ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54230

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 8, 10, 19, 11, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.034 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.018, 0.044, 0.069, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.044 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.041, 0.086, 0.131, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.086 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.047, 0.097, 0.147, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.097 std_dev=0.050
C3' A 0, 0.117, 0.183, 0.249, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.183 std_dev=0.066
C4' A 0, 0.164, 0.234, 0.305, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.234 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.095, 0.169, 0.242, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.169 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.190, 0.271, 0.353, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.271 std_dev=0.081
O5' A 0, 0.258, 0.358, 0.457, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.358 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.302, 0.406, 0.511, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.406 std_dev=0.104
P A 0, 0.271, 0.401, 0.532, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.401 std_dev=0.130
OP2 A 0, 0.198, 0.333, 0.469, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.333 std_dev=0.135
O2' B 0, 0.228, 0.384, 0.540, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.384 std_dev=0.156
O3' B 0, 0.373, 0.532, 0.691, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.532 std_dev=0.159
C2' B 0, 0.309, 0.473, 0.637, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.473 std_dev=0.164
OP1 A 0, 0.324, 0.497, 0.669, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.497 std_dev=0.172
C3' B 0, 0.341, 0.529, 0.717, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.529 std_dev=0.188
C1' B 0, 0.229, 0.426, 0.623, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.426 std_dev=0.197
C4' B 0, 0.256, 0.470, 0.683, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.470 std_dev=0.214
N3 B 0, 0.243, 0.464, 0.684, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.464 std_dev=0.220
C4 B 0, 0.317, 0.564, 0.811, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.564 std_dev=0.247
N9 B 0, 0.316, 0.565, 0.815, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.565 std_dev=0.249
O4' B 0, 0.216, 0.466, 0.716, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.466 std_dev=0.250
C2 B 0, 0.271, 0.528, 0.786, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.528 std_dev=0.257
C5' B 0, 0.326, 0.598, 0.869, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.598 std_dev=0.271
N1 B 0, 0.366, 0.665, 0.963, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.665 std_dev=0.298
O5' B 0, 0.394, 0.698, 1.003, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.698 std_dev=0.305
C5 B 0, 0.435, 0.745, 1.055, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.745 std_dev=0.310
C8 B 0, 0.436, 0.759, 1.082, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.759 std_dev=0.323
C6 B 0, 0.462, 0.789, 1.117, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.789 std_dev=0.328
N7 B 0, 0.511, 0.870, 1.229, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.870 std_dev=0.359
OP1 B 0, 0.458, 0.818, 1.178, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.818 std_dev=0.360
P B 0, 0.390, 0.775, 1.161, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.775 std_dev=0.386
N6 B 0, 0.585, 0.973, 1.361, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.973 std_dev=0.388
OP2 B 0, 0.410, 0.848, 1.286, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.848 std_dev=0.438

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.11 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.06 0.12 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.08 0.13 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.10 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.07 0.10 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.08 0.09 0.10 0.08
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.05 0.05 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
N4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.07 0.08 0.10 0.07
O2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.06 0.08 0.14 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.09 0.14 0.09
O3' 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.00 0.03 0.03 0.07 0.10 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.08 0.04
O5' 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.12 0.13 0.10 0.10 0.07 0.10 0.03 0.11 0.11 0.11 0.10 0.14 0.14 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06 0.03 0.08 0.01 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.12 0.17 0.11
C2 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.11 0.12 0.08
C2' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.11 0.18 0.09
C3' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.12 0.20 0.10
C4 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07
C4' 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.11 0.20 0.10
C5 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07
C5' 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.11 0.19 0.09
C6 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.12 0.07
N1 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.10 0.13 0.09
N3 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.09 0.10 0.07
N4 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08
O2 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.13 0.13 0.09
O2' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.13 0.18 0.11
O3' 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.11 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.11 0.15 0.22 0.13
O4' 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.12 0.19 0.11
O5' 0.07 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.17 0.08
OP1 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.12 0.20 0.09
OP2 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05 0.09 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.09 0.17 0.06
P 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.09 0.16 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.12 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.10 0.22 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.08 0.22 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.09 0.26 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.08 0.09 0.27 0.11
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.10 0.24 0.12
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.07 0.09 0.25 0.09
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.09 0.20 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.09 0.11 0.30 0.13
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.11 0.28 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.19 0.08
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.07 0.07 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.09 0.09 0.05
O5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.10 0.06 0.04 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.10 0.04 0.03 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.11 0.07 0.07 0.04 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.22 0.08 0.05 0.22 0.03 0.26 0.02 0.27 0.24 0.25 0.20 0.30 0.28 0.19 0.07 0.07 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.03 0.03 0.08 0.02 0.11 0.01 0.11 0.12 0.09 0.07 0.13 0.13 0.08 0.05 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00