ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54213

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.002, 0.020, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C2' A 0, 0.008, 0.039, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.039 std_dev=0.032
O5' A 0, 0.006, 0.042, 0.077, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.042 std_dev=0.035
C4' A 0, 0.010, 0.056, 0.102, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.056 std_dev=0.046
O3' A 0, 0.009, 0.056, 0.103, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.056 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.009, 0.057, 0.105, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.057 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.010, 0.080, 0.149, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.080 std_dev=0.070
P A 0, 0.011, 0.081, 0.152, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.081 std_dev=0.070
OP1 A 0, 0.017, 0.093, 0.168, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.093 std_dev=0.076
C5' A 0, 0.015, 0.105, 0.196, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.105 std_dev=0.091
O2' A 0, 0.016, 0.149, 0.282, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.149 std_dev=0.133
C2 B 0, 0.011, 0.159, 0.306, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.159 std_dev=0.147
N3 B 0, 0.013, 0.163, 0.312, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.163 std_dev=0.149
N4 B 0, 0.016, 0.192, 0.368, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.192 std_dev=0.176
C4 B 0, 0.014, 0.200, 0.385, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.200 std_dev=0.186
C2' B 0, 0.009, 0.215, 0.422, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.215 std_dev=0.207
N1 B 0, 0.010, 0.217, 0.425, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.217 std_dev=0.207
O4' B 0, 0.009, 0.222, 0.435, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.222 std_dev=0.213
C1' B 0, 0.009, 0.223, 0.438, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.223 std_dev=0.215
C4' B 0, 0.012, 0.236, 0.460, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.236 std_dev=0.224
OP2 A 0, 0.014, 0.239, 0.463, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.239 std_dev=0.225
C3' B 0, 0.008, 0.236, 0.463, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.236 std_dev=0.227
O3' B 0, 0.012, 0.243, 0.474, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.243 std_dev=0.231
O2 B 0, 0.011, 0.247, 0.483, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.247 std_dev=0.236
O2' B 0, 0.011, 0.278, 0.544, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.278 std_dev=0.267
C5' B 0, 0.019, 0.298, 0.577, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.298 std_dev=0.279
O5' B 0, 0.022, 0.347, 0.671, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.347 std_dev=0.324
C5 B 0, 0.013, 0.356, 0.699, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.356 std_dev=0.343
C6 B 0, 0.011, 0.362, 0.714, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.362 std_dev=0.352
P B 0, 0.019, 0.371, 0.723, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.371 std_dev=0.352
OP2 B 0, 0.020, 0.435, 0.850, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.435 std_dev=0.415
OP1 B 0, 0.016, 0.443, 0.871, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.443 std_dev=0.428

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03
C4 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03
C4' 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.09 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03
C6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03
N4 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03
O2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03
O2' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.04 0.09 0.02 0.09 0.00 0.02 0.06 0.05 0.07 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04
O3' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03
O4' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.06 0.03 0.10 0.07
O5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.02 0.07 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.09 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.07 0.13 0.07 0.03 0.06 0.09 0.01 0.13 0.04 0.10 0.07 0.13 0.23 0.07 0.07 0.02 0.35 0.29 0.21
C2 0.05 0.10 0.11 0.03 0.07 0.00 0.03 0.07 0.06 0.01 0.13 0.10 0.15 0.21 0.03 0.01 0.04 0.35 0.29 0.22
C2' 0.05 0.09 0.09 0.02 0.07 0.02 0.03 0.06 0.07 0.00 0.12 0.10 0.14 0.20 0.02 0.03 0.05 0.40 0.36 0.28
C3' 0.11 0.04 0.15 0.09 0.04 0.10 0.07 0.04 0.12 0.05 0.08 0.08 0.08 0.25 0.10 0.10 0.03 0.35 0.29 0.23
C4 0.04 0.10 0.11 0.04 0.08 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.12 0.10 0.14 0.22 0.04 0.01 0.03 0.31 0.23 0.17
C4' 0.12 0.05 0.15 0.11 0.03 0.11 0.10 0.07 0.15 0.06 0.09 0.07 0.10 0.25 0.11 0.12 0.08 0.33 0.25 0.19
C5 0.08 0.09 0.13 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.12 0.10 0.13 0.23 0.07 0.05 0.02 0.32 0.23 0.17
C5' 0.10 0.08 0.12 0.10 0.06 0.11 0.08 0.09 0.13 0.04 0.12 0.10 0.13 0.21 0.11 0.10 0.10 0.32 0.21 0.17
C6 0.09 0.08 0.13 0.07 0.06 0.06 0.05 0.01 0.10 0.02 0.11 0.09 0.13 0.23 0.07 0.07 0.02 0.35 0.26 0.20
N1 0.08 0.09 0.13 0.06 0.06 0.04 0.05 0.03 0.10 0.02 0.11 0.09 0.14 0.23 0.06 0.05 0.01 0.35 0.29 0.21
N3 0.03 0.11 0.10 0.02 0.08 0.01 0.01 0.09 0.04 0.02 0.13 0.10 0.15 0.21 0.02 0.01 0.05 0.33 0.26 0.20
N4 0.02 0.11 0.11 0.03 0.09 0.02 0.03 0.08 0.01 0.04 0.12 0.11 0.14 0.22 0.04 0.04 0.04 0.27 0.18 0.13
O2 0.04 0.11 0.10 0.02 0.07 0.01 0.03 0.09 0.07 0.01 0.13 0.09 0.16 0.20 0.01 0.01 0.05 0.36 0.31 0.23
O2' 0.05 0.08 0.08 0.01 0.03 0.00 0.07 0.06 0.10 0.01 0.10 0.06 0.14 0.17 0.01 0.03 0.04 0.37 0.35 0.27
O3' 0.10 0.04 0.13 0.08 0.04 0.08 0.06 0.02 0.10 0.04 0.08 0.08 0.07 0.24 0.09 0.09 0.01 0.36 0.32 0.25
O4' 0.17 0.02 0.20 0.15 0.02 0.15 0.16 0.10 0.21 0.11 0.05 0.02 0.08 0.28 0.15 0.16 0.13 0.28 0.20 0.13
O5' 0.10 0.06 0.12 0.09 0.05 0.11 0.07 0.08 0.12 0.04 0.10 0.09 0.10 0.20 0.10 0.10 0.08 0.35 0.24 0.19
OP1 0.14 0.01 0.15 0.15 0.02 0.18 0.09 0.18 0.15 0.09 0.04 0.06 0.02 0.23 0.17 0.16 0.16 0.25 0.11 0.10
OP2 0.16 0.08 0.14 0.10 0.08 0.12 0.15 0.09 0.19 0.14 0.06 0.06 0.06 0.20 0.09 0.16 0.09 0.36 0.29 0.22
P 0.10 0.03 0.10 0.08 0.03 0.10 0.08 0.09 0.12 0.06 0.07 0.07 0.06 0.17 0.09 0.11 0.09 0.35 0.23 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.03 0.13 0.01 0.08 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.06
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.09
C4 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.11 0.02 0.05 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.08 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.05 0.10 0.01 0.01
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.05 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02
C6 0.01 0.00 0.09 0.08 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.03 0.13 0.02 0.03
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.05 0.03 0.05
N3 0.02 0.00 0.02 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.14 0.03 0.09 0.13
N4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.11 0.00 0.05 0.08
O2 0.01 0.01 0.13 0.17 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.18 0.03 0.15 0.05 0.11 0.16
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.10 0.09
O3' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.04 0.18 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.15 0.13
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.05 0.12 0.01 0.01
O5' 0.05 0.13 0.01 0.01 0.11 0.01 0.05 0.01 0.03 0.08 0.14 0.11 0.15 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.10 0.04 0.13 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01 0.08 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.08 0.07 0.10 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.09 0.05 0.11 0.10 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.12 0.06 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.13 0.08 0.16 0.09 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00