ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54209

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C6 A 0, -0.002, 0.013, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.013 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.001, 0.018, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C4 A 0, -0.002, 0.015, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.017
O2 A 0, -0.004, 0.032, 0.068, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.032 std_dev=0.036
N4 A 0, -0.011, 0.034, 0.079, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.034 std_dev=0.045
O2' A 0, 0.015, 0.123, 0.230, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.123 std_dev=0.108
C2' A 0, -0.007, 0.174, 0.356, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.174 std_dev=0.181
O4' A 0, -0.010, 0.193, 0.396, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.193 std_dev=0.203
O5' A 0, 0.196, 0.473, 0.751, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.473 std_dev=0.277
C2' B 0, 0.194, 0.499, 0.804, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.499 std_dev=0.305
P A 0, 0.180, 0.501, 0.822, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.501 std_dev=0.321
C4' A 0, -0.018, 0.307, 0.633, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.307 std_dev=0.326
C3' A 0, -0.016, 0.311, 0.638, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.311 std_dev=0.327
OP1 A 0, 0.190, 0.519, 0.849, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.519 std_dev=0.329
C3' B 0, 0.318, 0.684, 1.050, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.684 std_dev=0.366
O2' B 0, 0.296, 0.679, 1.062, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.679 std_dev=0.383
C4' B 0, 0.335, 0.741, 1.146, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.741 std_dev=0.405
C5' A 0, 0.062, 0.483, 0.904, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.483 std_dev=0.421
C5' B 0, 0.352, 0.805, 1.258, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.805 std_dev=0.453
O5' B 0, 0.257, 0.765, 1.274, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.765 std_dev=0.509
C1' B 0, 0.127, 0.641, 1.155, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.641 std_dev=0.514
O3' A 0, -0.054, 0.467, 0.988, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.467 std_dev=0.521
OP2 A 0, 0.181, 0.723, 1.265, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.723 std_dev=0.542
O4' B 0, 0.153, 0.763, 1.372, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.763 std_dev=0.610
O3' B 0, 0.433, 1.094, 1.754, 2.211 max_d=2.211 avg_d=1.094 std_dev=0.660
P B 0, 0.338, 1.070, 1.802, 1.819 max_d=1.819 avg_d=1.070 std_dev=0.732
C6 B 0, 0.138, 0.931, 1.724, 2.533 max_d=2.533 avg_d=0.931 std_dev=0.793
N1 B 0, -0.010, 0.806, 1.621, 2.491 max_d=2.491 avg_d=0.806 std_dev=0.815
OP1 B 0, 0.432, 1.274, 2.116, 2.250 max_d=2.250 avg_d=1.274 std_dev=0.842
OP2 B 0, 0.320, 1.260, 2.200, 2.381 max_d=2.381 avg_d=1.260 std_dev=0.940
C5 B 0, 0.126, 1.175, 2.224, 3.359 max_d=3.359 avg_d=1.175 std_dev=1.049
C2 B 0, -0.338, 1.058, 2.455, 4.104 max_d=4.104 avg_d=1.058 std_dev=1.397
C4 B 0, -0.161, 1.379, 2.920, 4.715 max_d=4.715 avg_d=1.379 std_dev=1.540
O2 B 0, -0.534, 1.108, 2.751, 4.716 max_d=4.716 avg_d=1.108 std_dev=1.642
N3 B 0, -0.432, 1.342, 3.116, 5.233 max_d=5.233 avg_d=1.342 std_dev=1.774
N4 B 0, -0.216, 1.700, 3.615, 5.864 max_d=5.864 avg_d=1.700 std_dev=1.915

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.14 0.07 0.27 0.07
C2 0.02 0.00 0.11 0.12 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.14 0.02 0.17 0.07 0.42 0.13
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.11 0.10 0.13 0.00 0.00 0.01 0.11 0.14 0.23 0.11
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.13 0.00 0.08 0.03 0.05 0.07 0.14 0.15 0.13 0.00 0.00 0.01 0.08 0.18 0.12 0.10
C4 0.03 0.01 0.09 0.13 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.18 0.02 0.19 0.15 0.53 0.18
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.03 0.20 0.16 0.53 0.19
C5' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.06 0.07 0.09 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.21 0.10 0.44 0.15
N1 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.18 0.07 0.38 0.11
N3 0.02 0.00 0.11 0.14 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.18 0.02 0.18 0.11 0.49 0.16
N4 0.03 0.01 0.10 0.15 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.21 0.03 0.18 0.18 0.56 0.20
O2 0.03 0.00 0.13 0.13 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.14 0.03 0.15 0.07 0.38 0.10
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.07 0.07 0.08 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.16 0.06
O3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.18 0.02 0.12 0.01 0.07 0.07 0.18 0.21 0.14 0.04 0.00 0.02 0.12 0.20 0.14 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.09 0.18 0.14 0.06
O5' 0.14 0.17 0.11 0.08 0.19 0.01 0.20 0.01 0.21 0.18 0.18 0.18 0.15 0.05 0.12 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.07 0.14 0.18 0.15 0.09 0.16 0.11 0.10 0.07 0.11 0.18 0.07 0.06 0.20 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.42 0.23 0.12 0.53 0.05 0.53 0.05 0.44 0.38 0.49 0.56 0.38 0.16 0.14 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.13 0.11 0.10 0.18 0.03 0.19 0.01 0.15 0.11 0.16 0.20 0.10 0.06 0.10 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.30 0.18 0.19 0.25 0.16 0.23 0.16 0.20 0.17 0.32 0.28 0.46 0.18 0.24 0.14 0.17 0.20 0.57 0.20
C2 0.17 0.29 0.15 0.16 0.24 0.15 0.28 0.16 0.29 0.18 0.33 0.28 0.50 0.18 0.16 0.17 0.17 0.19 0.67 0.31
C2' 0.15 0.23 0.19 0.21 0.27 0.18 0.26 0.19 0.22 0.18 0.26 0.30 0.27 0.20 0.26 0.14 0.21 0.26 0.56 0.20
C3' 0.21 0.25 0.24 0.27 0.29 0.26 0.28 0.27 0.24 0.22 0.29 0.32 0.25 0.25 0.32 0.21 0.29 0.39 0.51 0.25
C4 0.23 0.23 0.16 0.16 0.24 0.19 0.28 0.20 0.30 0.20 0.30 0.27 0.38 0.20 0.16 0.24 0.17 0.22 0.68 0.33
C4' 0.20 0.26 0.23 0.26 0.26 0.24 0.24 0.24 0.21 0.20 0.28 0.27 0.33 0.24 0.34 0.21 0.23 0.34 0.53 0.22
C5 0.15 0.24 0.16 0.16 0.26 0.14 0.24 0.14 0.22 0.18 0.28 0.27 0.32 0.16 0.17 0.14 0.16 0.16 0.60 0.22
C5' 0.21 0.24 0.27 0.32 0.25 0.27 0.25 0.28 0.23 0.22 0.25 0.26 0.24 0.27 0.44 0.22 0.26 0.39 0.58 0.28
C6 0.14 0.26 0.17 0.17 0.25 0.14 0.23 0.15 0.20 0.17 0.28 0.27 0.35 0.16 0.20 0.12 0.18 0.19 0.56 0.19
N1 0.14 0.28 0.16 0.17 0.25 0.14 0.24 0.14 0.22 0.16 0.31 0.27 0.44 0.17 0.20 0.12 0.17 0.17 0.59 0.22
N3 0.23 0.27 0.16 0.16 0.24 0.19 0.31 0.20 0.34 0.21 0.33 0.28 0.48 0.20 0.16 0.25 0.19 0.25 0.71 0.36
N4 0.35 0.18 0.18 0.19 0.25 0.26 0.33 0.27 0.39 0.28 0.29 0.29 0.30 0.24 0.20 0.37 0.20 0.31 0.74 0.41
O2 0.18 0.31 0.16 0.16 0.25 0.16 0.30 0.17 0.32 0.19 0.36 0.29 0.54 0.18 0.16 0.18 0.18 0.21 0.69 0.33
O2' 0.15 0.23 0.19 0.21 0.26 0.18 0.26 0.18 0.23 0.17 0.26 0.28 0.32 0.20 0.26 0.14 0.20 0.25 0.57 0.20
O3' 0.24 0.27 0.28 0.31 0.32 0.32 0.30 0.33 0.27 0.24 0.31 0.34 0.26 0.30 0.36 0.26 0.37 0.50 0.49 0.31
O4' 0.20 0.36 0.20 0.21 0.27 0.20 0.22 0.20 0.19 0.21 0.37 0.29 0.52 0.20 0.28 0.19 0.19 0.25 0.52 0.18
O5' 0.20 0.24 0.26 0.30 0.26 0.24 0.24 0.26 0.22 0.22 0.26 0.28 0.24 0.24 0.40 0.21 0.24 0.38 0.58 0.27
OP1 0.33 0.37 0.42 0.53 0.37 0.42 0.35 0.46 0.34 0.33 0.40 0.39 0.40 0.36 0.72 0.39 0.44 0.61 0.65 0.45
OP2 0.54 0.81 0.66 0.64 0.75 0.48 0.63 0.48 0.57 0.64 0.84 0.78 0.92 0.53 0.66 0.45 0.49 0.56 0.89 0.55
P 0.29 0.36 0.37 0.43 0.36 0.34 0.33 0.35 0.31 0.30 0.38 0.37 0.38 0.32 0.55 0.30 0.35 0.48 0.62 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.12 0.07 0.64 0.20
C2 0.03 0.00 0.16 0.26 0.00 0.15 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.29 0.02 0.18 0.30 0.71 0.29
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.06 0.01 0.18 0.00 0.21 0.03 0.10 0.06 0.35 0.00 0.02 0.01 0.22 0.13 0.42 0.03
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.07 0.00 0.31 0.01 0.37 0.05 0.18 0.07 0.54 0.03 0.01 0.02 0.31 0.26 0.24 0.13
C4 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03 0.42 0.31 0.54 0.28
C4' 0.00 0.15 0.01 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.20 0.02 0.12 0.04 0.27 0.06 0.04 0.00 0.00 0.09 0.46 0.09
C5 0.02 0.01 0.18 0.31 0.00 0.15 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.36 0.03 0.57 0.27 0.42 0.30
C5' 0.02 0.23 0.00 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.25 0.05 0.21 0.13 0.37 0.06 0.08 0.01 0.01 0.14 0.32 0.01
C6 0.02 0.01 0.21 0.37 0.01 0.20 0.01 0.25 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.39 0.03 0.55 0.20 0.42 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.28 0.15 0.61 0.20
N3 0.02 0.00 0.10 0.18 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.20 0.03 0.26 0.36 0.67 0.30
N4 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.04 0.44 0.37 0.51 0.31
O2 0.07 0.01 0.35 0.54 0.01 0.27 0.02 0.37 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.14 0.63 0.04 0.08 0.38 0.79 0.35
O2' 0.01 0.08 0.00 0.03 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.02 0.08 0.06 0.14 0.00 0.01 0.04 0.11 0.16 0.46 0.06
O3' 0.00 0.29 0.02 0.01 0.09 0.04 0.36 0.08 0.39 0.05 0.20 0.10 0.63 0.01 0.00 0.03 0.32 0.47 0.14 0.27
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.00 0.06 0.12 0.71 0.28
O5' 0.12 0.18 0.22 0.31 0.42 0.00 0.57 0.01 0.55 0.28 0.26 0.44 0.08 0.11 0.32 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.07 0.30 0.13 0.26 0.31 0.09 0.27 0.14 0.20 0.15 0.36 0.37 0.38 0.16 0.47 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.64 0.71 0.42 0.24 0.54 0.46 0.42 0.32 0.42 0.61 0.67 0.51 0.79 0.46 0.14 0.71 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.29 0.03 0.13 0.28 0.09 0.30 0.01 0.23 0.20 0.30 0.31 0.35 0.06 0.27 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00