ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54228

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 6, 8, 20, 16, 10, 3, 4, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.011, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.025, 0.033, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.015, 0.023, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.023, 0.031, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.016, 0.025, 0.035, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.023, 0.033, 0.042, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.031, 0.044, 0.057, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.044 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.060, 0.087, 0.114, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.087 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.055, 0.087, 0.118, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.087 std_dev=0.031
C1' B 0, 0.226, 0.377, 0.528, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.377 std_dev=0.151
C2' B 0, 0.177, 0.354, 0.531, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.354 std_dev=0.177
O4' B 0, 0.415, 0.626, 0.838, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.626 std_dev=0.211
O2' A 0, 0.122, 0.339, 0.556, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.339 std_dev=0.217
O4' A 0, 0.128, 0.381, 0.634, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.381 std_dev=0.253
C2' A 0, 0.032, 0.298, 0.563, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.298 std_dev=0.266
O2' B 0, 0.383, 0.679, 0.975, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.679 std_dev=0.296
C4' B 0, 0.446, 0.779, 1.111, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.779 std_dev=0.332
C4 B 0, 0.686, 1.028, 1.370, 1.947 max_d=1.947 avg_d=1.028 std_dev=0.342
C3' A 0, 0.279, 0.651, 1.023, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.651 std_dev=0.372
N9 B 0, 0.264, 0.648, 1.032, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.648 std_dev=0.384
C4' A 0, 0.257, 0.644, 1.030, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.644 std_dev=0.387
C3' B 0, 0.210, 0.608, 1.007, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.608 std_dev=0.399
O3' B 0, 0.359, 0.788, 1.216, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.788 std_dev=0.429
O3' A 0, 0.488, 0.974, 1.459, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.974 std_dev=0.485
C5 B 0, 0.685, 1.195, 1.705, 2.540 max_d=2.540 avg_d=1.195 std_dev=0.510
C5' B 0, 0.578, 1.098, 1.617, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.098 std_dev=0.519
O5' A 0, 0.132, 0.667, 1.201, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.667 std_dev=0.534
C6 B 0, 1.121, 1.666, 2.211, 3.048 max_d=3.048 avg_d=1.666 std_dev=0.545
C5' A 0, 0.307, 1.013, 1.719, 2.547 max_d=2.547 avg_d=1.013 std_dev=0.706
N6 B 0, 1.189, 1.897, 2.606, 3.680 max_d=3.680 avg_d=1.897 std_dev=0.708
O5' B 0, 1.056, 1.786, 2.517, 3.472 max_d=3.472 avg_d=1.786 std_dev=0.730
P A 0, 0.058, 0.886, 1.715, 3.011 max_d=3.011 avg_d=0.886 std_dev=0.829
N3 B 0, 0.676, 1.526, 2.375, 3.815 max_d=3.815 avg_d=1.526 std_dev=0.849
N1 B 0, 1.229, 2.093, 2.957, 4.344 max_d=4.344 avg_d=2.093 std_dev=0.864
P B 0, 1.730, 2.707, 3.683, 4.348 max_d=4.348 avg_d=2.707 std_dev=0.976
OP1 A 0, 0.204, 1.278, 2.352, 3.947 max_d=3.947 avg_d=1.278 std_dev=1.074
C2 B 0, 0.930, 2.047, 3.164, 5.021 max_d=5.021 avg_d=2.047 std_dev=1.117
C8 B 0, -0.253, 0.877, 2.007, 4.030 max_d=4.030 avg_d=0.877 std_dev=1.130
OP1 B 0, 2.097, 3.258, 4.418, 4.714 max_d=4.714 avg_d=3.258 std_dev=1.160
N7 B 0, -0.092, 1.089, 2.269, 4.362 max_d=4.362 avg_d=1.089 std_dev=1.181
OP2 A 0, 0.183, 1.378, 2.574, 4.485 max_d=4.485 avg_d=1.378 std_dev=1.196
OP2 B 0, 2.501, 4.336, 6.171, 6.114 max_d=6.114 avg_d=4.336 std_dev=1.835

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.23 0.40 0.25 0.13
C2 0.02 0.00 0.10 0.10 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.04 0.29 0.39 0.35 0.16
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.08 0.05 0.19 0.00 0.01 0.01 0.13 0.26 0.41 0.11
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.12 0.00 0.19 0.02 0.20 0.08 0.10 0.14 0.18 0.02 0.00 0.01 0.11 0.19 0.47 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.12 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.14 0.03 0.29 0.38 0.35 0.15
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.15 0.07 0.08 0.13 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.25 0.31 0.07
C5 0.01 0.01 0.09 0.19 0.00 0.15 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.22 0.04 0.30 0.40 0.25 0.14
C5' 0.06 0.17 0.02 0.02 0.27 0.01 0.31 0.00 0.28 0.18 0.22 0.29 0.12 0.05 0.05 0.02 0.01 0.24 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.20 0.01 0.15 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.22 0.04 0.31 0.41 0.20 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02 0.28 0.40 0.26 0.14
N3 0.02 0.00 0.08 0.10 0.00 0.08 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.04 0.30 0.38 0.38 0.17
N4 0.02 0.01 0.05 0.14 0.00 0.13 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.03 0.29 0.38 0.38 0.16
O2 0.03 0.01 0.19 0.18 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.23 0.06 0.29 0.38 0.38 0.18
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.02 0.09 0.04 0.19 0.00 0.03 0.06 0.06 0.25 0.46 0.14
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.14 0.02 0.22 0.05 0.22 0.07 0.11 0.16 0.23 0.03 0.00 0.01 0.23 0.26 0.65 0.35
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.01 0.00 0.25 0.47 0.22 0.21
O5' 0.23 0.29 0.13 0.11 0.29 0.01 0.30 0.01 0.31 0.28 0.30 0.29 0.29 0.06 0.23 0.25 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.40 0.39 0.26 0.19 0.38 0.25 0.40 0.24 0.41 0.40 0.38 0.38 0.38 0.25 0.26 0.47 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.35 0.41 0.47 0.35 0.31 0.25 0.25 0.20 0.26 0.38 0.38 0.38 0.46 0.65 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.16 0.11 0.18 0.15 0.07 0.14 0.02 0.14 0.14 0.17 0.16 0.18 0.14 0.35 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.71 0.12 0.18 0.23 0.17 0.18 0.22 0.25 0.53 0.52 0.61 0.21 0.46 0.18 0.17 0.21 0.14 0.51 1.24 1.09 0.82
C2 0.13 0.95 0.14 0.20 0.29 0.20 0.19 0.24 0.29 0.68 0.69 0.81 0.23 0.59 0.21 0.22 0.28 0.18 0.44 1.02 0.49 0.55
C2' 0.27 0.64 0.20 0.14 0.22 0.15 0.32 0.16 0.24 0.75 0.44 0.54 0.30 0.68 0.36 0.24 0.15 0.24 0.38 1.00 0.98 0.67
C3' 0.38 0.49 0.30 0.25 0.30 0.27 0.40 0.24 0.31 0.74 0.36 0.43 0.37 0.68 0.44 0.31 0.26 0.37 0.31 0.73 0.95 0.54
C4 0.15 0.97 0.16 0.20 0.32 0.24 0.19 0.29 0.31 0.65 0.70 0.86 0.23 0.55 0.20 0.25 0.29 0.22 0.56 0.75 0.49 0.49
C4' 0.23 0.47 0.18 0.19 0.26 0.20 0.26 0.20 0.27 0.43 0.38 0.42 0.27 0.40 0.26 0.18 0.20 0.26 0.52 0.94 1.34 0.81
C5 0.13 0.73 0.15 0.20 0.28 0.22 0.18 0.25 0.27 0.50 0.54 0.67 0.21 0.41 0.17 0.22 0.27 0.19 0.42 0.76 0.31 0.39
C5' 0.34 0.43 0.28 0.29 0.36 0.36 0.36 0.33 0.37 0.39 0.40 0.41 0.37 0.39 0.35 0.24 0.29 0.41 0.51 0.65 1.31 0.71
C6 0.12 0.66 0.14 0.19 0.24 0.19 0.18 0.21 0.25 0.47 0.49 0.59 0.21 0.39 0.17 0.19 0.25 0.15 0.36 0.95 0.54 0.51
N1 0.12 0.78 0.13 0.19 0.26 0.19 0.18 0.22 0.26 0.57 0.57 0.68 0.22 0.49 0.19 0.19 0.25 0.15 0.41 1.08 0.68 0.61
N3 0.14 1.04 0.15 0.20 0.32 0.23 0.19 0.27 0.32 0.71 0.76 0.89 0.24 0.62 0.21 0.25 0.30 0.21 0.53 0.88 0.43 0.52
N4 0.17 1.09 0.17 0.20 0.37 0.27 0.19 0.34 0.35 0.66 0.79 0.95 0.24 0.57 0.20 0.28 0.29 0.26 0.73 0.62 0.86 0.64
O2 0.13 1.00 0.14 0.20 0.29 0.19 0.20 0.23 0.30 0.72 0.73 0.85 0.24 0.64 0.22 0.22 0.28 0.18 0.45 1.10 0.59 0.61
O2' 0.25 0.66 0.19 0.14 0.22 0.14 0.30 0.16 0.24 0.72 0.46 0.55 0.29 0.66 0.33 0.25 0.17 0.20 0.47 1.16 1.23 0.83
O3' 0.52 0.44 0.47 0.40 0.40 0.38 0.53 0.34 0.41 0.87 0.35 0.40 0.50 0.82 0.58 0.49 0.41 0.47 0.29 0.60 1.00 0.51
O4' 0.10 0.58 0.18 0.24 0.23 0.20 0.15 0.25 0.24 0.32 0.45 0.50 0.20 0.27 0.11 0.22 0.26 0.15 0.64 1.28 1.38 0.98
O5' 0.21 0.24 0.06 0.10 0.19 0.31 0.22 0.31 0.20 0.33 0.21 0.22 0.21 0.30 0.23 0.14 0.03 0.34 0.41 0.59 0.96 0.56
OP1 0.20 0.41 0.14 0.08 0.27 0.34 0.22 0.36 0.26 0.19 0.35 0.39 0.23 0.18 0.20 0.28 0.03 0.34 0.59 0.56 1.17 0.66
OP2 0.21 0.49 0.29 0.13 0.36 0.19 0.34 0.28 0.40 0.22 0.47 0.44 0.39 0.27 0.26 0.48 0.02 0.12 0.48 0.51 0.80 0.47
P 0.07 0.15 0.10 0.01 0.09 0.20 0.07 0.21 0.09 0.06 0.13 0.14 0.08 0.05 0.06 0.23 0.01 0.17 0.43 0.44 0.85 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.52 0.30 0.92 0.56
C2 0.03 0.00 0.36 0.35 0.01 0.42 0.01 0.81 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.18 0.28 1.26 0.94 2.17 1.44
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.18 0.01 0.08 0.04 0.15 0.20 0.27 0.36 0.11 0.12 0.02 0.00 0.04 0.01 0.44 0.51 0.81 0.56
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.15 0.00 0.06 0.02 0.13 0.19 0.26 0.34 0.08 0.13 0.02 0.02 0.01 0.01 0.28 0.31 0.34 0.27
C4 0.01 0.01 0.18 0.15 0.00 0.19 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.13 0.15 0.96 0.55 1.76 1.08
C4' 0.01 0.42 0.01 0.00 0.19 0.00 0.09 0.01 0.17 0.24 0.32 0.41 0.12 0.16 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.26 0.09 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.06 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.10 0.07 1.02 0.70 2.05 1.25
C5' 0.03 0.81 0.04 0.02 0.32 0.01 0.16 0.00 0.32 0.48 0.61 0.75 0.22 0.36 0.11 0.04 0.02 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.13 0.01 0.17 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.12 0.13 1.11 0.74 2.23 1.35
C8 0.02 0.01 0.20 0.19 0.00 0.24 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.07 0.15 1.02 0.98 1.94 1.29
N1 0.02 0.00 0.27 0.26 0.01 0.32 0.01 0.61 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.15 0.22 1.22 0.84 2.27 1.43
N3 0.02 0.00 0.36 0.34 0.00 0.41 0.01 0.75 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.17 0.28 1.13 0.79 1.87 1.24
N6 0.02 0.01 0.11 0.08 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.11 0.09 1.12 0.84 2.38 1.43
N7 0.01 0.01 0.12 0.13 0.01 0.16 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.08 1.05 1.00 2.19 1.38
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.82 0.53 1.50 0.93
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.18 0.02 0.14 0.04 0.20 0.11 0.28 0.29 0.18 0.08 0.05 0.00 0.07 0.03 0.42 0.56 0.85 0.58
O3' 0.10 0.18 0.04 0.01 0.13 0.02 0.10 0.02 0.12 0.07 0.15 0.17 0.11 0.08 0.09 0.07 0.00 0.07 0.30 0.36 0.47 0.31
O4' 0.00 0.28 0.01 0.01 0.15 0.00 0.07 0.02 0.13 0.15 0.22 0.28 0.09 0.08 0.01 0.03 0.07 0.00 0.43 0.18 0.60 0.32
O5' 0.52 1.26 0.44 0.28 0.96 0.02 1.02 0.01 1.11 1.02 1.22 1.13 1.12 1.05 0.82 0.42 0.30 0.43 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.30 0.94 0.51 0.31 0.55 0.26 0.70 0.09 0.74 0.98 0.84 0.79 0.84 1.00 0.53 0.56 0.36 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.92 2.17 0.81 0.34 1.76 0.09 2.05 0.16 2.23 1.94 2.27 1.87 2.38 2.19 1.50 0.85 0.47 0.60 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.56 1.44 0.56 0.27 1.08 0.08 1.25 0.01 1.35 1.29 1.43 1.24 1.43 1.38 0.93 0.58 0.31 0.32 0.00 0.01 0.01 0.00