ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54205

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, -0.001, 0.007, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.039 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.007, 0.033, 0.059, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.033 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.071, 0.148, 0.224, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.148 std_dev=0.076
O4' A 0, 0.037, 0.127, 0.216, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.127 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.115, 0.234, 0.353, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.234 std_dev=0.119
C4' A 0, 0.085, 0.205, 0.325, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.205 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.103, 0.232, 0.360, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.232 std_dev=0.129
O5' A 0, 0.100, 0.296, 0.491, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.296 std_dev=0.195
C5' A 0, 0.131, 0.330, 0.529, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.330 std_dev=0.199
O3' A 0, 0.161, 0.361, 0.560, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.361 std_dev=0.199
C2' B 0, 0.405, 0.705, 1.005, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.705 std_dev=0.300
C1' B 0, 0.383, 0.766, 1.148, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.766 std_dev=0.382
C3' B 0, 0.436, 0.833, 1.230, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.833 std_dev=0.397
O2' B 0, 0.292, 0.762, 1.232, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.762 std_dev=0.470
O3' B 0, 0.309, 0.914, 1.519, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.914 std_dev=0.605
C4' B 0, 0.384, 1.003, 1.621, 1.968 max_d=1.968 avg_d=1.003 std_dev=0.618
N1 B 0, 0.301, 0.930, 1.559, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.930 std_dev=0.629
O4' B 0, 0.297, 0.926, 1.556, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.926 std_dev=0.629
C6 B 0, 0.266, 1.042, 1.817, 2.304 max_d=2.304 avg_d=1.042 std_dev=0.776
C5' B 0, 0.450, 1.237, 2.024, 2.442 max_d=2.442 avg_d=1.237 std_dev=0.787
O2 B 0, 0.302, 1.102, 1.901, 2.351 max_d=2.351 avg_d=1.102 std_dev=0.800
C2 B 0, 0.266, 1.111, 1.955, 2.480 max_d=2.480 avg_d=1.111 std_dev=0.845
P A 0, -0.048, 0.943, 1.934, 2.647 max_d=2.647 avg_d=0.943 std_dev=0.991
O5' B 0, 0.235, 1.255, 2.274, 2.926 max_d=2.926 avg_d=1.255 std_dev=1.019
C5 B 0, 0.225, 1.266, 2.307, 2.981 max_d=2.981 avg_d=1.266 std_dev=1.041
P B 0, 0.180, 1.290, 2.400, 3.147 max_d=3.147 avg_d=1.290 std_dev=1.110
OP1 B 0, 0.355, 1.499, 2.644, 3.366 max_d=3.366 avg_d=1.499 std_dev=1.144
OP2 B 0, 0.213, 1.359, 2.506, 3.271 max_d=3.271 avg_d=1.359 std_dev=1.146
N3 B 0, 0.165, 1.361, 2.557, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.361 std_dev=1.196
C4 B 0, 0.156, 1.418, 2.680, 3.498 max_d=3.498 avg_d=1.418 std_dev=1.262
N4 B 0, 0.073, 1.684, 3.295, 4.321 max_d=4.321 avg_d=1.684 std_dev=1.611
OP2 A 0, 0.113, 1.741, 3.369, 4.419 max_d=4.419 avg_d=1.741 std_dev=1.628
OP1 A 0, -0.092, 1.860, 3.812, 5.118 max_d=5.118 avg_d=1.860 std_dev=1.952

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.08 0.31 0.58 0.18
C2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.02 0.10 0.43 1.02 0.27
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.11 0.00 0.02 0.00 0.04 0.56 0.75 0.35
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.12 0.05 0.04 0.05 0.10 0.01 0.01 0.01 0.05 0.76 0.66 0.39
C4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.08 0.57 1.12 0.19
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.37 0.23 0.14
C5 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.13 0.03 0.05 0.67 0.93 0.13
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.02 0.04 0.07 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.23 0.32 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.14 0.02 0.04 0.56 0.75 0.13
N1 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.40 0.82 0.20
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.09 0.48 1.15 0.27
N4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.09 0.61 1.18 0.18
O2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.14 0.03 0.10 0.42 1.00 0.31
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.07 0.03 0.13 0.00 0.02 0.04 0.04 0.60 0.59 0.30
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.07 0.02 0.13 0.04 0.14 0.06 0.08 0.07 0.14 0.02 0.00 0.02 0.10 1.11 0.64 0.46
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.10 0.33 0.26 0.11
O5' 0.08 0.10 0.04 0.05 0.08 0.02 0.05 0.01 0.04 0.08 0.09 0.09 0.10 0.04 0.10 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.31 0.43 0.56 0.76 0.57 0.37 0.67 0.23 0.56 0.40 0.48 0.61 0.42 0.60 1.11 0.33 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.58 1.02 0.75 0.66 1.12 0.23 0.93 0.32 0.75 0.82 1.15 1.18 1.00 0.59 0.64 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.27 0.35 0.39 0.19 0.14 0.13 0.01 0.13 0.20 0.27 0.18 0.31 0.30 0.46 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.43 0.22 0.17 0.46 0.36 0.41 0.53 0.37 0.37 0.48 0.49 0.44 0.38 0.26 0.40 0.40 0.52 0.38 0.41
C2 0.19 0.46 0.18 0.16 0.49 0.24 0.37 0.32 0.29 0.32 0.53 0.54 0.50 0.36 0.44 0.16 0.18 0.23 0.17 0.14
C2' 0.23 0.36 0.21 0.17 0.34 0.37 0.28 0.54 0.26 0.27 0.39 0.37 0.43 0.41 0.21 0.35 0.39 0.54 0.40 0.41
C3' 0.23 0.32 0.23 0.17 0.27 0.39 0.24 0.56 0.24 0.24 0.33 0.29 0.42 0.43 0.11 0.36 0.43 0.58 0.48 0.46
C4 0.11 0.50 0.16 0.22 0.51 0.29 0.38 0.26 0.28 0.30 0.58 0.57 0.58 0.37 0.56 0.12 0.26 0.23 0.26 0.21
C4' 0.34 0.34 0.27 0.23 0.37 0.50 0.41 0.71 0.41 0.35 0.35 0.38 0.35 0.41 0.05 0.52 0.59 0.75 0.64 0.63
C5 0.17 0.52 0.16 0.22 0.52 0.27 0.41 0.25 0.32 0.36 0.58 0.56 0.56 0.35 0.56 0.10 0.16 0.18 0.17 0.12
C5' 0.40 0.35 0.32 0.29 0.44 0.59 0.51 0.78 0.51 0.42 0.37 0.44 0.31 0.40 0.15 0.61 0.69 0.83 0.78 0.73
C6 0.26 0.48 0.17 0.17 0.50 0.27 0.43 0.36 0.37 0.39 0.53 0.54 0.48 0.35 0.46 0.29 0.25 0.31 0.27 0.25
N1 0.25 0.46 0.19 0.15 0.48 0.28 0.40 0.40 0.34 0.36 0.51 0.52 0.48 0.36 0.39 0.28 0.25 0.34 0.25 0.25
N3 0.13 0.47 0.17 0.19 0.50 0.26 0.38 0.27 0.28 0.29 0.55 0.56 0.53 0.37 0.51 0.08 0.22 0.21 0.25 0.18
N4 0.11 0.49 0.17 0.26 0.52 0.38 0.40 0.34 0.30 0.25 0.61 0.60 0.63 0.39 0.58 0.28 0.42 0.39 0.45 0.39
O2 0.20 0.45 0.19 0.15 0.48 0.24 0.37 0.35 0.29 0.31 0.52 0.53 0.49 0.36 0.41 0.18 0.19 0.26 0.17 0.15
O2' 0.24 0.35 0.22 0.18 0.34 0.41 0.29 0.61 0.27 0.27 0.39 0.37 0.42 0.42 0.15 0.38 0.47 0.65 0.46 0.49
O3' 0.22 0.37 0.24 0.16 0.29 0.39 0.21 0.58 0.22 0.24 0.39 0.31 0.51 0.46 0.05 0.33 0.45 0.65 0.53 0.51
O4' 0.38 0.46 0.26 0.19 0.52 0.44 0.51 0.64 0.47 0.44 0.50 0.54 0.43 0.36 0.17 0.53 0.53 0.65 0.53 0.55
O5' 0.40 0.37 0.30 0.23 0.42 0.50 0.46 0.60 0.46 0.41 0.38 0.42 0.34 0.41 0.04 0.57 0.54 0.60 0.66 0.58
OP1 0.37 0.37 0.12 0.40 0.34 0.75 0.38 0.95 0.39 0.35 0.35 0.33 0.45 0.28 0.03 0.60 1.07 1.06 0.94 1.06
OP2 1.07 1.25 0.84 0.26 1.12 0.30 0.97 0.21 0.94 1.10 1.23 1.13 1.35 1.07 0.03 0.81 0.27 0.45 0.36 0.26
P 0.36 0.41 0.29 0.02 0.34 0.07 0.29 0.24 0.28 0.35 0.39 0.34 0.48 0.44 0.01 0.27 0.18 0.34 0.32 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.23 0.00 0.15 0.10 0.36 0.22
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.31 0.04 0.31 0.20 0.36 0.34
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.16 0.03 0.02 0.06 0.05 0.08 0.00 0.11 0.02 0.11 0.05 0.42 0.21
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.12 0.01 0.18 0.04 0.18 0.08 0.06 0.13 0.11 0.03 0.01 0.01 0.11 0.20 0.44 0.23
C4 0.01 0.00 0.04 0.12 0.00 0.10 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.15 0.02 0.41 0.28 0.40 0.44
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.06 0.11 0.04 0.14 0.03 0.00 0.02 0.09 0.21 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.18 0.00 0.13 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.13 0.03 0.40 0.25 0.42 0.42
C5' 0.10 0.18 0.16 0.04 0.30 0.01 0.34 0.00 0.31 0.21 0.24 0.32 0.11 0.06 0.16 0.01 0.01 0.10 0.14 0.03
C6 0.01 0.01 0.03 0.18 0.00 0.12 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.11 0.04 0.34 0.18 0.40 0.35
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.17 0.01 0.28 0.17 0.37 0.31
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.06 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.26 0.04 0.37 0.26 0.38 0.41
N4 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.11 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.15 0.02 0.44 0.31 0.41 0.48
O2 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.04 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.46 0.05 0.25 0.18 0.34 0.30
O2' 0.04 0.19 0.00 0.03 0.20 0.14 0.15 0.06 0.11 0.11 0.22 0.22 0.21 0.00 0.19 0.10 0.13 0.09 0.45 0.23
O3' 0.23 0.31 0.11 0.01 0.15 0.03 0.13 0.16 0.11 0.17 0.26 0.15 0.46 0.19 0.00 0.14 0.13 0.37 0.49 0.29
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.10 0.14 0.00 0.09 0.09 0.31 0.17
O5' 0.15 0.31 0.11 0.11 0.41 0.02 0.40 0.01 0.34 0.28 0.37 0.44 0.25 0.13 0.13 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.20 0.05 0.20 0.28 0.09 0.25 0.10 0.18 0.17 0.26 0.31 0.18 0.09 0.37 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.36 0.42 0.44 0.40 0.21 0.42 0.14 0.40 0.37 0.38 0.41 0.34 0.45 0.49 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.34 0.21 0.23 0.44 0.07 0.42 0.03 0.35 0.31 0.41 0.48 0.30 0.23 0.29 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00