ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54212

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.007, 0.038, 0.068, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.038 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.002, 0.037, 0.072, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.037 std_dev=0.035
O2' B 0, 0.185, 0.373, 0.562, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.373 std_dev=0.189
O4' A 0, 0.113, 0.316, 0.519, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.316 std_dev=0.203
C2' A 0, 0.103, 0.329, 0.555, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.329 std_dev=0.226
O5' A 0, 0.137, 0.388, 0.638, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.388 std_dev=0.250
P A 0, 0.096, 0.379, 0.661, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.379 std_dev=0.283
C5' A 0, 0.244, 0.574, 0.904, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.574 std_dev=0.330
C4' A 0, 0.168, 0.559, 0.949, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.559 std_dev=0.391
C1' B 0, 0.170, 0.700, 1.230, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.700 std_dev=0.530
O2' A 0, 0.088, 0.627, 1.166, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.627 std_dev=0.539
C3' A 0, 0.133, 0.731, 1.329, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.731 std_dev=0.598
O4' B 0, 0.240, 0.889, 1.538, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.889 std_dev=0.649
C2' B 0, 0.127, 0.871, 1.614, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.871 std_dev=0.743
OP1 A 0, 0.092, 1.068, 2.044, 2.267 max_d=2.267 avg_d=1.068 std_dev=0.976
OP2 A 0, 0.023, 1.172, 2.321, 2.589 max_d=2.589 avg_d=1.172 std_dev=1.149
O3' A 0, 0.188, 1.344, 2.499, 2.724 max_d=2.724 avg_d=1.344 std_dev=1.155
C4' B 0, 0.059, 1.644, 3.229, 3.589 max_d=3.589 avg_d=1.644 std_dev=1.585
C3' B 0, -0.081, 1.573, 3.228, 3.599 max_d=3.599 avg_d=1.573 std_dev=1.655
N1 B 0, -0.123, 1.634, 3.391, 3.804 max_d=3.804 avg_d=1.634 std_dev=1.757
O3' B 0, -0.092, 1.919, 3.931, 4.374 max_d=4.374 avg_d=1.919 std_dev=2.011
O5' B 0, 0.083, 2.376, 4.670, 5.184 max_d=5.184 avg_d=2.376 std_dev=2.294
C6 B 0, -0.156, 2.301, 4.757, 5.330 max_d=5.330 avg_d=2.301 std_dev=2.457
C2 B 0, -0.352, 2.332, 5.016, 5.636 max_d=5.636 avg_d=2.332 std_dev=2.684
C5' B 0, -0.107, 2.597, 5.301, 5.918 max_d=5.918 avg_d=2.597 std_dev=2.704
O2 B 0, -0.345, 2.521, 5.388, 6.034 max_d=6.034 avg_d=2.521 std_dev=2.866
P B 0, 0.030, 2.899, 5.768, 6.408 max_d=6.408 avg_d=2.899 std_dev=2.869
OP2 B 0, 0.005, 2.942, 5.880, 6.531 max_d=6.531 avg_d=2.942 std_dev=2.937
C5 B 0, -0.353, 3.096, 6.545, 7.349 max_d=7.349 avg_d=3.096 std_dev=3.449
N3 B 0, -0.470, 3.219, 6.909, 7.759 max_d=7.759 avg_d=3.219 std_dev=3.689
OP1 B 0, 0.000, 3.708, 7.415, 8.231 max_d=8.231 avg_d=3.708 std_dev=3.707
C4 B 0, -0.487, 3.444, 7.374, 8.287 max_d=8.287 avg_d=3.444 std_dev=3.930
N4 B 0, -0.566, 4.377, 9.321, 10.461 max_d=10.461 avg_d=4.377 std_dev=4.943

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.29 0.01 0.16 0.46 0.05 0.18
C2 0.01 0.00 0.08 0.17 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.23 0.03 0.04 0.71 0.33 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.18 0.06 0.02 0.06 0.04 0.14 0.00 0.03 0.01 0.39 0.50 0.21 0.42
C3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.33 0.00 0.40 0.01 0.37 0.22 0.24 0.36 0.06 0.00 0.01 0.02 0.06 0.17 0.17 0.09
C4 0.01 0.01 0.04 0.33 0.00 0.12 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.09 0.02 0.11 0.90 0.65 0.03
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.16 0.08 0.07 0.13 0.03 0.29 0.02 0.00 0.02 0.12 0.18 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.40 0.00 0.17 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.24 0.05 0.14 0.91 0.67 0.04
C5' 0.07 0.02 0.18 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.08 0.02 0.03 0.10 0.05 0.10 0.24 0.01 0.01 0.26 0.38 0.01
C6 0.00 0.01 0.06 0.37 0.00 0.16 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.21 0.05 0.08 0.79 0.45 0.04
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.08 0.01 0.05 0.67 0.27 0.10
N3 0.01 0.01 0.06 0.24 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.33 0.12 0.02 0.05 0.82 0.50 0.03
N4 0.01 0.01 0.04 0.36 0.00 0.13 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.40 0.12 0.02 0.14 0.94 0.77 0.07
O2 0.02 0.00 0.14 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.44 0.05 0.08 0.62 0.22 0.11
O2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.36 0.29 0.33 0.10 0.25 0.20 0.33 0.40 0.16 0.00 0.07 0.19 0.25 0.29 0.16 0.31
O3' 0.29 0.23 0.03 0.01 0.09 0.02 0.24 0.24 0.21 0.08 0.12 0.12 0.44 0.07 0.00 0.19 0.32 0.65 0.49 0.43
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.19 0.19 0.00 0.03 0.26 0.10 0.07
O5' 0.16 0.04 0.39 0.06 0.11 0.02 0.14 0.01 0.08 0.05 0.05 0.14 0.08 0.25 0.32 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.46 0.71 0.50 0.17 0.90 0.12 0.91 0.26 0.79 0.67 0.82 0.94 0.62 0.29 0.65 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.33 0.21 0.17 0.65 0.18 0.67 0.38 0.45 0.27 0.50 0.77 0.22 0.16 0.49 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.08 0.42 0.09 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.10 0.03 0.07 0.11 0.31 0.43 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.55 0.60 0.82 1.42 0.28 1.69 0.54 1.42 0.81 0.90 1.61 0.17 0.07 0.68 0.22 0.36 1.00 0.40 0.53
C2 0.34 1.00 0.53 0.42 1.71 0.15 1.71 0.08 1.36 0.95 1.39 1.95 0.60 0.04 0.19 0.04 0.14 0.31 0.14 0.04
C2' 0.28 0.55 0.60 0.87 1.60 0.29 1.92 0.60 1.57 0.85 0.97 1.86 0.21 0.15 0.72 0.21 0.45 1.02 0.47 0.56
C3' 0.86 0.88 1.18 1.60 1.94 1.08 2.43 1.50 2.15 1.35 1.23 2.14 0.14 0.37 1.44 0.93 1.30 1.94 1.35 1.45
C4 0.33 1.04 0.49 0.26 1.54 0.29 1.46 0.28 1.18 0.91 1.36 1.71 0.77 0.01 0.08 0.09 0.30 0.14 0.33 0.19
C4' 0.49 0.32 0.82 1.32 1.23 0.86 1.76 1.31 1.59 0.84 0.57 1.35 0.42 0.09 1.26 0.64 1.04 1.83 1.11 1.26
C5 0.31 0.66 0.58 0.62 1.25 0.10 1.39 0.23 1.19 0.78 0.93 1.36 0.26 0.05 0.46 0.11 0.11 0.65 0.07 0.24
C5' 0.39 0.10 0.76 1.45 0.77 1.03 1.43 1.58 1.37 0.60 0.09 0.81 0.84 0.07 1.49 0.68 1.25 2.18 1.34 1.52
C6 0.30 0.51 0.61 0.81 1.23 0.27 1.49 0.49 1.29 0.75 0.79 1.37 0.17 0.08 0.68 0.20 0.32 0.93 0.30 0.47
N1 0.32 0.70 0.58 0.68 1.47 0.14 1.65 0.32 1.37 0.85 1.04 1.66 0.23 0.06 0.51 0.15 0.18 0.75 0.19 0.33
N3 0.35 1.16 0.48 0.21 1.74 0.34 1.62 0.36 1.27 0.98 1.55 1.98 0.88 0.02 0.13 0.10 0.37 0.10 0.38 0.28
N4 0.32 1.24 0.38 0.08 1.53 0.57 1.30 0.68 1.00 0.91 1.52 1.69 1.14 0.05 0.39 0.24 0.61 0.32 0.64 0.52
O2 0.36 1.08 0.52 0.38 1.84 0.20 1.81 0.15 1.41 1.00 1.52 2.13 0.69 0.03 0.13 0.04 0.20 0.22 0.19 0.10
O2' 0.03 0.38 0.34 0.57 1.47 0.10 1.74 0.20 1.33 0.61 0.85 1.79 0.34 0.41 0.42 0.16 0.09 0.63 0.15 0.19
O3' 0.97 1.08 1.22 1.64 2.27 1.14 2.75 1.61 2.40 1.53 1.49 2.53 0.27 0.33 1.40 1.05 1.45 2.03 1.58 1.59
O4' 0.31 0.27 0.61 0.99 1.06 0.52 1.46 0.87 1.29 0.66 0.51 1.18 0.39 0.05 0.93 0.36 0.61 1.39 0.67 0.85
O5' 0.49 0.06 0.91 1.64 0.85 1.18 1.53 1.73 1.48 0.70 0.15 0.87 0.80 0.16 1.68 0.79 1.41 2.29 1.46 1.64
OP1 0.82 1.69 0.43 0.58 0.87 0.31 0.10 1.06 0.08 0.82 1.63 0.89 2.48 1.11 0.79 0.26 0.68 1.80 0.85 1.03
OP2 1.28 0.34 1.64 2.60 1.14 2.33 2.06 3.04 2.17 1.31 0.34 1.03 0.52 0.85 2.59 1.84 2.64 3.50 2.64 2.85
P 0.35 0.50 0.81 1.75 0.29 1.37 1.11 2.04 1.18 0.38 0.45 0.23 1.30 0.09 1.90 0.83 1.66 2.67 1.73 1.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.16 0.20 0.50 0.17
C2 0.01 0.00 0.12 0.19 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.14 0.07 0.36 0.19 1.01 0.50
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.09 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.13 0.10 0.14 0.00 0.02 0.00 0.33 0.23 0.56 0.20
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.28 0.00 0.27 0.01 0.22 0.17 0.25 0.30 0.13 0.01 0.01 0.01 0.43 0.21 0.51 0.24
C4 0.01 0.01 0.09 0.28 0.00 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.29 0.05 0.72 0.81 1.72 1.11
C4' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.19 0.08 0.06 0.13 0.06 0.10 0.01 0.01 0.00 0.40 0.06 0.12
C5 0.01 0.00 0.04 0.27 0.01 0.18 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.29 0.02 0.91 1.02 1.93 1.35
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.24 0.00 0.32 0.00 0.30 0.14 0.15 0.26 0.05 0.09 0.02 0.01 0.00 0.19 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.22 0.01 0.19 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.22 0.05 0.83 0.77 1.59 1.14
N1 0.01 0.00 0.05 0.17 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.47 0.28 1.06 0.62
N3 0.01 0.00 0.13 0.25 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.22 0.07 0.50 0.45 1.33 0.76
N4 0.01 0.01 0.10 0.30 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.33 0.06 0.76 0.97 1.89 1.24
O2 0.01 0.00 0.14 0.13 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.09 0.14 0.21 0.67 0.19
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.05 0.09 0.08 0.12 0.00 0.08 0.11 0.20 0.45 0.32 0.05
O3' 0.04 0.14 0.02 0.01 0.29 0.01 0.29 0.02 0.22 0.13 0.22 0.33 0.09 0.08 0.00 0.02 0.35 0.41 0.31 0.12
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.09 0.11 0.02 0.00 0.05 0.24 0.21 0.03
O5' 0.16 0.36 0.33 0.43 0.72 0.00 0.91 0.00 0.83 0.47 0.50 0.76 0.14 0.20 0.35 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.20 0.19 0.23 0.21 0.81 0.40 1.02 0.19 0.77 0.28 0.45 0.97 0.21 0.45 0.41 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 1.01 0.56 0.51 1.72 0.06 1.93 0.08 1.59 1.06 1.33 1.89 0.67 0.32 0.31 0.21 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.50 0.20 0.24 1.11 0.12 1.35 0.01 1.14 0.62 0.76 1.24 0.19 0.05 0.12 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00