ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54231

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 13, 8, 0, 4, 3, 12, 0, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.017, 0.034, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.034 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.017, 0.035, 0.053, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.035 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.017, 0.036, 0.054, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.035, 0.078, 0.120, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.078 std_dev=0.043
N4 A 0, 0.063, 0.114, 0.165, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.114 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.065, 0.175, 0.285, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.175 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.066, 0.176, 0.286, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.176 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.053, 0.239, 0.424, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.239 std_dev=0.185
C3' B 0, 0.097, 0.317, 0.536, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.317 std_dev=0.219
C3' A 0, 0.160, 0.394, 0.628, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.394 std_dev=0.234
C2' B 0, 0.084, 0.323, 0.563, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.323 std_dev=0.240
C4' A 0, 0.181, 0.443, 0.704, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.443 std_dev=0.261
C4' B 0, 0.125, 0.415, 0.705, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.415 std_dev=0.290
O3' B 0, 0.098, 0.397, 0.696, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.397 std_dev=0.299
O2' B 0, 0.128, 0.450, 0.772, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.450 std_dev=0.322
O4' B 0, 0.122, 0.469, 0.817, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.469 std_dev=0.348
C1' B 0, 0.103, 0.459, 0.814, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.459 std_dev=0.356
O3' A 0, 0.252, 0.618, 0.984, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.618 std_dev=0.366
C5' B 0, 0.161, 0.606, 1.052, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.606 std_dev=0.446
C5' A 0, 0.276, 0.768, 1.259, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.768 std_dev=0.491
O5' A 0, 0.329, 0.932, 1.534, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.932 std_dev=0.602
C4 B 0, 0.109, 0.748, 1.388, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.748 std_dev=0.640
N9 B 0, 0.048, 0.714, 1.379, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.714 std_dev=0.666
P A 0, 0.151, 0.858, 1.564, 2.238 max_d=2.238 avg_d=0.858 std_dev=0.706
C5 B 0, 0.079, 0.954, 1.829, 2.466 max_d=2.466 avg_d=0.954 std_dev=0.875
C6 B 0, 0.118, 1.077, 2.036, 2.690 max_d=2.690 avg_d=1.077 std_dev=0.959
O5' B 0, 0.114, 1.136, 2.158, 3.026 max_d=3.026 avg_d=1.136 std_dev=1.022
OP1 A 0, 0.195, 1.344, 2.493, 3.474 max_d=3.474 avg_d=1.344 std_dev=1.149
OP2 A 0, 0.189, 1.342, 2.495, 3.459 max_d=3.459 avg_d=1.342 std_dev=1.153
N6 B 0, 0.112, 1.292, 2.472, 3.164 max_d=3.164 avg_d=1.292 std_dev=1.180
P B 0, 0.123, 1.457, 2.791, 4.658 max_d=4.658 avg_d=1.457 std_dev=1.334
N3 B 0, -0.115, 1.265, 2.646, 3.762 max_d=3.762 avg_d=1.265 std_dev=1.380
OP1 B 0, 0.209, 1.682, 3.156, 5.258 max_d=5.258 avg_d=1.682 std_dev=1.474
N1 B 0, -0.030, 1.458, 2.947, 4.067 max_d=4.067 avg_d=1.458 std_dev=1.488
C8 B 0, -0.266, 1.337, 2.940, 4.398 max_d=4.398 avg_d=1.337 std_dev=1.603
N7 B 0, -0.243, 1.432, 3.107, 4.618 max_d=4.618 avg_d=1.432 std_dev=1.675
OP2 B 0, -0.058, 1.699, 3.457, 7.186 max_d=7.186 avg_d=1.699 std_dev=1.758
C2 B 0, -0.191, 1.635, 3.462, 4.888 max_d=4.888 avg_d=1.635 std_dev=1.826

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.37 0.35 0.35 0.20
C2 0.03 0.00 0.08 0.11 0.01 0.09 0.02 0.27 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.11 0.03 0.43 0.37 0.46 0.18
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.08 0.06 0.15 0.00 0.03 0.02 0.17 0.18 0.47 0.19
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.16 0.01 0.17 0.01 0.15 0.09 0.14 0.17 0.14 0.02 0.01 0.02 0.09 0.19 0.47 0.22
C4 0.03 0.01 0.05 0.16 0.00 0.17 0.01 0.43 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.18 0.04 0.45 0.45 0.43 0.17
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.17 0.00 0.20 0.01 0.18 0.10 0.12 0.18 0.08 0.04 0.03 0.01 0.02 0.13 0.25 0.10
C5 0.02 0.02 0.05 0.17 0.01 0.20 0.00 0.47 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.20 0.04 0.48 0.51 0.31 0.20
C5' 0.09 0.27 0.03 0.01 0.43 0.01 0.47 0.00 0.41 0.27 0.35 0.46 0.18 0.04 0.08 0.02 0.01 0.19 0.28 0.02
C6 0.02 0.02 0.05 0.15 0.01 0.18 0.00 0.41 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.16 0.04 0.50 0.47 0.28 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.10 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.44 0.39 0.36 0.19
N3 0.03 0.01 0.08 0.14 0.01 0.12 0.02 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.03 0.44 0.40 0.49 0.17
N4 0.03 0.02 0.06 0.17 0.01 0.18 0.01 0.46 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.21 0.04 0.43 0.47 0.48 0.17
O2 0.06 0.01 0.15 0.14 0.02 0.08 0.03 0.18 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.18 0.17 0.06 0.40 0.34 0.51 0.21
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.07 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.11 0.08 0.18 0.00 0.07 0.08 0.04 0.13 0.45 0.17
O3' 0.03 0.11 0.03 0.01 0.18 0.03 0.20 0.08 0.16 0.07 0.15 0.21 0.17 0.07 0.00 0.02 0.34 0.39 0.59 0.39
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.08 0.02 0.00 0.40 0.43 0.34 0.28
O5' 0.37 0.43 0.17 0.09 0.45 0.02 0.48 0.01 0.50 0.44 0.44 0.43 0.40 0.04 0.34 0.40 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.37 0.18 0.19 0.45 0.13 0.51 0.19 0.47 0.39 0.40 0.47 0.34 0.13 0.39 0.43 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.46 0.47 0.47 0.43 0.25 0.31 0.28 0.28 0.36 0.49 0.48 0.51 0.45 0.59 0.34 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.18 0.19 0.22 0.17 0.10 0.20 0.02 0.22 0.19 0.17 0.17 0.21 0.17 0.39 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.98 0.11 0.13 0.30 0.13 0.17 0.14 0.29 0.70 0.72 0.84 0.19 0.59 0.22 0.19 0.16 0.13 0.46 0.91 0.62 0.62
C2 0.17 1.31 0.11 0.11 0.37 0.12 0.20 0.16 0.35 0.95 0.95 1.12 0.21 0.81 0.29 0.19 0.23 0.15 0.53 0.81 0.46 0.58
C2' 0.24 0.93 0.16 0.14 0.24 0.13 0.26 0.13 0.22 0.89 0.64 0.79 0.23 0.78 0.35 0.22 0.21 0.17 0.33 0.76 0.51 0.48
C3' 0.26 0.74 0.23 0.23 0.26 0.21 0.27 0.20 0.24 0.72 0.52 0.65 0.24 0.63 0.33 0.27 0.29 0.23 0.22 0.61 0.47 0.37
C4 0.17 1.35 0.15 0.15 0.44 0.21 0.19 0.28 0.41 0.86 0.98 1.20 0.24 0.70 0.25 0.24 0.27 0.22 0.61 0.70 0.51 0.59
C4' 0.21 0.70 0.25 0.29 0.31 0.27 0.21 0.28 0.30 0.40 0.54 0.62 0.23 0.34 0.20 0.26 0.31 0.26 0.30 0.68 0.66 0.48
C5 0.13 1.02 0.14 0.14 0.39 0.17 0.18 0.22 0.37 0.59 0.76 0.93 0.24 0.44 0.17 0.22 0.26 0.15 0.53 0.70 0.41 0.52
C5' 0.43 0.65 0.44 0.46 0.50 0.49 0.44 0.46 0.49 0.37 0.59 0.62 0.45 0.38 0.42 0.40 0.47 0.51 0.37 0.53 0.68 0.44
C6 0.13 0.91 0.12 0.12 0.33 0.10 0.17 0.13 0.32 0.57 0.68 0.82 0.21 0.44 0.17 0.20 0.22 0.12 0.46 0.77 0.41 0.52
N1 0.15 1.07 0.11 0.11 0.33 0.10 0.17 0.12 0.32 0.75 0.78 0.93 0.19 0.62 0.23 0.19 0.20 0.12 0.47 0.83 0.47 0.56
N3 0.18 1.45 0.13 0.13 0.42 0.18 0.21 0.24 0.40 1.01 1.05 1.24 0.23 0.86 0.30 0.22 0.26 0.20 0.59 0.76 0.49 0.60
N4 0.20 1.54 0.18 0.18 0.52 0.28 0.24 0.38 0.50 0.88 1.12 1.35 0.29 0.73 0.27 0.28 0.29 0.29 0.68 0.66 0.67 0.65
O2 0.18 1.38 0.11 0.11 0.36 0.12 0.23 0.15 0.34 1.05 0.99 1.15 0.22 0.92 0.33 0.19 0.22 0.15 0.53 0.85 0.48 0.60
O2' 0.22 0.96 0.16 0.16 0.24 0.13 0.26 0.14 0.23 0.88 0.66 0.80 0.24 0.79 0.33 0.23 0.22 0.15 0.35 0.82 0.63 0.54
O3' 0.36 0.68 0.35 0.34 0.32 0.29 0.38 0.29 0.31 0.79 0.48 0.60 0.36 0.73 0.42 0.39 0.39 0.31 0.22 0.52 0.50 0.33
O4' 0.14 0.78 0.15 0.18 0.30 0.20 0.19 0.21 0.31 0.46 0.60 0.68 0.23 0.37 0.17 0.21 0.16 0.19 0.49 0.95 0.76 0.68
O5' 0.31 0.36 0.13 0.14 0.33 0.34 0.35 0.32 0.35 0.40 0.35 0.34 0.36 0.39 0.34 0.15 0.04 0.39 0.43 0.73 0.66 0.57
OP1 0.19 0.54 0.19 0.15 0.29 0.43 0.19 0.48 0.26 0.22 0.43 0.50 0.20 0.19 0.16 0.39 0.02 0.37 0.50 0.84 0.70 0.66
OP2 0.26 0.45 0.31 0.13 0.37 0.15 0.36 0.25 0.40 0.28 0.44 0.43 0.39 0.31 0.30 0.50 0.02 0.12 0.27 0.66 0.43 0.38
P 0.09 0.18 0.12 0.01 0.12 0.21 0.09 0.23 0.11 0.06 0.15 0.17 0.10 0.06 0.08 0.27 0.01 0.15 0.28 0.63 0.50 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.15 0.00 0.50 0.34 0.70 0.54
C2 0.03 0.00 0.49 0.50 0.01 0.53 0.01 1.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.21 0.27 0.84 0.98 1.36 0.97
C2' 0.01 0.49 0.00 0.00 0.24 0.02 0.10 0.05 0.21 0.28 0.38 0.49 0.14 0.16 0.02 0.00 0.05 0.02 0.64 0.51 0.75 0.65
C3' 0.02 0.50 0.00 0.00 0.21 0.01 0.07 0.02 0.18 0.27 0.37 0.48 0.11 0.18 0.03 0.02 0.01 0.01 0.33 0.30 0.33 0.30
C4 0.02 0.01 0.24 0.21 0.00 0.21 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.13 0.51 0.33 0.97 0.62
C4' 0.01 0.53 0.02 0.01 0.21 0.00 0.07 0.01 0.18 0.32 0.38 0.51 0.10 0.23 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.22 0.08 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.07 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.15 0.05 0.73 0.71 1.39 0.99
C5' 0.05 1.00 0.05 0.02 0.34 0.01 0.11 0.00 0.30 0.68 0.71 0.93 0.16 0.53 0.15 0.05 0.05 0.02 0.01 0.11 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.18 0.01 0.18 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.11 0.61 0.52 1.27 0.83
C8 0.03 0.02 0.28 0.27 0.01 0.32 0.01 0.68 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.12 0.10 0.16 1.35 1.47 2.06 1.69
N1 0.03 0.00 0.38 0.37 0.01 0.38 0.01 0.71 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.19 0.20 0.66 0.64 1.23 0.78
N3 0.03 0.01 0.49 0.48 0.01 0.51 0.01 0.93 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.21 0.28 0.74 0.83 1.13 0.82
N6 0.03 0.01 0.14 0.11 0.01 0.10 0.02 0.16 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.17 0.16 0.07 0.73 0.77 1.51 1.04
N7 0.03 0.02 0.16 0.18 0.01 0.23 0.01 0.53 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.11 0.11 0.10 1.22 1.43 2.10 1.65
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.13 0.01 0.75 0.65 1.16 0.90
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.15 0.02 0.13 0.05 0.17 0.12 0.24 0.25 0.17 0.11 0.05 0.00 0.09 0.03 0.65 0.55 0.87 0.69
O3' 0.15 0.21 0.05 0.01 0.17 0.03 0.15 0.05 0.16 0.10 0.19 0.21 0.16 0.11 0.13 0.09 0.00 0.11 0.27 0.40 0.41 0.30
O4' 0.00 0.27 0.02 0.01 0.13 0.01 0.05 0.02 0.11 0.16 0.20 0.28 0.07 0.10 0.01 0.03 0.11 0.00 0.24 0.13 0.33 0.23
O5' 0.50 0.84 0.64 0.33 0.51 0.02 0.73 0.01 0.61 1.35 0.66 0.74 0.73 1.22 0.75 0.65 0.27 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.34 0.98 0.51 0.30 0.33 0.22 0.71 0.11 0.52 1.47 0.64 0.83 0.77 1.43 0.65 0.55 0.40 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.70 1.36 0.75 0.33 0.97 0.08 1.39 0.22 1.27 2.06 1.23 1.13 1.51 2.10 1.16 0.87 0.41 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.54 0.97 0.65 0.30 0.62 0.05 0.99 0.02 0.83 1.69 0.78 0.82 1.04 1.65 0.90 0.69 0.30 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00