ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54219

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
O2 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C4' A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C3' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
O2' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C5' A 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O5' A 0, 0.000, 0.102, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C2' B 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C1' B 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
O4' B 0, 0.000, 0.128, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O3' A 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
O2' B 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C4' B 0, 0.000, 0.153, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.153 std_dev=0.153
P A 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C5' B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
O5' B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C3' B 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
OP1 A 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O3' B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
OP2 A 0, 0.000, 0.236, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.236 std_dev=0.236
N1 B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
P B 0, 0.000, 0.292, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.292 std_dev=0.292
OP2 B 0, 0.000, 0.355, 0.711, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.355 std_dev=0.355
C6 B 0, 0.000, 0.361, 0.722, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.361 std_dev=0.361
C2 B 0, 0.000, 0.376, 0.751, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.376 std_dev=0.376
OP1 B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
O2 B 0, 0.000, 0.399, 0.797, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.399 std_dev=0.399
C5 B 0, 0.000, 0.509, 1.018, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.509 std_dev=0.509
N3 B 0, 0.000, 0.521, 1.043, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.521 std_dev=0.521
C4 B 0, 0.000, 0.571, 1.142, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.571 std_dev=0.571
N4 B 0, 0.000, 0.727, 1.454, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.727 std_dev=0.727

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.09 0.05
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.08 0.13 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.09 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.09 0.14 0.10
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.08 0.12 0.09
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.07 0.11 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.12 0.08
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.09 0.14 0.10
N4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.09 0.14 0.10
O2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.13 0.08
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02
O5' 0.04 0.06 0.03 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.08 0.05 0.05 0.09 0.02 0.08 0.01 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.13 0.09 0.06 0.14 0.03 0.12 0.01 0.11 0.12 0.14 0.14 0.13 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.05 0.03 0.10 0.01 0.09 0.00 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.10 0.05 0.06 0.09 0.07 0.24 0.10 0.19 0.04 0.10 0.11 0.21 0.00 0.04 0.07 0.12 0.19 0.21 0.18
C2 0.01 0.17 0.06 0.09 0.12 0.09 0.08 0.11 0.11 0.02 0.22 0.18 0.22 0.02 0.07 0.08 0.13 0.20 0.19 0.17
C2' 0.01 0.10 0.05 0.06 0.05 0.07 0.20 0.10 0.17 0.03 0.10 0.06 0.20 0.01 0.04 0.07 0.12 0.19 0.20 0.17
C3' 0.02 0.05 0.04 0.04 0.13 0.05 0.24 0.08 0.19 0.05 0.02 0.17 0.16 0.01 0.02 0.06 0.10 0.16 0.17 0.15
C4 0.03 0.12 0.07 0.10 0.09 0.09 0.04 0.11 0.09 0.00 0.16 0.12 0.16 0.04 0.09 0.09 0.11 0.15 0.12 0.12
C4' 0.04 0.01 0.06 0.06 0.23 0.07 0.31 0.10 0.24 0.10 0.06 0.30 0.12 0.01 0.03 0.08 0.12 0.18 0.21 0.17
C5 0.04 0.06 0.07 0.07 0.05 0.08 0.17 0.09 0.17 0.06 0.06 0.03 0.13 0.03 0.06 0.08 0.10 0.12 0.12 0.12
C5' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.31 0.09 0.35 0.12 0.28 0.15 0.16 0.37 0.05 0.04 0.05 0.10 0.14 0.18 0.21 0.18
C6 0.03 0.06 0.05 0.06 0.11 0.07 0.24 0.09 0.20 0.07 0.04 0.11 0.16 0.01 0.04 0.08 0.11 0.14 0.16 0.14
N1 0.02 0.12 0.05 0.07 0.03 0.08 0.21 0.10 0.17 0.03 0.14 0.01 0.21 0.01 0.05 0.07 0.12 0.18 0.19 0.16
N3 0.02 0.17 0.07 0.10 0.17 0.10 0.00 0.12 0.06 0.03 0.23 0.22 0.20 0.04 0.09 0.08 0.12 0.19 0.16 0.15
N4 0.04 0.11 0.08 0.11 0.12 0.10 0.03 0.11 0.03 0.02 0.15 0.15 0.12 0.06 0.11 0.09 0.10 0.12 0.05 0.09
O2 0.00 0.19 0.06 0.09 0.17 0.09 0.04 0.12 0.08 0.04 0.26 0.26 0.24 0.02 0.07 0.07 0.13 0.23 0.21 0.19
O2' 0.03 0.09 0.06 0.08 0.06 0.09 0.22 0.13 0.18 0.04 0.10 0.07 0.20 0.02 0.05 0.09 0.15 0.23 0.24 0.21
O3' 0.01 0.04 0.03 0.03 0.13 0.05 0.23 0.08 0.18 0.05 0.01 0.17 0.15 0.01 0.01 0.06 0.09 0.15 0.16 0.14
O4' 0.03 0.02 0.05 0.05 0.23 0.07 0.32 0.10 0.23 0.09 0.03 0.30 0.16 0.00 0.02 0.07 0.12 0.18 0.21 0.17
O5' 0.11 0.12 0.12 0.10 0.32 0.12 0.37 0.15 0.30 0.19 0.19 0.36 0.01 0.07 0.08 0.13 0.17 0.20 0.23 0.20
OP1 0.10 0.14 0.10 0.08 0.33 0.09 0.36 0.12 0.29 0.19 0.22 0.39 0.02 0.07 0.05 0.10 0.15 0.18 0.22 0.19
OP2 0.14 0.14 0.15 0.13 0.30 0.14 0.36 0.17 0.31 0.20 0.19 0.33 0.03 0.11 0.09 0.15 0.20 0.23 0.25 0.23
P 0.11 0.14 0.12 0.10 0.32 0.11 0.36 0.14 0.30 0.19 0.21 0.36 0.02 0.09 0.07 0.12 0.17 0.19 0.22 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.09 0.09 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.13 0.14 0.14 0.15
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.14 0.15 0.13 0.16
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.10 0.06 0.07 0.09 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.13 0.12 0.08 0.12
N1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.08 0.06 0.07
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.11 0.12 0.12 0.12
N4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.13 0.16 0.16 0.16
O2 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.07 0.07 0.08 0.07
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
O3' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04
O5' 0.02 0.09 0.01 0.03 0.13 0.01 0.14 0.00 0.13 0.08 0.11 0.13 0.07 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.09 0.01 0.00 0.14 0.01 0.15 0.02 0.12 0.08 0.12 0.16 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.09 0.01 0.02 0.14 0.02 0.13 0.01 0.08 0.06 0.12 0.16 0.08 0.01 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.09 0.01 0.02 0.15 0.01 0.16 0.01 0.12 0.07 0.12 0.16 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00