ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54221

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O2' A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C3' A 0, 0.000, 0.053, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.000, 0.058, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O3' A 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
C5' A 0, 0.000, 0.088, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O5' A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
P A 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
OP2 A 0, 0.000, 0.174, 0.348, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.174 std_dev=0.174
OP1 A 0, 0.000, 0.179, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.179 std_dev=0.179
O2' B 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
N3 B 0, 0.000, 0.307, 0.614, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.307 std_dev=0.307
C2 B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O2 B 0, 0.000, 0.347, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.347 std_dev=0.347
C2' B 0, 0.000, 0.357, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.357 std_dev=0.357
C4 B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
N4 B 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
N1 B 0, 0.000, 0.397, 0.794, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.397
C1' B 0, 0.000, 0.425, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.425 std_dev=0.425
C3' B 0, 0.000, 0.431, 0.863, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.431 std_dev=0.431
O3' B 0, 0.000, 0.434, 0.867, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.434 std_dev=0.434
C6 B 0, 0.000, 0.445, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.445 std_dev=0.445
C5 B 0, 0.000, 0.453, 0.905, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C5' B 0, 0.000, 0.458, 0.916, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.458 std_dev=0.458
C4' B 0, 0.000, 0.471, 0.942, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.471 std_dev=0.471
O4' B 0, 0.000, 0.505, 1.011, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.505 std_dev=0.505
OP1 B 0, 0.000, 0.543, 1.086, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.543 std_dev=0.543
O5' B 0, 0.000, 0.546, 1.092, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.546 std_dev=0.546
P B 0, 0.000, 0.605, 1.209, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.605 std_dev=0.605
OP2 B 0, 0.000, 0.724, 1.447, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.724 std_dev=0.724

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03
N4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02
O2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.05
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.04 0.06
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05
O5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.08 0.07 0.09 0.06 0.05 0.07 0.04 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05 0.09 0.11 0.05 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.05 0.05 0.05 0.10 0.04 0.10 0.03 0.09 0.06 0.07 0.11 0.02 0.01 0.07 0.05 0.02 0.06 0.03 0.03
C2 0.05 0.04 0.05 0.05 0.09 0.04 0.10 0.03 0.08 0.06 0.06 0.10 0.01 0.02 0.07 0.05 0.02 0.07 0.00 0.05
C2' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.05 0.02 0.04 0.08 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00
C3' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.10 0.04
C4 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.02 0.06 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.10 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.02
C5 0.06 0.04 0.06 0.06 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.10 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.04 0.14 0.07
C6 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.09 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00
N1 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.04 0.09 0.02 0.07 0.06 0.06 0.08 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02
N3 0.05 0.03 0.05 0.05 0.08 0.04 0.09 0.03 0.08 0.05 0.05 0.08 0.01 0.02 0.08 0.05 0.03 0.08 0.01 0.05
N4 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.11 0.05 0.02 0.06 0.00 0.04
O2 0.04 0.04 0.04 0.04 0.10 0.04 0.12 0.03 0.09 0.06 0.06 0.12 0.00 0.03 0.07 0.05 0.03 0.09 0.02 0.06
O2' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.10 0.01 0.07 0.04 0.05 0.11 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.06 0.03 0.03
O3' 0.05 0.04 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.07 0.04 0.05 0.07 0.02 0.12 0.06
O4' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.10 0.05 0.09 0.03 0.09 0.07 0.08 0.10 0.04 0.01 0.07 0.06 0.02 0.04 0.04 0.02
O5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.12 0.05
OP1 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.10 0.03
OP2 0.12 0.11 0.11 0.12 0.03 0.12 0.04 0.08 0.08 0.11 0.08 0.03 0.14 0.10 0.12 0.12 0.05 0.03 0.06 0.02
P 0.07 0.07 0.05 0.06 0.03 0.06 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.01 0.07 0.03 0.06 0.07 0.01 0.00 0.09 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.14 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.04 0.14 0.08
C5' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02 0.11 0.06
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.03
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.12 0.06
N4 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.04 0.15 0.08
O2 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01
O2' 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.09 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01
O3' 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00
O5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.03 0.00 0.14 0.02 0.14 0.01 0.11 0.09 0.12 0.15 0.07 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.06 0.03 0.06 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00