ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54216

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C6 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.001, 0.017, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.016
N3 A 0, -0.002, 0.015, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.017
C4 A 0, -0.003, 0.018, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.021
N4 A 0, -0.002, 0.025, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.027
C1' A 0, -0.006, 0.028, 0.062, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.028 std_dev=0.034
O2' A 0, 0.019, 0.075, 0.131, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.075 std_dev=0.056
O2 A 0, -0.004, 0.053, 0.110, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.053 std_dev=0.057
O4' A 0, -0.003, 0.069, 0.142, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.069 std_dev=0.072
C2' A 0, -0.002, 0.084, 0.171, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.084 std_dev=0.087
C4' A 0, -0.003, 0.117, 0.237, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.117 std_dev=0.120
C3' A 0, -0.006, 0.133, 0.271, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.133 std_dev=0.138
C5' A 0, 0.003, 0.182, 0.360, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.182 std_dev=0.178
OP1 A 0, 0.034, 0.229, 0.424, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.229 std_dev=0.195
P A 0, 0.042, 0.238, 0.433, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.238 std_dev=0.196
O3' A 0, -0.018, 0.199, 0.416, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.199 std_dev=0.217
C3' B 0, 0.042, 0.272, 0.502, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.272 std_dev=0.230
C2' B 0, 0.037, 0.280, 0.523, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.280 std_dev=0.243
O3' B 0, 0.037, 0.294, 0.552, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.294 std_dev=0.258
O2' B 0, 0.042, 0.300, 0.558, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.300 std_dev=0.258
O5' B 0, 0.042, 0.325, 0.609, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.325 std_dev=0.283
O5' A 0, -0.005, 0.315, 0.635, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.315 std_dev=0.320
OP2 A 0, 0.009, 0.354, 0.698, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.354 std_dev=0.344
C1' B 0, -0.020, 0.363, 0.746, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.363 std_dev=0.383
C4' B 0, -0.016, 0.381, 0.779, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.381 std_dev=0.398
C5' B 0, -0.005, 0.410, 0.826, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.410 std_dev=0.415
P B 0, 0.014, 0.447, 0.880, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.447 std_dev=0.433
O2 B 0, -0.016, 0.423, 0.861, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.423 std_dev=0.438
OP2 B 0, 0.017, 0.486, 0.955, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.486 std_dev=0.469
O4' B 0, -0.054, 0.428, 0.910, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.428 std_dev=0.482
N1 B 0, -0.067, 0.490, 1.047, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.490 std_dev=0.557
C2 B 0, -0.069, 0.518, 1.104, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.518 std_dev=0.586
OP1 B 0, -0.026, 0.569, 1.163, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.569 std_dev=0.594
C6 B 0, -0.110, 0.584, 1.278, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.584 std_dev=0.694
N3 B 0, -0.129, 0.647, 1.424, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.647 std_dev=0.777
C5 B 0, -0.158, 0.719, 1.597, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.719 std_dev=0.877
C4 B 0, -0.171, 0.747, 1.664, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.747 std_dev=0.918
N4 B 0, -0.229, 0.871, 1.971, 2.423 max_d=2.423 avg_d=0.871 std_dev=1.100

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.04 0.17 0.14 0.03
C2 0.04 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.10 0.02 0.05 0.18 0.04 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.06 0.13 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.19 0.02
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.09 0.09 0.13 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.20 0.02
C4 0.05 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.04 0.08 0.18 0.04 0.09
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.08 0.03 0.00 0.00 0.02 0.12 0.18 0.01
C5 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.11 0.18 0.03 0.08
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.05 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.11 0.14 0.01
C6 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.10 0.20 0.03 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.19 0.07 0.06
N3 0.03 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.07 0.17 0.00 0.08
N4 0.05 0.02 0.06 0.09 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.04 0.08 0.17 0.08 0.10
O2 0.07 0.00 0.13 0.13 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.10 0.15 0.04 0.00 0.21 0.03 0.10
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.05 0.10 0.00 0.00 0.02 0.07 0.14 0.20 0.02
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.10 0.00 0.06 0.02 0.04 0.05 0.11 0.12 0.15 0.00 0.00 0.00 0.18 0.08 0.22 0.02
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.06 0.17 0.13 0.03
O5' 0.04 0.05 0.03 0.08 0.08 0.02 0.11 0.00 0.10 0.07 0.07 0.08 0.00 0.07 0.18 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.17 0.18 0.13 0.11 0.18 0.12 0.18 0.11 0.20 0.19 0.17 0.17 0.21 0.14 0.08 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.04 0.19 0.20 0.04 0.18 0.03 0.14 0.03 0.07 0.00 0.08 0.03 0.20 0.22 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.08 0.06 0.08 0.10 0.10 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.30 0.01 0.10 0.36 0.01 0.30 0.01 0.25 0.25 0.35 0.40 0.27 0.04 0.17 0.20 0.01 0.11 0.03 0.05
C2 0.14 0.37 0.02 0.15 0.46 0.10 0.38 0.11 0.30 0.29 0.46 0.53 0.33 0.01 0.23 0.11 0.02 0.10 0.03 0.05
C2' 0.12 0.21 0.01 0.07 0.25 0.02 0.21 0.01 0.18 0.18 0.24 0.28 0.19 0.06 0.13 0.16 0.01 0.09 0.05 0.04
C3' 0.08 0.13 0.04 0.07 0.15 0.05 0.13 0.04 0.11 0.11 0.14 0.17 0.11 0.11 0.11 0.15 0.01 0.07 0.07 0.02
C4 0.15 0.46 0.04 0.16 0.55 0.19 0.45 0.19 0.34 0.34 0.56 0.62 0.42 0.08 0.24 0.04 0.01 0.06 0.05 0.03
C4' 0.14 0.19 0.02 0.05 0.23 0.12 0.21 0.10 0.19 0.18 0.21 0.25 0.16 0.12 0.11 0.24 0.02 0.12 0.01 0.07
C5 0.20 0.46 0.06 0.15 0.51 0.16 0.42 0.17 0.34 0.36 0.52 0.54 0.44 0.08 0.23 0.11 0.01 0.04 0.05 0.01
C5' 0.14 0.16 0.03 0.04 0.19 0.18 0.18 0.15 0.17 0.16 0.17 0.20 0.13 0.15 0.09 0.27 0.03 0.14 0.01 0.08
C6 0.20 0.39 0.04 0.14 0.43 0.08 0.36 0.10 0.30 0.32 0.44 0.47 0.37 0.03 0.22 0.18 0.01 0.06 0.04 0.02
N1 0.16 0.35 0.02 0.13 0.41 0.06 0.34 0.08 0.28 0.28 0.41 0.46 0.32 0.01 0.21 0.16 0.01 0.08 0.04 0.04
N3 0.14 0.42 0.03 0.15 0.52 0.15 0.43 0.15 0.32 0.31 0.52 0.59 0.37 0.05 0.24 0.06 0.02 0.09 0.03 0.05
N4 0.11 0.49 0.04 0.17 0.62 0.25 0.49 0.25 0.35 0.34 0.63 0.70 0.43 0.11 0.24 0.06 0.01 0.03 0.07 0.01
O2 0.13 0.35 0.01 0.16 0.46 0.10 0.38 0.10 0.29 0.27 0.44 0.53 0.30 0.03 0.25 0.11 0.02 0.11 0.03 0.06
O2' 0.11 0.20 0.02 0.08 0.24 0.04 0.21 0.02 0.17 0.17 0.23 0.28 0.18 0.09 0.12 0.17 0.01 0.09 0.04 0.04
O3' 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.18 0.08 0.11 0.03 0.04 0.10 0.01
O4' 0.17 0.28 0.01 0.09 0.34 0.07 0.30 0.04 0.26 0.25 0.32 0.37 0.25 0.08 0.17 0.25 0.02 0.13 0.01 0.07
O5' 0.22 0.20 0.04 0.07 0.23 0.31 0.24 0.29 0.24 0.22 0.20 0.24 0.15 0.13 0.02 0.38 0.16 0.23 0.12 0.20
OP1 0.11 0.09 0.00 0.04 0.12 0.23 0.13 0.21 0.13 0.11 0.09 0.12 0.06 0.11 0.00 0.22 0.03 0.14 0.04 0.07
OP2 0.14 0.20 0.29 0.14 0.24 0.04 0.26 0.01 0.23 0.20 0.23 0.25 0.17 0.44 0.00 0.01 0.23 0.21 0.29 0.23
P 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.16 0.02 0.12 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.20 0.01 0.17 0.04 0.03 0.07 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.11 0.00 0.08 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.09 0.05
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.16 0.01 0.02 0.11
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.02
C5 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.17 0.02 0.01 0.12
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.14 0.11 0.01
C6 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.16 0.02 0.05 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.08 0.06
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.13 0.00 0.04 0.08
N4 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.17 0.01 0.02 0.12
O2 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.01 0.10 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.10 0.04 0.04
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 0.10 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.16 0.01
O5' 0.07 0.11 0.01 0.05 0.16 0.01 0.17 0.00 0.16 0.12 0.13 0.17 0.07 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.08 0.02 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.08 0.07 0.09 0.02 0.13 0.01 0.11 0.05 0.08 0.04 0.02 0.10 0.04 0.10 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.05 0.03 0.05 0.11 0.02 0.12 0.01 0.09 0.06 0.08 0.12 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00