ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54214

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.007, 0.032, 0.056, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.032 std_dev=0.024
C4' A 0, 0.010, 0.037, 0.064, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.027
C3' A 0, 0.012, 0.045, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.045 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.010, 0.044, 0.077, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.044 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.007, 0.047, 0.087, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.047 std_dev=0.040
C5' A 0, 0.013, 0.056, 0.099, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.056 std_dev=0.043
N4 A 0, 0.016, 0.066, 0.116, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.066 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.019, 0.070, 0.121, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.070 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.016, 0.092, 0.167, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.075
O5' A 0, 0.033, 0.114, 0.195, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.114 std_dev=0.081
O3' A 0, 0.034, 0.117, 0.200, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.117 std_dev=0.083
C6 B 0, 0.043, 0.146, 0.249, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.146 std_dev=0.103
N1 B 0, 0.059, 0.204, 0.349, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.204 std_dev=0.145
P A 0, 0.060, 0.206, 0.352, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.206 std_dev=0.146
C5 B 0, 0.063, 0.217, 0.370, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.217 std_dev=0.153
OP2 A 0, 0.069, 0.237, 0.405, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.237 std_dev=0.168
OP1 A 0, 0.075, 0.256, 0.437, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.256 std_dev=0.181
C2 B 0, 0.083, 0.283, 0.483, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.283 std_dev=0.200
C4 B 0, 0.089, 0.305, 0.520, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.305 std_dev=0.215
N3 B 0, 0.097, 0.331, 0.565, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.331 std_dev=0.234
C1' B 0, 0.101, 0.346, 0.591, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.346 std_dev=0.245
C2' B 0, 0.110, 0.378, 0.646, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.378 std_dev=0.268
O2 B 0, 0.113, 0.389, 0.665, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.389 std_dev=0.276
O4' B 0, 0.123, 0.419, 0.715, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.419 std_dev=0.296
P B 0, 0.123, 0.419, 0.715, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.419 std_dev=0.296
N4 B 0, 0.124, 0.424, 0.724, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.424 std_dev=0.300
C5' B 0, 0.134, 0.458, 0.781, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.458 std_dev=0.324
C4' B 0, 0.135, 0.462, 0.788, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.462 std_dev=0.327
O5' B 0, 0.149, 0.508, 0.868, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.508 std_dev=0.359
C3' B 0, 0.149, 0.509, 0.870, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.509 std_dev=0.360
OP2 B 0, 0.152, 0.522, 0.892, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.522 std_dev=0.370
O2' B 0, 0.193, 0.661, 1.130, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.661 std_dev=0.468
OP1 B 0, 0.225, 0.771, 1.316, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.771 std_dev=0.546
O3' B 0, 0.246, 0.840, 1.433, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.840 std_dev=0.594

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02
C4 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00
C5 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03
C5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01
N3 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03
N4 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04
O2 0.04 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03
O3' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
O5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.02 0.08 0.12 0.10 0.09 0.13 0.04 0.02 0.10 0.15 0.02 0.04 0.12 0.12 0.08 0.22 0.01 0.09
C2 0.07 0.07 0.02 0.12 0.12 0.16 0.07 0.17 0.02 0.01 0.12 0.15 0.06 0.06 0.20 0.17 0.13 0.21 0.02 0.09
C2' 0.03 0.04 0.01 0.06 0.12 0.09 0.09 0.12 0.05 0.02 0.10 0.15 0.02 0.05 0.09 0.11 0.07 0.20 0.01 0.08
C3' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.10 0.06 0.09 0.09 0.05 0.04 0.08 0.13 0.03 0.08 0.01 0.07 0.04 0.18 0.01 0.06
C4 0.04 0.10 0.01 0.12 0.11 0.17 0.06 0.17 0.02 0.03 0.13 0.13 0.13 0.14 0.20 0.16 0.14 0.17 0.05 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.04 0.08 0.08 0.05 0.03 0.06 0.11 0.03 0.06 0.01 0.05 0.03 0.20 0.02 0.07
C5 0.01 0.11 0.04 0.09 0.11 0.16 0.07 0.16 0.03 0.05 0.13 0.12 0.15 0.16 0.15 0.15 0.14 0.18 0.04 0.07
C5' 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.02 0.01 0.19 0.03 0.07
C6 0.01 0.10 0.02 0.08 0.11 0.14 0.07 0.16 0.04 0.05 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.15 0.12 0.20 0.03 0.09
N1 0.05 0.08 0.02 0.10 0.12 0.14 0.08 0.15 0.03 0.02 0.12 0.14 0.07 0.07 0.15 0.15 0.12 0.22 0.02 0.09
N3 0.06 0.08 0.01 0.13 0.11 0.17 0.07 0.17 0.02 0.02 0.13 0.14 0.10 0.09 0.21 0.17 0.14 0.19 0.03 0.08
N4 0.03 0.10 0.03 0.11 0.10 0.16 0.06 0.16 0.03 0.04 0.13 0.12 0.14 0.16 0.20 0.14 0.14 0.14 0.08 0.05
O2 0.08 0.05 0.04 0.13 0.12 0.16 0.08 0.17 0.02 0.01 0.12 0.16 0.02 0.03 0.20 0.17 0.13 0.23 0.02 0.10
O2' 0.03 0.03 0.02 0.06 0.13 0.08 0.11 0.10 0.05 0.02 0.09 0.17 0.04 0.03 0.10 0.10 0.06 0.21 0.02 0.08
O3' 0.03 0.05 0.03 0.00 0.12 0.03 0.11 0.06 0.07 0.05 0.09 0.15 0.03 0.09 0.02 0.04 0.01 0.15 0.01 0.05
O4' 0.02 0.04 0.01 0.04 0.10 0.06 0.09 0.10 0.05 0.03 0.08 0.12 0.02 0.04 0.06 0.08 0.06 0.22 0.02 0.08
O5' 0.05 0.05 0.04 0.05 0.02 0.05 0.03 0.07 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.22 0.08 0.09
OP1 0.07 0.06 0.05 0.10 0.06 0.11 0.03 0.07 0.02 0.03 0.08 0.07 0.07 0.06 0.15 0.08 0.11 0.14 0.05 0.03
OP2 0.11 0.03 0.08 0.15 0.05 0.16 0.03 0.09 0.02 0.04 0.04 0.07 0.03 0.09 0.21 0.15 0.11 0.16 0.05 0.04
P 0.07 0.06 0.05 0.10 0.06 0.11 0.03 0.06 0.02 0.03 0.07 0.07 0.06 0.05 0.14 0.10 0.09 0.17 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.14 0.07 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.06 0.25 0.02 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.06 0.07 0.03 0.04 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.15 0.08 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.08
C4 0.02 0.02 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.10 0.08 0.02 0.09 0.34 0.13 0.17
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.05
C5 0.02 0.02 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.07 0.05 0.09 0.34 0.15 0.18
C5' 0.04 0.08 0.06 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00
C6 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.07 0.05 0.08 0.29 0.10 0.14
N1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.06 0.23 0.03 0.08
N3 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.09 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.08 0.02 0.08 0.30 0.07 0.13
N4 0.02 0.01 0.07 0.05 0.00 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.12 0.08 0.02 0.10 0.36 0.16 0.19
O2 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.07 0.08 0.06 0.04 0.20 0.05 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.00 0.12 0.06 0.11 0.05 0.06 0.12 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.14 0.13 0.03
O3' 0.05 0.08 0.03 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.02 0.00 0.04 0.09 0.08 0.31 0.18
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.01 0.08 0.06 0.02
O5' 0.02 0.06 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.06 0.08 0.10 0.04 0.04 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.14 0.25 0.15 0.03 0.34 0.03 0.34 0.05 0.29 0.23 0.30 0.36 0.20 0.14 0.08 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.02 0.08 0.17 0.13 0.10 0.15 0.02 0.10 0.03 0.07 0.16 0.05 0.13 0.31 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.03 0.08 0.17 0.05 0.18 0.00 0.14 0.08 0.13 0.19 0.04 0.03 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00