ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54229

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 15, 5, 10, 6, 9, 3, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.015, 0.024, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.019, 0.046, 0.073, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.046 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.036, 0.068, 0.099, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.068 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.037, 0.134, 0.232, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.134 std_dev=0.098
C2' A 0, 0.029, 0.168, 0.306, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.168 std_dev=0.139
C3' B 0, 0.110, 0.278, 0.446, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.278 std_dev=0.168
C4' B 0, 0.143, 0.320, 0.497, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.320 std_dev=0.177
C2' B 0, 0.100, 0.284, 0.469, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.284 std_dev=0.184
O4' B 0, 0.177, 0.370, 0.563, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.370 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.102, 0.296, 0.490, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.296 std_dev=0.194
O2' A 0, 0.112, 0.317, 0.521, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.317 std_dev=0.205
O3' B 0, 0.125, 0.334, 0.542, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.334 std_dev=0.209
C5' B 0, 0.219, 0.433, 0.646, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.433 std_dev=0.213
C4' A 0, 0.120, 0.361, 0.602, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.361 std_dev=0.241
C3' A 0, 0.075, 0.322, 0.569, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.322 std_dev=0.247
O2' B 0, 0.166, 0.421, 0.676, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.421 std_dev=0.255
C8 B 0, 0.185, 0.471, 0.758, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.471 std_dev=0.286
N9 B 0, 0.127, 0.419, 0.710, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.419 std_dev=0.292
O3' A 0, 0.135, 0.516, 0.897, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.516 std_dev=0.381
P A 0, 0.136, 0.518, 0.901, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.518 std_dev=0.382
N7 B 0, 0.174, 0.606, 1.037, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.606 std_dev=0.431
O5' A 0, 0.282, 0.735, 1.187, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.735 std_dev=0.452
C5' A 0, 0.198, 0.698, 1.198, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.698 std_dev=0.500
C4 B 0, 0.166, 0.671, 1.176, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.671 std_dev=0.505
C5 B 0, 0.137, 0.741, 1.345, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.741 std_dev=0.604
N3 B 0, 0.240, 0.890, 1.541, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.890 std_dev=0.650
OP1 A 0, 0.252, 0.918, 1.585, 3.037 max_d=3.037 avg_d=0.918 std_dev=0.666
OP2 A 0, 0.112, 0.809, 1.505, 2.829 max_d=2.829 avg_d=0.809 std_dev=0.696
O5' B 0, 0.118, 0.852, 1.586, 2.573 max_d=2.573 avg_d=0.852 std_dev=0.734
C6 B 0, 0.178, 1.041, 1.905, 2.674 max_d=2.674 avg_d=1.041 std_dev=0.863
C2 B 0, 0.276, 1.183, 2.090, 3.018 max_d=3.018 avg_d=1.183 std_dev=0.907
N6 B 0, 0.167, 1.149, 2.131, 3.057 max_d=3.057 avg_d=1.149 std_dev=0.982
N1 B 0, 0.253, 1.265, 2.278, 3.109 max_d=3.109 avg_d=1.265 std_dev=1.012
P B 0, 0.114, 1.461, 2.808, 4.454 max_d=4.454 avg_d=1.461 std_dev=1.347
OP1 B 0, 0.175, 1.850, 3.526, 5.370 max_d=5.370 avg_d=1.850 std_dev=1.675
OP2 B 0, -0.232, 1.956, 4.145, 6.970 max_d=6.970 avg_d=1.956 std_dev=2.189

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.36 0.38 0.31 0.18
C2 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.09 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.09 0.03 0.41 0.32 0.32 0.16
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.03 0.08 0.03 0.05 0.06 0.10 0.00 0.02 0.02 0.17 0.15 0.43 0.12
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.18 0.00 0.21 0.02 0.20 0.11 0.13 0.19 0.10 0.02 0.01 0.01 0.12 0.10 0.47 0.20
C4 0.02 0.01 0.06 0.18 0.00 0.19 0.00 0.47 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.20 0.03 0.41 0.30 0.33 0.17
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.19 0.00 0.23 0.01 0.22 0.12 0.13 0.21 0.04 0.06 0.03 0.00 0.02 0.18 0.32 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.21 0.00 0.23 0.00 0.52 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.25 0.03 0.41 0.32 0.26 0.17
C5' 0.09 0.29 0.03 0.02 0.47 0.01 0.52 0.00 0.46 0.30 0.37 0.50 0.19 0.06 0.08 0.02 0.01 0.25 0.30 0.03
C6 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.22 0.00 0.46 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.21 0.03 0.43 0.36 0.22 0.17
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.12 0.01 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.41 0.35 0.27 0.16
N3 0.02 0.00 0.05 0.13 0.00 0.13 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.42 0.30 0.35 0.17
N4 0.02 0.01 0.06 0.19 0.00 0.21 0.01 0.50 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.23 0.03 0.40 0.28 0.38 0.19
O2 0.03 0.00 0.10 0.10 0.01 0.04 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.13 0.04 0.40 0.31 0.34 0.16
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.10 0.07 0.17 0.00 0.05 0.08 0.07 0.12 0.46 0.15
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.20 0.03 0.25 0.08 0.21 0.10 0.13 0.23 0.13 0.05 0.00 0.02 0.37 0.32 0.61 0.41
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.08 0.02 0.00 0.41 0.51 0.35 0.28
O5' 0.36 0.41 0.17 0.12 0.41 0.02 0.41 0.01 0.43 0.41 0.42 0.40 0.40 0.07 0.37 0.41 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.38 0.32 0.15 0.10 0.30 0.18 0.32 0.25 0.36 0.35 0.30 0.28 0.31 0.12 0.32 0.51 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.32 0.43 0.47 0.33 0.32 0.26 0.30 0.22 0.27 0.35 0.38 0.34 0.46 0.61 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.16 0.12 0.20 0.17 0.08 0.17 0.03 0.17 0.16 0.17 0.19 0.16 0.15 0.41 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.37 0.12 0.10 0.22 0.12 0.21 0.16 0.27 0.10 0.35 0.32 0.26 0.14 0.14 0.27 0.17 0.17 0.45 1.11 0.91 0.71
C2 0.11 0.36 0.11 0.11 0.21 0.13 0.20 0.16 0.26 0.12 0.33 0.30 0.25 0.15 0.14 0.28 0.22 0.12 0.22 0.88 0.40 0.41
C2' 0.19 0.29 0.20 0.16 0.23 0.16 0.22 0.15 0.25 0.18 0.28 0.27 0.24 0.19 0.20 0.32 0.20 0.21 0.33 0.94 0.79 0.57
C3' 0.32 0.34 0.30 0.29 0.33 0.27 0.33 0.25 0.33 0.31 0.34 0.34 0.33 0.32 0.32 0.34 0.32 0.32 0.28 0.76 0.73 0.46
C4 0.12 0.39 0.12 0.13 0.22 0.18 0.21 0.20 0.26 0.15 0.34 0.33 0.25 0.17 0.15 0.28 0.26 0.14 0.17 0.63 0.27 0.26
C4' 0.28 0.33 0.27 0.28 0.30 0.26 0.29 0.24 0.30 0.27 0.32 0.32 0.30 0.28 0.28 0.27 0.32 0.29 0.44 0.84 1.02 0.66
C5 0.11 0.41 0.11 0.12 0.24 0.16 0.21 0.18 0.28 0.11 0.36 0.37 0.25 0.13 0.14 0.27 0.26 0.13 0.15 0.67 0.21 0.27
C5' 0.51 0.48 0.45 0.46 0.50 0.47 0.49 0.42 0.48 0.49 0.48 0.48 0.48 0.49 0.50 0.39 0.48 0.51 0.47 0.61 0.96 0.56
C6 0.12 0.40 0.11 0.10 0.24 0.12 0.22 0.15 0.28 0.10 0.36 0.35 0.26 0.13 0.14 0.27 0.22 0.14 0.27 0.86 0.48 0.45
N1 0.11 0.37 0.11 0.10 0.22 0.12 0.20 0.15 0.27 0.10 0.34 0.32 0.25 0.13 0.13 0.27 0.21 0.14 0.31 0.95 0.59 0.52
N3 0.11 0.36 0.11 0.12 0.22 0.16 0.22 0.18 0.27 0.15 0.34 0.30 0.27 0.18 0.15 0.28 0.25 0.13 0.16 0.74 0.24 0.29
N4 0.14 0.40 0.14 0.15 0.24 0.22 0.24 0.23 0.28 0.20 0.35 0.34 0.27 0.21 0.18 0.28 0.27 0.19 0.29 0.48 0.53 0.34
O2 0.11 0.35 0.11 0.11 0.21 0.13 0.21 0.15 0.27 0.13 0.33 0.28 0.26 0.16 0.14 0.28 0.21 0.13 0.25 0.94 0.48 0.46
O2' 0.19 0.30 0.21 0.19 0.23 0.15 0.22 0.14 0.25 0.16 0.29 0.27 0.24 0.18 0.19 0.32 0.24 0.20 0.41 1.04 0.98 0.70
O3' 0.44 0.43 0.45 0.43 0.44 0.37 0.44 0.35 0.44 0.44 0.43 0.43 0.44 0.44 0.44 0.47 0.45 0.40 0.29 0.69 0.73 0.43
O4' 0.14 0.40 0.14 0.13 0.25 0.14 0.24 0.18 0.31 0.13 0.39 0.34 0.30 0.16 0.16 0.25 0.17 0.20 0.58 1.16 1.14 0.85
O5' 0.24 0.38 0.12 0.11 0.31 0.37 0.31 0.36 0.34 0.24 0.37 0.35 0.34 0.27 0.26 0.20 0.03 0.42 0.45 0.84 0.89 0.65
OP1 0.12 0.19 0.22 0.07 0.15 0.37 0.15 0.45 0.16 0.14 0.18 0.18 0.16 0.15 0.13 0.42 0.03 0.31 0.55 0.92 1.03 0.75
OP2 0.31 0.60 0.32 0.13 0.46 0.15 0.44 0.26 0.51 0.30 0.58 0.55 0.49 0.35 0.36 0.50 0.02 0.08 0.33 0.90 0.62 0.51
P 0.08 0.17 0.13 0.02 0.11 0.23 0.08 0.28 0.10 0.07 0.14 0.16 0.09 0.07 0.07 0.26 0.01 0.17 0.37 0.84 0.73 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.47 0.31 0.79 0.49
C2 0.03 0.00 0.14 0.05 0.01 0.21 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.22 0.26 0.77 0.40 1.40 0.86
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.08 0.09 0.07 0.12 0.13 0.08 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.40 0.59 0.72 0.51
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.57 0.34 0.29
C4 0.02 0.01 0.08 0.03 0.00 0.13 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.16 0.15 0.78 0.45 1.42 0.88
C4' 0.01 0.21 0.02 0.00 0.13 0.00 0.12 0.01 0.17 0.06 0.21 0.19 0.16 0.07 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.32 0.10 0.06
C5 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.12 0.09 0.89 0.61 1.74 1.07
C5' 0.04 0.33 0.08 0.02 0.23 0.01 0.23 0.00 0.30 0.10 0.34 0.28 0.30 0.16 0.12 0.05 0.05 0.03 0.01 0.12 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.05 0.01 0.17 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.15 0.15 0.92 0.62 1.81 1.11
C8 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.06 0.11 0.85 0.64 1.66 1.03
N1 0.03 0.00 0.12 0.05 0.01 0.21 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.19 0.22 0.87 0.51 1.64 1.01
N3 0.03 0.00 0.13 0.05 0.00 0.19 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.22 0.25 0.70 0.35 1.23 0.76
N6 0.03 0.01 0.08 0.06 0.01 0.16 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.13 0.13 0.97 0.73 1.99 1.22
N7 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.07 0.05 0.92 0.74 1.91 1.16
N9 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.11 0.03 0.73 0.44 1.29 0.81
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.19 0.04 0.18 0.05 0.24 0.13 0.30 0.29 0.23 0.14 0.08 0.00 0.09 0.05 0.35 0.66 0.74 0.52
O3' 0.13 0.22 0.03 0.01 0.16 0.03 0.12 0.05 0.15 0.06 0.19 0.22 0.13 0.07 0.11 0.09 0.00 0.11 0.14 0.65 0.38 0.31
O4' 0.01 0.26 0.02 0.02 0.15 0.01 0.09 0.03 0.15 0.11 0.22 0.25 0.13 0.05 0.03 0.05 0.11 0.00 0.33 0.16 0.51 0.30
O5' 0.47 0.77 0.40 0.07 0.78 0.02 0.89 0.01 0.92 0.85 0.87 0.70 0.97 0.92 0.73 0.35 0.14 0.33 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.40 0.59 0.57 0.45 0.32 0.61 0.12 0.62 0.64 0.51 0.35 0.73 0.74 0.44 0.66 0.65 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.79 1.40 0.72 0.34 1.42 0.10 1.74 0.04 1.81 1.66 1.64 1.23 1.99 1.91 1.29 0.74 0.38 0.51 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.49 0.86 0.51 0.29 0.88 0.06 1.07 0.02 1.11 1.03 1.01 0.76 1.22 1.16 0.81 0.52 0.31 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00