ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54207

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.037, 0.114, 0.192, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.114 std_dev=0.078
O4' A 0, 0.013, 0.098, 0.184, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.098 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.038, 0.135, 0.232, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.135 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.049, 0.165, 0.280, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.165 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.065, 0.187, 0.309, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.187 std_dev=0.122
O3' A 0, 0.099, 0.275, 0.451, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.275 std_dev=0.176
C5' B 0, 0.069, 0.256, 0.442, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.256 std_dev=0.187
C5' A 0, 0.088, 0.284, 0.480, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.284 std_dev=0.196
O5' A 0, 0.096, 0.311, 0.526, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.311 std_dev=0.215
C4' B 0, 0.034, 0.259, 0.483, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.259 std_dev=0.224
O4' B 0, 0.051, 0.278, 0.504, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.278 std_dev=0.226
O5' B 0, 0.077, 0.320, 0.562, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.320 std_dev=0.242
P A 0, 0.101, 0.361, 0.620, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.361 std_dev=0.260
P B 0, 0.110, 0.373, 0.636, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.373 std_dev=0.263
OP2 A 0, 0.143, 0.410, 0.676, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.410 std_dev=0.266
OP1 A 0, 0.129, 0.413, 0.697, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.413 std_dev=0.284
OP1 B 0, 0.157, 0.441, 0.726, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.441 std_dev=0.284
O2 B 0, 0.026, 0.322, 0.619, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.322 std_dev=0.296
OP2 B 0, 0.215, 0.524, 0.834, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.524 std_dev=0.309
C1' B 0, 0.063, 0.375, 0.687, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.375 std_dev=0.312
C3' B 0, 0.049, 0.370, 0.691, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.370 std_dev=0.321
C2 B 0, 0.064, 0.399, 0.734, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.399 std_dev=0.335
N1 B 0, 0.077, 0.435, 0.793, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.435 std_dev=0.358
C2' B 0, 0.042, 0.403, 0.763, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.403 std_dev=0.360
O2' B 0, 0.017, 0.383, 0.749, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.383 std_dev=0.366
O3' B 0, 0.041, 0.408, 0.775, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.408 std_dev=0.367
N3 B 0, 0.073, 0.460, 0.846, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.460 std_dev=0.387
C6 B 0, 0.083, 0.529, 0.976, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.529 std_dev=0.446
C4 B 0, 0.099, 0.549, 1.000, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.549 std_dev=0.451
C5 B 0, 0.097, 0.587, 1.076, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.587 std_dev=0.489
N4 B 0, 0.110, 0.610, 1.111, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.610 std_dev=0.500

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04
C2 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.06 0.08 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.07 0.11 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.07 0.07 0.11 0.08
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.07 0.06 0.09 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.05
N3 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.07 0.10 0.08
N4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.08 0.12 0.09
O2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.04 0.06 0.08 0.06
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.06 0.06 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.04
O5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.06 0.02 0.01 0.07 0.03 0.07 0.02 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.08 0.06 0.06 0.11 0.02 0.11 0.01 0.09 0.07 0.10 0.12 0.08 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.03 0.02 0.08 0.02 0.08 0.00 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.08 0.10 0.09 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05
C2 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.13 0.09 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05
C2' 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.04 0.06 0.04 0.07 0.07 0.09 0.07 0.12 0.10 0.09 0.08 0.04 0.06 0.04 0.04
C3' 0.09 0.12 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.10 0.12 0.09 0.17 0.10 0.09 0.11 0.08 0.09 0.07 0.07
C4 0.07 0.05 0.11 0.08 0.05 0.05 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.16 0.10 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04
C4' 0.08 0.11 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.15 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07
C5 0.07 0.05 0.13 0.11 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.19 0.15 0.05 0.06 0.08 0.05 0.06
C5' 0.11 0.14 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.13 0.09 0.19 0.08 0.08 0.12 0.10 0.11 0.09 0.10
C6 0.06 0.06 0.11 0.10 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.17 0.14 0.06 0.06 0.08 0.05 0.06
N1 0.04 0.05 0.08 0.07 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.12 0.10 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05
N3 0.07 0.05 0.10 0.08 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.14 0.10 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05
N4 0.10 0.07 0.12 0.09 0.06 0.07 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.16 0.10 0.07 0.03 0.06 0.05 0.04
O2 0.05 0.05 0.08 0.07 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.12 0.09 0.03 0.04 0.06 0.06 0.06
O2' 0.04 0.08 0.06 0.05 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.05 0.08 0.06 0.11 0.09 0.10 0.06 0.03 0.05 0.04 0.04
O3' 0.11 0.15 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.12 0.12 0.15 0.11 0.20 0.10 0.09 0.12 0.09 0.10 0.08 0.09
O4' 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07
O5' 0.11 0.14 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.13 0.08 0.20 0.10 0.09 0.13 0.11 0.12 0.10 0.11
OP1 0.14 0.18 0.11 0.10 0.13 0.10 0.13 0.11 0.14 0.15 0.17 0.12 0.23 0.08 0.09 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14
OP2 0.15 0.16 0.13 0.14 0.10 0.15 0.11 0.16 0.14 0.14 0.15 0.09 0.23 0.11 0.13 0.17 0.18 0.19 0.16 0.18
P 0.13 0.15 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.13 0.14 0.09 0.22 0.10 0.10 0.14 0.14 0.14 0.12 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.02 0.06 0.07 0.06 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.11 0.03 0.07 0.08 0.14 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.12 0.13 0.12 0.13
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.03 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.02 0.16 0.17 0.16 0.17
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.11 0.05 0.06 0.10 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.02 0.15 0.15 0.11 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.04 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.09 0.10 0.09 0.10
N4 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.14 0.16 0.16 0.16
O2 0.01 0.00 0.13 0.14 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.17 0.02 0.06 0.08 0.08 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.01 0.12 0.02 0.12 0.03 0.08 0.09 0.17 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01
O5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.12 0.00 0.16 0.00 0.15 0.06 0.09 0.14 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.05 0.05 0.13 0.04 0.17 0.03 0.15 0.07 0.10 0.16 0.08 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.06 0.03 0.03 0.12 0.01 0.16 0.01 0.11 0.04 0.09 0.16 0.08 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.03 0.03 0.13 0.00 0.17 0.01 0.13 0.06 0.10 0.16 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00