ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54203

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 3, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, -0.002, 0.006, 0.015, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.006 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, -0.001, 0.009, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, -0.001, 0.018, 0.038, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.018 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.001, 0.024, 0.048, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.196, 0.332, 0.468, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.332 std_dev=0.136
C2' A 0, 0.207, 0.344, 0.481, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.344 std_dev=0.137
O2' A 0, 0.214, 0.367, 0.520, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.367 std_dev=0.153
C4' A 0, 0.304, 0.504, 0.704, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.504 std_dev=0.200
C3' A 0, 0.323, 0.538, 0.754, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.538 std_dev=0.215
C2' B 0, 0.336, 0.566, 0.795, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.566 std_dev=0.229
O2' B 0, 0.299, 0.545, 0.790, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.545 std_dev=0.245
C3' B 0, 0.454, 0.728, 1.002, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.728 std_dev=0.274
O3' A 0, 0.464, 0.762, 1.059, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.762 std_dev=0.297
O5' A 0, 0.493, 0.819, 1.145, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.819 std_dev=0.326
C5' A 0, 0.504, 0.847, 1.190, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.847 std_dev=0.343
OP2 B 0, 0.610, 0.973, 1.335, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.973 std_dev=0.363
P A 0, 0.623, 1.015, 1.407, 1.409 max_d=1.409 avg_d=1.015 std_dev=0.392
OP2 A 0, 0.377, 0.783, 1.190, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.783 std_dev=0.406
P B 0, 0.671, 1.181, 1.690, 2.060 max_d=2.060 avg_d=1.181 std_dev=0.510
O5' B 0, 0.954, 1.555, 2.155, 2.341 max_d=2.341 avg_d=1.555 std_dev=0.601
OP1 B 0, 0.942, 1.572, 2.202, 2.452 max_d=2.452 avg_d=1.572 std_dev=0.630
OP1 A 0, 0.752, 1.434, 2.117, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.434 std_dev=0.682
O3' B 0, 1.195, 1.881, 2.567, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.881 std_dev=0.686
C1' B 0, 1.055, 1.761, 2.467, 2.880 max_d=2.880 avg_d=1.761 std_dev=0.706
C4' B 0, 1.279, 2.062, 2.844, 3.092 max_d=3.092 avg_d=2.062 std_dev=0.782
O4' B 0, 1.501, 2.474, 3.447, 3.959 max_d=3.959 avg_d=2.474 std_dev=0.973
C5' B 0, 1.838, 2.902, 3.967, 4.013 max_d=4.013 avg_d=2.902 std_dev=1.064
N1 B 0, 1.885, 3.008, 4.132, 4.376 max_d=4.376 avg_d=3.008 std_dev=1.124
O2 B 0, 2.239, 3.533, 4.826, 4.895 max_d=4.895 avg_d=3.533 std_dev=1.294
C6 B 0, 2.393, 3.763, 5.133, 5.107 max_d=5.107 avg_d=3.763 std_dev=1.370
C2 B 0, 2.416, 3.831, 5.246, 5.444 max_d=5.444 avg_d=3.831 std_dev=1.415
C5 B 0, 3.162, 4.962, 6.763, 6.686 max_d=6.686 avg_d=4.962 std_dev=1.801
N3 B 0, 3.295, 5.205, 7.115, 7.274 max_d=7.274 avg_d=5.205 std_dev=1.910
C4 B 0, 3.593, 5.662, 7.731, 7.818 max_d=7.818 avg_d=5.662 std_dev=2.069
N4 B 0, 4.467, 7.031, 9.595, 9.651 max_d=9.651 avg_d=7.031 std_dev=2.564

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.12 0.05 0.11 0.02
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.20 0.11 0.20 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.05 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.11 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.27 0.19 0.30 0.13
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.27 0.17 0.30 0.13
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.09 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.07 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.24 0.11 0.22 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.09 0.17 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.24 0.16 0.26 0.10
N4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.28 0.22 0.34 0.15
O2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.04 0.16 0.09 0.17 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.05 0.05
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.14 0.15 0.21 0.10
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.12 0.04 0.12 0.03
O5' 0.12 0.20 0.03 0.04 0.27 0.01 0.27 0.01 0.24 0.19 0.24 0.28 0.16 0.01 0.14 0.12 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.11 0.10 0.13 0.19 0.05 0.17 0.05 0.11 0.09 0.16 0.22 0.09 0.08 0.15 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.20 0.05 0.11 0.30 0.03 0.30 0.01 0.22 0.17 0.26 0.34 0.17 0.05 0.21 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.04 0.07 0.13 0.03 0.13 0.01 0.08 0.05 0.10 0.15 0.04 0.05 0.10 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.51 0.28 0.24 0.61 0.21 0.56 0.21 0.47 0.43 0.60 0.67 0.47 0.20 0.16 0.27 0.25 0.24 0.28 0.24
C2 0.21 0.41 0.23 0.22 0.57 0.16 0.52 0.18 0.41 0.34 0.53 0.64 0.32 0.11 0.18 0.18 0.19 0.19 0.24 0.19
C2' 0.32 0.45 0.29 0.27 0.58 0.24 0.55 0.25 0.47 0.41 0.54 0.63 0.38 0.24 0.23 0.28 0.28 0.29 0.31 0.28
C3' 0.32 0.42 0.26 0.25 0.52 0.26 0.50 0.26 0.43 0.38 0.50 0.57 0.37 0.26 0.21 0.30 0.29 0.31 0.31 0.29
C4 0.12 0.27 0.16 0.18 0.49 0.15 0.46 0.18 0.35 0.24 0.43 0.55 0.12 0.03 0.17 0.17 0.15 0.16 0.21 0.15
C4' 0.35 0.48 0.25 0.21 0.55 0.24 0.50 0.24 0.43 0.42 0.55 0.59 0.46 0.23 0.12 0.32 0.26 0.26 0.28 0.26
C5 0.19 0.34 0.21 0.21 0.49 0.14 0.47 0.16 0.39 0.31 0.44 0.52 0.22 0.07 0.17 0.16 0.19 0.19 0.25 0.19
C5' 0.32 0.42 0.19 0.14 0.46 0.22 0.41 0.22 0.36 0.36 0.47 0.50 0.42 0.19 0.07 0.31 0.23 0.23 0.24 0.23
C6 0.28 0.43 0.26 0.24 0.54 0.18 0.51 0.19 0.43 0.39 0.51 0.57 0.37 0.16 0.18 0.22 0.23 0.23 0.27 0.23
N1 0.28 0.46 0.26 0.24 0.58 0.19 0.54 0.20 0.45 0.40 0.56 0.63 0.40 0.16 0.18 0.23 0.23 0.22 0.27 0.22
N3 0.14 0.32 0.18 0.19 0.53 0.15 0.48 0.18 0.36 0.27 0.47 0.61 0.19 0.04 0.18 0.17 0.16 0.16 0.21 0.15
N4 0.13 0.13 0.09 0.15 0.42 0.19 0.39 0.21 0.26 0.11 0.33 0.51 0.25 0.09 0.17 0.24 0.12 0.14 0.18 0.12
O2 0.22 0.42 0.23 0.23 0.59 0.17 0.53 0.19 0.42 0.35 0.55 0.66 0.34 0.12 0.19 0.19 0.19 0.19 0.23 0.18
O2' 0.32 0.47 0.28 0.26 0.61 0.23 0.57 0.23 0.47 0.42 0.58 0.68 0.41 0.23 0.20 0.28 0.27 0.27 0.30 0.27
O3' 0.32 0.42 0.27 0.26 0.53 0.28 0.50 0.28 0.44 0.38 0.50 0.59 0.36 0.29 0.24 0.31 0.31 0.35 0.33 0.32
O4' 0.38 0.55 0.28 0.23 0.62 0.24 0.55 0.23 0.48 0.47 0.63 0.66 0.55 0.22 0.13 0.32 0.26 0.24 0.29 0.26
O5' 0.14 0.28 0.08 0.05 0.32 0.09 0.26 0.09 0.21 0.21 0.34 0.35 0.31 0.08 0.07 0.13 0.11 0.15 0.13 0.12
OP1 0.27 0.28 0.11 0.12 0.31 0.30 0.26 0.31 0.25 0.24 0.33 0.34 0.31 0.16 0.18 0.36 0.26 0.30 0.23 0.29
OP2 0.17 0.32 0.19 0.13 0.28 0.10 0.21 0.09 0.18 0.23 0.34 0.30 0.38 0.14 0.12 0.12 0.08 0.12 0.11 0.09
P 0.22 0.29 0.11 0.09 0.31 0.19 0.27 0.19 0.25 0.24 0.32 0.33 0.31 0.15 0.09 0.24 0.20 0.22 0.20 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.13 0.10 0.12 0.12
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.04 0.21 0.18 0.25 0.21
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.09 0.03 0.03 0.06 0.08 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.03 0.06 0.07 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.12 0.09
C4 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.31 0.31 0.39 0.34
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01
C5 0.01 0.01 0.10 0.10 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.12 0.03 0.33 0.34 0.40 0.37
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01
C6 0.00 0.00 0.09 0.10 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.12 0.03 0.30 0.28 0.30 0.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.22 0.19 0.22 0.21
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.26 0.25 0.33 0.28
N4 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.33 0.35 0.43 0.38
O2 0.05 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.09 0.15 0.11 0.19 0.15
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.03 0.08 0.03 0.06 0.02 0.05 0.07 0.09 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.07 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.12 0.03 0.04 0.08 0.10 0.01 0.00 0.01 0.18 0.19 0.25 0.21
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.09 0.03 0.01 0.00 0.14 0.13 0.13 0.13
O5' 0.13 0.21 0.05 0.08 0.31 0.01 0.33 0.01 0.30 0.22 0.26 0.33 0.15 0.03 0.18 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.18 0.03 0.05 0.31 0.03 0.34 0.09 0.28 0.19 0.25 0.35 0.11 0.07 0.19 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.25 0.05 0.12 0.39 0.07 0.40 0.10 0.30 0.22 0.33 0.43 0.19 0.07 0.25 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.21 0.03 0.09 0.34 0.01 0.37 0.01 0.31 0.21 0.28 0.38 0.15 0.04 0.21 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00