ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54199

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 4, 1, 3, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.014, 0.022, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.023, 0.034, 0.045, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.034 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.023, 0.035, 0.047, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.035 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.023, 0.035, 0.047, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.035 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.022, 0.035, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.035 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.052, 0.081, 0.110, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.081 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.080, 0.119, 0.157, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.119 std_dev=0.039
O2' B 0, 0.220, 0.432, 0.644, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.432 std_dev=0.212
C3' B 0, 0.183, 0.398, 0.614, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.398 std_dev=0.216
C2' A 0, 0.088, 0.331, 0.575, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.331 std_dev=0.243
C4' B 0, 0.291, 0.552, 0.813, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.552 std_dev=0.261
O4' A 0, 0.108, 0.379, 0.650, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.379 std_dev=0.271
C5' B 0, 0.392, 0.697, 1.002, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.697 std_dev=0.305
C2' B 0, 0.210, 0.565, 0.920, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.565 std_dev=0.355
O3' B 0, 0.257, 0.619, 0.981, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.619 std_dev=0.362
OP1 B 0, 0.407, 0.782, 1.157, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.782 std_dev=0.375
O5' B 0, 0.373, 0.762, 1.150, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.762 std_dev=0.389
P B 0, 0.534, 0.925, 1.316, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.925 std_dev=0.391
O4' B 0, 0.480, 0.965, 1.450, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.965 std_dev=0.485
OP2 B 0, 0.685, 1.191, 1.697, 1.815 max_d=1.815 avg_d=1.191 std_dev=0.506
O5' A 0, 0.226, 0.740, 1.253, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.740 std_dev=0.513
C1' B 0, 0.444, 0.958, 1.473, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.958 std_dev=0.515
C4' A 0, 0.170, 0.740, 1.311, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.740 std_dev=0.570
C5' A 0, 0.186, 0.778, 1.371, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.778 std_dev=0.592
O2' A 0, 0.163, 0.771, 1.380, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.771 std_dev=0.609
P A 0, 0.276, 0.920, 1.564, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.920 std_dev=0.644
C3' A 0, 0.179, 0.949, 1.720, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.949 std_dev=0.770
N1 B 0, 0.579, 1.354, 2.129, 2.643 max_d=2.643 avg_d=1.354 std_dev=0.775
OP1 A 0, 0.358, 1.176, 1.995, 2.469 max_d=2.469 avg_d=1.176 std_dev=0.818
C6 B 0, 0.689, 1.534, 2.380, 2.915 max_d=2.915 avg_d=1.534 std_dev=0.846
O2 B 0, 0.643, 1.517, 2.390, 2.956 max_d=2.956 avg_d=1.517 std_dev=0.874
C2 B 0, 0.656, 1.612, 2.569, 3.177 max_d=3.177 avg_d=1.612 std_dev=0.957
C5 B 0, 0.861, 1.933, 3.005, 3.647 max_d=3.647 avg_d=1.933 std_dev=1.072
OP2 A 0, 0.329, 1.410, 2.492, 2.938 max_d=2.938 avg_d=1.410 std_dev=1.082
N3 B 0, 0.798, 2.005, 3.211, 3.954 max_d=3.954 avg_d=2.005 std_dev=1.206
C4 B 0, 0.900, 2.160, 3.420, 4.177 max_d=4.177 avg_d=2.160 std_dev=1.260
O3' A 0, 0.248, 1.705, 3.162, 3.249 max_d=3.249 avg_d=1.705 std_dev=1.457
N4 B 0, 1.071, 2.562, 4.053, 4.926 max_d=4.926 avg_d=2.562 std_dev=1.491

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.33 0.01 0.36 0.29 0.60 0.42
C2 0.02 0.00 0.10 0.29 0.01 0.12 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.37 0.12 0.03 0.50 0.44 0.97 0.61
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.20 0.08 0.02 0.08 0.04 0.18 0.00 0.02 0.01 0.68 0.63 0.81 0.68
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.42 0.00 0.39 0.02 0.32 0.25 0.37 0.45 0.22 0.01 0.00 0.02 0.35 0.40 0.21 0.24
C4 0.02 0.01 0.04 0.42 0.00 0.18 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.19 0.05 0.50 0.52 1.10 0.66
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.18 0.00 0.18 0.01 0.15 0.10 0.15 0.20 0.09 0.32 0.02 0.00 0.02 0.21 0.19 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.39 0.01 0.18 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.20 0.05 0.47 0.51 1.03 0.64
C5' 0.07 0.15 0.20 0.02 0.25 0.01 0.25 0.00 0.20 0.13 0.20 0.28 0.11 0.11 0.24 0.01 0.01 0.38 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.32 0.01 0.15 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.11 0.05 0.45 0.45 0.89 0.59
N1 0.02 0.01 0.02 0.25 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.08 0.03 0.47 0.41 0.85 0.56
N3 0.02 0.00 0.08 0.37 0.01 0.15 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.41 0.12 0.04 0.52 0.50 1.08 0.66
N4 0.02 0.01 0.04 0.45 0.00 0.20 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.25 0.05 0.50 0.55 1.14 0.67
O2 0.02 0.00 0.18 0.22 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.39 0.25 0.03 0.49 0.41 0.92 0.58
O2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.38 0.32 0.29 0.11 0.21 0.23 0.41 0.40 0.39 0.00 0.05 0.23 0.33 0.26 0.67 0.41
O3' 0.33 0.12 0.02 0.00 0.19 0.02 0.20 0.24 0.11 0.08 0.12 0.25 0.25 0.05 0.00 0.23 0.21 0.32 0.45 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.23 0.23 0.00 0.11 0.15 0.25 0.16
O5' 0.36 0.50 0.68 0.35 0.50 0.02 0.47 0.01 0.45 0.47 0.52 0.50 0.49 0.33 0.21 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.29 0.44 0.63 0.40 0.52 0.21 0.51 0.38 0.45 0.41 0.50 0.55 0.41 0.26 0.32 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.60 0.97 0.81 0.21 1.10 0.19 1.03 0.40 0.89 0.85 1.08 1.14 0.92 0.67 0.45 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.42 0.61 0.68 0.24 0.66 0.05 0.64 0.02 0.59 0.56 0.66 0.67 0.58 0.41 0.21 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.21 0.14 0.22 0.18 0.22 0.18 0.23 0.19 0.20 0.18 0.18 0.27 0.17 0.42 0.34 0.20 0.37 0.30 0.27
C2 0.36 0.33 0.10 0.16 0.29 0.25 0.28 0.26 0.29 0.32 0.31 0.28 0.39 0.16 0.45 0.47 0.21 0.34 0.25 0.25
C2' 0.13 0.21 0.25 0.37 0.31 0.14 0.32 0.19 0.26 0.20 0.26 0.36 0.21 0.12 0.55 0.18 0.33 0.55 0.53 0.44
C3' 0.14 0.16 0.11 0.18 0.36 0.15 0.42 0.30 0.33 0.18 0.23 0.42 0.19 0.33 0.15 0.16 0.53 0.94 0.85 0.78
C4 0.38 0.38 0.10 0.12 0.33 0.24 0.30 0.24 0.31 0.35 0.36 0.32 0.43 0.16 0.42 0.47 0.19 0.27 0.18 0.21
C4' 0.19 0.30 0.20 0.29 0.45 0.19 0.49 0.36 0.42 0.31 0.36 0.49 0.26 0.18 0.27 0.19 0.56 0.83 0.77 0.73
C5 0.32 0.28 0.08 0.12 0.23 0.22 0.21 0.21 0.23 0.26 0.26 0.22 0.34 0.16 0.42 0.40 0.15 0.24 0.16 0.17
C5' 0.30 0.43 0.26 0.33 0.62 0.26 0.67 0.47 0.59 0.45 0.52 0.67 0.36 0.23 0.23 0.30 0.72 0.94 0.95 0.89
C6 0.26 0.22 0.10 0.16 0.16 0.21 0.15 0.20 0.17 0.20 0.19 0.15 0.28 0.16 0.46 0.36 0.15 0.27 0.19 0.19
N1 0.28 0.25 0.11 0.18 0.20 0.23 0.19 0.23 0.21 0.24 0.22 0.19 0.31 0.16 0.46 0.40 0.18 0.33 0.24 0.23
N3 0.40 0.39 0.10 0.13 0.35 0.26 0.33 0.26 0.33 0.37 0.37 0.34 0.44 0.16 0.44 0.50 0.21 0.31 0.22 0.24
N4 0.41 0.43 0.12 0.11 0.39 0.24 0.36 0.23 0.36 0.39 0.42 0.38 0.49 0.16 0.39 0.48 0.19 0.25 0.17 0.20
O2 0.36 0.35 0.11 0.17 0.31 0.26 0.30 0.27 0.31 0.33 0.33 0.30 0.40 0.17 0.45 0.48 0.23 0.38 0.28 0.29
O2' 0.26 0.22 0.17 0.21 0.23 0.32 0.26 0.41 0.27 0.24 0.21 0.24 0.25 0.15 0.39 0.43 0.30 0.38 0.33 0.36
O3' 0.19 0.25 0.12 0.22 0.45 0.25 0.54 0.50 0.46 0.30 0.33 0.51 0.19 0.24 0.12 0.26 0.69 1.11 0.97 0.97
O4' 0.14 0.16 0.17 0.23 0.17 0.14 0.18 0.18 0.16 0.15 0.16 0.19 0.21 0.17 0.35 0.17 0.23 0.40 0.35 0.32
O5' 0.14 0.11 0.07 0.09 0.18 0.31 0.19 0.37 0.16 0.11 0.15 0.21 0.10 0.16 0.03 0.27 0.26 0.24 0.20 0.23
OP1 0.14 0.33 0.24 0.04 0.32 0.23 0.26 0.47 0.22 0.23 0.36 0.34 0.37 0.23 0.01 0.14 0.43 0.53 0.51 0.52
OP2 0.16 0.25 0.22 0.06 0.24 0.06 0.21 0.21 0.17 0.18 0.26 0.26 0.32 0.31 0.01 0.05 0.24 0.31 0.39 0.31
P 0.06 0.18 0.14 0.01 0.19 0.16 0.17 0.28 0.14 0.12 0.20 0.21 0.21 0.16 0.00 0.08 0.24 0.28 0.30 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.13 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.13 0.16 0.26 0.17
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.05 0.10 0.00 0.02 0.01 0.07 0.11 0.10 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.06 0.05 0.08 0.08 0.10 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.09 0.09
C4 0.03 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.17 0.24 0.35 0.24
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.06 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.03 0.16 0.24 0.33 0.24
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.10 0.13 0.09 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.14 0.18 0.25 0.19
N1 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.12 0.14 0.21 0.15
N3 0.03 0.00 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.03 0.15 0.21 0.32 0.22
N4 0.03 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.11 0.03 0.17 0.28 0.38 0.27
O2 0.07 0.01 0.10 0.10 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.10 0.07 0.13 0.15 0.23 0.16
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.10 0.00 0.05 0.04 0.05 0.08 0.08 0.06
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.10 0.02 0.09 0.04 0.07 0.05 0.10 0.11 0.10 0.05 0.00 0.01 0.10 0.19 0.13 0.12
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.04 0.01 0.00 0.05 0.07 0.10 0.07
O5' 0.06 0.13 0.07 0.08 0.17 0.02 0.16 0.01 0.14 0.12 0.15 0.17 0.13 0.05 0.10 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.06 0.16 0.11 0.14 0.24 0.05 0.24 0.06 0.18 0.14 0.21 0.28 0.15 0.08 0.19 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.26 0.10 0.09 0.35 0.03 0.33 0.04 0.25 0.21 0.32 0.38 0.23 0.08 0.13 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.17 0.08 0.09 0.24 0.02 0.24 0.02 0.19 0.15 0.22 0.27 0.16 0.06 0.12 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00