ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54233

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 4, 7, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.021, 0.037, 0.053, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.033 std_dev=0.021
O4' A 0, -0.012, 0.260, 0.532, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.260 std_dev=0.272
C2' B 0, 0.358, 0.631, 0.904, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.631 std_dev=0.273
C2' A 0, -0.010, 0.265, 0.539, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.265 std_dev=0.275
O2' A 0, -0.105, 0.213, 0.531, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.213 std_dev=0.318
O2' B 0, 0.508, 0.884, 1.260, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.884 std_dev=0.376
C4' A 0, 0.005, 0.410, 0.816, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.410 std_dev=0.405
C3' A 0, -0.001, 0.429, 0.859, 2.149 max_d=2.149 avg_d=0.429 std_dev=0.430
O5' A 0, 0.463, 0.904, 1.344, 2.244 max_d=2.244 avg_d=0.904 std_dev=0.441
P A 0, 0.359, 0.868, 1.378, 2.697 max_d=2.697 avg_d=0.868 std_dev=0.509
O3' A 0, 0.098, 0.710, 1.322, 3.110 max_d=3.110 avg_d=0.710 std_dev=0.612
OP1 A 0, 0.392, 1.021, 1.651, 2.884 max_d=2.884 avg_d=1.021 std_dev=0.629
OP2 A 0, 0.317, 0.949, 1.581, 3.247 max_d=3.247 avg_d=0.949 std_dev=0.632
C1' B 0, 0.718, 1.375, 2.033, 2.722 max_d=2.722 avg_d=1.375 std_dev=0.657
C5' A 0, -0.039, 0.645, 1.328, 3.402 max_d=3.402 avg_d=0.645 std_dev=0.684
N9 B 0, 0.920, 1.729, 2.537, 3.229 max_d=3.229 avg_d=1.729 std_dev=0.808
C8 B 0, 0.779, 1.633, 2.486, 4.062 max_d=4.062 avg_d=1.633 std_dev=0.853
C3' B 0, 0.644, 1.557, 2.470, 3.584 max_d=3.584 avg_d=1.557 std_dev=0.913
O4' B 0, 0.813, 1.809, 2.804, 4.521 max_d=4.521 avg_d=1.809 std_dev=0.995
C4' B 0, 0.692, 1.777, 2.861, 5.010 max_d=5.010 avg_d=1.777 std_dev=1.085
N7 B 0, 1.048, 2.141, 3.235, 4.897 max_d=4.897 avg_d=2.141 std_dev=1.094
O3' B 0, 0.902, 2.160, 3.418, 3.842 max_d=3.842 avg_d=2.160 std_dev=1.258
C4 B 0, 1.246, 2.608, 3.969, 4.299 max_d=4.299 avg_d=2.608 std_dev=1.361
C5 B 0, 1.404, 2.884, 4.364, 5.277 max_d=5.277 avg_d=2.884 std_dev=1.480
C5' B 0, 0.891, 2.448, 4.006, 7.015 max_d=7.015 avg_d=2.448 std_dev=1.558
N3 B 0, 1.412, 3.261, 5.111, 5.108 max_d=5.108 avg_d=3.261 std_dev=1.850
O5' B 0, 1.442, 3.579, 5.716, 7.953 max_d=7.953 avg_d=3.579 std_dev=2.137
C6 B 0, 1.796, 3.950, 6.105, 7.057 max_d=7.057 avg_d=3.950 std_dev=2.155
OP1 B 0, 1.243, 3.473, 5.703, 9.902 max_d=9.902 avg_d=3.473 std_dev=2.230
N6 B 0, 1.995, 4.346, 6.698, 8.185 max_d=8.185 avg_d=4.346 std_dev=2.352
C2 B 0, 1.777, 4.281, 6.785, 7.038 max_d=7.038 avg_d=4.281 std_dev=2.504
P B 0, 1.622, 4.174, 6.727, 9.794 max_d=9.794 avg_d=4.174 std_dev=2.552
N1 B 0, 1.967, 4.655, 7.344, 7.976 max_d=7.976 avg_d=4.655 std_dev=2.689
OP2 B 0, 1.765, 4.743, 7.721, 11.353 max_d=11.353 avg_d=4.743 std_dev=2.978

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.24 0.45 0.29
C2 0.01 0.00 0.11 0.13 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.15 0.03 0.22 0.38 0.56 0.37
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.03 0.09 0.05 0.19 0.00 0.02 0.00 0.05 0.18 0.32 0.17
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.16 0.05 0.11 0.10 0.21 0.02 0.01 0.01 0.13 0.24 0.22 0.12
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02 0.25 0.44 0.57 0.39
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.12 0.04 0.05 0.08 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.13 0.23 0.12
C5 0.01 0.01 0.08 0.14 0.00 0.11 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.25 0.41 0.52 0.37
C5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.17 0.00 0.23 0.00 0.21 0.10 0.12 0.19 0.08 0.04 0.05 0.01 0.01 0.24 0.16 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.16 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.02 0.24 0.35 0.51 0.34
N1 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.21 0.33 0.52 0.34
N3 0.01 0.00 0.09 0.11 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.15 0.03 0.24 0.43 0.58 0.39
N4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.13 0.02 0.26 0.48 0.56 0.40
O2 0.02 0.00 0.19 0.21 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.26 0.04 0.21 0.37 0.56 0.36
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.04 0.15 0.00 0.03 0.03 0.05 0.10 0.31 0.17
O3' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.11 0.01 0.16 0.05 0.16 0.05 0.15 0.13 0.26 0.03 0.00 0.01 0.26 0.33 0.19 0.20
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.23 0.27 0.45 0.33
O5' 0.17 0.22 0.05 0.13 0.25 0.01 0.25 0.01 0.24 0.21 0.24 0.26 0.21 0.05 0.26 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.24 0.38 0.18 0.24 0.44 0.13 0.41 0.24 0.35 0.33 0.43 0.48 0.37 0.10 0.33 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.45 0.56 0.32 0.22 0.57 0.23 0.52 0.16 0.51 0.52 0.58 0.56 0.56 0.31 0.19 0.45 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.37 0.17 0.12 0.39 0.12 0.37 0.02 0.34 0.34 0.39 0.40 0.36 0.17 0.20 0.33 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.84 0.13 0.53 0.50 0.22 0.49 0.28 0.66 0.21 0.82 0.69 0.67 0.32 0.29 0.22 1.16 0.21 0.28 0.65 1.01 0.57
C2 0.28 1.10 0.13 0.44 0.65 0.29 0.67 0.43 0.89 0.31 1.09 0.87 0.91 0.45 0.39 0.19 1.15 0.32 0.57 0.67 1.32 0.83
C2' 0.16 0.90 0.12 0.53 0.47 0.31 0.46 0.39 0.68 0.15 0.88 0.71 0.69 0.26 0.21 0.18 1.18 0.26 0.44 0.85 1.20 0.76
C3' 0.18 0.83 0.17 0.55 0.37 0.36 0.33 0.42 0.54 0.19 0.77 0.65 0.54 0.19 0.14 0.23 1.15 0.31 0.44 0.92 1.11 0.70
C4 0.29 1.03 0.14 0.39 0.63 0.32 0.64 0.43 0.83 0.32 1.00 0.85 0.83 0.45 0.39 0.20 1.07 0.35 0.53 0.52 1.22 0.72
C4' 0.16 0.77 0.17 0.56 0.36 0.28 0.31 0.34 0.48 0.20 0.69 0.62 0.46 0.20 0.17 0.23 1.11 0.22 0.35 0.79 0.89 0.55
C5 0.23 0.72 0.12 0.44 0.47 0.19 0.46 0.24 0.59 0.23 0.70 0.61 0.59 0.33 0.29 0.22 1.09 0.24 0.23 0.51 0.87 0.42
C5' 0.26 0.83 0.28 0.59 0.37 0.37 0.31 0.44 0.46 0.33 0.72 0.67 0.42 0.28 0.24 0.33 1.06 0.32 0.52 0.90 0.83 0.62
C6 0.21 0.72 0.13 0.51 0.44 0.19 0.43 0.23 0.56 0.21 0.69 0.61 0.56 0.30 0.27 0.23 1.13 0.20 0.21 0.57 0.85 0.43
N1 0.23 0.87 0.12 0.49 0.53 0.22 0.53 0.29 0.70 0.23 0.86 0.72 0.71 0.35 0.31 0.21 1.15 0.24 0.33 0.61 1.06 0.60
N3 0.31 1.22 0.14 0.41 0.71 0.35 0.73 0.52 0.97 0.36 1.19 0.97 0.98 0.51 0.42 0.19 1.11 0.37 0.69 0.64 1.42 0.92
N4 0.33 1.21 0.17 0.38 0.73 0.44 0.73 0.57 0.94 0.40 1.14 1.02 0.93 0.52 0.44 0.21 1.00 0.44 0.69 0.45 1.34 0.83
O2 0.29 1.21 0.13 0.45 0.70 0.32 0.73 0.48 0.99 0.34 1.22 0.95 1.01 0.50 0.41 0.19 1.16 0.34 0.68 0.76 1.45 0.97
O2' 0.17 0.94 0.11 0.53 0.50 0.28 0.50 0.36 0.72 0.16 0.93 0.74 0.74 0.28 0.24 0.19 1.18 0.24 0.43 0.83 1.20 0.76
O3' 0.21 0.87 0.20 0.56 0.36 0.40 0.31 0.47 0.54 0.24 0.81 0.67 0.54 0.19 0.13 0.25 1.16 0.36 0.50 1.01 1.16 0.77
O4' 0.22 0.76 0.16 0.57 0.45 0.21 0.42 0.26 0.56 0.21 0.71 0.64 0.55 0.29 0.27 0.24 1.13 0.18 0.22 0.62 0.79 0.42
O5' 0.37 1.15 0.36 0.40 0.66 0.14 0.56 0.20 0.74 0.30 1.02 0.99 0.67 0.35 0.41 0.41 0.78 0.32 0.32 0.58 0.51 0.32
OP1 0.44 1.75 0.45 0.75 0.96 0.50 0.83 0.66 1.17 0.23 1.60 1.45 1.08 0.39 0.52 0.38 1.04 0.38 0.93 0.98 0.47 0.82
OP2 0.46 1.48 0.41 0.50 0.86 0.31 0.71 0.35 0.95 0.26 1.30 1.30 0.84 0.37 0.51 0.35 0.86 0.40 0.52 0.64 0.20 0.37
P 0.39 1.45 0.39 0.58 0.82 0.33 0.70 0.44 0.95 0.22 1.30 1.24 0.86 0.35 0.46 0.35 0.91 0.31 0.65 0.72 0.24 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.32 0.00 0.18 0.79 0.64 0.21
C2 0.03 0.00 0.32 0.45 0.01 0.30 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.41 0.23 0.37 1.05 0.92 0.19
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.17 0.01 0.08 0.16 0.14 0.16 0.25 0.32 0.10 0.09 0.02 0.00 0.06 0.01 0.62 0.96 0.23 0.55
C3' 0.01 0.45 0.00 0.00 0.32 0.01 0.36 0.02 0.40 0.37 0.42 0.42 0.42 0.40 0.23 0.01 0.01 0.02 0.37 0.42 0.33 0.21
C4 0.01 0.01 0.17 0.32 0.00 0.14 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.16 0.12 0.19 1.00 0.99 0.21
C4' 0.01 0.30 0.01 0.01 0.14 0.00 0.14 0.00 0.16 0.29 0.23 0.29 0.17 0.25 0.10 0.28 0.01 0.00 0.01 0.28 0.34 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.36 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.07 0.04 0.14 1.03 1.24 0.35
C5' 0.04 0.45 0.16 0.02 0.21 0.00 0.20 0.00 0.25 0.37 0.37 0.42 0.26 0.33 0.11 0.11 0.23 0.01 0.01 0.14 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.40 0.01 0.16 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.12 0.09 0.18 1.04 1.23 0.28
C8 0.01 0.01 0.16 0.37 0.01 0.29 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.24 0.16 0.30 1.02 1.35 0.59
N1 0.02 0.00 0.25 0.42 0.01 0.23 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.27 0.18 0.29 1.05 1.07 0.16
N3 0.03 0.00 0.32 0.42 0.00 0.29 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.43 0.23 0.34 1.01 0.84 0.19
N6 0.01 0.01 0.10 0.42 0.01 0.17 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.34 0.14 0.06 0.14 1.03 1.36 0.38
N7 0.01 0.01 0.09 0.40 0.01 0.25 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.39 0.24 0.09 0.24 1.04 1.46 0.58
N9 0.00 0.01 0.02 0.23 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.09 0.01 0.17 0.95 0.98 0.32
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.17 0.28 0.30 0.11 0.28 0.36 0.19 0.12 0.34 0.39 0.20 0.00 0.11 0.21 0.33 0.74 0.32 0.35
O3' 0.32 0.41 0.06 0.01 0.16 0.01 0.07 0.23 0.12 0.24 0.27 0.43 0.14 0.24 0.09 0.11 0.00 0.20 0.11 0.14 0.49 0.11
O4' 0.00 0.23 0.01 0.02 0.12 0.00 0.04 0.01 0.09 0.16 0.18 0.23 0.06 0.09 0.01 0.21 0.20 0.00 0.14 0.53 0.64 0.21
O5' 0.18 0.37 0.62 0.37 0.19 0.01 0.14 0.01 0.18 0.30 0.29 0.34 0.14 0.24 0.17 0.33 0.11 0.14 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.79 1.05 0.96 0.42 1.00 0.28 1.03 0.14 1.04 1.02 1.05 1.01 1.03 1.04 0.95 0.74 0.14 0.53 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.64 0.92 0.23 0.33 0.99 0.34 1.24 0.09 1.23 1.35 1.07 0.84 1.36 1.46 0.98 0.32 0.49 0.64 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.19 0.55 0.21 0.21 0.07 0.35 0.01 0.28 0.59 0.16 0.19 0.38 0.58 0.32 0.35 0.11 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00