ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54202

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.013, 0.032, 0.050, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.005, 0.025, 0.046, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.025 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.045, 0.089, 0.133, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.089 std_dev=0.044
N4 A 0, 0.048, 0.100, 0.153, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.100 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.094, 0.248, 0.401, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.248 std_dev=0.154
O2' A 0, 0.088, 0.264, 0.440, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.264 std_dev=0.176
O4' A 0, 0.092, 0.272, 0.452, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.272 std_dev=0.180
C3' A 0, 0.169, 0.435, 0.701, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.435 std_dev=0.266
C4' A 0, 0.143, 0.415, 0.688, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.415 std_dev=0.273
O2' B 0, 0.190, 0.474, 0.759, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.474 std_dev=0.285
O3' A 0, 0.208, 0.585, 0.961, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.585 std_dev=0.376
C2' B 0, 0.239, 0.687, 1.134, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.687 std_dev=0.447
C5' A 0, 0.285, 0.734, 1.182, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.734 std_dev=0.449
C3' B 0, 1.157, 2.353, 3.550, 3.707 max_d=3.707 avg_d=2.353 std_dev=1.197
C1' B 0, 1.357, 2.814, 4.270, 4.171 max_d=4.171 avg_d=2.814 std_dev=1.457
O5' A 0, 0.689, 2.253, 3.817, 3.791 max_d=3.791 avg_d=2.253 std_dev=1.564
O3' B 0, 1.773, 3.621, 5.468, 5.415 max_d=5.415 avg_d=3.621 std_dev=1.848
OP2 B 0, 1.896, 3.755, 5.614, 5.280 max_d=5.280 avg_d=3.755 std_dev=1.859
P A 0, 1.222, 3.144, 5.066, 4.970 max_d=4.970 avg_d=3.144 std_dev=1.922
C4' B 0, 1.904, 3.855, 5.805, 5.751 max_d=5.751 avg_d=3.855 std_dev=1.951
N1 B 0, 1.861, 3.887, 5.914, 5.590 max_d=5.590 avg_d=3.887 std_dev=2.027
OP2 A 0, 1.768, 3.807, 5.846, 5.588 max_d=5.588 avg_d=3.807 std_dev=2.039
O4' B 0, 1.950, 4.013, 6.075, 5.962 max_d=5.962 avg_d=4.013 std_dev=2.063
O5' B 0, 1.838, 3.905, 5.971, 6.232 max_d=6.232 avg_d=3.905 std_dev=2.067
C6 B 0, 1.792, 4.097, 6.401, 6.216 max_d=6.216 avg_d=4.097 std_dev=2.305
P B 0, 2.245, 4.641, 7.037, 7.081 max_d=7.081 avg_d=4.641 std_dev=2.396
C5' B 0, 2.376, 4.783, 7.189, 6.993 max_d=6.993 avg_d=4.783 std_dev=2.407
OP1 A 0, 1.272, 3.693, 6.114, 6.049 max_d=6.049 avg_d=3.693 std_dev=2.421
O2 B 0, 2.501, 4.985, 7.469, 6.685 max_d=6.685 avg_d=4.985 std_dev=2.484
C2 B 0, 2.575, 5.143, 7.710, 6.873 max_d=6.873 avg_d=5.143 std_dev=2.567
C5 B 0, 2.445, 5.390, 8.335, 7.911 max_d=7.911 avg_d=5.390 std_dev=2.945
OP1 B 0, 2.496, 5.546, 8.596, 9.587 max_d=9.587 avg_d=5.546 std_dev=3.050
N3 B 0, 3.329, 6.665, 10.001, 8.851 max_d=8.851 avg_d=6.665 std_dev=3.336
C4 B 0, 3.304, 6.773, 10.241, 9.280 max_d=9.280 avg_d=6.773 std_dev=3.468
N4 B 0, 4.085, 8.336, 12.587, 11.317 max_d=11.317 avg_d=8.336 std_dev=4.251

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.20 0.08 0.26 0.12
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.02 0.05 0.03 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.10 0.03 0.58 0.30 0.73 0.38
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.03 0.08 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.32 0.28 0.27 0.20
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.02 0.10 0.05 0.11 0.12 0.10 0.02 0.01 0.02 0.43 0.53 0.23 0.32
C4 0.02 0.02 0.07 0.11 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.14 0.04 0.84 0.61 1.08 0.66
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.07 0.09 0.04 0.05 0.04 0.01 0.02 0.17 0.18 0.08
C5 0.01 0.03 0.07 0.11 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.14 0.04 0.84 0.63 1.04 0.67
C5' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.14 0.08 0.12 0.17 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.36 0.37 0.02
C6 0.01 0.02 0.07 0.10 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.12 0.03 0.69 0.43 0.75 0.48
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.52 0.25 0.58 0.31
N3 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.14 0.03 0.73 0.47 0.94 0.54
N4 0.02 0.02 0.07 0.12 0.00 0.09 0.02 0.17 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.17 0.04 0.91 0.74 1.22 0.77
O2 0.03 0.01 0.09 0.10 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.05 0.11 0.05 0.45 0.18 0.62 0.27
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.00 0.08 0.05 0.09 0.13 0.11 0.11
O3' 0.04 0.10 0.04 0.01 0.14 0.04 0.14 0.03 0.12 0.05 0.14 0.17 0.11 0.08 0.00 0.04 0.36 0.66 0.26 0.35
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.00 0.06 0.21 0.25 0.24
O5' 0.20 0.58 0.32 0.43 0.84 0.02 0.84 0.01 0.69 0.52 0.73 0.91 0.45 0.09 0.36 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.30 0.28 0.53 0.61 0.17 0.63 0.36 0.43 0.25 0.47 0.74 0.18 0.13 0.66 0.21 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.73 0.27 0.23 1.08 0.18 1.04 0.37 0.75 0.58 0.94 1.22 0.62 0.11 0.26 0.25 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.12 0.38 0.20 0.32 0.66 0.08 0.67 0.02 0.48 0.31 0.54 0.77 0.27 0.11 0.35 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.61 1.15 0.22 0.32 1.38 0.72 1.14 0.79 0.92 0.87 1.43 1.59 1.15 0.17 0.27 0.74 1.14 1.03 1.17 1.15
C2 0.90 1.54 0.29 0.49 1.91 1.04 1.61 1.17 1.33 1.22 1.93 2.18 1.47 0.20 0.63 1.15 1.65 1.62 1.63 1.71
C2' 0.55 1.09 0.20 0.33 1.36 0.76 1.09 0.85 0.85 0.79 1.39 1.60 1.06 0.16 0.41 0.72 1.07 1.00 1.05 1.09
C3' 0.45 0.83 0.21 0.34 1.07 0.81 0.83 0.89 0.62 0.58 1.09 1.28 0.81 0.19 0.44 0.70 0.81 0.77 0.76 0.81
C4 1.03 1.59 0.29 0.56 2.03 1.16 1.76 1.27 1.49 1.33 1.99 2.28 1.43 0.19 0.92 1.36 1.73 1.61 1.70 1.79
C4' 0.31 0.66 0.16 0.16 0.85 0.59 0.65 0.64 0.48 0.45 0.87 1.01 0.65 0.16 0.13 0.51 0.64 0.50 0.69 0.62
C5 0.89 1.35 0.25 0.45 1.64 0.96 1.44 0.96 1.22 1.13 1.64 1.81 1.23 0.18 0.79 1.13 1.26 1.04 1.31 1.28
C5' 0.28 0.41 0.21 0.14 0.52 0.63 0.37 0.68 0.24 0.25 0.55 0.64 0.43 0.22 0.18 0.57 0.38 0.36 0.41 0.36
C6 0.72 1.20 0.23 0.35 1.43 0.80 1.22 0.81 1.02 0.96 1.45 1.59 1.15 0.17 0.50 0.88 1.09 0.89 1.15 1.09
N1 0.75 1.32 0.25 0.40 1.59 0.86 1.33 0.93 1.10 1.02 1.62 1.80 1.28 0.19 0.46 0.93 1.31 1.19 1.33 1.33
N3 1.01 1.65 0.30 0.56 2.11 1.16 1.80 1.32 1.50 1.34 2.09 2.41 1.53 0.19 0.82 1.32 1.84 1.85 1.81 1.94
N4 1.13 1.66 0.31 0.64 2.24 1.28 1.99 1.46 1.68 1.45 2.12 2.53 1.41 0.19 1.13 1.55 1.98 1.88 1.95 2.10
O2 0.91 1.58 0.30 0.51 1.97 1.04 1.65 1.21 1.36 1.23 1.99 2.27 1.52 0.21 0.59 1.15 1.73 1.78 1.71 1.82
O2' 0.54 1.11 0.21 0.28 1.37 0.69 1.09 0.78 0.85 0.80 1.41 1.61 1.11 0.17 0.26 0.67 1.08 1.02 1.08 1.11
O3' 0.47 0.79 0.24 0.38 1.02 0.89 0.77 1.01 0.57 0.55 1.05 1.24 0.79 0.22 0.47 0.76 0.79 0.83 0.69 0.81
O4' 0.42 0.86 0.17 0.22 1.03 0.55 0.84 0.59 0.67 0.63 1.07 1.18 0.86 0.16 0.13 0.52 0.84 0.66 0.92 0.82
O5' 0.64 0.72 0.50 0.46 0.89 0.60 0.85 0.54 0.76 0.69 0.83 0.98 0.64 0.46 0.42 0.73 0.83 0.56 1.10 0.83
OP1 0.75 0.89 0.51 0.42 0.81 0.54 0.74 0.45 0.71 0.78 0.87 0.81 1.00 0.41 0.48 0.81 0.60 0.48 0.95 0.65
OP2 1.29 1.11 0.96 0.84 0.95 1.25 0.95 1.09 1.02 1.13 1.00 0.90 1.20 0.83 0.65 1.46 0.94 0.57 1.07 0.89
P 0.76 0.73 0.55 0.44 0.68 0.69 0.66 0.57 0.65 0.70 0.69 0.69 0.81 0.47 0.37 0.88 0.64 0.40 0.94 0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.17 0.01 0.21 0.18 0.34 0.10
C2 0.02 0.00 0.13 0.20 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.09 0.07 0.38 0.27 0.33 0.21
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.03 0.02 0.12 0.14 0.15 0.01 0.09 0.03 0.25 0.00 0.03 0.01 0.45 0.51 0.49 0.40
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.23 0.01 0.20 0.03 0.17 0.15 0.23 0.25 0.19 0.02 0.01 0.02 0.34 0.44 0.18 0.24
C4 0.02 0.02 0.03 0.23 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.26 0.13 0.04 0.48 0.32 0.36 0.31
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.05 0.09 0.05 0.23 0.01 0.01 0.04 0.18 0.34 0.05
C5 0.02 0.02 0.12 0.20 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.14 0.08 0.49 0.31 0.35 0.31
C5' 0.06 0.09 0.14 0.03 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.10 0.12 0.16 0.08 0.09 0.14 0.03 0.01 0.25 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.17 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.11 0.09 0.44 0.27 0.32 0.23
N1 0.01 0.01 0.01 0.15 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.04 0.01 0.36 0.24 0.32 0.17
N3 0.01 0.01 0.09 0.23 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.11 0.05 0.45 0.31 0.35 0.27
N4 0.02 0.02 0.03 0.25 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.29 0.16 0.05 0.50 0.34 0.39 0.34
O2 0.03 0.00 0.25 0.19 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.16 0.12 0.33 0.25 0.32 0.17
O2' 0.03 0.10 0.00 0.02 0.26 0.23 0.31 0.09 0.27 0.15 0.17 0.29 0.07 0.00 0.05 0.16 0.26 0.37 0.51 0.28
O3' 0.17 0.09 0.03 0.01 0.13 0.01 0.14 0.14 0.11 0.04 0.11 0.16 0.16 0.05 0.00 0.12 0.26 0.48 0.23 0.26
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.03 0.09 0.01 0.05 0.05 0.12 0.16 0.12 0.00 0.05 0.14 0.41 0.15
O5' 0.21 0.38 0.45 0.34 0.48 0.04 0.49 0.01 0.44 0.36 0.45 0.50 0.33 0.26 0.26 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.27 0.51 0.44 0.32 0.18 0.31 0.25 0.27 0.24 0.31 0.34 0.25 0.37 0.48 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.33 0.49 0.18 0.36 0.34 0.35 0.39 0.32 0.32 0.35 0.39 0.32 0.51 0.23 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.21 0.40 0.24 0.31 0.05 0.31 0.02 0.23 0.17 0.27 0.34 0.17 0.28 0.26 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00