 0.27 0.05 0.15 0.09 0.42 0.17
C4' 0.01 0.13 0.07 0.09 0.17 0.03 0.12 0.05 0.08 0.08 0.17 0.15 0.12 0.14 0.19 0.05 0.29 0.03 0.34 0.12
C5 0.00 0.11 0.04 0.04 0.17 0.02 0.15 0.00 0.11 0.08 0.16 0.09 0.07 0.05 0.19 0.08 0.18 0.08 0.38 0.15
C5' 0.05 0.18 0.02 0.03 0.20 0.04 0.15 0.12 0.11 0.12 0.22 0.20 0.08 0.08 0.22 0.00 0.30 0.08 0.41 0.17
C6 0.03 0.09 0.08 0.10 0.14 0.07 0.11 0.03 0.08 0.05 0.13 0.07 0.11 0.12 0.16 0.10 0.22 0.04 0.33 0.12
N1 0.02 0.12 0.09 0.11 0.18 0.07 0.13 0.03 0.09 0.06 0.17 0.11 0.12 0.14 0.21 0.10 0.22 0.03 0.32 0.11
N3 0.02 0.19 0.03 0.04 0.26 0.01 0.21 0.01 0.15 0.12 0.26 0.18 0.06 0.04 0.29 0.07 0.16 0.07 0.40 0.15
N4 0.06 0.22 0.04 0.05 0.28 0.05 0.24 0.04 0.19 0.16 0.28 0.20 0.02 0.07 0.30 0.01 0.11 0.13 0.46 0.20
O2 0.01 0.17 0.07 0.09 0.24 0.06 0.18 0.02 0.12 0.10 0.24 0.16 0.11 0.11 0.28 0.10 0.18 0.02 0.36 0.11
O2' 0.03 0.10 0.10 0.15 0.18 0.12 0.14 0.09 0.08 0.05 0.17 0.09 0.11 0.17 0.22 0.11 0.28 0.04 0.19 0.05
O3' 0.03 0.10 0.10 0.12 0.16 0.08 0.11 0.02 0.07 0.05 0.15 0.09 0.14 0.16 0.19 0.10 0.28 0.00 0.26 0.08
O4' 0.01 0.13 0.08 0.10 0.17 0.03 0.12 0.04 0.08 0.08 0.17 0.15 0.13 0.15 0.19 0.05 0.28 0.04 0.35 0.13
O5' 0.08 0.03 0.16 0.15 0.05 0.05 0.01 0.08 0.02 0.02 0.06 0.05 0.25 0.23 0.07 0.10 0.21 0.03 0.35 0.11
OP1 0.32 0.39 0.24 0.27 0.39 0.39 0.36 0.52 0.34 0.35 0.40 0.42 0.12 0.18 0.39 0.32 0.55 0.42 0.78 0.51
OP2 0.04 0.09 0.00 0.05 0.10 0.12 0.09 0.27 0.07 0.07 0.11 0.10 0.09 0.02 0.11 0.02 0.33 0.23 0.54 0.28
P 0.09 0.17 0.02 0.06 0.18 0.15 0.15 0.28 0.13 0.13 0.19 0.19 0.08 0.02 0.19 0.07 0.34 0.22 0.56 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.12 0.06 0.43 0.12
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.17 0.00 0.01 0.17 0.01 0.21 0.01
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.09 0.00 0.01 0.02 0.03 0.26 0.04 0.50 0.10
C3' 0.03 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.00 0.48 0.08
C4 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.10 0.00 0.02 0.25 0.10 0.07 0.10
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.41 0.10
C5 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.29 0.11 0.09 0.11
C5' 0.04 0.10 0.03 0.00 0.19 0.00 0.21 0.00 0.18 0.12 0.14 0.04 0.03 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00 0.24 0.00
C6 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.28 0.06 0.12 0.04
N1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.00 0.01 0.20 0.00 0.26 0.03
N3 0.03 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.15 0.00 0.00 0.21 0.06 0.06 0.05
O2 0.04 0.00 0.09 0.13 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.23 0.00 0.02 0.11 0.03 0.28 0.06
O2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.07 0.03 0.04 0.07 0.13 0.15 0.00 0.00 0.11 0.01 0.28 0.03 0.51 0.10
O3' 0.07 0.17 0.01 0.00 0.10 0.00 0.05 0.01 0.03 0.09 0.15 0.23 0.00 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.48 0.08
O4 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.10 0.00 0.02 0.26 0.13 0.17 0.14
O4' 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.14 0.48 0.21
O5' 0.12 0.17 0.26 0.19 0.25 0.01 0.29 0.00 0.28 0.20 0.21 0.11 0.28 0.12 0.26 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.06 0.01 0.04 0.00 0.10 0.03 0.11 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.02 0.13 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 0.21 0.50 0.48 0.07 0.41 0.09 0.24 0.12 0.26 0.06 0.28 0.51 0.48 0.17 0.48 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.01 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.10 0.08 0.14 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00